BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326O08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 71,638,566 - 71,763,016
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039565, LOC100039979, LOC667638, EG667649
Downstream geneTle1, Aldoa-ps2, EG384113, LOC667713, LOC100039698
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326O08.bB6Ng01-326O08.g
ACCGA114585GA114586
length8431,082
definitionB6Ng01-326O08.b B6Ng01-326O08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,638,566 - 71,639,229)(71,761,937 - 71,763,016)
sequence
gaattctcaactgaggaataccgaatgactgagaagcacctaaagaaata
gtcaacatccttagtcatcaggaaaatgcaaataaaaaaaccttgagatt
cgacctcacactagtcaaagtggctaagatcaaaagctcaggtgaccaca
gatgttgttcgagaatgtagagaaagaggaacatcctccattgctaatgg
aattgtaagctggtacaaccactctggaaatcagtctggcagttcctcag
aaaattggacatagtactacctgatgacccagcaataccactcctgggca
tatatccagaagatgttccaacttgtaataagaatacatgctccactatg
ttcataacagccttatttataatagccagaagccaaaatgaacctagatg
tccctcaaatgaggaatggatacagaaaatgtggtacatttacacaatgg
agtactacttagctattaaaaaacaatgaatttatgaaattcttaggcaa
acagatggaactagaaaatatcaccctgagtgaggtaagccaatcacaaa
ggaacacacatggtataaactcattgataagtggatattagcccagaagc
tcggaatacctacgatacatttcacagaatatatgaagctcaagaagaag
gaagaccaaagtatggataattcgaccctctgacgacattattacagtgt
tcaagtatgggtaccaaatacatagaagataaatcatttcagtctggtac
ttttaattactgtctaatatctcaattcccaggggatttttagataaatg
gtgtgtatgtatgtatatatatatatatatatatatatatata

gaattcactggtcttatgtccccaccatgctcaaacagagggcctagtag
accaaatggctttttgaatacacagttacagtgctaattaggtagaagca
gcttggagggctggggctagattgactcagcttctattgtttaatagttt
tactgtagctggattccaggagtccagaaatcaaaggtttgaaaagggaa
ttgtttattgtttttcctagtcatcctccaagaaaattttggttccctgt
tccaagaccttacatgttgctggcctagaaattttggttccagagctggg
agtacttgtacctggagtcataataaacattccactgaaattgaggctca
gacttccccctgtccactttgggcttctgatgccattaagccaacagaca
aaggaataacagtgttagacgtgattgatctagattaccaaggaaaagtt
ggattgcttctccataatggtggtaagaaaggttatgttggaagtcagaa
gtacaggcaaacctggcaatgtggtactgcttgcacaaacctggagccac
agaggggttcagtgcaccaaggacagcccatagcaatcaggtgcaggcca
catcagtcagaagaacaggtgaatgacccatctgcctgcaaactccccac
gtcctagatcctagactccattcccaaagacctattccagtacccccacc
ttctgccccactgccatgctcttactcccaacttcagctgtcttgtgcta
cccaactgcaggccacatcagtttagtagaacagctgtcctggtggaggc
cacaacagtttaaagaacaggtccaggccaagcaagccagaaaaacagac
aggtaaattctggcaaaaaaactacctgctgcaccagagaccacataggc
ctacagaaacagttatgtggtccatgactccatccccaaagatcaagata
gctgcccagaagacagaggtcagaagtcatgtttcccatgctgaaaagac
cagaaaacaaagatggaaacaaaaacaaaggacaaacagcttaccagcat
gacaattcagaatcagcattcagactatgata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_71638566_71639229
seq2: B6Ng01-326O08.b_228_891

seq1  AACATCCTCCATTGCTAATGGAATTGTAAGCTGGTACAACCACTCTGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCTCCATTGCTAATGGAATTGTAAGCTGGTACAACCACTCTGGAA  50

seq1  ATCAGTCTGGCAGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTACTACCTGATGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTGGCAGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTACTACCTGATGACC  100

seq1  CAGCAATACCACTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGTTCCAACTTGTAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATACCACTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGTTCCAACTTGTAAT  150

seq1  AAGAATACATGCTCCACTATGTTCATAACAGCCTTATTTATAATAGCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATACATGCTCCACTATGTTCATAACAGCCTTATTTATAATAGCCAG  200

seq1  AAGCCAAAATGAACCTAGATGTCCCTCAAATGAGGAATGGATACAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAAATGAACCTAGATGTCCCTCAAATGAGGAATGGATACAGAAAA  250

seq1  TGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTTAGCTATTAAAAAACAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTACATTTACACAATGGAGTACTACTTAGCTATTAAAAAACAATGA  300

seq1  ATTTATGAAATTCTTAGGCAAACAGATGGAACTAGAAAATATCACCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGAAATTCTTAGGCAAACAGATGGAACTAGAAAATATCACCCTGA  350

seq1  GTGAGGTAAGCCAATCACAAAGGAACACACATGGTATAAACTCATTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTAAGCCAATCACAAAGGAACACACATGGTATAAACTCATTGATA  400

seq1  AGTGGATATTAGCCCAGAAGCTCGGAATACCTACGATACATTTCACAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATATTAGCCCAGAAGCTCGGAATACCTACGATACATTTCACAGAA  450

seq1  TATATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTATGGATAATTCGACCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTATGGATAATTCGACCCT  500

seq1  CTGACGACATTATTACAGTGTTCAAGTATGGGTACCAAATACATAGAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGACATTATTACAGTGTTCAAGTATGGGTACCAAATACATAGAAGA  550

seq1  TAAATCATTTCAGTCTGGTACTTTTAATTACTGTCTAATATCTCAATTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCATTTCAGTCTGGTACTTTTAATTACTGTCTAATATCTCAATTCC  600

seq1  CAGGGGATTTTTAGATAAATGGTGTGTATGTATGTATATATATATATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGATTTTTAGATAAATGGTGTGTATGTATGTATATATATATATATA  650

seq1  TATATATATATATA  664
      ||||||||||||||
seq2  TATATATATATATA  664


seq1: chr4_71761937_71763016
seq2: B6Ng01-326O08.g_72_1149 (reverse)

seq1  TATCATAGTCTGGATGCTGATTTCTGAATTTGTCCTTGCTGGGTAGCTGT  50
      |||||||||||| ||||||| ||||||| |||| | ||||||  ||||||
seq2  TATCATAGTCTGAATGCTGA-TTCTGAA-TTGT-CATGCTGGTAAGCTGT  47

seq1  TTTGTTCCTTGGTTTTTGTTTCC-TCTTTGGTTTTCTGGTCTTTTCAGCA  99
      ||   ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TT--GTCCTTTGTTTTTGTTTCCATCTTT-GTTTTCTGGTCTTTTCAGCA  94

seq1  T-GGAAACATGACTTCTGACCTCTGTCTTCT-GGCAGCTATCTTGATCTT  147
      | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAACATGACTTCTGACCTCTGTCTTCTGGGCAGCTATCTTGATCTT  144

seq1  TGGGGATGGAGTCATGGACCACATAACTGTTTCTGTAGGCCTATGTGGTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGGAGTCATGGACCACATAACTGTTTCTGTAGGCCTATGTGGTC  194

seq1  TCTGGTGCAGCAGGTAGTTTTTTTGCCAGAATTTACCTGTCTGTTTTTCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGCAGCAGGTAGTTTTTTTGCCAGAATTTACCTGTCTGTTTTTCT  244

seq1  GGCTTGCTTGGCCTGGACCTGTTCTTTAAACTGTTGTGGCCTCCACCAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCTTGGCCTGGACCTGTTCTTTAAACTGTTGTGGCCTCCACCAGG  294

seq1  ACAGCTGTTCTACT-AACTGATGTGGCCTGCAGTTGGGTAGCACAAGACA  346
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGTTCTACTAAACTGATGTGGCCTGCAGTTGGGTAGCACAAGACA  344

seq1  GCTGAAGTTGGGAGTAAGAGCATGGCAGTGGGGCAGAAGGTGGGGGTACT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTTGGGAGTAAGAGCATGGCAGTGGGGCAGAAGGTGGGGGTACT  394

seq1  GGAATAGGTCTTTGGGAATGGAGTCTAGGATCTAGGACGTGGGGAGTTTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAGGTCTTTGGGAATGGAGTCTAGGATCTAGGACGTGGGGAGTTTG  444

seq1  CAGGCAGATGGGTCATTCACCTGTTCTTCTGACTGATGTGGCCTGCACCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGATGGGTCATTCACCTGTTCTTCTGACTGATGTGGCCTGCACCT  494

seq1  GATTGCTATGGGCTGTCCTTGGTGCACTGAACCCCTCTGTGGCTCCAGGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTATGGGCTGTCCTTGGTGCACTGAACCCCTCTGTGGCTCCAGGT  544

seq1  TTGTGCAAGCAGTACCACATTGCCAGGTTTGCCTGTACTTCTGACTTCCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAAGCAGTACCACATTGCCAGGTTTGCCTGTACTTCTGACTTCCA  594

seq1  ACATAACCTTTCTTACCACCATTATGGAGAAGCAATCCAACTTTTCCTTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACCTTTCTTACCACCATTATGGAGAAGCAATCCAACTTTTCCTTG  644

seq1  GTAATCTAGATCAATCACGTCTAACACTGTTATTCCTTTGTCTGTTGGCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTAGATCAATCACGTCTAACACTGTTATTCCTTTGTCTGTTGGCT  694

seq1  TAATGGCATCAGAAGCCCAAAGTGGACAGGGGGAAGTCTGAGCCTCAATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCATCAGAAGCCCAAAGTGGACAGGGGGAAGTCTGAGCCTCAATT  744

seq1  TCAGTGGAATGTTTATTATGACTCCAGGTACAAGTACTCCCAGCTCTGGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGAATGTTTATTATGACTCCAGGTACAAGTACTCCCAGCTCTGGA  794

seq1  ACCAAAATTTCTAGGCCAGCAACATGTAAGGTCTTGGAACAGGGAACCAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATTTCTAGGCCAGCAACATGTAAGGTCTTGGAACAGGGAACCAA  844

seq1  AATTTTCTTGGAGGATGACTAGGAAAAACAATAAACAATTCCCTTTTCAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCTTGGAGGATGACTAGGAAAAACAATAAACAATTCCCTTTTCAA  894

seq1  ACCTTTGATTTCTGGACTCCTGGAATCCAGCTACAGTAAAACTATTAAAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGATTTCTGGACTCCTGGAATCCAGCTACAGTAAAACTATTAAAC  944

seq1  AATAGAAGCTGAGTCAATCTAGCCCCAGCCCTCCAAGCTGCTTCTACCTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAGCTGAGTCAATCTAGCCCCAGCCCTCCAAGCTGCTTCTACCTA  994

seq1  ATTAGCACTGTAACTGTGTATTCAAAAAGCCATTTGGTCTACTAGGCCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCACTGTAACTGTGTATTCAAAAAGCCATTTGGTCTACTAGGCCCT  1044

seq1  CTGTTTGAGCATGGTGGGGACATAAGACCAGTGA  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGAGCATGGTGGGGACATAAGACCAGTGA  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |