BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-319M23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,361,039 - 85,510,506
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA930009N24
Upstream geneLOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2
Downstream geneLOC668052, Adamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-319M23.bB6Ng01-319M23.g
ACCGA109349GA109350
length1,0971,067
definitionB6Ng01-319M23.b B6Ng01-319M23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,509,456 - 85,510,506)(85,361,039 - 85,362,125)
sequence
gaattcaataagatacttctacagagccaacgagttatttgaggaattga
aaatctcaaaatgaacactcatcgaggaaacagtgctagtcattccaaaa
ctctttcaaaaatccgaagatgagtgagaacttccaaactcattttataa
gttcagaattatcatgatattaaaaattaccctgacagaaaacaacaacg
aaaaccaatgaaactaggctgctaatcttgaagaaatagaaatgaaactg
ctcaacagaacactgtcagtgtgatttaacaatgagttaaaaggatcaga
tgctatgagcaagaggattacagaggatggagagattccttagcatcata
aaaagccaggcattgaatgtgcctgtatttctggtgctcagaaaggaggg
actgcagagtccctgggcttgttgggctactaatgtagctgagtttgtaa
gcactaagttcagtgagagacctgtcacaataataagggagacacttgat
cccttctggtctctactcatgtatgcacacattgataacatggatgcata
agcacacatacagaaacaagtacatatatccctctgtatatatacatcta
taagattgtccataagacacaagaagggttaaatatacaaaaattaataa
aagtgacacatcatgttaacatatgaacacttaaaatgatgtgagacaga
caagagcagaggggcaagtctctcctatgggccacatctccacacaattc
taatattactgatgaataaaaatcaacttttatatttaaaaatcatgact
atctcaagaaatatttgacataattcttctttcttctatattaaaaagtc
ttaacaatttaagtttagaaagaatgcaccttaatataataaaggccata
tatttgcaagaaatatgtcttgtaggtagttcatatccaaatatgtgagt
aatgaatttcctttacatagagatgacaaataaaagtccatgccaggagt
agtttacatcttttggagttgctgcttagtgaggtcgcatagatctccaa
atatttatagctatgcatgctcttggtggagcctttccaaattgaca

gaattccatgatcgtgagcccactgtcgtacttctctggctgtgaaatga
gttccttggtcagaagcaatactgtgtggaataccatgacgatagatgag
gcattctgtcagtccgtgaatggtggttttagcagaggcattacgtgcag
gaaaggcaaatccataaccagaataagtatctactccagtaagaacaaaa
cgctgtcctttccacgaaggaagtggtccaatgtagtcaacctgccacca
ggttgctggctggtcacctcgaggaatggtgccatatctggggctcagtg
ttggtttctgctgttggcagatctggcaatcagcagcagctgtagccagg
tcagccttggtgagtggaagcccatgttgctgagcccaagcataacctcc
atctcgaccaccatggccactttgttcatgtgcccattgagcaatgacag
ggatggctggggaaacagcccttgagggatgatttaatatctaaactaca
acagatgtgtaggttctagagagcttttgattgaaaaaaaaagtggatct
ggaaaattaacagtgtgaaggtgttcaccaaaaccatgagaacgaacaaa
atattagctcttgcttttgctatatgctaatcactgttctcagtactgac
taatattaactctattgtacattcttcatattaattatattcacactata
tcataaatatgaataaatttgacattttttttagttctaactcacacctc
tgatacagattttattgttatgctacgtgtgtaagaaagccaggatcaga
gacactacctctctgaaattcacagggtggggatgctaagattactcctt
agcccaacagaatgaaaaagcaagcatcacaacatccaagaattgaacag
gaacttgaaatagattaaaactcataataaatgccagatgtgagagagat
catgaaaaaagtagaaaatcgtggtgtcaaggaagagaattacacatgcc
atgtgaggtctaggatgcataggcaaatcatgatttctatgaaatatcta
gacacggtttttggtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85509456_85510506
seq2: B6Ng01-319M23.b_100_1144 (reverse)

seq1  TGTCAAATTTGGAAGGCT-CACCAAGAGCATTGGCAATAGCCTAT-AATA  48
      |||||| || | |||||| ||||||||||||  || |||| |||| ||||
seq2  TGTCAATTTGGAAAGGCTCCACCAAGAGCAT--GC-ATAG-CTATAAATA  46

seq1  TTTGGAGATCTATGCGACCTCACTAAGCAGCAACTCCAAAAGATGTAAAC  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGATCTATGCGACCTCACTAAGCAGCAACTCCAAAAGATGTAAAC  96

seq1  TACTCCTGGCATTGGACTTTTATTTGTCATCCTCTTATGTTAAGGAATTT  148
      ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||
seq2  TACTCCTGGCA-TGGACTTTTATTTGTCAT-CTC-TATGTAAAGGAAATT  143

seq1  CATTACTCACATATTTTGGATATGAACTACCTACAAGACATATTTCTTGC  198
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACTCACATA-TTTGGATATGAACTACCTACAAGACATATTTCTTGC  192

seq1  AAATATATGGCCTTTATTATATTAAGGTGCATTCTTTCTAAACTTAAATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATGGCCTTTATTATATTAAGGTGCATTCTTTCTAAACTTAAATT  242

seq1  GTTAAGACTTTTTAATATAGAAGAAAGAAGAATTATGTCAAATATTTCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGACTTTTTAATATAGAAGAAAGAAGAATTATGTCAAATATTTCTT  292

seq1  GAGATAGTCATGATTTTTAAATATAAAAGTTGATTTTTATTCATCAGTAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGTCATGATTTTTAAATATAAAAGTTGATTTTTATTCATCAGTAA  342

seq1  TATTAGAATTGTGTGGAGATGTGGCCCATAGGAGAGACTTGCCCCTCTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAATTGTGTGGAGATGTGGCCCATAGGAGAGACTTGCCCCTCTGC  392

seq1  TCTTGTCTGTCTCACATCATTTTAAGTGTTCATATGTTAACATGATGTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTGTCTCACATCATTTTAAGTGTTCATATGTTAACATGATGTGT  442

seq1  CACTTTTATTAATTTTTGTATATTTAACCCTTCTTGTGTCTTATGGACAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTTATTAATTTTTGTATATTTAACCCTTCTTGTGTCTTATGGACAA  492

seq1  TCTTATAGATGTATATATACAGAGGGATATATGTACTTGTTTCTGTATGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAGATGTATATATACAGAGGGATATATGTACTTGTTTCTGTATGT  542

seq1  GTGCTTATGCATCCATGTTATCAATGTGTGCATACATGAGTAGAGACCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTATGCATCCATGTTATCAATGTGTGCATACATGAGTAGAGACCAG  592

seq1  AAGGGATCAAGTGTCTCCCTTATTATTGTGACAGGTCTCTCACTGAACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATCAAGTGTCTCCCTTATTATTGTGACAGGTCTCTCACTGAACTT  642

seq1  AGTGCTTACAAACTCAGCTACATTAGTAGCCCAACAAGCCCAGGGACTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTACAAACTCAGCTACATTAGTAGCCCAACAAGCCCAGGGACTCT  692

seq1  GCAGTCCCTCCTTTCTGAGCACCAGAAATACAGGCACATTCAATGCCTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCCTCCTTTCTGAGCACCAGAAATACAGGCACATTCAATGCCTGG  742

seq1  CTTTTTATGATGCTAAGGAATCTCTCCATCCTCTGTAATCCTCTTGCTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATGATGCTAAGGAATCTCTCCATCCTCTGTAATCCTCTTGCTCA  792

seq1  TAGCATCTGATCCTTTTAACTCATTGTTAAATCACACTGACAGTGTTCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTGATCCTTTTAACTCATTGTTAAATCACACTGACAGTGTTCTG  842

seq1  TTGAGCAGTTTCATTTCTATTTCTTCAAGATTAGCAGCCTAGTTTCATTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCAGTTTCATTTCTATTTCTTCAAGATTAGCAGCCTAGTTTCATTG  892

seq1  GTTTTCGTTGTTGTTTTCTGTCAGGGTAATTTTTAATATCATGATAATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCGTTGTTGTTTTCTGTCAGGGTAATTTTTAATATCATGATAATTC  942

seq1  TGAACTTATAAAATGAGTTTGGAAGTTCTCACTCATCTTCGGATTTTTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTTATAAAATGAGTTTGGAAGTTCTCACTCATCTTCGGATTTTTGA  992

seq1  AAGAGTTTTGGAATGACTAGCACTGTTTCCTCGATGAGTGTTCATTTTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTTGGAATGACTAGCACTGTTTCCTCGATGAGTGTTCATTTTGA  1042

seq1  GAT  1051
      |||
seq2  GAT  1045


seq1: chr4_85361039_85362125
seq2: B6Ng01-319M23.g_67_1133

seq1  GAATTCCATGATCGTGAGCCCACTGTCGTACTTCTCTGGCTGTGAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATCGTGAGCCCACTGTCGTACTTCTCTGGCTGTGAAATGA  50

seq1  GTTCCTTGGTCAGAAGCAATACTGTGTGGAATACCATGACGATAGATGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTGGTCAGAAGCAATACTGTGTGGAATACCATGACGATAGATGAG  100

seq1  GCATTCTGTCAGTCCGTGAATGGTGGTTTTAGCAGAGGCATTACGTGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGTCAGTCCGTGAATGGTGGTTTTAGCAGAGGCATTACGTGCAG  150

seq1  GAAAGGCAAATCCATAACCAGAATAAGTATCTACTCCAGTAAGAACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCAAATCCATAACCAGAATAAGTATCTACTCCAGTAAGAACAAAA  200

seq1  CGCTGTCCTTTCCACGAAGGAAGTGGTCCAATGTAGTCAACCTGCCACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTCCTTTCCACGAAGGAAGTGGTCCAATGTAGTCAACCTGCCACCA  250

seq1  GGTTGCTGGCTGGTCACCTCGAGGAATGGTGCCATATCTGGGGCTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGCTGGTCACCTCGAGGAATGGTGCCATATCTGGGGCTCAGTG  300

seq1  TTGGTTTCTGCTGTTGGCAGATCTGGCAATCAGCAGCAGCTGTAGCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTCTGCTGTTGGCAGATCTGGCAATCAGCAGCAGCTGTAGCCAGG  350

seq1  TCAGCCTTGGTGAGTGGAAGCCCATGTTGCTGAGCCCAAGCATAACCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTTGGTGAGTGGAAGCCCATGTTGCTGAGCCCAAGCATAACCTCC  400

seq1  ATCTCGACCACCATGGCCACTTTGTTCATGTGCCCATTGAGCAATGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCGACCACCATGGCCACTTTGTTCATGTGCCCATTGAGCAATGACAG  450

seq1  GGATGGCTGGGGAAACAGCCCTTGAGGGATGATTTAATATCTAAACTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCTGGGGAAACAGCCCTTGAGGGATGATTTAATATCTAAACTACA  500

seq1  ACAGATGTGTAGGTTCTAGAGAGCTTTTGATTGAAAAAAAAAGTGGATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTGTAGGTTCTAGAGAGCTTTTGATTGAAAAAAAAAGTGGATCT  550

seq1  GGAAAATTAACAGTGTGAAGGTGTTCACCAAAACCATGAGAACGAACAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATTAACAGTGTGAAGGTGTTCACCAAAACCATGAGAACGAACAAA  600

seq1  ATATTAGCTCTTGCTTTTGCTATATGCTAATCACTGTTCTCAGTACTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGCTCTTGCTTTTGCTATATGCTAATCACTGTTCTCAGTACTGAC  650

seq1  TAATATTAACTCTATTGTACATTCTTCATATTAATTATATTCACACTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTAACTCTATTGTACATTCTTCATATTAATTATATTCACACTATA  700

seq1  TCATAAATATGAATAAATTTGACA-TTTTTTTAGTTCTAACTCACACCTC  749
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAATATGAATAAATTTGACATTTTTTTTAGTTCTAACTCACACCTC  750

seq1  TGATACAGATTTTATTGTTATGCTACGTGTGTAAGAAAGCCAGGATCAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAGATTTTATTGTTATGCTACGTGTGTAAGAAAGCCAGGATCAGA  800

seq1  GACACTACCTCTCTGAAATTCACAGGGTGGGGATGCTAAGATTACTCCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTACCTCTCTGAAATTCACAGGGTGGGGATGCTAAGATTACTCCTT  850

seq1  AGCCCAAACAGAATGAAAAAGCAAGCATCACAACATCCAAGAATTGAACA  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCC-AACAGAATGAAAAAGCAAGCATCACAACATCCAAGAATTGAACA  899

seq1  GGAACTTGAAATAGATTAAAACTCATAATAAATGCCAGAATGTGAGAGAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  GGAACTTGAAATAGATTAAAACTCATAATAAATGCCAG-ATGTGAGAG-A  947

seq1  GATCATGAAAAAAGGTAGAAAATCGTGGTGTCAAAGGGAAGAGAAATTTA  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||  |||
seq2  GATCATGAAAAAA-GTAGAAAATCGTGGTGTCAA--GGAAGAGAA--TTA  992

seq1  CACATGCCATTGTGAGGTCTAGGAATTGCATTAAGGCAAATTCATTGAAT  1049
      ||||||||| ||||||||||||||  |||||  ||||||| ||||   ||
seq2  CACATGCCA-TGTGAGGTCTAGGA--TGCAT--AGGCAAA-TCAT--GAT  1034

seq1  TTCTATTGAAAAATATCTTAGGACAACAGTTTTGGTGA  1087
      ||||||    ||||||||   ||||    |||||||||
seq2  TTCTAT---GAAATATCT--AGACACGGTTTTTGGTGA  1067


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |