BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319J03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 62,892,713 - 63,056,180
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol27a1, Orm1, Orm-ps, Orm3, Orm2, Akna
Upstream geneSlc31a2, Fkbp15, Slc31a1, Cdc26, Prpf4, Rnf183, Wdr31, Bspry, Hdhd3, Alad, Pole3, 4933430I17Rik, Rgs3, Zfp618, Ambp, Kif12
Downstream geneWhrn, Atp6v1g1, 6330416G13Rik, LOC670833, 1700018C11Rik, LOC667451, Tnfsf15, Tnfsf8, Rpl17-ps, Tnc
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319J03.bB6Ng01-319J03.g
ACCGA109165GA109166
length1,1181,072
definitionB6Ng01-319J03.b B6Ng01-319J03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,055,072 - 63,056,180)(62,892,713 - 62,893,785)
sequence
gaattccgggactccttagcagcgccagcccagaatgccgagtgctctgc
aggcacgtggggggaagaaaccaccagcctacccagctctcggcctgagg
accaaacctggaagaggactaagacatcacctaagccactgccctcccgg
tttactggttctgtcagccccctgagtactcggcttggggcaataaagaa
agttgtgccccagcacaagcagggagccactctggctggtcactcttctt
cacaagctcccaagtatggcagggggcgccgcctgaactacccactcccc
gacttctccaaggtggggccccgggtgaggtttcccaaagatgagaacta
ccgacccccgaagtccagaggccacaacaggcaacaaggctctaccagac
ccctcatcttcaagtcgccagctgagattgttcgggatgtactgttgagt
agtggagaggcgtccctggccaaggaatcttctcttgctcacaccatcac
cagggtgccccaggagttccagacacccgaacaagccactgagctagttc
atcagctccaggtaagcaaggctcttttccgtgttacctagacacttgtt
gattagagaagctttggcttgggatagaggccctgctggtgaagggagag
ttgtttctgcactaatgctagaccctgcccattgctcaaagaagagcagt
atgagagactgggagtatgacgcagtcagtgtagtgctggcctcccatgc
accaagcccagcatccaatctcagcacctcataaatggacatggtggtgc
atgtctgtaaccctagcagtctacaaagtggaagcaggaggatcagataa
ctgaggccaccctcagctacataacaatagcaagttctgggctagcttgg
actagagaccctgtctcagatcaacagagcagtgagcatgtccatgtctc
acagatggcctgttttatttttcagcacagctaaacatatccaaacgtaa
ggagaacagttctagtgggcaccctcctctcacaattcaccacggaagca
gctcctccggatccttttttcttatctggggcaggcctctccccccatcc
acacagccccaactgagt
gaattcctcttcatagctatgggatttttggacaggattgttgattaact
aatgattgtatttttctgctgtaccttggcattgtctcacactattcttg
cttcctcttcaagggtccccctgggcttccaggattacctggatctccgg
gcgcacgaggtcctcgggtaagttacggtgtgctgggtgtcctttggggg
ctctggatgacctttagtttgcattccactgcccatggtgccccagcttg
ctgtgagccacagaccttttcctgcccttttctgtacccattttccattg
tgtctttttggggtggacatggtgtcacatggtcacattgtcacatggtg
tgtgacaataatgactttgtgccctccgacttgtactgcgcatggtgacc
tagggcagggactcttgaagtccatctgcataagcagatacttgacctgg
aaaccccagtgtgggaggatgggacactggggtacctcctcccacttccg
cctggccatagtggctttgtgtgtctgaaggaacagttctgtggccccag
agaagggctgaactcccaggctagagtgtggctcagggtcagctggattg
cagtagctgctggaagcacaagtctgagggtcagccacttccatacatgg
tacctgcctgtcactttatgctgcccgtgcagccccacccagctgtggcc
tctacagggtagagtgggcatccttattcagggataaggcgtgactagca
atatcaggactgcagcccaagatcttcccaaatgctgggagcctagggtc
ctctgagagggaagtctatcttcttcctggctgggaccaatggcactcat
atcctagctcagactggttgagctttcttcatgacaagggccaggcaagc
accagaggaggaaactgcctgctacatatttttagctctaagcccagcag
tttggtttagttatgttatttacctcagccctgtttcttccagacctgct
tgtgtctcctgagcccagaattctggaccttccatctgaatttgcctttc
tcttgcctgcagaaccctgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_63055072_63056180
seq2: B6Ng01-319J03.b_48_1165 (reverse)

seq1  ACTCAGTGGGGGCTGTGGGAGTGGGGGAAGAGGCTGGCCCCAGATA--GA  48
      ||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||  ||||||||||   |
seq2  ACTCAGTTGGGGCTGTGTGGATGGGGGGAGAGGCCTGCCCCAGATAAGAA  50

seq1  AAAAGGATCCGG-GGAGCTGC-TCCGTGTGGA--TGTGAGGAGGAGGGTG  94
      |||||||||||| |||||||| ||||||  ||  ||||| ||||||||||
seq2  AAAAGGATCCGGAGGAGCTGCTTCCGTGGTGAATTGTGA-GAGGAGGGTG  99

seq1  CCCACTAG-ACTGTTCTCCTTACG-TTGGATATG-TTAGCTGTGCTTGAA  141
      |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||
seq2  CCCACTAGAACTGTTCTCCTTACGTTTGGATATGTTTAGCTGTGCTGAAA  149

seq1  AAT-AAACAGGCCATCTGTGAGACATGGACATGCTCACTGCTCTGTTGAT  190
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACAGGCCATCTGTGAGACATGGACATGCTCACTGCTCTGTTGAT  199

seq1  CTGAGACAGGGTCTCTAGTCCAAGCTAGCCCAGAACTTGCTATTGTTATG  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACAGGGTCTCTAGTCCAAGCTAGCCCAGAACTTGCTATTGTTATG  249

seq1  TAGCTGAGGGTGGCCTCAGTTATCTGATCCTCCTGCTTCCACTTTGTAGA  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGAGGGTGGCCTCAGTTATCTGATCCTCCTGCTTCCACTTTGTAGA  299

seq1  CTGCTAGGGTTACAGACATGCACCACCATGTCCATTTATGAGGTGCTGAG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGGGTTACAGACATGCACCACCATGTCCATTTATGAGGTGCTGAG  349

seq1  ATTGGATGCTGGGCTTGGTGCATGGGAGGCCAGCACTACACTGACTGCGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATGCTGGGCTTGGTGCATGGGAGGCCAGCACTACACTGACTGCGT  399

seq1  CATACTCCCAGTCTCTCATACTGCTCTTCTTTGAGCAATGGGCAGGGTCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTCCCAGTCTCTCATACTGCTCTTCTTTGAGCAATGGGCAGGGTCT  449

seq1  AGCATTAGTGCAGAAACAACTCTCCCTTCACCAGCAGGGCCTCTATCCCA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTAGTGCAGAAACAACTCTCCCTTCACCAGCAGGGCCTCTATCCCA  499

seq1  AGCCAAAGCTTCTCTAATCAACAAGTGTCTAGGTAACACGGAAAAGAGCC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAAGCTTCTCTAATCAACAAGTGTCTAGGTAACACGGAAAAGAGCC  549

seq1  TTGCTTACCTGGAGCTGATGAACTAGCTCAGTGGCTTGTTCGGGTGTCTG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTACCTGGAGCTGATGAACTAGCTCAGTGGCTTGTTCGGGTGTCTG  599

seq1  GAACTCCTGGGGCACCCTGGTGATGGTGTGAGCAAGAGAAGATTCCTTGG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCTGGGGCACCCTGGTGATGGTGTGAGCAAGAGAAGATTCCTTGG  649

seq1  CCAGGGACGCCTCTCCACTACTCAACAGTACATCCCGAACAATCTCAGCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGACGCCTCTCCACTACTCAACAGTACATCCCGAACAATCTCAGCT  699

seq1  GGCGACTTGAAGATGAGGGGTCTGGTAGAGCCTTGTTGCCTGTTGTGGCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGACTTGAAGATGAGGGGTCTGGTAGAGCCTTGTTGCCTGTTGTGGCC  749

seq1  TCTGGACTTCGGGGGTCGGTAGTTCTCATCTTTGGGAAACCTCACCCGGG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTTCGGGGGTCGGTAGTTCTCATCTTTGGGAAACCTCACCCGGG  799

seq1  GCCCCACCTTGGAGAAGTCGGGGAGTGGGTAGTTCAGGCGGCGCCCCCTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCACCTTGGAGAAGTCGGGGAGTGGGTAGTTCAGGCGGCGCCCCCTG  849

seq1  CCATACTTGGGAGCTTGTGAAGAAGAGTGACCAGCCAGAGTGGCTCCCTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTTGGGAGCTTGTGAAGAAGAGTGACCAGCCAGAGTGGCTCCCTG  899

seq1  CTTGTGCTGGGGCACAACTTTCTTTATTGCCCCAAGCCGAGTACTCAGGG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGCTGGGGCACAACTTTCTTTATTGCCCCAAGCCGAGTACTCAGGG  949

seq1  GGCTGACAGAACCAGTAAACCGGGAGGGCAGTGGCTTAGGTGATGTCTTA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGACAGAACCAGTAAACCGGGAGGGCAGTGGCTTAGGTGATGTCTTA  999

seq1  GTCCTCTTCCAGGTTTGGTCCTCAGGCCGAGAGCTGGGTAGGCTGGTGGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTTCCAGGTTTGGTCCTCAGGCCGAGAGCTGGGTAGGCTGGTGGT  1049

seq1  TTCTTCCCCCCACGTGCCTGCAGAGCACTCGGCATTCTGGGCTGGCGCTG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCCCCCACGTGCCTGCAGAGCACTCGGCATTCTGGGCTGGCGCTG  1099

seq1  CTAAGGAGTCCCGGAATTC  1109
      |||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGAGTCCCGGAATTC  1118

seq1: chr4_62892713_62893785
seq2: B6Ng01-319J03.g_69_1140

seq1  GAATTCCTCTTCATAGCTATGGGATTTTTGGACAGGATTGTTGATTAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTCATAGCTATGGGATTTTTGGACAGGATTGTTGATTAACT  50

seq1  AATGATTGTATTTTTCTGCTGTACCTTGGCATTGTCTCACACTATTCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTGTATTTTTCTGCTGTACCTTGGCATTGTCTCACACTATTCTTG  100

seq1  CTTCCTCTTCAAGGGTCCCCCTGGGCTTCCAGGATTACCTGGATCTCCGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTCTTCAAGGGTCCCCCTGGGCTTCCAGGATTACCTGGATCTCCGG  150

seq1  GCGCACGAGGTCCTCGGGTAAGTTACGGTGTGCTGGGTGTCCTTTGGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCACGAGGTCCTCGGGTAAGTTACGGTGTGCTGGGTGTCCTTTGGGGG  200

seq1  CTCTGGATGACCTTTAGTTTGCATTCCACTGCCCATGGTGCCCCAGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGATGACCTTTAGTTTGCATTCCACTGCCCATGGTGCCCCAGCTTG  250

seq1  CTGTGAGCCACAGACCTTTTCCTGCCCTTTTCTGTACCCATTTTCCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGCCACAGACCTTTTCCTGCCCTTTTCTGTACCCATTTTCCATTG  300

seq1  TGTCTTTTTGGGGTGGACATGGTGTCACATGGTCACATTGTCACATGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTTTGGGGTGGACATGGTGTCACATGGTCACATTGTCACATGGTG  350

seq1  TGTGACAATAATGACTTTGTGCCCTCCGACTTGTACTGCGCATGGTGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAATAATGACTTTGTGCCCTCCGACTTGTACTGCGCATGGTGACC  400

seq1  TAGGGCAGGGACTCTTGAAGTCCATCTGCATAAGCAGATACTTGACCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCAGGGACTCTTGAAGTCCATCTGCATAAGCAGATACTTGACCTGG  450

seq1  AAACCCCAGTGTGGGAGGATGGGACACTGGGGTACCTCCTCCCACTTCCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCCAGTGTGGGAGGATGGGACACTGGGGTACCTCCTCCCACTTCCG  500

seq1  CCTGGCCATAGTGGCTTTGTGTGTCTGAAGGAACAGTTCTGTGGCCCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCATAGTGGCTTTGTGTGTCTGAAGGAACAGTTCTGTGGCCCCAG  550

seq1  AGAAGGGCTGAACTCCCAGGCTAGAGTGTGGCTCAGGGTCAGCTGGATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCTGAACTCCCAGGCTAGAGTGTGGCTCAGGGTCAGCTGGATTG  600

seq1  CAGTAGCTGCTGGAAGCACAAGTCTGAGGGTCAGCCACTTCCATACATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCTGCTGGAAGCACAAGTCTGAGGGTCAGCCACTTCCATACATGG  650

seq1  TACCTGCCTGTCACTTTATGCTGCCCGTGCAGCCCCACCCAGCTGTGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGCCTGTCACTTTATGCTGCCCGTGCAGCCCCACCCAGCTGTGGCC  700

seq1  TCTACAGGGTAGAGTGGGCATCCTTATTCAGGGATAAGGCGTGACTAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGGGTAGAGTGGGCATCCTTATTCAGGGATAAGGCGTGACTAGCA  750

seq1  ATATCAGGACTGCAGCCCAAGATCTTCCCAAATGCTGGGAGCCTAGGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGGACTGCAGCCCAAGATCTTCCCAAATGCTGGGAGCCTAGGGTC  800

seq1  CTCTGAGAGGGAAGTCTATC-TCTTCCTGGCTGGGACCAATGGCACTCAT  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGAGGGAAGTCTATCTTCTTCCTGGCTGGGACCAATGGCACTCAT  850

seq1  ATCCTAGCTCAGACTGGTTGAGCTTTCCTCATGACAAGGGCCAGGCAAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGCTCAGACTGGTTGAGCTTTCTTCATGACAAGGGCCAGGCAAGC  900

seq1  ACCAGAGGAGGAAACTGCCTGCTACATATTTTTAGCTCTAAGCCCAGCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGGAGGAAACTGCCTGCTACATATTTTTAGCTCTAAGCCCAGCAG  950

seq1  TTGGTTTTAGTTATG-TAATTAACTCAGGCCCTGTTTCTTTCCAGACCTG  998
      || | |||||||||| || ||| |||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TTTGGTTTAGTTATGTTATTTACCTCA-GCCCTGTTTC-TTCCAGACCTG  998

seq1  GCTGTGTCTCCCTGAGCCCAGAATTCTGGAACCTTCCATCTG-ATTTGCC  1047
        ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CTTGTGTCT-CCTGAGCCCAGAATTCTGG-ACCTTCCATCTGAATTTGCC  1046

seq1  TTTTCTCTTGGCTGCAGAA-CCTGCTG  1073
       ||||||||| |||||||| |||||||
seq2  -TTTCTCTTGCCTGCAGAACCCTGCTG  1072