BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325H03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 104,758,026 - 104,858,189
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkaa2, Ppap2b
Upstream geneDab1, C8b, C8a, 1700024P16Rik, LOC100039513
Downstream geneLOC433742, LOC665518, LOC434381, Ppia-ps4_954.1, Map1lc3, LOC384039
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325H03.bB6Ng01-325H03.g
ACCGA113501GA113502
length5781,214
definitionB6Ng01-325H03.b B6Ng01-325H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,758,026 - 104,758,609)(104,856,965 - 104,858,189)
sequence
acagctgctatttaaagccacatcttggtacctccaaagctattctcaag
gaaaattaagttcacttgcttcccacttcccaggagtcctatggacactg
gtaaatggactggaaacaacactgagactaaaataacaaatacaacaaaa
ctcttcattgtgtacacatgtctgtgtgtttgcagtcacatgtgtatgtt
cttatggaggtcagagcaaatgtcttcctcaatcaccctacacctactta
cctacctttcttcctccaaatgtccctcaaccaaagaaccgataaagtaa
atgtgatacattcacacaatggaatattattcacctattaaaaataatgg
catcatgaaaatttcaggcaaatggattgaactagagaagatcatgctga
gtgaggaccagactcatttaaagacaagtatggtatgtattcacttataa
gtagatatttgttataaaatacaggatacccaaagaagctaagtaacaag
gaagactcgagggaggatgtgtgaatctcactcagatagggatataaaat
agacatggggggtgtgtggagggaagaa

gaattcattattctcctgcactagccaagagtcacttcagaaaagaatcc
atttcggtatcccttggaactgagagcactcctccccaggacttagtggg
agctaaccaaagtttggaagagttgcctcgtcaccaaatccaccctagga
cttgaagctctttcaccttccttccaaactttaatctcctacggatcaca
gccaaacccagttctctgaacctaatcacccccaaagaacacatttccac
agtgaagaagagactcgattccattaagaatcattcatgaggaacctaac
cagtttcaggtgtgggatgagtggcttccaggctgcatcactttaaactt
gagcttcagttcttcaggcttttccacaaagtgaaattactggaggtact
ttttgacctcttaagggaaggctgtggaatcccagtgattcagctgtcac
gccccaccccaccccaccccagctatcccatgagctaagggatcactttc
agcacatccctaagatcctcttagggaatcaagtgagaggaagctcacgg
atccccagaaggtaggttagacccaggcttgaaactagctttgccacttc
acaatctatgtgatcttcagcgagttgcttaatttctccgagccgcccca
gtaaaaggaggatgccaataccagtctgaggaggagacatggtatggtag
gcatttaacaatgagttctcttccctcctatatctgataacctcctagcc
ctgtttacaagatgtcagtcaactagattgaacagcttcctcactaaagc
agctgtactaacagggacaggggttctgtcaccttgaactaggactgcca
cttgccttgagcaagactggagcagttccagggtgctgtggataagacaa
ctctcactccaggagcacactccctgttcccaggcctgtcaatgttcttt
tgtaaaggcagaaaccttcaatccgacagctgcacctgcacaatattcac
ggatgtatttgtaaccgatacaggccctaaatgcaaagtctgatgtccaa
aatatcgcttgacttctgcctaaatgctccactatccacacatgatttca
gtgattccctcctgtgtgagtgtcttacgggctacactgtcattggaaat
tcgaagaagttcacggcatcacacgaacacaccgtgtgattaaaatatac
aacccctcaacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_104758026_104758609
seq2: B6Ng01-325H03.b_41_624

seq1  GAATTCACAGCTGCTATTTAAAGCCACATCTTGGTACCTCCAAAGCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGCTGCTATTTAAAGCCACATCTTGGTACCTCCAAAGCTATT  50

seq1  CTCAAGGAAAATTAAGTTCACTTGCTTCCCACTTCCCAGGAGTCCTATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGAAAATTAAGTTCACTTGCTTCCCACTTCCCAGGAGTCCTATGG  100

seq1  ACACTGGTAAATGGACTGGAAACAACACTGAGACTAAAATAACAAATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTAAATGGACTGGAAACAACACTGAGACTAAAATAACAAATACA  150

seq1  ACAAAACTCTTCATTGTGTACACATGTCTGTGTGTTTGCAGTCACATGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTCTTCATTGTGTACACATGTCTGTGTGTTTGCAGTCACATGTG  200

seq1  TATGTTCTTATGGAGGTCAGAGCAAATGTCTTCCTCAATCACCCTACACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCTTATGGAGGTCAGAGCAAATGTCTTCCTCAATCACCCTACACC  250

seq1  TACTTACCTACCTTTCTTCCTCCAAATGTCCCTCAACCAAAGAACCGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTACCTACCTTTCTTCCTCCAAATGTCCCTCAACCAAAGAACCGATA  300

seq1  AAGTAAATGTGATACATTCACACAATGGAATATTATTCACCTATTAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATGTGATACATTCACACAATGGAATATTATTCACCTATTAAAAA  350

seq1  TAATGGCATCATGAAAATTTCAGGCAAATGGATTGAACTAGAGAAGATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCATCATGAAAATTTCAGGCAAATGGATTGAACTAGAGAAGATCA  400

seq1  TGCTGAGTGAGGACCAGACTCATTTAAAGACAAGTATGGTATGTATTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAGTGAGGACCAGACTCATTTAAAGACAAGTATGGTATGTATTCAC  450

seq1  TTATAAGTAGATATTTGTTATAAAATACAGGATACCCAAAGAAGCTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTAGATATTTGTTATAAAATACAGGATACCCAAAGAAGCTAAGT  500

seq1  AACAAGGAAGACTCGAGGGAGGATGTGTGAATCTCACTCAGATAGGGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGAAGACTCGAGGGAGGATGTGTGAATCTCACTCAGATAGGGATA  550

seq1  TAAAATAGACATGGGGGGTGTGTGGAGGGAAGAA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGACATGGGGGGTGTGTGGAGGGAAGAA  584


seq1: chr4_104856965_104858189
seq2: B6Ng01-325H03.g_65_1278 (reverse)

seq1  GAAGTT--GGGGTTG--TATTTTAATCA---GGTGTTT---GGTGATGCC  40
      ||||||  |||||||  |||||||||||   ||||| |    ||||||||
seq2  GAAGTTGAGGGGTTGTATATTTTAATCACACGGTGTGTTCGTGTGATGCC  50

seq1  CTGTACTCCCTCGATATTTCTAAAATGACAGTGTAACCCGTAAAGACA-T  89
       || ||| | |||| |||||   |||||||||||| ||||| |||||| |
seq2  GTGAACTTCTTCGA-ATTTC--CAATGACAGTGTAGCCCGT-AAGACACT  96

seq1  CACACAGAGAGGAAATCAACTGGAAATTCATGTGTGATTAGT-GAGCATT  138
      ||||||| |||| |||| ||||  || |||||||||  |||| |||||||
seq2  CACACAG-GAGGGAATC-ACTG--AAATCATGTGTGGATAGTGGAGCATT  142

seq1  TAGGCAGAAGGTCAAAGCGATTATTTTGGACATCAGACTTTTTGCATTTT  188
      ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||  |||||| |||
seq2  TAGGCAGAA-GTC-AAGCGA-TATTTTGGACATCAGAC--TTTGCA-TTT  186

seq1  AGGGCCTGTATTCGGTTACAAAATTACATCCGTGAATTATTTGTGCAGGT  238
      |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||   ||||||||||
seq2  AGGGCCTGTA-TCGGTTACAAA--TACATCCGTGAAT--ATTGTGCAGGT  231

seq1  GGCAGCTGTCGGATTTGAAGGTTTCTGCCTTTTACAAAAAGAACATTGAC  288
       |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  -GCAGCTGTCGGA-TTGAAGGTTTCTGCC-TTTAC-AAAAGAACATTGAC  277

seq1  AGGCCTGGGAACAGGGAGTGTGCTCCTGGAGTGAGAGTTGTCTTATCCAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGGGAACAGGGAGTGTGCTCCTGGAGTGAGAGTTGTCTTATCCAC  327

seq1  AGCACCCTGGAACTGCTCCAGTCTTGCTCAAGGCAAGTGGCAGTCCTAGT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCCTGGAACTGCTCCAGTCTTGCTCAAGGCAAGTGGCAGTCCTAGT  377

seq1  TCAAGGTGACAGAACCCCTGTCCCTGTTAGTACAGCTGCTTTAGTGAGGA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTGACAGAACCCCTGTCCCTGTTAGTACAGCTGCTTTAGTGAGGA  427

seq1  AGCTGTTCAATCTAGTTGACTGACATCTTGTAAACAGGGCTAGGAGGTTA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTTCAATCTAGTTGACTGACATCTTGTAAACAGGGCTAGGAGGTTA  477

seq1  TCAGATATAGGAGGGAAGAGAACTCATTGTTAAATGCCTACCATACCATG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATATAGGAGGGAAGAGAACTCATTGTTAAATGCCTACCATACCATG  527

seq1  TCTCCTCCTCAGACTGGTATTGGCATCCTCCTTTTACTGGGGCGGCTCGG  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCCTCAGACTGGTATTGGCATCCTCCTTTTACTGGGGCGGCTCGG  577

seq1  AGAAATTAAGCAACTCGCTGAAGATCACATAGATTGTGAAGTGGCAAAGC  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTAAGCAACTCGCTGAAGATCACATAGATTGTGAAGTGGCAAAGC  627

seq1  TAGTTTCAAGCCTGGGTCTAACCTACCTTCTGGGGATCCGTGAGCTTCCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCAAGCCTGGGTCTAACCTACCTTCTGGGGATCCGTGAGCTTCCT  677

seq1  CTCACTTGATTCCCTAAGAGGATCTTAGGGATGTGCTGAAAGTGATCCCT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTGATTCCCTAAGAGGATCTTAGGGATGTGCTGAAAGTGATCCCT  727

seq1  TAGCTCATGGGATAGCTGGGGTGGGGTGGGGTGGGGCGTGACAGCTGAAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCATGGGATAGCTGGGGTGGGGTGGGGTGGGGCGTGACAGCTGAAT  777

seq1  CACTGGGATTCCACAGCCTTCCCTTAAGAGGTCAAAAAGTACCTCCAGTA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGATTCCACAGCCTTCCCTTAAGAGGTCAAAAAGTACCTCCAGTA  827

seq1  ATTTCACTTTGTGGAAAAGCCTGAAGAACTGAAGCTCAAGTTTAAAGTGA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTTTGTGGAAAAGCCTGAAGAACTGAAGCTCAAGTTTAAAGTGA  877

seq1  TGCAGCCTGGAAGCCACTCATCCCACACCTGAAACTGGTTAGGTTCCTCA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCTGGAAGCCACTCATCCCACACCTGAAACTGGTTAGGTTCCTCA  927

seq1  TGAATGATTCTTAATGGAATCGAGTCTCTTCTTCACTGTGGAAATGTGTT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGATTCTTAATGGAATCGAGTCTCTTCTTCACTGTGGAAATGTGTT  977

seq1  CTTTGGGGGTGATTAGGTTCAGAGAACTGGGTTTGGCTGTGATCCGTAGG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGGGTGATTAGGTTCAGAGAACTGGGTTTGGCTGTGATCCGTAGG  1027

seq1  AGATTAAAGTTTGGAAGGAAGGTGAAAGAGCTTCAAGTCCTAGGGTGGAT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAGTTTGGAAGGAAGGTGAAAGAGCTTCAAGTCCTAGGGTGGAT  1077

seq1  TTGGTGACGAGGCAACTCTTCCAAACTTTGGTTAGCTCCCACTAAGTCCT  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGACGAGGCAACTCTTCCAAACTTTGGTTAGCTCCCACTAAGTCCT  1127

seq1  GGGGAGGAGTGCTCTCAGTTCCAAGGGATACCGAAATGGATTCTTTTCTG  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGAGTGCTCTCAGTTCCAAGGGATACCGAAATGGATTCTTTTCTG  1177

seq1  AAGTGACTCTTGGCTAGTGCAGGAGAATAATGAATTC  1225
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACTCTTGGCTAGTGCAGGAGAATAATGAATTC  1214


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |