BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319D23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 104,315,063 - 104,455,692
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDab1, C8b
Upstream geneEG665460, LOC622315
Downstream geneC8a, 1700024P16Rik, Prkaa2, LOC100039513, Ppap2b, LOC433742, LOC665518, LOC434381
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319D23.bB6Ng01-319D23.g
ACCGA108928GA108929
length1,1021,141
definitionB6Ng01-319D23.b B6Ng01-319D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,454,600 - 104,455,692)(104,315,063 - 104,316,206)
sequence
gaattccatttaccactgtggcttcccatcaacccagcaggactgcagca
actcacccactggccagcctgtcaattgcccagtactgctccatctcccg
ttgacagtttttataaatcctcctacagttggcttcatctgattggtctc
cacagtcattgtccccattgcaaaggagtctgcgattcacacacctccct
gggatggagagaggggaccacactcacacggctgtgctgagcagacacac
cctgctagtgccaggcatgtggcctctagtgcccattctgacatcttcgt
gcatagggcctgactgaaaaggacactcagagttcacccccattttgtca
tccctctcccagggagttccgtgacacagttttgaaagcactgaggaaag
atcatctagaacaatctgtgaagggggagggaatatgcctaagatatagg
gaacaggtgcttctgtgacacaacttcctggcctcagttccctcatctgt
aaagtgcagacgtcatcccagccactttggcatgacacaggtgtttaaag
tgagcgactaaaaatagaacctactcataccaagttctgcaaaagcctgt
catggctggggttagtgtgtctgagagccaagcacacattgcagcacgga
tgggaccctacttgcctaaaccatgaatctttcccccaacccacatcacc
ttcagcaccatcatctgtatcactcttatttcctctacaattcttctcac
tggcttgactttctgccttatttgtgcattcttggggcaataaagtccac
aagacaggtggttctacttccttggacatattgggtcatttttaaccaat
gtccttctgtattaaaggcagaaaaataacaccctggtcttcaaatgttt
ccttataaggcatttaactaagcctgcatgaatagccattatggcctctg
ggtgaacccatggaacacctgggccataatgagtccttgggtataatttg
taaaaaagtctttcagatttattggctggaattttacattttgcagttta
cgtctagaaattgcctttgaatatccttgccctatatcttttggaagctc
tg

gaattctgcagacagctgaatcttcagcaaagccttctgcccatgttggg
gtaaaatgttgtgttggaataactgggtttggttttatcttatactctta
atcaagagaactaccaggaaatggtctacacaaggaagggaaaggcctgt
ccagagctgactgtgcacggtagatgggaaaccatgttggtgctgtccac
attagcctagtgtcctttcccacactctttgagttgagtgggatcctccc
agggtagatgaacagcggatgagctggccagggttcagcagcttgggcaa
ggggagaacttggctcccacctgagactttatgatttcatacctggacta
cactgtgactgtcccttctgagcccacccagtaggatgcatagagttagg
catttgtattctttcctaaatgtcaatggctggcatgggtacagtcctct
ggacttccgccagctaaagtgtattttgcccaaagcactggtcctcagtt
ctgagctggactcattcaagtcgtgccaagttcttcttgagacagggctc
agtgtcctgttccctgagcaggctcgtttttgttcttcctcactaaccac
gtcacatctcaagggctaactctgtatctatgctcctcgaatctagcacg
gggttacatatggattggctactactgtgtattacttcaaaatgaccaat
tgattgatcttggttaacagcgtgaagaaaatcactttctatttctgggc
ctcggtgacctcatctgtaagtcagagctgtcagacatagttctctcctc
atgagagcagggctcatcagtccagtgcagctagacacttgcctccccaa
gacctggataaacttagtctattctgcctggccttcatttattcctttgc
aatggacatatttatctggtcccccctcctctgtcttgtcttgagcacag
aatggaatctcactaatttctcccaagctacacctggaaagagctcagaa
gatgagattgtctgtctgtctgtctgtctaatcttgctttcatcccttac
caactttatgctttaaatggacttcttgtctatcattgaatcaatggcaa
cacctctgtgtatatctcaggctcttttctcttcttgaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_104454600_104455692
seq2: B6Ng01-319D23.b_47_1148 (reverse)

seq1  CAGAGCTTCCAAAAGATA---GGCAAGGATTATCAGA-GCAATTTCTAGG  46
      ||||||||||||||||||   |||||||||  ||| | ||||||||||| 
seq2  CAGAGCTTCCAAAAGATATAGGGCAAGGATATTCAAAGGCAATTTCTAGA  50

seq1  ACTTAACTGC-AAATGTAAAATTCCAACCAATAAATCTGAAAGACTTTTT  95
        | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAACTGCAAAATGTAAAATTCCAGCCAATAAATCTGAAAGACTTTTT  100

seq1  TACAA--TATACCCAAGGACTCATTATGGCC--AGTGTTCCATGGTTTCA  141
      |||||  ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||
seq2  TACAAATTATACCCAAGGACTCATTATGGCCCAGGTGTTCCATGGGTTCA  150

seq1  CCCAGA-GCCATAATGGCTATTCATGCAGGCTTTAGTTTAAATGCCTTAT  190
      |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  CCCAGAGGCCATAATGGCTATTCATGCAGGC-TTAG-TTAAATGCCTTAT  198

seq1  -AGGAAACATTTGAAGACCAGGTTGTTATTTTTCTGCCTTTTATAACAGA  239
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||
seq2  AAGGAAACATTTGAAGACCAGGGTGTTATTTTTCTGCCTTTAAT-ACAGA  247

seq1  AGGACATTGGTTAAAAATGACCCAATATGTCCAAGGAAGTAGAACCACCT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATTGGTTAAAAATGACCCAATATGTCCAAGGAAGTAGAACCACCT  297

seq1  GTCTTGTGGACTTTATTGCCCCAAGAATGCACAAATAAGGCAGAAAGTCA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTGGACTTTATTGCCCCAAGAATGCACAAATAAGGCAGAAAGTCA  347

seq1  AGCCAGTGAGAAGAATTGTAGAGGAAATAAGAGTGATACAGATGATGGTG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTGAGAAGAATTGTAGAGGAAATAAGAGTGATACAGATGATGGTG  397

seq1  CTGAAGGTGATGTGGGTTGGGGGAAAGATTCATGG-TTAGGCAAGTAGGG  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGAAGGTGATGTGGGTTGGGGGAAAGATTCATGGTTTAGGCAAGTAGGG  447

seq1  TCCCATCCGTGCTGCAATGTGTGCTTGGCTCTCAGACACACTAACCCCAG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATCCGTGCTGCAATGTGTGCTTGGCTCTCAGACACACTAACCCCAG  497

seq1  CCATGACAGGCTTTTGCAGAACTTGGTATGAGTAGGTTCTATTTTTAGTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACAGGCTTTTGCAGAACTTGGTATGAGTAGGTTCTATTTTTAGTC  547

seq1  GCTCACTTTAAACACCTGTGTCATGCCAAAGTGGCTGGGATGACGTCTGC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTTTAAACACCTGTGTCATGCCAAAGTGGCTGGGATGACGTCTGC  597

seq1  ACTTTACAGATGAGGGAACTGAGGCCAGGAAGTTGTGTCACAGAAGCACC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTACAGATGAGGGAACTGAGGCCAGGAAGTTGTGTCACAGAAGCACC  647

seq1  TGTTCCCTATATCTTAGGCATATTCCCTCCCCCTTCACAGATTGTTCTAG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTATATCTTAGGCATATTCCCTCCCCCTTCACAGATTGTTCTAG  697

seq1  ATGATCTTTCCTCAGTGCTTTCAAAACTGTGTCACGGAACTCCCTGGGAG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTTCCTCAGTGCTTTCAAAACTGTGTCACGGAACTCCCTGGGAG  747

seq1  AGGGATGACAAAATGGGGGTGAACTCTGAGTGTCCTTTTCAGTCAGGCCC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGACAAAATGGGGGTGAACTCTGAGTGTCCTTTTCAGTCAGGCCC  797

seq1  TATGCACGAAGATGTCAGAATGGGCACTAGAGGCCACATGCCTGGCACTA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACGAAGATGTCAGAATGGGCACTAGAGGCCACATGCCTGGCACTA  847

seq1  GCAGGGTGTGTCTGCTCAGCACAGCCGTGTGAGTGTGGTCCCCTCTCTCC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGTGTGTCTGCTCAGCACAGCCGTGTGAGTGTGGTCCCCTCTCTCC  897

seq1  ATCCCAGGGAGGTGTGTGAATCGCAGACTCCTTTGCAATGGGGACAATGA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGGAGGTGTGTGAATCGCAGACTCCTTTGCAATGGGGACAATGA  947

seq1  CTGTGGAGACCAATCAGATGAAGCCAACTGTAGGAGGATTTATAAAAACT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGAGACCAATCAGATGAAGCCAACTGTAGGAGGATTTATAAAAACT  997

seq1  GTCAACGGGAGATGGAGCAGTACTGGGCAATTGACAGGCTGGCCAGTGGG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACGGGAGATGGAGCAGTACTGGGCAATTGACAGGCTGGCCAGTGGG  1047

seq1  TGAGTTGCTGCAGTCCTGCTGGGTTGATGGGAAGCCACAGTGGTAAATGG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGCTGCAGTCCTGCTGGGTTGATGGGAAGCCACAGTGGTAAATGG  1097

seq1  AATTC  1093
      |||||
seq2  AATTC  1102


seq1: chr4_104315063_104316206
seq2: B6Ng01-319D23.g_66_1206

seq1  GAATTCTGCAGACAGCTGAATCTTCAGCAAAGCCTTCTGCCCATGTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGACAGCTGAATCTTCAGCAAAGCCTTCTGCCCATGTTGGG  50

seq1  GTAAAATGTTGTGTTGGAATAACTGGGTTTGGTTTTATCTTATACTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATGTTGTGTTGGAATAACTGGGTTTGGTTTTATCTTATACTCTTA  100

seq1  ATCAAGAGAACTACCAGGAAATGGTCTACACAAGGAAGGGAAAGGCCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAGAACTACCAGGAAATGGTCTACACAAGGAAGGGAAAGGCCTGT  150

seq1  CCAGAGCTGACTGTGCACGGTAGATGGGAAACCATGTTGGTGCTGTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCTGACTGTGCACGGTAGATGGGAAACCATGTTGGTGCTGTCCAC  200

seq1  ATTAGCCTAGTGTCCTTTCCCACACTCTTTGAGTTGAGTGGGATCCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCCTAGTGTCCTTTCCCACACTCTTTGAGTTGAGTGGGATCCTCCC  250

seq1  AGGGTAGATGAACAGCGGATGAGCTGGCCAGGGTTCAGCAGCTTGGGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAGATGAACAGCGGATGAGCTGGCCAGGGTTCAGCAGCTTGGGCAA  300

seq1  GGGGAGAACTTGGCTCCCACCTGAGACTTTATGATTTCATACCTGGACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAACTTGGCTCCCACCTGAGACTTTATGATTTCATACCTGGACTA  350

seq1  CACTGTGACTGTCCCTTCTGAGCCCACCCAGTAGGATGCATAGAGTTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGACTGTCCCTTCTGAGCCCACCCAGTAGGATGCATAGAGTTAGG  400

seq1  CATTTGTATTCTTTCCTAAATGTCAATGGCTGGCATGGGTACAGTCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTATTCTTTCCTAAATGTCAATGGCTGGCATGGGTACAGTCCTCT  450

seq1  GGACTTCCGCCAGCTAAAGTGTATTTTGCCCAAAGCACTGGTCCTCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCCGCCAGCTAAAGTGTATTTTGCCCAAAGCACTGGTCCTCAGTT  500

seq1  CTGAGCTGGACTCATTCAAGTCGTGCCAAGTTCTTCTTGAGACAGGGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTGGACTCATTCAAGTCGTGCCAAGTTCTTCTTGAGACAGGGCTC  550

seq1  AGTGTCCTGTTCCCTGAGCAGGCTCGTTTTTGTTCTTCCTCACTAACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCTGTTCCCTGAGCAGGCTCGTTTTTGTTCTTCCTCACTAACCAC  600

seq1  GTCACATCTCAAGGGCTAACTCTGTATCTATGCTCCTCGAATCTAGCACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATCTCAAGGGCTAACTCTGTATCTATGCTCCTCGAATCTAGCACG  650

seq1  GGGTTACATATGGATTGGCTACTACTGTGTATTACTTCAAAATGACCAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTACATATGGATTGGCTACTACTGTGTATTACTTCAAAATGACCAAT  700

seq1  TGATTGATCTTGGTTAACAGCGTGAAGAAAATCACTTTCTATTTCTGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATCTTGGTTAACAGCGTGAAGAAAATCACTTTCTATTTCTGGGC  750

seq1  CTCGGTGACCTCATCTGTAAGTCAGAGCTGTCAGACATAGTTCTCTCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGTGACCTCATCTGTAAGTCAGAGCTGTCAGACATAGTTCTCTCCTC  800

seq1  ATGAGAGCAGGGCTCATCAGTCCAGTGCAGCTAGACACTTGCCTCCCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGCAGGGCTCATCAGTCCAGTGCAGCTAGACACTTGCCTCCCCAA  850

seq1  GACCTGGATAAACTTAGTCTATTCTGCCTGG-CTTCATTTATTCCTTTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGATAAACTTAGTCTATTCTGCCTGGCCTTCATTTATTCCTTTGC  900

seq1  AATGGACATATTTATCTGGTCCCCCCTCCCTCTGTCTTGTCTTGAGCACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACATATTTATCTGGTCCCCCCT-CCTCTGTCTTGTCTTGAGCACA  949

seq1  GGAATGGAATCTCACTAATTTCTCCCAAGCTTAACACCTGGAAGGAGCTC  999
       ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||
seq2  -GAATGGAATCTCACTAATTTCTCCCAAGCT--ACACCTGGAAAGAGCTC  996

seq1  AGAAGATGAGGAATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCT-ATCTTGCTTTCATCC  1048
      ||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAAGATGA-GATTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTAATCTTGCTTTCATCC  1045

seq1  CTTTACCAACTTTATGCTTTTAAATGGACCTCCTTGTCCTATCATTGAAT  1098
      | ||||||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||
seq2  C-TTACCAACTTTATGC-TTTAAATGGA-CTTCTTGT-CTATCATTGAAT  1091

seq1  CAATGGAAACCACTCTGTG--TATCTCAAGCTCTTTTCTCT--CTGAAGC  1144
      |||||| |||  |||||||  ||||||| ||||||||||||   ||||||
seq2  CAATGGCAACACCTCTGTGTATATCTCAGGCTCTTTTCTCTTCTTGAAGC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |