BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314I15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 30,588,597 - 30,746,071
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC619906
Upstream geneLOC665185
Downstream geneLOC100040864, LOC100040891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314I15.bB6Ng01-314I15.g
ACCGA105442GA105443
length1,1321,095
definitionB6Ng01-314I15.b B6Ng01-314I15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,588,597 - 30,589,715)(30,744,978 - 30,746,071)
sequence
gaattcaaaaacctcacttctttccaagcatgttttctctgtgagatcag
ggtatgagccctcaactgttcaatcactttgccaccataaaggataaccc
tcgaaaactataagccaacttaaatgctttcttttataagttgctttggt
catgatgttttaacatactaatagaacaggaactaggcactacccattct
agtttaatcactgagcctcagaacatacatataaaacttgacatcctgct
gtttttttgacaaaaagaagtaaggtaaaaagtctttagagattctatca
gttctacaacactaaattgtgcacttaaaatagtttgttcaagacactac
atgaacatttaggatattttctaagctgctgtgttttgtaatgggcttct
cattatggtgatgtgaaaactgatggaaaattgagaagctggagactaga
tggaattcctcagctctttggttgtactgctcttaaaaatgaattttgta
tgttttccaaaacatcctggttcactccttagatgcttttgtagaaacat
tatcattatgaaattcattctcccactcaggtacttaacttacagtacag
ataggtgaccacctgttcttccatattctcctcacattaccatcaactac
aaagtggcagagccaaacaggctctcataaaacctcagctgatccaatga
catgctcttgtacttccaaaactacatttaattataagttagacatctta
ggatttctgttacagcaatagaaaattgatggccatacaagtattatatt
gataatagaattaaaattttcaaaatatttataattgcttggtttgttat
atagttactgagtatccatatgggtttcagacatgatttatgttattgca
gatctatatgagatgcataaatctataaactgaaacttagaattttgggg
agacagaataaaaagttaagttgggaaaaatatttaagtggagttcacat
agtataattattgtaccatttaggaacaaaatggcatttaccaaatacat
gacaaggaatacctaatcaattattgcactccaccaagctctttattaag
ctgatgatggcctgacctacccaatggaccat

gaattctagacacttggcaagtctataaaaaatgttacataggaacttgc
atcaattgtcatacatttactgccagatatattaattttcaatagaattt
caatggagtattagtgataaccagttaaataaatctgagatcctgatgca
tataaaacacggtagttccacggtaatgtgaagtctgtgctcattgttca
ggaattcacttatttattttcttactttatgggtgctgtgatgcctcata
aaatttcatattagcagtgtctcctgctaggaaaataacatgacagttaa
gttaatttgcatttctctactgtagatatttagcttcacatatttgtgtc
actatgtatattttcatctgttttatagaacatcttcctggacagtaatg
agttggagtggagaagcaggttgtgacctgatatttaaatatatatttgc
atactattacagaaagtgaagggagtttaggactattttagaagtgttag
gaacagagctgtggaacaaagcatggtagtttcctagataaacttgaagt
gctattttttctttctggcctccttgaccagagctaccaagatgccagaa
gtcaatagtcaggagagagcatcctactgacctgaccctatgtgtgcttg
aatctgtaagatttatgtgagaagataccttgttggtttcgctcacctca
gaacctgacacttactttagcaattacaaaatatttgctaattcattaac
tagaataaagtgcaatgctatttctacctcttcaggaaacaaagagaatg
ggaataaagttctgttcaggcagcgtggactaaagattgaagctggccag
actgtctgtgagacacttgcaacaccatggtactgtgtggcaaagagaag
ggctggagaggaaagtcttgatgcctatgatatttagacactctttctga
gggacgcagtgagactgaggaggcttagaacacagaccatgtcacttgac
ggctgcatgttccagggagtgaacacaacttcaggatatgagaaaattac
aacaaggcaatgacatgtcatgctggaagatgggttcaattccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_30588597_30589715
seq2: B6Ng01-314I15.b_45_1176

seq1  GAATTCAAAAACCTCACTTCTTTCCAAGCATGTTTTCTCTGTGAGATCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAACCTCACTTCTTTCCAAGCATGTTTTCTCTGTGAGATCAG  50

seq1  GGTATGAGCCCTCAACTGTTCAATCACTTTGCCACCATAAAGGATAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGAGCCCTCAACTGTTCAATCACTTTGCCACCATAAAGGATAACCC  100

seq1  TCGAAAACTATAAGCCAACTTAAATGCTTTCTTTTATAAGTTGCTTTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAAACTATAAGCCAACTTAAATGCTTTCTTTTATAAGTTGCTTTGGT  150

seq1  CATGATGTTTTAACATACTAATAGAACAGGAACTAGGCACTACCCATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGTTTTAACATACTAATAGAACAGGAACTAGGCACTACCCATTCT  200

seq1  AGTTTAATCACTGAGCCTCAGAACATACATATAAAACTTGACATCCTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAATCACTGAGCCTCAGAACATACATATAAAACTTGACATCCTGCT  250

seq1  GTTTTTTTGACAAAAAGAAGTAAGGTAAAAAGTCTTTAGAGATTCTATCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTTGACAAAAAGAAGTAAGGTAAAAAGTCTTTAGAGATTCTATCA  300

seq1  GTTCTACAACACTAAATTGTGCACTTAAAATAGTTTGTTCAAGACACTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTACAACACTAAATTGTGCACTTAAAATAGTTTGTTCAAGACACTAC  350

seq1  ATGAACATTTAGGATATTTTCTAAGCTGCTGTGTTTTGTAATGGGCTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACATTTAGGATATTTTCTAAGCTGCTGTGTTTTGTAATGGGCTTCT  400

seq1  CATTATGGTGATGTGAAAACTGATGGAAAATTGAGAAGCTGGAGACTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGGTGATGTGAAAACTGATGGAAAATTGAGAAGCTGGAGACTAGA  450

seq1  TGGAATTCCTCAGCTCTTTGGTTGTACTGCTCTTAAAAATGAATTTTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTCCTCAGCTCTTTGGTTGTACTGCTCTTAAAAATGAATTTTGTA  500

seq1  TGTTTTCCAAAACATCCTGGTTCACTCCTTAGATGCTTTTGTAGAAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCCAAAACATCCTGGTTCACTCCTTAGATGCTTTTGTAGAAACAT  550

seq1  TATCATTATGAAATTCATTCTCCCACTCAGGTACTTAACTTACAGTACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTATGAAATTCATTCTCCCACTCAGGTACTTAACTTACAGTACAG  600

seq1  ATAGGTGACCACCTGTTCTTCCATATTCTCCTCACATTACCATCAACTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGACCACCTGTTCTTCCATATTCTCCTCACATTACCATCAACTAC  650

seq1  AAAGTGGCAGAGCCAAACAGGCTCTCATAAAACCTCAGCTGATCCAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGCAGAGCCAAACAGGCTCTCATAAAACCTCAGCTGATCCAATGA  700

seq1  CATGCTCTTGTACTTCCAAAACTACATTTAATTATAAGTTAGACATCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCTTGTACTTCCAAAACTACATTTAATTATAAGTTAGACATCTTA  750

seq1  GGATTTCTGTTACAGCAATAGAAAATTGATGGCCATACAAGTATTATATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCTGTTACAGCAATAGAAAATTGATGGCCATACAAGTATTATATT  800

seq1  GATAATAGAATTAAAATTTTCAAAATATTTATAATTGCTTGGTTTGTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAGAATTAAAATTTTCAAAATATTTATAATTGCTTGGTTTGTTAT  850

seq1  ATAGTTACTGAGTATCCATAT-GGTTTCAGACATGATTTATGTTATTGCA  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACTGAGTATCCATATGGGTTTCAGACATGATTTATGTTATTGCA  900

seq1  GATCTATATGAGATGCATAAATCTATAAACTG-AACTTAGAATTTTGGGG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATCTATATGAGATGCATAAATCTATAAACTGAAACTTAGAATTTTGGGG  950

seq1  AGACAGAATAAAAAAGTAAGTTGG--AAAATATTTAAGGTGAGTTCACAT  996
      ||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||
seq2  AGACAGAATAAAAAGTTAAGTTGGGAAAAATATTTAAGTGGAGTTCACAT  1000

seq1  AGTATA--TATTGTACCATTAAG--ACAAAAT-GCATT--ACAAATACAT  1039
      ||||||  |||||||||||| ||  ||||||| |||||   |||||||||
seq2  AGTATAATTATTGTACCATTTAGGAACAAAATGGCATTTACCAAATACAT  1050

seq1  GACAAGGAAATACT-ATCAATTA-TGCACT-CAACAAGCCTTCTTTATT-  1085
      |||||||||   || |||||||| |||||| || |||||  |||||||| 
seq2  GACAAGGAATACCTAATCAATTATTGCACTCCACCAAGC--TCTTTATTA  1098

seq1  AGCTGATGTTGGCTGAACTTACAAAATGGACCAT  1119
      |||||||| ||||   || |||  ||||||||||
seq2  AGCTGATGATGGCCTGACCTACCCAATGGACCAT  1132


seq1: chr4_30744978_30746071
seq2: B6Ng01-314I15.g_66_1160 (reverse)

seq1  TTGGAA-TGA--CCATCTT-CAGCATGACATGTCATTTGCCCTTTGTTGT  46
      |||||| |||  ||||||| ||||||||||||||| |||||  |||||||
seq2  TTGGAATTGAACCCATCTTCCAGCATGACATGTCA-TTGCC--TTGTTGT  47

seq1  AA-TTTCTCATATTCCTGAAGTTGTTGTCACTCCCTGG-ACATGCAGCCC  94
      || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||||| ||
seq2  AATTTTCTCATA-TCCTGAAGTTGTGTTCACTCCCTGGAACATGCAG-CC  95

seq1  GTCAAGTTGACATGGTCTGTGTTCTAAGCCTCCTCAGTCTCACTGCGTCC  144
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAG-TGACATGGTCTGTGTTCTAAGCCTCCTCAGTCTCACTGCGTCC  144

seq1  CTCAG-AAGAGTGTCTAAATATCATAGGCATCAAGACTTTCCTCTCCAGC  193
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAAGAGTGTCTAAATATCATAGGCATCAAGACTTTCCTCTCCAGC  194

seq1  CCTTCTCTTTGCCACACAGTACCATGGTGTTGCAAGTGTCTCACAGACAG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCTTTGCCACACAGTACCATGGTGTTGCAAGTGTCTCACAGACAG  244

seq1  TCTGGCCAGCTTCAATCTTTAGTCCACGCTGCCTGAACAGAACTTTATTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCAGCTTCAATCTTTAGTCCACGCTGCCTGAACAGAACTTTATTC  294

seq1  CCATTCTCTTTGTTTCCTGAAGAGGTAGAAATAGCATTGCACTTTATTCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTCTTTGTTTCCTGAAGAGGTAGAAATAGCATTGCACTTTATTCT  344

seq1  AGTTAATGAATTAGCAAATATTTTGTAATTGCTAAAGTAAGTGTCAGGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATGAATTAGCAAATATTTTGTAATTGCTAAAGTAAGTGTCAGGTT  394

seq1  CTGAGGTGAGCGAAACCAACAAGGTATCTTCTCACATAAATCTTACAGAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTGAGCGAAACCAACAAGGTATCTTCTCACATAAATCTTACAGAT  444

seq1  TCAAGCACACATAGGGTCAGGTCAGTAGGATGCTCTCTCCTGACTATTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCACACATAGGGTCAGGTCAGTAGGATGCTCTCTCCTGACTATTGA  494

seq1  CTTCTGGCATCTTGGTAGCTCTGGTCAAGGAGGCCAGAAAGAAAAAATAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGCATCTTGGTAGCTCTGGTCAAGGAGGCCAGAAAGAAAAAATAG  544

seq1  CACTTCAAGTTTATCTAGGAAACTACCATGCTTTGTTCCACAGCTCTGTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCAAGTTTATCTAGGAAACTACCATGCTTTGTTCCACAGCTCTGTT  594

seq1  CCTAACACTTCTAAAATAGTCCTAAACTCCCTTCACTTTCTGTAATAGTA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAACACTTCTAAAATAGTCCTAAACTCCCTTCACTTTCTGTAATAGTA  644

seq1  TGCAAATATATATTTAAATATCAGGTCACAACCTGCTTCTCCACTCCAAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATATATATTTAAATATCAGGTCACAACCTGCTTCTCCACTCCAAC  694

seq1  TCATTACTGTCCAGGAAGATGTTCTATAAAACAGATGAAAATATACATAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACTGTCCAGGAAGATGTTCTATAAAACAGATGAAAATATACATAG  744

seq1  TGACACAAATATGTGAAGCTAAATATCTACAGTAGAGAAATGCAAATTAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAAATATGTGAAGCTAAATATCTACAGTAGAGAAATGCAAATTAA  794

seq1  CTTAACTGTCATGTTATTTTCCTAGCAGGAGACACTGCTAATATGAAATT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACTGTCATGTTATTTTCCTAGCAGGAGACACTGCTAATATGAAATT  844

seq1  TTATGAGGCATCACAGCACCCATAAAGTAAGAAAATAAATAAGTGAATTC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGCATCACAGCACCCATAAAGTAAGAAAATAAATAAGTGAATTC  894

seq1  CTGAACAATGAGCACAGACTTCACATTACCGTGGAACTACCGTGTTTTAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAATGAGCACAGACTTCACATTACCGTGGAACTACCGTGTTTTAT  944

seq1  ATGCATCAGGATCTCAGATTTATTTAACTGGTTATCACTAATACTCCATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCAGGATCTCAGATTTATTTAACTGGTTATCACTAATACTCCATT  994

seq1  GAAATTCTATTGAAAATTAATATATCTGGCAGTAAATGTATGACAATTGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTATTGAAAATTAATATATCTGGCAGTAAATGTATGACAATTGA  1044

seq1  TGCAAGTTCCTATGTAACATTTTTTATAGACTTGCCAAGTGTCTAGAATT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTTCCTATGTAACATTTTTTATAGACTTGCCAAGTGTCTAGAATT  1094

seq1  C  1094
      |
seq2  C  1095


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |