BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317D04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 128,016,697 - 128,131,651
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGjb4, Gjb5, LOC667296, LOC635169, 4930465A12Rik, Hmgb4, 4930546G22Rik
Downstream geneZscan20, Tlr12, Phc2, A3galt2, BC039093, LOC667354, Trim62, Adc, Ak2, Ibrdc3, Tmem54, Hpca, Fndc5, S100pbp, Yars, C77080, Sync, Rbbp4, Zbtb8os, 2410081M15Rik, LOC100039588, Zbtb8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317D04.bB6Ng01-317D04.g
ACCGA107404GA107405
length1,218935
definitionB6Ng01-317D04.b B6Ng01-317D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,130,438 - 128,131,651)(128,016,697 - 128,017,627)
sequence
gaattctgtgtccttgagactacctagctgttctcaaggtgaaatgctca
acagatgttactgttgtttatccagttatataagagtacctacagtggga
aagagaagtcaaaagtctatccataccaagttcagccatggaatgcccac
ttatggagcacagctcacttggtacctcctgctgcctcagcttcctcagt
tggtttttgtatgatgttgtgggtgtctgattggaagatgttatctctat
ctgttgctatttcttctttcacttgaatatctcagcagaagggctgctgc
tctgttctgcctggggcaggctccacttgcaactccagctgcctgcccta
aatgggcttccccattgacatctgctggctgctttgagcacctgccttga
tcacagtttgctctctcactccttagtcattcttttactttggcttgatg
cacacttaataaagtaactccttcagagcaaacaacatggctaccgtagg
tcatgctcctgactgcatagaatggtcaatagtatataacatagggtcta
taaaatggtcagtctccagggagggacacactcattcttccatggtggtc
cagcctgagcttatcccagggactgagatgacccacagcagtgggacaag
gacgggaaacaagaaagtcactgggaagcagatgtgagataggcatgaac
gaggctttgagactcaggaaaccaccaggcattcagtttgactggagctc
tgggcctgcttggacagatggatgtgcatcagactgtagaaaccgaactc
agaaattcaaaactcacttacaaagagggtagatttattaagggataaac
aaacaaacaaacaaacaaacaaagaggctgcctgttgcttctttgttatt
aagttgcccataagagagagtgccctggaagctagacgagacagagtagc
cagtgtgaagaccaagacatcgttgggatggaagatgataaatggtcagt
cgaggcaggaggtagtagcatgagatggagatgtgggatttgctgtcatg
tgtacatacgtactattcagtggttcactatatacaatacaccaatacag
gtgttcactttgggacatgttctttcagagctatatcacactgtgtggtg
ttggagagagaatttctatcactaagcctgggacttgcaggatggctagg
cctgggagcctcagggag
gaattctcaggggagggcactctgtctgaccctccaatcttccatccacc
atagtggacaactcaggacttctgaattctgcatgctgcagactaagagt
tctttggggatgcgggtgggatcttggtgatgagaatggcggggtgagtc
gggtcgtaccacaggggattattctgctcaaactaaaaataaatggcttt
gtctgacaaagcgttttctatgactgataagtttatgtaaaaattcttca
gagctttaaagatcaaatcgttctcagctccatatggaatagctcttagt
gagggaaaaaattaaattgcatgatatctgcccaggcgtgctctcggtgt
aggtgggaaacactgtctgccaatgttggccccattgagtactaggaacc
gtggcgatatgaggatcagggatagttagcaggggcagctcagaataagc
aaccaaaagctctgttgacacagtagaaccaagcgaggcagagtggggca
gagctgctagctggaggtcctagctaagctaagaaggcaaggcccggcta
tgagacttcccccaggcagtgtggagcttaatttttgaaggttatcttga
gtttcatgggaacaaactgggaggagccaagtcagaaggagatgtattta
tggggagaccgagctcctcgaccccactagccaaaaaatcaatgtgacta
gcaagcagaaggcaggctgaggaaggatagtgagagccgcttagaggcct
tccagggaggagcttgaccctgtgcttctgcagagcagttctagaacatt
tttctagaatcctccggaagggccgaaacccttgaattactgggccagca
agccactcatctccagaaaggagtgtgtcacatgttgctgaaaagagaaa
ggctgggctctactggcagcagtgggttcaactgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_128130438_128131651
seq2: B6Ng01-317D04.b_46_1263 (reverse)

seq1  CTCCCTGAGGCTCCCA-GCCTAGCCTACTTGGCAAGCTCCAGGC-TAGTG  48
      |||||||||||||||| ||||||||  | | |||||  |||||| |||||
seq2  CTCCCTGAGGCTCCCAGGCCTAGCCATCCT-GCAAGTCCCAGGCTTAGTG  49

seq1  AT-GAAATTCTCTCT----CAACACACAAAGTGA-ATAGCTCTTGAAGGA  92
      || ||||||||||||    || ||||||  |||| ||||||| |||| ||
seq2  ATAGAAATTCTCTCTCCAACACCACACAGTGTGATATAGCTC-TGAAAGA  98

seq1  ACAATGTCCAAAGGTGACCA-CTGTA-TGGTGTATGGTATA-GGTG-ACC  138
      || |||||| || |||| || ||||| |||||||| |||||  ||| |||
seq2  AC-ATGTCCCAAAGTGAACACCTGTATTGGTGTATTGTATATAGTGAACC  147

seq1  ACTGAATAGTACGTATGTACACATGACAGCAAATTCCCACATCTCCATCT  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  ACTGAATAGTACGTATGTACACATGACAGCAAA-TCCCACATCTCCATC-  195

seq1  TCATGCTACTACCTCCTGCCTCGACTTGACCATTTATCATCTTCCATCCC  238
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTACTACCTCCTGCCTCGAC-TGACCATTTATCATCTTCCATCCC  244

seq1  AACGATGTCTTGGTCTTCACACTGGCTACTCTGTCTCGTCTAGCCTTCCA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACGATGTCTTGGTCTTCACACTGGCTACTCTGTCTCGTCTAG-CTTCCA  293

seq1  GGGCACTCTCTCTTATGGGCAACTTAATAACAAAGAAGCAAACAGGCAGC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGCACTCTCTCTTATGGGCAACTTAATAACAAAGAAGC-AACAGGCAGC  342

seq1  CTCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATCCCTTAATAAATCTACCC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTATCCCTTAATAAATCTACCC  392

seq1  TCTTTGTAAGTGAGTTTTGAATTTCTGAGTTCGGTTTCTACAGTCTGATG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTAAGTGAGTTTTGAATTTCTGAGTTCGGTTTCTACAGTCTGATG  442

seq1  CACATCCATCTGTCCAAGCAGGCCCAGAGCTCCAGTCAAACTGAATGCCT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCATCTGTCCAAGCAGGCCCAGAGCTCCAGTCAAACTGAATGCCT  492

seq1  GGTGGTTTCCTGAGTCTCAAAGCCTCGTTCATGCCTATCTCACATCTGCT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTTCCTGAGTCTCAAAGCCTCGTTCATGCCTATCTCACATCTGCT  542

seq1  TCCCAGTGACTTTCTTGTTTCCCGTCCTTGTCCCACTGCTGTGGGTCATC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTGACTTTCTTGTTTCCCGTCCTTGTCCCACTGCTGTGGGTCATC  592

seq1  TCAGTCCCTGGGATAAGCTCAGGCTGGACCACCATGGAAGAATGAGTGTG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCCTGGGATAAGCTCAGGCTGGACCACCATGGAAGAATGAGTGTG  642

seq1  TCCCTCCCTGGAGACTGACCATTTTATAGACCCTATGTTATATACTATTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTGGAGACTGACCATTTTATAGACCCTATGTTATATACTATTG  692

seq1  ACCATTCTATGCAGTCAGGAGCATGACCTACGGTAGCCATGTTGTTTGCT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTCTATGCAGTCAGGAGCATGACCTACGGTAGCCATGTTGTTTGCT  742

seq1  CTGAAGGAGTTACTTTATTAAGTGTGCATCAAGCCAAAGTAAAAGAATGA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGAGTTACTTTATTAAGTGTGCATCAAGCCAAAGTAAAAGAATGA  792

seq1  CTAAGGAGTGAGAGAGCAAACTGTGATCAAGGCAGGTGCTCAAAGCAGCC  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAGTGAGAGAGCAAACTGTGATCAAGGCAGGTGCTCAAAGCAGCC  842

seq1  AGCAGATGTCAATGGGGAAGCCCATTTAGGGCAGGCAGCTGGAGTTGCAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGATGTCAATGGGGAAGCCCATTTAGGGCAGGCAGCTGGAGTTGCAA  892

seq1  GTGGAGCCTGCCCCAGGCAGAACAGAGCAGCAGCCCTTCTGCTGAGATAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCCTGCCCCAGGCAGAACAGAGCAGCAGCCCTTCTGCTGAGATAT  942

seq1  TCAAGTGAAAGAAGAAATAGCAACAGATAGAGATAACATCTTCCAATCAG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGAAAGAAGAAATAGCAACAGATAGAGATAACATCTTCCAATCAG  992

seq1  ACACCCACAACATCATACAAAAACCAACTGAGGAAGCTGAGGCAGCAGGA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCACAACATCATACAAAAACCAACTGAGGAAGCTGAGGCAGCAGGA  1042

seq1  GGTACCAAGTGAGCTGTGCTCCATAAGTGGGCATTCCATGGCTGAACTTG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCAAGTGAGCTGTGCTCCATAAGTGGGCATTCCATGGCTGAACTTG  1092

seq1  GTATGGATAGACTTTTGACTTCTCTTTCCCACTGTAGGTACTCTTATATA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGGATAGACTTTTGACTTCTCTTTCCCACTGTAGGTACTCTTATATA  1142

seq1  ACTGGATAAACAACAGTAACATCTGTTGAGCATTTCACCTTGAGAACAGC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATAAACAACAGTAACATCTGTTGAGCATTTCACCTTGAGAACAGC  1192

seq1  TAGGTAGTCTCAAGGACACAGAATTC  1214
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGTCTCAAGGACACAGAATTC  1218

seq1: chr4_128016697_128017627
seq2: B6Ng01-317D04.g_66_1000

seq1  GAATTCTCAGGGGAGGGCACTCTGTCTGACCCTCCAATCTTCCATCCACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGGGAGGGCACTCTGTCTGACCCTCCAATCTTCCATCCACC  50

seq1  ATAGTGGACAACTCAGGACTTCTGAATTCTGCATGCTGCAGACTAAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGACAACTCAGGACTTCTGAATTCTGCATGCTGCAGACTAAGAGT  100

seq1  TCTTTGGGGATGCGGGTGGGATCTTGGTGATGAGAATGGCGGGGTGAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGGGATGCGGGTGGGATCTTGGTGATGAGAATGGCGGGGTGAGTC  150

seq1  GGGTCGTACCACAGGGGATTATTCTGCTCAAACTAAAAATAAATGGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCGTACCACAGGGGATTATTCTGCTCAAACTAAAAATAAATGGCTTT  200

seq1  GTCTGACAAAGCGTTTTCTATGACTGATAAGTTTATGTAAAAATTCTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGACAAAGCGTTTTCTATGACTGATAAGTTTATGTAAAAATTCTTCA  250

seq1  GAGCTTTAAAGATCAAATCGTTCTCAGCTCCATATGGAATAGCTCTTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTAAAGATCAAATCGTTCTCAGCTCCATATGGAATAGCTCTTAGT  300

seq1  GAGGGAAAAAATTAAATTGCATGATATCTGCCCAGGCGTGCTCTCGGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAAAAATTAAATTGCATGATATCTGCCCAGGCGTGCTCTCGGTGT  350

seq1  AGGTGGGAAACACTGTCTGCCAATGTTGGCCCCATTGAGTACTAGGAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGGAAACACTGTCTGCCAATGTTGGCCCCATTGAGTACTAGGAACC  400

seq1  GTGGCGATATGAGGATCAGGGATAGTTAGCAGGGGCAGCTCAGAATAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCGATATGAGGATCAGGGATAGTTAGCAGGGGCAGCTCAGAATAAGC  450

seq1  AACCAAAAGCTCTGTTGACACAGTAGAACCAAGCGAGGCAGAGTGGGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAGCTCTGTTGACACAGTAGAACCAAGCGAGGCAGAGTGGGGCA  500

seq1  GAGCTGCTAGCTGGAGGTCCTAGCTAAGCTAAGAAGGCAAGGCCCGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCTAGCTGGAGGTCCTAGCTAAGCTAAGAAGGCAAGGCCCGGCTA  550

seq1  TGAGACTTCCCCCAGGCAGTGTGGAGCTTAATTTTTGAAGGTTATCTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTTCCCCCAGGCAGTGTGGAGCTTAATTTTTGAAGGTTATCTTGA  600

seq1  GTTTCATGGGAACAAACTGGGAGGAGCCAAGTCAGAAGGAGATGTATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATGGGAACAAACTGGGAGGAGCCAAGTCAGAAGGAGATGTATTTA  650

seq1  TGGGGAGACCGAGCTCCTCGACCCCACTAGCCAAAAAATCAATGTGACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGACCGAGCTCCTCGACCCCACTAGCCAAAAAATCAATGTGACTA  700

seq1  GCAAGCAGAAGGCAGGCTGAGGAAGGATAGTGAGAGCCGC-TAGAGGCC-  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GCAAGCAGAAGGCAGGCTGAGGAAGGATAGTGAGAGCCGCTTAGAGGCCT  750

seq1  TCCAGGGAGGAGCTTGACCCTGTGCTTCTGCAGAGCAGTTCTAGAACATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGAGGAGCTTGACCCTGTGCTTCTGCAGAGCAGTTCTAGAACATT  800

seq1  TTTCTAGAATCCTCCGGAAGGGCCGAAACCCTTGAATTACT-GGCCAGCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTCTAGAATCCTCCGGAAGGGCCGAAACCCTTGAATTACTGGGCCAGCA  850

seq1  AGCCACTCATCTCCAG-AAGGAGTGTGTCACAAGTAGCTGAGAAGAGGAA  896
      |||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||
seq2  AGCCACTCATCTCCAGAAAGGAGTGTGTCACATGTTGCTGAAAAGAGAAA  900

seq1  GGCTGGGCTCTACTGGCAGCAGTGGGTTCAGCTGT  931
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGCTGGGCTCTACTGGCAGCAGTGGGTTCAACTGT  935