BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325K14
Chromosome4 (Build37)
Map Location 122,858,610 - 122,994,662
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHpcal4, Nt5c1a, Heyl, LOC194197, LOC622334, Pabpc4, Bmp8a
Upstream geneLOC633269, LOC633279, 9530002B09Rik, Ppt1, Cap1, Mfsd2, Mycl1, Trit1, Bmp8b, Oxct2b, Ppie
Downstream geneOxct2a, Macf1, D830031N03Rik, LOC100039110, Ndufs5, 6330407G11Rik, Rhbdl2, LOC667064, Mycbp, Rragc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325K14.bB6Ng01-325K14.g
ACCGA113663GA113664
length1,1721,058
definitionB6Ng01-325K14.b B6Ng01-325K14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,858,610 - 122,859,805)(122,993,617 - 122,994,662)
sequence
gaattcctgttctggttgggctattaagtaaaacacactcacttacaaat
actcactagcatagctgatctcagtaactaagggacagatggtatataca
gagtggatatgctggacaagaggacagaggcttaaaaggaatggcagatt
tcattatggcaattaggacagtctaccgcttaaaacttgtggattctgtg
tttctgaaatttcccatttggtgttttgggctgtgactgattgcagatag
tggaaattgtagaaactaagaccacaaataaagatgtaccgctgtgaagt
tctagcacaacgtaagctttcaacaaagtaagctattgttaggggcgctg
gagtccaaggaaagcccttggattcatgtctctataattctaaaacaatc
acacttcctttattctccttctcttctctccactgagtctctagtaccag
ctcccacattatacagactgggaggtcgtggatgagggagggcttgcttg
agatcatatgagggtccctagaaacaaccagactccattttaggtgttca
ggtatcacttccagcaacccatattctcctcacttccctgcacgttgggt
tatagttaactgtaaccaagcactcttgcttaccacttgagggtttaaag
cacggaaggtacccgagaaggacttaaggcttttaaggaacttcatgagt
caccaaccaaagatgccatggatgtatctcctctttgactcgaacacgga
gctcccaaccgtatgctgcaaccccagagagaaggcatatccagctgcta
gaacgggacagcgcaactggcttaagaggaaatggatagctctcataagg
aagacgcgggtcctactggtttcccctggctgtgctttgtttgggagttt
ctaagaccaaatctccaaaaccgggttctttgcctgtccttagtccccca
aacagcgctcatctccaccatttgctgcctggacagaatccgggcttctt
ctgcatctgcatcccatttaacaatcccccacgcgtcccgccccactttt
ggtagatctgagtccctctccgcacgtggccagccagggatctctgctcc
cgtcgcctgagtggcgtagagctcttcaccactggattggagctctcaga
accagatacatcgtggtactga
gaattcaaggccagcctggtctatgaagtgtgttccaggacagccagggc
tacacagagaaaccctgtcttgaaactgcccctcacctcctatcccccaa
aagatatgtggggttatagtgagactgattgaggaagttactgtttgcaa
tcctgactcctgtgaaatgtttctcaagtctttcaggttatcactagcag
ggatgcctgtggctacggcggtccctggccccgacacatcagacctggcc
agagtacttagattggtctccggacaaggaaacaggttcataggtgccat
gctaccatccacaagtcaagtccccgaacttccctttccgttgtctctgt
ctctatctcccagggcacagcatggatcctggcctggctggtctgcttgg
acgacaagcaccacgctccagacagcctttcatggtaaccttcttcaggg
ccagccagagtcctgtgcgggcccctcgggcagcgagaccactgaagagg
aggcagccaaagaaaacgaacgagcttccgcaccccaacaaactcccagg
gatctttggtgagggtggggttgagcctcctgggaggcctctttacagag
tggtagccttcaagtaggtctgattggagacccttgacctttggggtgtg
cctggctaggggagagggctgcagaggaaagcagaagctgtgtgtgccct
ggggtcctgttggggtgttctctggagcgtctggaggccccccaggcagc
aaggtgagagatcttgctgaacacagccatagcctgtggtgatggagcca
cagaaagactgttgggctgggtcacggcacgagcagggatccagaatggg
acctgggattccagggcctttagtttccttctagtcctttcattgtaaaa
tgtgcctcctgtcacatcaccacctgggagtacccatggctaacttcttg
tagggcaggacccctgaatagactgtgcctcctcgtcctgcagaatgatt
gccaacgggttccgcggtaaagaaggtttggccgcaggcatgagctctct
acgtcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_122858610_122859805
seq2: B6Ng01-325K14.b_43_1214

seq1  GAATTCCTGTTCTGGTTGGGCTATTAAGTAAAACACACTCACTTACAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTTCTGGTTGGGCTATTAAGTAAAACACACTCACTTACAAAT  50

seq1  ACTCACTAGCATAGCTGATCTCAGTAACTAAGGGACAGATGGTATATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTAGCATAGCTGATCTCAGTAACTAAGGGACAGATGGTATATACA  100

seq1  GAGTGGATATGCTGGACAAGAGGACAGAGGCTTAAAAGGAATGGCAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGATATGCTGGACAAGAGGACAGAGGCTTAAAAGGAATGGCAGATT  150

seq1  TCATTATGGCAATTAGGACAGTCTACCGCTTAAAACTTGTGGATTCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATGGCAATTAGGACAGTCTACCGCTTAAAACTTGTGGATTCTGTG  200

seq1  TTTCTGAAATTTCCCATTTGGTGTTTTGGGCTGTGACTGATTGCAGATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAATTTCCCATTTGGTGTTTTGGGCTGTGACTGATTGCAGATAG  250

seq1  TGGAAATTGTAGAAACTAAGACCACAAATAAAGATGTACCGCTGTGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATTGTAGAAACTAAGACCACAAATAAAGATGTACCGCTGTGAAGT  300

seq1  TCTAGCACAACGTAAGCTTTCAACAAAGTAAGCTATTGTTAGGGGCGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCACAACGTAAGCTTTCAACAAAGTAAGCTATTGTTAGGGGCGCTG  350

seq1  GAGTCCAAGGAAAGCCCTTGGATTCATGTCTCTATAATTCTAAAACAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAAGGAAAGCCCTTGGATTCATGTCTCTATAATTCTAAAACAATC  400

seq1  ACACTTCCTTTATTCTCCTTCTCTTCTCTCCACTGAGTCTCTAGTACCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCCTTTATTCTCCTTCTCTTCTCTCCACTGAGTCTCTAGTACCAG  450

seq1  CTCCCACATTATACAGACTGGGAGGTCGTGGATGAGGGAGGGCTTGCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACATTATACAGACTGGGAGGTCGTGGATGAGGGAGGGCTTGCTTG  500

seq1  AGATCATATGAGGGTCCCTAGAAACAACCAGACTCCATTTTAGGTGTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATATGAGGGTCCCTAGAAACAACCAGACTCCATTTTAGGTGTTCA  550

seq1  GGTATCACTTCCAGCAACCCATATTCTCCTCACTTCCCTGCACGTTGGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCACTTCCAGCAACCCATATTCTCCTCACTTCCCTGCACGTTGGGT  600

seq1  TATAGTTAACTGTAACCAAGCACTCTTGCTTACCACTTGAGGGTTTAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTAACTGTAACCAAGCACTCTTGCTTACCACTTGAGGGTTTAAAG  650

seq1  CACGGAAGGTACCCGAGAAGGACTTAAGGCTTTTAAGGAACTTCATGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGAAGGTACCCGAGAAGGACTTAAGGCTTTTAAGGAACTTCATGAGT  700

seq1  CACCAACCAAAGATGCCATGGATGTATCTCCTCTTTGACTCGAACACGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACCAAAGATGCCATGGATGTATCTCCTCTTTGACTCGAACACGGA  750

seq1  GCTCCCAACCGTATGCTGCAACCCCAGAGAGAAGGCATATCCAGCTGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAACCGTATGCTGCAACCCCAGAGAGAAGGCATATCCAGCTGCTA  800

seq1  GAACGGGACAGCGCAACTGGCTTAAGAGGAAATGGATAGCTCTCATAAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGGGACAGCGCAACTGGCTTAAGAGGAAATGGATAGCTCTCATAAGG  850

seq1  AAGACGCGGGTCCTACTGGTTTCCCCTGGCTGTGCTTTGTTTGGGAGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGCGGGTCCTACTGGTTTCCCCTGGCTGTGCTTTGTTTGGGAGTTT  900

seq1  CTAAGACCAAATCTCCAAAAACCGGTTCTTTGCCTGTCCTTAGTCCCCCA  950
      |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACCAAATCTCCAAAACCGGGTTCTTTGCCTGTCCTTAGTCCCCCA  950

seq1  AACAGCGCTCATCTCCACCATTTGCTGCCTGGACAGAAATCCGGCCTCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||
seq2  AACAGCGCTCATCTCCACCATTTGCTGCCTGGACAGAATCCGGGCTTCTT  1000

seq1  CTGCATCTGCAATCCCATTTAACCAATCCCCCACGCGTCCCGCCCCCACT  1050
      |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGCATCTGC-ATCCCATTTAA-CAATCCCCCACGCGTCCCG-CCCCACT  1047

seq1  TTTGGTAGATCCCTTGAAGTCCCTCCTCCGCACGTGGCCCAGCCCAGGGA  1100
      |||||||||||   || ||||||| |||||||||||| |||| |||||||
seq2  TTTGGTAGATC---TG-AGTCCCT-CTCCGCACGTGG-CCAG-CCAGGGA  1090

seq1  TCTCTGCTCCCCTTTCGCCCTGAGTTTGGCGTTAGAGCTCTTTCCCACCA  1150
      |||||||||||   ||| ||||||  ||||| ||||||||||   |||||
seq2  TCTCTGCTCCC--GTCG-CCTGAG--TGGCG-TAGAGCTCTT---CACCA  1131

seq1  CCTTGGGTTGTGAGCTCTCAGACACCAG-TACATCCGTGGCGACTGA  1196
      |  ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||  |||||
seq2  C--TGGATTG-GAGCTCTCAGA-ACCAGATACAT-CGTGG-TACTGA  1172

seq1: chr4_122993617_122994662
seq2: B6Ng01-325K14.g_68_1125 (reverse)

seq1  GCTGACGT--AGAGCTCATGCCTGCGG-CAAACC-TCTCTGCCGCGGGAA  46
      ||||||||  ||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||| | 
seq2  GCTGACGTAGAGAGCTCATGCCTGCGGCCAAACCTTCTTTACCGCGGAAC  50

seq1  CCG-TGGCCATCA-TCTGCAGGGACGAGAAGGCACAGTCTATTCAGGGGT  94
      ||| |||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGGCAATCATTCTGCA-GGACGAGGAGGCACAGTCTATTCAGGGGT  99

seq1  CCTGCCCTACA--GAGTT-GCCATGGGTACTCCCA-GTGGTGATGTGACA  140
      |||||||||||   |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTACAAGAAGTTAGCCATGGGTACTCCCAGGTGGTGATGTGACA  149

seq1  GGAGGCACA-TTTACAATG-AAGGACAAG-AGGAAACTAAAGG-CCTGGA  186
      ||||||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||
seq2  GGAGGCACATTTTACAATGAAAGGACTAGAAGGAAACTAAAGGCCCTGGA  199

seq1  ATCCCAGGTCCCATTTCTGGATCCCTGCTCGTGCCGTGACCCAGCCCAAC  236
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGTCCCA-TTCTGGATCCCTGCTCGTGCCGTGACCCAGCCCAAC  248

seq1  AGTCCTTCTGTGGCTCCATCACCACAGGCTATGGCTGTGTTCAGCAAGAT  286
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCTGTGGCTCCATCACCACAGGCTATGGCTGTGTTCAGCAAGAT  298

seq1  CTCTCACCTTGCTGCCTGGGGGGCCTCCAGACGCTCCAGAGAACACCCCA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACCTTGCTGCCTGGGGGGCCTCCAGACGCTCCAGAGAACACCCCA  348

seq1  ACAGGACCCCAGGGCACACACAGCTTCTGCTTTCCTCTGCAGCCCTCTCC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACCCCAGGGCACACACAGCTTCTGCTTTCCTCTGCAGCCCTCTCC  398

seq1  CCTAGCCAGGCACACCCCAAAGGTCAAGGGTCTCCAATCAGACCTACTTG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCCAGGCACACCCCAAAGGTCAAGGGTCTCCAATCAGACCTACTTG  448

seq1  AAGGCTACCACTCTGTAAAGAGGCCTCCCAGGAGGCTCAACCCCACCCTC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTACCACTCTGTAAAGAGGCCTCCCAGGAGGCTCAACCCCACCCTC  498

seq1  ACCAAAGATCCCTGGGAGTTTGTTGGGGTGCGGAAGCTCGTTCGTTTTCT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGATCCCTGGGAGTTTGTTGGGGTGCGGAAGCTCGTTCGTTTTCT  548

seq1  TTGGCTGCCTCCTCTTCAGTGGTCTCGCTGCCCGAGGGGCCCGCACAGGA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGCCTCCTCTTCAGTGGTCTCGCTGCCCGAGGGGCCCGCACAGGA  598

seq1  CTCTGGCTGGCCCTGAAGAAGGTTACCATGAAAGGCTGTCTGGAGCGTGG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTGGCCCTGAAGAAGGTTACCATGAAAGGCTGTCTGGAGCGTGG  648

seq1  TGCTTGTCGTCCAAGCAGACCAGCCAGGCCAGGATCCATGCTGTGCCCTG  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTCGTCCAAGCAGACCAGCCAGGCCAGGATCCATGCTGTGCCCTG  698

seq1  GGAGATAGAGACAGAGACAACGGAAAGGGAAGTTCGGGGACTTGACTTGT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATAGAGACAGAGACAACGGAAAGGGAAGTTCGGGGACTTGACTTGT  748

seq1  GGATGGTAGCATGGCACCTATGAACCTGTTTCCTTGTCCGGAGACCAATC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTAGCATGGCACCTATGAACCTGTTTCCTTGTCCGGAGACCAATC  798

seq1  TAAGTACTCTGGCCAGGTCTGATGTGTCGGGGCCAGGGACCGCCGTAGCC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACTCTGGCCAGGTCTGATGTGTCGGGGCCAGGGACCGCCGTAGCC  848

seq1  ACAGGCATCCCTGCTAGTGATAACCTGAAAGACTTGAGAAACATTTCACA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCATCCCTGCTAGTGATAACCTGAAAGACTTGAGAAACATTTCACA  898

seq1  GGAGTCAGGATTGCAAACAGTAACTTCCTCAATCAGTCTCACTATAACCC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGGATTGCAAACAGTAACTTCCTCAATCAGTCTCACTATAACCC  948

seq1  CACATATCTTTTGGGGGATAGGAGGTGAGGGGCAGTTTCAAGACAGGGTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATCTTTTGGGGGATAGGAGGTGAGGGGCAGTTTCAAGACAGGGTT  998

seq1  TCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACACACTTCATAGACCAGGCTGG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACACACTTCATAGACCAGGCTGG  1048

seq1  CCTTGAATTC  1046
      ||||||||||
seq2  CCTTGAATTC  1058