BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313A05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 124,726,565 - 124,830,678
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGnl2, Dnali1, Snip1, 2310005N01Rik, Zc3h12a
Upstream gene1700057H15Rik, LOC100039332, Pou3f1, Utp11l, Fhl3, Sf3a3, LOC664991, Inpp5b, LOC100039433, Mtf1, Yrdc, Gm50, Epha10, Cdca8, 9930104L06Rik, Rspo1
Downstream geneLOC100039298, Grik3, Ftl2, Csf3r, Mrps15, 1810007P19Rik, LOC100039645, Lsm10, Stk40, 2610027C15Rik, 1700029G01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313A05.bB6Ng01-313A05.g
ACCGA104339GA104340
length1,1831,044
definitionB6Ng01-313A05.b B6Ng01-313A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,829,488 - 124,830,678)(124,726,565 - 124,727,608)
sequence
gaattctcagtttataaacatttcccaaaatgtgaattcaagagcgaaat
taacaggtcttttcattgtctgctccgtatttaccaagtcacacatcatc
tacctactcctagctaaattaacactttcataaataaggcaacttcacag
gtttctacccctgcagctcccataaggagagaggctagtgttcacagcga
ggccttggcgtgggcacactgcatttacaagactgtggagcacactattt
cacgtggcactgggatgtcgtgacccaaaagtttcacacgctgataaaac
tgtgcaccgacagctcttgagcaaggagagctgtctcccgtccctgactt
ggctgctgtgacttggctgctgtcatttagtcaggtctttccctcatcac
tgtgaccacctgctcctaagacgaaattaaaggaggggttattcatctat
ttgttgatttgttttgttttgtttttttttttgtttttcatctatttgtt
gatttgttttgttttgttttttgtttttcgagatggggtttctctgtgta
gccctagctgtcctggaactcactctgtagaccagactggtctcgaactc
agaaatctgcctgcctctgcctcccgagtgctgggattaagggcgtgtgc
caccatgcccggctggatttatttttgagacagagtttcgtgtaacccag
gctgtcctcacactccctttgtagctgaggatgaccttgaactctcgatc
ccaagggctgggattacaggtgtgcatcaccacacccagtctgaagagtg
ctgagactgaacccagagcttcatgtgggtttgacaatcactctagtgac
tgccccattcccagctcagagaatttgttctgccttatggttggagaggg
tgtggtctgtcactttagggagaccatgggagaggagccactcaagcagc
catgaaagcctcagattctctccatctcgagatcaggaaacaaaactagg
accagaggtagggtcagctataacccgcacgtttaccccttgaagtggaa
gttcttgtagtagcatatttatgtagacttacagatggtttgctgagcag
atccacggagacatggtgtaatttggaaggaattaggactcaacaaggtg
cttatcatagcctagcttgcaactcctcttggt
gaattcagcgggtctctggaagtgatggctttgggttttgtttctgtatt
ccatcattgggatccttatagctctggtctcctggaaatacctcttaact
aaagcaagatggctccatttgggtatctttttccagcatgctgttaggtg
gcagtggggcacacacctaaagtcgaggcggaccagccaaggacacacag
agaaactctgtcttaggggaaaaaaaagactcagtgttcctgagattgac
attatctggctttcttcccccttctctcaaaaccacaaccaaccaagtac
agcagttcccctgtctctctgctctgtaagtggtatcattcattcactca
ttaatccattcatttagcaaccagagtggagctcctagccctctggggca
gaggggccaccatgaaaagcaggcaggtccctgccctgatatacttagat
tctagtagggtgtggaggtcgggtgtgtaagtgcaagtacatgtgtgtag
tggatgtcagatacgtgtagtagatgtccactctacttctacaggtttct
gactctagtgagattctgattttaacttctgaaattagtggagaccccac
aaatcatggacttgagcctcacagcctgcttccccttagcattacagtta
cactcagctacaaattcaaggctctggggtgtgatttgctagaagagaaa
cttagcaaagtacttttatctgtgattaccagttcatcacaaaggctaat
ggttggagcagctcaatggaagccctgcctaaggcaaggtagagaacagc
tgtagaggaaatatcttgtgtctgtgtggatatggcctatcactttggca
ggtaatagtaggtggagcatcctgtaggctaaaggattctgggatagttc
caggcatgggagattcacccaggaagatgtcaggagacagaggcatggta
tctgagcacaggtaaccagccatgtgacaaatgtagattgagtttatttg
aagttatgatctagtagagagagctagtatatgggcaagtattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_124829488_124830678
seq2: B6Ng01-313A05.b_45_1227 (reverse)

seq1  ACCAAGAAGAGTTGCCCAGCTA-GCTATG-TAAGCACCTTGTTGAGTCTT  48
      ||||||| |||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||||| |
seq2  ACCAAGAGGAGTTG-CAAGCTAGGCTATGATAAGCACCTTGTTGAGTCCT  49

seq1  TATATTCTTTCCAAATATCA-CATGTCCTCCCGTGGGTCTTGCTTCAGCA  97
         |||| ||||||||  || ||||||   |||||| || ||| ||||||
seq2  --AATTCCTTCCAAATTACACCATGTC--TCCGTGGATC-TGC-TCAGCA  93

seq1  AAACATCCTGTAAGTCTACAT-AATATGCTACTACCAGAAACTTCCACTT  146
      || ||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||
seq2  AACCAT-CTGTAAGTCTACATAAATATGCTACTACAAG-AACTTCCACTT  141

seq1  CAAGGGGTAAACGTGCGGGTTATAGCTGACCCTACCTCTGGTCCTAGTTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGGTAAACGTGCGGGTTATAGCTGACCCTACCTCTGGTCCTAGTTT  191

seq1  TGTTTCCTGATTCTCGGAGATGGAGAGAATCTGAGGCTTTCATGGCTGCC  246
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGTTTCCTGA-TCTC-GAGATGGAGAGAATCTGAGGCTTTCATGGCTG-C  238

seq1  TTGAGTGGCTCCTCTCCCATGGTCTCCCTAAAGTGACAGACCACACCCTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGGCTCCTCTCCCATGGTCTCCCTAAAGTGACAGACCACACCCTC  288

seq1  TCCAACCATAAGGCAGAACAAATTCTCTGAGCTGGGAATGGGGCAGTCAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCATAAGGCAGAACAAATTCTCTGAGCTGGGAATGGGGCAGTCAC  338

seq1  TAGAGTGATTGTCAAACCCACATGAAGCTCTGGGTTCAGTCTCAGCACTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTGATTGTCAAACCCACATGAAGCTCTGGGTTCAGTCTCAGCACTC  388

seq1  TTCAGACTGGGTGTGGTGATGCACACCTGTAATCCCAGCCCTTGGGATCG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACTGGGTGTGGTGATGCACACCTGTAATCCCAGCCCTTGGGATCG  438

seq1  AGAGTTCAAGGTCATCCTCAGCTACAAAGGGAGTGTGAGGACAGCCTGGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAAGGTCATCCTCAGCTACAAAGGGAGTGTGAGGACAGCCTGGG  488

seq1  TTACACGAAACTCTGTCTCAAAAATAAATCCAGCCGGGCATGGTGGCACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACGAAACTCTGTCTCAAAAATAAATCCAGCCGGGCATGGTGGCACA  538

seq1  CGCCCTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTT  588

seq1  CGAGACCAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCTAGGGCTACAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACCAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCTAGGGCTACAC  638

seq1  AGAGAAACCCCATCTCGAAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAATCAACAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAACCCCATCTCGAAAAACAAAAAACAAAACAAAACAAATCAACAA  688

seq1  ATAGATGAAAAACAAAAAAAAAAACAAAACAAAACAAATCAACAAATAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGAAAAACAAAAAAAAAAACAAAACAAAACAAATCAACAAATAGA  738

seq1  TGAATAACCCCTCCTTTAATTTCGTCTTAGGAGCAGGTGGTCACAGTGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACCCCTCCTTTAATTTCGTCTTAGGAGCAGGTGGTCACAGTGAT  788

seq1  GAGGGAAAGACCTGACTAAATGACAGCAGCCAAGTCACAGCAGCCAAGTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAAGACCTGACTAAATGACAGCAGCCAAGTCACAGCAGCCAAGTC  838

seq1  AGGGACGGGAGACAGCTCTCCTTGCTCAAGAGCTGTCGGTGCACAGTTTT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACGGGAGACAGCTCTCCTTGCTCAAGAGCTGTCGGTGCACAGTTTT  888

seq1  ATCAGCGTGTGAAACTTTTGGGTCACGACATCCCAGTGCCACGTGAAATA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCGTGTGAAACTTTTGGGTCACGACATCCCAGTGCCACGTGAAATA  938

seq1  GTGTGCTCCACAGTCTTGTAAATGCAGTGTGCCCACGCCAAGGCCTCGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTCCACAGTCTTGTAAATGCAGTGTGCCCACGCCAAGGCCTCGCT  988

seq1  GTGAACACTAGCCTCTCTCCTTATGGGAGCTGCAGGGGTAGAAACCTGTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACACTAGCCTCTCTCCTTATGGGAGCTGCAGGGGTAGAAACCTGTG  1038

seq1  AAGTTGCCTTATTTATGAAAGTGTTAATTTAGCTAGGAGTAGGTAGATGA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGCCTTATTTATGAAAGTGTTAATTTAGCTAGGAGTAGGTAGATGA  1088

seq1  TGTGTGACTTGGTAAATACGGAGCAGACAATGAAAAGACCTGTTAATTTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGACTTGGTAAATACGGAGCAGACAATGAAAAGACCTGTTAATTTC  1138

seq1  GCTCTTGAATTCACATTTTGGGAAATGTTTATAAACTGAGAATTC  1191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGAATTCACATTTTGGGAAATGTTTATAAACTGAGAATTC  1183

seq1: chr4_124726565_124727608
seq2: B6Ng01-313A05.g_65_1103

seq1  GAATTCAGCGGGTCTCTGGAAGTGATGGCTTTGGGTTTTGTTTCTGTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCGGGTCTCTGGAAGTGATGGCTTTGGGTTTTGTTTCTGTATT  50

seq1  CCATCATTGGGATCCTTATAGCTCTGGTCTCCTGGAAATACCTCTTAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATTGGGATCCTTATAGCTCTGGTCTCCTGGAAATACCTCTTAACT  100

seq1  AAAGCAAGATGGCTCCATTTGGGTATCTTTTTCCAGCATGCTGTTAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAAGATGGCTCCATTTGGGTATCTTTTTCCAGCATGCTGTTAGGTG  150

seq1  GCAGTGGGGCACACACCTAAAGTCGAGGCGGACCAGCCAAGGACACACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGGCACACACCTAAAGTCGAGGCGGACCAGCCAAGGACACACAG  200

seq1  AGAAACTCTGTCTTAGGGGAAAAAAAAGACTCAGTGTTCCTGAGATTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTCTGTCTTAGGGGAAAAAAAAGACTCAGTGTTCCTGAGATTGAC  250

seq1  ATTATCTGGCTTTCTTCCCCCTTCTCTCAAAACCACAACCAACCAAGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGGCTTTCTTCCCCCTTCTCTCAAAACCACAACCAACCAAGTAC  300

seq1  AGCAGTTCCCCTGTCTCTCTGCTCTGTAAGTGGTATCATTCATTCACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCCCCTGTCTCTCTGCTCTGTAAGTGGTATCATTCATTCACTCA  350

seq1  TTAATCCATTCATTTAGCAACCAGAGTGGAGCTCCTAGCCCTCTGGGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCATTCATTTAGCAACCAGAGTGGAGCTCCTAGCCCTCTGGGGCA  400

seq1  GAGGGGCCACCATGAAAAGCAGGCAGGTCCCTGCCCTGATATACTTAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGCCACCATGAAAAGCAGGCAGGTCCCTGCCCTGATATACTTAGAT  450

seq1  TCTAGTAGGGTGTGGAGGTCGGGTGTGTAAGTGCAAGTACATGTGTGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTAGGGTGTGGAGGTCGGGTGTGTAAGTGCAAGTACATGTGTGTAG  500

seq1  TGGATGTCAGATACGTGTAGTAGATGTCCACTCTACTTCTACAGGTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTCAGATACGTGTAGTAGATGTCCACTCTACTTCTACAGGTTTCT  550

seq1  GACTCTAGTGAGATTCTGATTTTAACTTCTGAAATTAGTGGAGACCCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAGTGAGATTCTGATTTTAACTTCTGAAATTAGTGGAGACCCCAC  600

seq1  AAATCATGGACTTGAGCCTCACAGCCTGCTTCCCCTTAGCATTACAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATGGACTTGAGCCTCACAGCCTGCTTCCCCTTAGCATTACAGTTA  650

seq1  CACTCAGCTACAAATTCAAGGCTCTGGGGTGTGATTTGCTAGAAGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCTACAAATTCAAGGCTCTGGGGTGTGATTTGCTAGAAGAGAAA  700

seq1  CTTAGCAAAGTACTTTTATCTGTGATTACCAGTTCATCACAAAGGCTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCAAAGTACTTTTATCTGTGATTACCAGTTCATCACAAAGGCTAAT  750

seq1  GGTTGGAGCAGCTCAATGGAAGCCCTGCCTAAGGCAAGGTAGAGAACAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGAGCAGCTCAATGGAAGCCCTGCCTAAGGCAAGGTAGAGAACAGC  800

seq1  TGTAGAGGAAATATCTTGTGTCTGTGTGGATATGGCCTATCACTTTGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGGAAATATCTTGTGTCTGTGTGGATATGGCCTATCACTTTGGCA  850

seq1  GGTAATAGTAGGTGGAGCATCCTGTAGGCTAAAGGATTCTGGGATAGTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATAGTAGGTGGAGCATCCTGTAGGCTAAAGGATTCTGGGATAGTTC  900

seq1  CAGGCATGGGAGATTCACCCAGGAAGATGTCAGGAGACAGAGGCATGGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGGGAGATTCACCCAGGAAGATGTCAGGAGACAGAGGCATGGTA  950

seq1  TCTGAGCACAGGTAACCAGCCATGTGACAAAATGTAGATTGGAGTTATTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||
seq2  TCTGAGCACAGGTAACCAGCCATGTGAC-AAATGTAGATTGAGTTTATTT  999

seq1  GAAGTTATGATCTAGTAAGAGAAGAGCCTAAGTATATGGCCAAG  1044
      |||||||||||||||| |||| |||||   ||||||||| ||||
seq2  GAAGTTATGATCTAGT-AGAG-AGAGC--TAGTATATGGGCAAG  1039