BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317D23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 60,618,383 - 60,752,228
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039028, LOC620982, LOC100039054, LOC100039063
Upstream geneHsdl2, E130308A19Rik, LOC100041592, 1110054O05Rik, Snx30, Slc46a2, LOC100041656, Mup4, LOC620807, LOC100041658, LOC620846, Mup2, LOC620882, LOC100041687, LOC667221, LOC100038948, LOC620997, Mup1, LOC620942, LOC100039008
Downstream geneLOC667234, LOC100039089, LOC667239, LOC100039116, LOC667242, LOC100039150, LOC100039019, LOC100039177, LOC621093, LOC100039206, LOC621127, LOC100039228, LOC384021, LOC100039247, LOC667278, Mup5, LOC435785, LOC667295, LOC100039305, LOC546832, OTTMUSG00000007485, Mup3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317D23.bB6Ng01-317D23.g
ACCGA107442GA107443
length1,070987
definitionB6Ng01-317D23.b B6Ng01-317D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,751,143 - 60,752,228)(60,618,383 - 60,619,373)
sequence
gaattctccaagacatgaatgtgctccacaaaaagtctcatgctgccatg
ttcttctatcttttctcttttgtcagaggccaggataatagtgtaccatt
ccccattaatctgtagtagataagcaaatggttaagagagaagaagcagg
gataccacatgtacatgtttccacttgaactccagcctatgcattagggc
ctgagcatacacaggggtatatctcatgccagttgccacaatacttagca
tagtgtccctacctctcagtgagaacagaggtccccaaacattgttagat
ctgagtagctggtcttacttcaaggtctggagccattcatttgtctaata
cattgtggcactataaccattccctcaaagaacccacttgactaaaacat
ttccccaaagcacattctgatcatacatacaattcactgatcgtactttt
tctatattaaagttccttcacatagacctagcttcttctgcatggacaca
gactagggttagtcccaaacacagcagcagcagcagcagctgcatttggt
ctgaaatagaattatctgtgtgtcaggactacgtctttctggtgatgttg
cctacactccactccccagctcctttgcttgtccttatatactctctggg
ttcagtgggttttttttttttttcttcctgtatgggtcgactctacctct
gtcaggctttgtggaatattttctcatttattgatgagagtccaaggatt
gttcctgccattttcaaacttggcaatatcatcacctatggattgattta
gtagtcttacatttctcaaaacatattcccaagaaaacagtgggtgttca
agggaactgtgatctggaactagaggcacctttcgatctggctttgaatc
agaagacagttttgggaggggatgggaaatgaactggaaggacagtatgt
atagatattgctttaggtgagtatggagagtgatgactcactttgcaaag
atcatcatattcatgtgtatggagcatggtttgatggtgtactgaattac
atgcacaggtctgtgcagtg
gaattcttttctttatttcttccttgactcaaggatcattgagtagagaa
tttttcagtttccatgagtttgtgggctttctgttgtttctgtggttgaa
gtctagatttaatgcatgatagtctgataggatactaggagttatttcaa
tgttcttgtatctgttcagatacaagaccaactgctttgtgatcaactat
gtggtcagttttggaaaagattcaatgagatgctaagaagaaggtttttt
ttgtatgtgtttgggtgagatgttctctagatatgtgttaggtccatttg
attcatagcttctgttagtttcattaattctctgcttactcatatatgtc
attagatcattccattggagtatacttttctaagatctttatattttaca
cttcagaaatttcaaacaaaacagtgagtccagactttagtgtttaagag
gtgagtgtgtttatagttcgggagcaaatctacagatacaatcagaaata
aataaattctgatgacccactaactcctgacctctttccagtccacactt
gcccaggtctccagcaacaccattctactctcaagtgctatggaggcaac
tgtgtcagattgtggatgtaattaagatcatgaactacttgtaattccct
tgagtggacatattaaaatttataatgcatttatggttgtatgagggata
tttatatcatgttgtacacaattatgactctgttaaatatataatgcttt
tgagattgtccatgggataggtatataggtataattatgacttggctatt
acttccatttggaagataagcatgaaaagggatatatgaatgtatgtcta
gatgacaaggggtgggcttgtaatggctattcttgttgttaacctcatct
ggaatcaactaaaactttagcaggtcagtacacctttgatagataataaa
tctatcctcttgagaaataaattcattgagatggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_60751143_60752228
seq2: B6Ng01-317D23.b_47_1116 (reverse)

seq1  CACTGCACCAGACCTGTGCATGGTACTCAGGTACACATTCAAAACCAATG  50
      ||||||| ||||||||||||||  | ||| ||||||  |||||  | |||
seq2  CACTGCA-CAGACCTGTGCATGTAATTCA-GTACACCATCAAA--CCATG  46

seq1  CT-CATACACATGAAATATGAATGAATCTTTTGCAAAAGTTGAGTCATTC  99
      || |||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||   ||||||||  
seq2  CTCCATACACATG-AATATG-ATG-ATC-TTTGCAAA--GTGAGTCAT--  88

seq1  AACTTCTTCCATACTCACCTTAAAGCAAATATTCTATACATACTTGTCCT  149
       |||   |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| ||||||
seq2  CACT--CTCCATACTCACC-TAAAGC-AATA-TCTATACATAC-TGTCCT  132

seq1  TCCAGTTCATTTCCCATCCCCT-CCAAAACTGTCTTTCTGATTCAAAGCC  198
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCAGTTCATTTCCCATCCCCTCCCAAAACTGTC-TTCTGATTCAAAGCC  181

seq1  AGATCGAAAGGTGCCTCTAGTTCCAGATCACAGTTCCCTTGAACACCCAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGAAAGGTGCCTCTAGTTCCAGATCACAGTTCCCTTGAACACCCAC  231

seq1  TGTTTTCTTGGGAATATGTTTTGAGAAATGTAAGACTACTAAATCAATCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTTGGGAATATGTTTTGAGAAATGTAAGACTACTAAATCAATCC  281

seq1  ATAGGTGATGATATTGCCAAGTTTGAAAATGGCAGGAACAATCCTTGGAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGATGATATTGCCAAGTTTGAAAATGGCAGGAACAATCCTTGGAC  331

seq1  TCTCATCAATAAATGAGAAAATATTCCACAAAGCCTGACAGAGGTAGAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCAATAAATGAGAAAATATTCCACAAAGCCTGACAGAGGTAGAGT  381

seq1  CGACCCATACAGGAAG-AAAAAAAAAAAAACCCACTGAACCCAGAGAGTA  447
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCCATACAGGAAGAAAAAAAAAAAAAACCCACTGAACCCAGAGAGTA  431

seq1  TATAAGGACAAGCAAAGGAGCTGGGGAGTGGAGTGTAGGCAACATCACCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGACAAGCAAAGGAGCTGGGGAGTGGAGTGTAGGCAACATCACCA  481

seq1  GAAAGACGTAGTCCTGACACACAGATAATTCTATTTCAGACCAAATGCAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACGTAGTCCTGACACACAGATAATTCTATTTCAGACCAAATGCAG  531

seq1  CTGCTGCTGCTGCTGCTGTGTTTGGGACTAACCCTAGTCTGTGTCCATGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTGCTGCTGCTGTGTTTGGGACTAACCCTAGTCTGTGTCCATGC  581

seq1  AGAAGAAGCTAGGTCTATGTGAAGGAACTTTAATATAGAAAAAGTACGAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGCTAGGTCTATGTGAAGGAACTTTAATATAGAAAAAGTACGAT  631

seq1  CAGTGAATTGTATGTATGATCAGAATGTGCTTTGGGGAAATGTTTTAGTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAATTGTATGTATGATCAGAATGTGCTTTGGGGAAATGTTTTAGTC  681

seq1  AAGTGGGTTCTTTGAGGGAATGGTTATAGTGCCACAATGTATTAGACAAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGTTCTTTGAGGGAATGGTTATAGTGCCACAATGTATTAGACAAA  731

seq1  TGAATGGCTCCAGACCTTGAAGTAAGACCAGCTACTCAGATCTAACAATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGCTCCAGACCTTGAAGTAAGACCAGCTACTCAGATCTAACAATG  781

seq1  TTTGGGGACCTCTGTTCTCACTGAGAGGTAGGGACACTATGCTAAGTATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGACCTCTGTTCTCACTGAGAGGTAGGGACACTATGCTAAGTATT  831

seq1  GTGGCAACTGGCATGAGATATACCCCTGTGTATGCTCAGGCCCTAATGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAACTGGCATGAGATATACCCCTGTGTATGCTCAGGCCCTAATGCA  881

seq1  TAGGCTGGAGTTCAAGTGGAAACATGTACATGTGGTATCCCTGCTTCTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGGAGTTCAAGTGGAAACATGTACATGTGGTATCCCTGCTTCTTC  931

seq1  TCTCTTAACCATTTGCTTATCTACTACAGATTAATGGGGAATGGTACACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTAACCATTTGCTTATCTACTACAGATTAATGGGGAATGGTACACT  981

seq1  ATTATCCTGGCTTCTGACAAAAGAGAAAAGATAGAAGAACATGGCAGCAT  1047
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCCTGGCCTCTGACAAAAGAGAAAAGATAGAAGAACATGGCAGCAT  1031

seq1  GAGACTTTTTGTGGAGCACATTCATGTCTTGGAGAATTC  1086
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTTTTTGTGGAGCACATTCATGTCTTGGAGAATTC  1070

seq1: chr4_60618383_60619373
seq2: B6Ng01-317D23.g_68_1054

seq1  GAATTCTTTTCTTTATTTCTTCCTTGACTCAAGGATCATTGAGTAGAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTTTATTTCTTCCTTGACTCAAGGATCATTGAGTAGAGAA  50

seq1  TTTTTCAGTTTCCATGAGTTTGTGGGCTTTCTGTTGTTTCTGTGGTTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGTTTCCATGAGTTTGTGGGCTTTCTGTTGTTTCTGTGGTTGAA  100

seq1  GTCTAGATTTAATGCATGATAGTCTGATAGGATACTAGGAGTTATTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGATTTAATGCATGATAGTCTGATAGGATACTAGGAGTTATTTCAA  150

seq1  TGTTCTTGTATCTGTTGAGATACAAGACCAACTGCTTTGTGATCAACTAT  200
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTGTATCTGTTCAGATACAAGACCAACTGCTTTGTGATCAACTAT  200

seq1  GTGGTCAGTTTTGGAAAAGATTCAATGAGATGCTAAGAAGAAGGTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCAGTTTTGGAAAAGATTCAATGAGATGCTAAGAAGAAGGTTTTTT  250

seq1  TTGTATGTGTTTGGGGGAGATGTTCTCTAGATATGTGTTAGGTCCATTTG  300
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGTGTTTGGGTGAGATGTTCTCTAGATATGTGTTAGGTCCATTTG  300

seq1  ATTCATAGCTTCTGTTAGTTTCATTAATTCTCTGCTTACTCATATATGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATAGCTTCTGTTAGTTTCATTAATTCTCTGCTTACTCATATATGTC  350

seq1  ATTAGATCATTCCATTGGAGTATACTTTTCTAAGATCTTTGTATTTTACA  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTAGATCATTCCATTGGAGTATACTTTTCTAAGATCTTTATATTTTACA  400

seq1  CTTCAGAAATTTCAAACAAAACAGTGAGTCCAGACTTTAGTGTTTAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAAATTTCAAACAAAACAGTGAGTCCAGACTTTAGTGTTTAAGAG  450

seq1  GTGAGTGTGTTTATAGTTCGGGAGCAAATCTACAGATACAATCAGAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTGTTTATAGTTCGGGAGCAAATCTACAGATACAATCAGAAATA  500

seq1  AATAAATTCTGATGACCCACTAACTCCTGACCTCTTTCCAGTCCACACTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTCTGATGACCCACTAACTCCTGACCTCTTTCCAGTCCACACTT  550

seq1  GCCCAGGTCTCCAGCAACACCATTCTACTCTCAAGTGCTATGGAGGCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGTCTCCAGCAACACCATTCTACTCTCAAGTGCTATGGAGGCAAC  600

seq1  TGTGTCAGATTGTGGATGTAATTAAGATCATGAACTACTTGTAATTCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCAGATTGTGGATGTAATTAAGATCATGAACTACTTGTAATTCCCT  650

seq1  TGAGTGGACATATTAAAATTTATAATGCATTTATGGTTGTATGAGGGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGACATATTAAAATTTATAATGCATTTATGGTTGTATGAGGGATA  700

seq1  TTTATATCATGTTGTACACAATTATGACTCTGTTAAATATATAATGCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCATGTTGTACACAATTATGACTCTGTTAAATATATAATGCTTT  750

seq1  TGAGATTGTCCATGGGATAGGTATATAGGTATAATTATGACTTGGCTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTGTCCATGGGATAGGTATATAGGTATAATTATGACTTGGCTATT  800

seq1  ACTTCCATTTGGAAGATAAGCATGAAAAAGGGATATATGAATGTATGTCT  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCATTTGGAAGATAAGCATG-AAAAGGGATATATGAATGTATGTCT  849

seq1  AGATGACAAGGGGTGGGCTTGTAATGGCTATTCTTGTTGTTAACCTCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACAAGGGGTGGGCTTGTAATGGCTATTCTTGTTGTTAACCTCATC  899

seq1  TGGAATCAACTAAAACTCTAGCAGGTCAGTACACCTTTGATAGATAATAA  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCAACTAAAACTTTAGCAGGTCAGTACACCTTTGATAGATAATAA  949

seq1  ATCTATCTCTTTGAGAAATAAAATTCAATTGAAGATGGAAA  991
      |||||||   ||||||||| |||||| |||| |||||||||
seq2  ATCTATCCTCTTGAGAAAT-AAATTC-ATTG-AGATGGAAA  987