BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321C01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 83,532,641 - 83,533,693
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneFrem1, LOC667985, 1810054D07Rik, Snapc3, Psip1, LOC100040611, 4930473A06Rik
Downstream geneLOC668010, Bnc2, LOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321C01.bB6Ng01-321C01.g
ACCGA110319GA110320
length1,162560
definitionB6Ng01-321C01.b B6Ng01-321C01.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctacatgctctggtcgcagccgtcatttagagttcagaaaggcca
tcaatttgctgctcagcaaaggtgttttcccttcaggggcccagcatctc
caacatggcagcatgcatttcctattgcaggaacaggacacccaatccaa
gatggttgtcagagtgatggtaatggagcctcccttgccttccccttgac
ccctagagctatgcactttctcttcctgccacacacagacatgtagagcc
ctctggttcagtgttctgtgatgaagaacacagcaccacatctatgcaga
gcacaaacctcctcgtagcttagttcccaaagggatctttccatcagtgt
aagccgattgcttctggatggtacagtatgttatagaactagtggatccc
agttttccttccttggcatggtggcttcatggtgagatactatatggtgc
agctttccacatctgtgttatcagcctcctgagagtgatgttcagtgagg
cactgggcagggaaggcaaaagcattccctcaccacatgtctgttgtcct
ctgagatcgaccccagtctcctgagtacagcagggaaccagtgcagtcac
ttcctcaccaaaaggccaattgtacctcatccttaatttctgttactgat
aggttaggtcttcagaatcaatactgactcggaagttcatgcagttgagt
ccaaacagcctcaatatctacttctatggctacacagtgtgcagagaggg
atagcatcgtgagtcttgttatttcacctaattggttacttagcagccac
tcttaggttggtagcttctagtgggctttgtcaggtggtacacctcacat
gtcctatgtctcacgtatccactcatagcttccttctagcccttctgtac
cattgtccagcttcttgggcctgtgatcgtgcagctaaattattcacact
gcccaaatccatgtatattatcatcttgcacaaaactcaagtccaagtgg
atcaaagacatcaacataaactgaaacactaaatctgatagagagaatgg
ggatagccttgacccattggtacaggaagacactctgaacggaacaccaa
tatcttaggcagctaattccaacaactgaataatggaacctcatgaacta
agcttgcaagac

cataaaatggaagtatcaggactttctttgcagtaccattttttaattat
tatgattaattctttgaaatgttgcagaatacactttggttatatgtatt
cctttttctcccctatcttcccacctcactttgtgtcttgaaaaaacaaa
aaacaaaaacaaacaaaaaatcctgaaaccaatttgtgttgcccaaatac
tcttaagtgtgggccatctgatggaatgtggttgatttaccaaggacccc
cgtacttaaataccttcttcttgccagtgggctaggggagggacctcatg
accacctcccacctccatactggttatggcttaattatgacttagttctg
cacaggtctcgtgcatgatgtcacaacatagttgtaacctaccacctctg
gctcttagaatctttccatcccctttcttcaatgggccctgagccttggg
aggaaagggtgtgatgtggatatctcatttagggctacacacttcccagt
ctcctattctctatgttgaccagttgtgtacctcctttagccaccatcca
ctgggggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_83532641_83533693
seq2: B6Ng01-321C01.b_172_1210

seq1  ATTGCAGGAACAGGACACCCAATCCAAGATGGTTGTCAGAGTGATGGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGGAACAGGACACCCAATCCAAGATGGTTGTCAGAGTGATGGTAA  50

seq1  TGGAGCCTCCCTTGCCTTCCCCTTGACCCCTAGAGCTATGCACTTTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCTCCCTTGCCTTCCCCTTGACCCCTAGAGCTATGCACTTTCTCT  100

seq1  TCCTGCCACACACAGACATGTAGAGCCCTCTGGTTCAGTGTTCTGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCACACACAGACATGTAGAGCCCTCTGGTTCAGTGTTCTGTGATG  150

seq1  AAGAACACAGCACCACATCTATGCAGAGCACAAACCTCCTCGTAGCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACACAGCACCACATCTATGCAGAGCACAAACCTCCTCGTAGCTTAG  200

seq1  TTCCCAAAGGGATCTTTCCATCAGTGTAAGCCGATTGCTTCTGGATGGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAAGGGATCTTTCCATCAGTGTAAGCCGATTGCTTCTGGATGGTA  250

seq1  CAGTATGTTATAGAACTAGTGGATCCCAGTTTTCCTTCCTTGGCATGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGTTATAGAACTAGTGGATCCCAGTTTTCCTTCCTTGGCATGGTG  300

seq1  GCTTCATGGTGAGATACTATATGGTGCAGCTTTCCACATCTGTGTTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCATGGTGAGATACTATATGGTGCAGCTTTCCACATCTGTGTTATCA  350

seq1  GCCTCCTGAGAGTGATGTTCAGTGAGGCACTGGGCAGGGAAGGCAAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGAGAGTGATGTTCAGTGAGGCACTGGGCAGGGAAGGCAAAAGC  400

seq1  ATTCCCTCACCACATGTCTGTTGTCCTCTGAGATCGACCCCAGTCTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTCACCACATGTCTGTTGTCCTCTGAGATCGACCCCAGTCTCCTG  450

seq1  AGTACAGCAGGGAACCAGTGCAGTCACTTCCTCACCAAAAGGCCAATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGCAGGGAACCAGTGCAGTCACTTCCTCACCAAAAGGCCAATTGT  500

seq1  ACCTCATCCTTAATTTCTGTTACTGATAGGTTAGGTCTTCAGAATCAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATCCTTAATTTCTGTTACTGATAGGTTAGGTCTTCAGAATCAATA  550

seq1  CTGACTCGGAAGTTCATGCAGTTGAGTCCAAACAGCCTCAATATCTACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCGGAAGTTCATGCAGTTGAGTCCAAACAGCCTCAATATCTACTT  600

seq1  CTATGGCTACACAGTGTGCAGAGAGGGATAGCATCGTGAGTCTTGTTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCTACACAGTGTGCAGAGAGGGATAGCATCGTGAGTCTTGTTATT  650

seq1  TCACCTAATTGGTTACTTAGCAGCCACTCTTAGGTTGGTAGCTTCTAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAATTGGTTACTTAGCAGCCACTCTTAGGTTGGTAGCTTCTAGTG  700

seq1  GGCTTTGTCAGGTGGTACACCTCACATGTCCTATGTCTCACGTATCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGTCAGGTGGTACACCTCACATGTCCTATGTCTCACGTATCCACT  750

seq1  CATAGCTTCCTTCTAG-CCTTCTGTACCATTGTCCAGCTTCTTGGGCCTG  799
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCTTCCTTCTAGCCCTTCTGTACCATTGTCCAGCTTCTTGGGCCTG  800

seq1  TGATCGTGCAGCTAAATTATTCACCACTGCCCAAATCCATGTATATTTAT  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGATCGTGCAGCTAAATTATTCA-CACTGCCCAAATCCATGTATA-TTAT  848

seq1  CATCTTGCACAAAACTCAAGTCCAAGTGGATCAAAGACATCAACATAAAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CATCTTGCACAAAACTCAAGTCCAAGTGGATCAAAGACATCAACAT-AAA  897

seq1  CTGGAAACACTAAATCTGATAGGAGAGAAATGGGGAATAGCCTTGAACAC  949
      || |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |
seq2  CT-GAAACACTAAATCTGATA-GAGAG-AATGGGG-ATAGCCTTG-ACCC  942

seq1  ATTGGTACAGG-AGACAACTTCCTGACCAGAACACCAATATCTCAGGCAG  998
      ||||||||||| |||| |||  |||| | |||||||||||||| ||||||
seq2  ATTGGTACAGGAAGAC-ACT--CTGAACGGAACACCAATATCTTAGGCAG  989

seq1  CAAAAT-CAACAACTGATATATGGGACCTCATGAAACTAAAAAGCTTTTG  1047
      | || | ||||||||||   |||| |||||||| ||||   ||||  |||
seq2  CTAATTCCAACAACTGAATAATGGAACCTCATG-AACT---AAGC--TTG  1033

seq1  CAAGAC  1053
      ||||||
seq2  CAAGAC  1039


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |