BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-316O01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 86,043,617 - 86,204,547
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamtsl1, 4930500O09Rik
Upstream geneA930009N24, LOC668052
Downstream geneRraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-316O01.bB6Ng01-316O01.g
ACCGA107164GA107165
length1,052904
definitionB6Ng01-316O01.b B6Ng01-316O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,043,617 - 86,044,663)(86,203,633 - 86,204,547)
sequence
gaattcccaggccactgcccttcctagcgtacccaataggaacgatgtga
ataagtctggtgtccccaaaatagacaggtattgagaggccaccagtggg
aaaatggggaactccacacttgccctaataaatccttcctcaccatgaaa
tggctcttgaaaacaccccctcgtgttctgtgccccctctgtgtttgtgt
ggtgctagactggcaggtttacagcagctgcagggcccaagggcaaacta
gagaagaaaaagggcaggattgtgtctcggggtttgttaggatctgtgaa
aggagagacagaccctcctgcctcagttctcagccagctttatagaggaa
aaggcgcctccgttggaagggccatttccaaatgcacagcatctggttcc
tcactgggataaataacccagccctcagaattgggcttgtgagacttaaa
tgagaagctctgtgcagtgtgcctagctcagtgcccaggacaaaaattaa
agctaatatgtgttcctttttgccctttgtacttctgttgtcataaacct
aagagtctattctcttcttcactgtggcctacactaagctcttccttgga
tttagggacagttgctggctgccaagtgtcaaatgttaagaagtagctca
gaagatgggtgcctgattagagggcccatgtgtggtaccttctgggtagg
agcacagaggtcctggcccatgcatgcccttaacatgaagggactctttg
gtttaaaaagatcagcccatgagtgataacagtaatgtaatagaagaata
atggtaatgtaatagcagtataatagaaggagacatgagggtgaagcagc
cactctgaaaattattaaaagaccaaggctgcaaggcttggtcctctcat
aaaagactttttcccttccatcctctattgtccatgctgcctaatggggc
ccttcccctgcatttcagagcatggcccgatgatcagggcaggttctaga
accagcaaggctgggctattgcttactttctgacagctggaatagcaaca
ga

gaattcagggtcaatattctggaggtccgggcatgcatttcctccagacg
gacaatgtgtcctagggatggaaagtgccacccgacaagatacttttcat
tgtctttgcattatgtgaccgtgctgttggttaactctgggactcggagg
cttcctaaagccctccaaggtatcttccatcttccttccaagttccagtg
ggagagtccctgtcttgggtctgccaggtgagatactaggtgaagtctga
cctcacaggaggcccttatgatgtcattgccacctcaagatgccctcctc
tgtgactttgaaggtcatagaggactcagtcctgggccctgtggcttgca
ggggccaggctgtgctggcaggtgggtgcttcccactggccgcagtggca
gcagcttacagacgtgagccggcctggcttgctgtctgtgctaagtgctg
cctgtttgcccaaggccagcctcaggaaaggaatagactacagaattttg
caaaagggccacctaagtttccttctgagcaaaacagcatcggtcaaggc
accgaagaagtgtgatcgttgtcccaggcagctgggatcctctaggcgat
tgccttagtggaaagtccgaggtgaaggatggggaagaggacttgcatct
gcaacctgtgctcctgcgggtaaggtagtcctcccaagggcaatctgggg
aggggagcctgattttcacactccctagggtgccaagcccctttcctgga
acgaagacaggatgtgtcttcttcatcccgctgcttcgctaggcagcatc
gcactggattcgggttttaaactgcaacattgttgactaatatttgatgc
acacatgtcgaatcagcgctgatcaggtagtgtgtgtgtgtgtgttgtgt
gtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_86043617_86044663
seq2: B6Ng01-316O01.b_50_1101

seq1  GAATTCCCAGGCCACTGCCCTTCCTAGCGTACCCAATAGGAACGATGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGCCACTGCCCTTCCTAGCGTACCCAATAGGAACGATGTGA  50

seq1  ATAAGTCTGGTGTCCCCAAAATAGACAGGTATTGAGAGGCCACCAGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTCTGGTGTCCCCAAAATAGACAGGTATTGAGAGGCCACCAGTGGG  100

seq1  AAAATGGGGAACTCCACACTTGCCCTAATAAATCCTTCCTCACCATGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGGAACTCCACACTTGCCCTAATAAATCCTTCCTCACCATGAAA  150

seq1  TGGCTCTTGAAAACACCCCCTCGTGTTCTGTGCCCCCTCTGTGTTTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTTGAAAACACCCCCTCGTGTTCTGTGCCCCCTCTGTGTTTGTGT  200

seq1  GGTGCTAGACTGGCAGGTTTACAGCAGCTGCAGGGCCCAAGGGCAAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTAGACTGGCAGGTTTACAGCAGCTGCAGGGCCCAAGGGCAAACTA  250

seq1  GAGAAGAAAAAGGGCAGGATTGTGTCTCGGGGTTTGTTAGGATCTGTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAAAAGGGCAGGATTGTGTCTCGGGGTTTGTTAGGATCTGTGAA  300

seq1  AGGAGAGACAGACCCTCCTGCCTCAGTTCTCAGCCAGCTTTATAGAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGACAGACCCTCCTGCCTCAGTTCTCAGCCAGCTTTATAGAGGAA  350

seq1  AAGGCGCCTCCGTTGGAAGGGCCATTTCCAAATGCACAGCATCTGGTTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGCCTCCGTTGGAAGGGCCATTTCCAAATGCACAGCATCTGGTTCC  400

seq1  TCACTGGGATAAATAACCCAGCCCTCAGAATTGGGCTTGTGAGACTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGATAAATAACCCAGCCCTCAGAATTGGGCTTGTGAGACTTAAA  450

seq1  TGAGAAGCTCTGTGCAGTGTGCCTAGCTCAGTGCCCAGGACAAAAATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGCTCTGTGCAGTGTGCCTAGCTCAGTGCCCAGGACAAAAATTAA  500

seq1  AGCTAATATGTGTTCCTTTTTGCCCTTTGTACTTCTGTTGTCATAAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATATGTGTTCCTTTTTGCCCTTTGTACTTCTGTTGTCATAAACCT  550

seq1  AAGAGTCTATTCTCTTCTTCACTGTGGCCTACACTAAGCTCTTCCTTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCTATTCTCTTCTTCACTGTGGCCTACACTAAGCTCTTCCTTGGA  600

seq1  TTTAGGGACAGTTGCTGGCTGCCAAGTGTCAAATGTTAAGAAGTAGCTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGACAGTTGCTGGCTGCCAAGTGTCAAATGTTAAGAAGTAGCTCA  650

seq1  GAAGATGGGTGCCTGATTAGAGGGCCCATGTGTGGTACCTTCTGGGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGGTGCCTGATTAGAGGGCCCATGTGTGGTACCTTCTGGGTAGG  700

seq1  AGCACAGAGGTCCTGGCCCATGCATGCCCTTAACATGAAGGGACTCTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAGGTCCTGGCCCATGCATGCCCTTAACATGAAGGGACTCTTTG  750

seq1  GTTTAAAAAGATCAGCCCATGAGTGATAACAGTAATGTAATAGAAGAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAAGATCAGCCCATGAGTGATAACAGTAATGTAATAGAAGAATA  800

seq1  ATGGTAATGTAATAGCAGTATAATAGAAGGAGACATGAGGGTGAAGCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAATGTAATAGCAGTATAATAGAAGGAGACATGAGGGTGAAGCAGC  850

seq1  CACTCTGAAAATTAATAAAAGACCAAGGCTGCAAGGCTTGGTCCTCTCAT  900
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGAAAATTATTAAAAGACCAAGGCTGCAAGGCTTGGTCCTCTCAT  900

seq1  AAAAGAC-TTTTCCCTTCCATCCTCTATTGTCCATGCTGCCTAATGGGGC  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACTTTTTCCCTTCCATCCTCTATTGTCCATGCTGCCTAATGGGGC  950

seq1  CCTTCCCCTGCATTTCAGAGCATGGCACGATGATCAGGGCAGGTTCTAGA  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCCTGCATTTCAGAGCATGGCCCGATGATCAGGGCAGGTTCTAGA  1000

seq1  ACCAGC-AGGCTTGGCTA-TGC-TACCTACTGACAGCT-GAATAGCCACA  1045
      |||||| ||||| ||||| ||| ||| | ||||||||| ||||||| |||
seq2  ACCAGCAAGGCTGGGCTATTGCTTACTTTCTGACAGCTGGAATAGCAACA  1050

seq1  GA  1047
      ||
seq2  GA  1052


seq1: chr4_86203633_86204547
seq2: B6Ng01-316O01.g_69_972 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACTACCTGATCAGCGC  50
                ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ----------ACACACACA-ACACACACACACACACTACCTGATCAGCGC  39

seq1  TGATTCGACATGTGTGCATCAAATATTAGTCAACAATGTTGCAGTTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCGACATGTGTGCATCAAATATTAGTCAACAATGTTGCAGTTTAAA  89

seq1  ACCCGAATCCAGTGCGATGCTGCCTAGCGAAGCAGCGGGATGAAGAAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGAATCCAGTGCGATGCTGCCTAGCGAAGCAGCGGGATGAAGAAGAC  139

seq1  ACATCCTGTCTTCGTTCCAGGAAAGGGGCTTGGCACCCTAGGGAGTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTGTCTTCGTTCCAGGAAAGGGGCTTGGCACCCTAGGGAGTGTGA  189

seq1  AAATCAGGCTCCCCTCCCCAGATTGCCCTTGGGAGGACTACCTTACCCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAGGCTCCCCTCCCCAGATTGCCCTTGGGAGGACTACCTTACCCGC  239

seq1  AGGAGCACAGGTTGCAGATGCAAGTCCTCTTCCCCATCCTTCACCTCGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCACAGGTTGCAGATGCAAGTCCTCTTCCCCATCCTTCACCTCGGA  289

seq1  CTTTCCACTAAGGCAATCGCCTAGAGGATCCCAGCTGCCTGGGACAACGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACTAAGGCAATCGCCTAGAGGATCCCAGCTGCCTGGGACAACGA  339

seq1  TCACACTTCTTCGGTGCCTTGACCGATGCTGTTTTGCTCAGAAGGAAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTTCTTCGGTGCCTTGACCGATGCTGTTTTGCTCAGAAGGAAACT  389

seq1  TAGGTGGCCCTTTTGCAAAATTCTGTAGTCTATTCCTTTCCTGAGGCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGCCCTTTTGCAAAATTCTGTAGTCTATTCCTTTCCTGAGGCTGG  439

seq1  CCTTGGGCAAACAGGCAGCACTTAGCACAGACAGCAAGCCAGGCCGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGCAAACAGGCAGCACTTAGCACAGACAGCAAGCCAGGCCGGCTC  489

seq1  ACGTCTGTAAGCTGCTGCCACTGCGGCCAGTGGGAAGCACCCACCTGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTGTAAGCTGCTGCCACTGCGGCCAGTGGGAAGCACCCACCTGCCA  539

seq1  GCACAGCCTGGCCCCTGCAAGCCACAGGGCCCAGGACTGAGTCCTCTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCCTGGCCCCTGCAAGCCACAGGGCCCAGGACTGAGTCCTCTATG  589

seq1  ACCTTCAAAGTCACAGAGGAGGGCATCTTGAGGTGGCAATGACATCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAAAGTCACAGAGGAGGGCATCTTGAGGTGGCAATGACATCATAA  639

seq1  GGGCCTCCTGTGAGGTCAGACTTCACCTAGTATCTCACCTGGCAGACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCCTGTGAGGTCAGACTTCACCTAGTATCTCACCTGGCAGACCCA  689

seq1  AGACAGGGACTCTCCCACTGGAACTTGGAAGGAAGATGGAAGATACCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGGACTCTCCCACTGGAACTTGGAAGGAAGATGGAAGATACCTTG  739

seq1  GAGGGCTTTAGGAAGCCTCCGAGTCCCAGAGTTAACCAACAGCACGGTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTTTAGGAAGCCTCCGAGTCCCAGAGTTAACCAACAGCACGGTCA  789

seq1  CATAATGCAAAGACAATGAAAAGTATCTTGTCGGGTGGCACTTTCCATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGCAAAGACAATGAAAAGTATCTTGTCGGGTGGCACTTTCCATCC  839

seq1  CTAGGACACATTGTCCGTCTGGAGGAAATGCATGCCCGGACCTCCAGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACACATTGTCCGTCTGGAGGAAATGCATGCCCGGACCTCCAGAAT  889

seq1  ATTGACCCTGAATTC  915
      |||||||||||||||
seq2  ATTGACCCTGAATTC  904


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |