BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327D10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 124,984,314 - 125,034,642
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700057H15Rik, LOC100039332, Pou3f1, Utp11l, Fhl3, Sf3a3, LOC664991, Inpp5b, LOC100039433, Mtf1, Yrdc, Gm50, Epha10, Cdca8, 9930104L06Rik, Rspo1, Gnl2, Dnali1, Snip1, 2310005N01Rik, Zc3h12a
Downstream geneLOC100039298, Grik3, Ftl2, Csf3r, Mrps15, 1810007P19Rik, LOC100039645, Lsm10, Stk40, 2610027C15Rik, 1700029G01Rik, Thrap3, Mtap7d1, Trappc3, Col8a2, EG667193, Adprhl2, Tekt2, Eif2c3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327D10.bB6Ng01-327D10.g
ACCGA114821GA114822
length1,1401,078
definitionB6Ng01-327D10.b B6Ng01-327D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,984,314 - 124,985,468)(125,033,557 - 125,034,642)
sequence
gaattccctgagggtaccctcattttcttcagtcctttggagtcctgaag
acatggtgtattcccctcactgacttgggtaagttctgcaaagctcaggg
aggtgtcaggagaggcaaacccttattcctgcccaggctgaattaagaca
agctagggaaagacatgtcaggaagtcagctctgcctcttagagccaggg
agcatggggtgttagttctgggagcactgagctatttctcaaggtctcca
gtgaagtccagcaaagcccttctcgacactggtcctgcaccgtctcaggg
atgccctcttccctgagcatcttcgggcaacttcagagtggctgtgtcta
gggttgaccttctgttcatgcttggcctcggtcagtggtccttacctaag
ggtgacattcacaaccccttcccgctccattcatatcaacagctacaccc
acctgcactgggcagctgcagaatgtctcagggttgtcttgcttcttccc
tgcctcaggttccctccacctccctcctgtattatcctaaagaccctcaa
agtagttctaccctcctggctccagtgtcacctgagtctgccacaccaga
ccactacttggttatcctctaacacaaactactgtctggctctcattgcc
tgagtatccaagacctgctatgagtggccttcacctctgcattctgtctc
atccaggtccctcagcacccagggtactatcctgctttaccccatcatgg
gcttcctgtgtgttcctgcctcccccagcccccacccccgacctcctgag
aggtttattcttgttacttccgccatctttgttggctcctggggcagagt
gtgggctcctcctcctccctcagctccagcactctgtcacttccctgtta
cagccctgtccctttctccagtactgactatggtcattttacacacctgg
gctcctccagggcaggaaccctggctatttattgctgatttcccagcaaa
agagccagacatagtagtactcagtgtcgttgatggaattcctcacagct
atgggctgtttcatcatgccatgacattctattcagagatgagcatgctc
tcccagatagctggaggacaagtcctatcactggcctatt
gaattctttcagctacagactggctgtcctgggctgagagagagagagat
gaatggtgggatgctttggggcttggtatcagatccacccatgggtacca
gagtgtctgaaatccaagagaagacaaaccctgggcaggtaggagtgtca
aagttcctgccctaagctgtcgggatcatctcttggccctttcctgatgc
agtcagccacctgcctgaacaaagcagtcctctcagccagagaaagagct
aaggacacacacacacacacacacacacacacacgcacacgcacacgcac
acacacacacacacacacacacacgcacgcacgcgcgcacacacacacat
accccatacctcacacccccatccagccctactctgtgggttcctcccac
acagctctcctgtcccctcccacagggttctccagatccttcccacctga
ctcttctggcccttcacagggccttcctgatttctagtccctcagtgcct
gctctctgtcctcacagagacatctcacagatcaccagacagccccgccc
caaccccctgcatagcctaactcctctttttttcctggaagcctgttcct
cagaccaaccaaggcagccccatcctcacagaagcttggcagccagcacc
gacgtaagcctggacacatttctctctctccttcaacatctaatctatta
gctttcaaactcgtaactggatcccatcgcttcctctcacttctgctgct
accaacctggccctaggccaccgtcagctctgactccagctggtcggcct
gcctgtctcactgctgacaccaggcaagaggatctgtgggaaaggctgct
tgtttgttcaaaatgtgtcaacccctcattttctactaggctagaaccaa
actgcacgatgatcaaaaatgtccccacggccctgctacacagccccagc
acagagctctctctctctcccccaccacctgctgggtccagagccgtaac
ctccctctcagcctcaggagaaaacatgacccctagctgactcctgacca
ccttgcagcctagacccttctggcttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_124984314_124985468
seq2: B6Ng01-327D10.b_42_1181

seq1  GAATTCCCTGAGGGTACCCTCATTTTCTTCAGTCCTTTGGAGTCCTGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGAGGGTACCCTCATTTTCTTCAGTCCTTTGGAGTCCTGAAG  50

seq1  ACATGGTGTATTCCCCTCACTGACTTGGGTAAGTTCTGCAAAGCTCAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGTATTCCCCTCACTGACTTGGGTAAGTTCTGCAAAGCTCAGGG  100

seq1  AGGTGTCAGGAGAGGCAAACCCTTATTCCTGCCCAGGCTGAATTAAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCAGGAGAGGCAAACCCTTATTCCTGCCCAGGCTGAATTAAGACA  150

seq1  AGCTAGGGAAAGACATGTCAGGAAGTCAGCTCTGCCTCTTAGAGCCAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGGAAAGACATGTCAGGAAGTCAGCTCTGCCTCTTAGAGCCAGGG  200

seq1  AGCATGGGGTGTTAGTTCTGGGAGCACTGAGCTATTTCTCAAGGTCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGGGGTGTTAGTTCTGGGAGCACTGAGCTATTTCTCAAGGTCTCCA  250

seq1  GTGAAGTCCAGCAAAGCCCTTCTCGACACTGGTCCTGCACCGTCTCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTCCAGCAAAGCCCTTCTCGACACTGGTCCTGCACCGTCTCAGGG  300

seq1  ATGCCCTCTTCCCTGAGCATCTTCGGGCAACTTCAGAGTGGCTGTGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTCTTCCCTGAGCATCTTCGGGCAACTTCAGAGTGGCTGTGTCTA  350

seq1  GGGTTGACCTTCTGTTCATGCTTGGCCTCGGTCAGTGGTCCTTACCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGACCTTCTGTTCATGCTTGGCCTCGGTCAGTGGTCCTTACCTAAG  400

seq1  GGTGACATTCACAACCCCTTCCCGCTCCATTCATATCAACAGCTACACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATTCACAACCCCTTCCCGCTCCATTCATATCAACAGCTACACCC  450

seq1  ACCTGCACTGGGCAGCTGCAGAATGTCTCAGGGTTGTCTTGCTTCTTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCACTGGGCAGCTGCAGAATGTCTCAGGGTTGTCTTGCTTCTTCCC  500

seq1  TGCCTCAGGTTCCCTCCACCTCCCTCCTGTATTATCCTAAAGACCCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAGGTTCCCTCCACCTCCCTCCTGTATTATCCTAAAGACCCTCAA  550

seq1  AGTAGTTCTACCCTCCTGGCTCCAGTGTCACCTGAGTCTGCCACACCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTCTACCCTCCTGGCTCCAGTGTCACCTGAGTCTGCCACACCAGA  600

seq1  CCACTACTTGGTTATCCTCTAACACAAACTACTGTCTGGCTCTCATTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTACTTGGTTATCCTCTAACACAAACTACTGTCTGGCTCTCATTGCC  650

seq1  TGAGTATCCAAGACCTGCTATGAGTGGCCTTCACCTCTGCATTCTGTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATCCAAGACCTGCTATGAGTGGCCTTCACCTCTGCATTCTGTCTC  700

seq1  ATCCAGGTCCCTCAGCACCCAGGGTACTATCCTGCTTTACCCCATCATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGGTCCCTCAGCACCCAGGGTACTATCCTGCTTTACCCCATCATGG  750

seq1  GCTTCCTGTGTGTTCCTGCCTCCCCCAGCCCCCACCCCCGACCTCCTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGTGTGTTCCTGCCTCCCCCAGCCCCCACCCCCGACCTCCTGAG  800

seq1  AGGTTTATTCTTGTTACTTCCGCCATCTTTGTTGGCTCCTGGGGCAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTATTCTTGTTACTTCCGCCATCTTTGTTGGCTCCTGGGGCAGAGT  850

seq1  GTGGGCTCCTCCTCCTCCCTCAGGCTCCAGCACTCTGTCACTTCCCTGTT  900
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCTCCTCCTCCTCCCTCA-GCTCCAGCACTCTGTCACTTCCCTGTT  899

seq1  ACAGCCCTGTCCCTTTCTCCAGTACTGACTATGGTCATTTTACACACCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCTGTCCCTTTCTCCAGTACTGACTATGGTCATTTTACACACCTG  949

seq1  GGCTCCTCCAGGGCAGGAACCCTGGCTATTTATTGCTGATTTCCCAGCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTCCAGGGCAGGAACCCTGGCTATTTATTGCTGATTTCCCAGCAA  999

seq1  AAGAGCCAGAACATAGTAGGTACTCAGTGTCGGTTGAATGGAATTTCCTC  1050
      ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||
seq2  AAGAGCCAG-ACATAGTA-GTACTCAGTGTC-GTTG-ATGGAA-TTCCTC  1044

seq1  ACAGCTAATTGGGCTGGTTTCATCATGCAATGACA-TCTATCCAGAGAAT  1099
      |||||||  |||||| |||||||||||| |||||| ||||| ||||||  
seq2  ACAGCTA--TGGGCT-GTTTCATCATGCCATGACATTCTATTCAGAGA--  1089

seq1  TGAGCATTGCCTCTCCCAGGATTAGCT-GAGGACAAGTCCCCTATCCACT  1148
      |||||||   |||||||||   ||||| ||||||||||  ||||| ||||
seq2  TGAGCAT--GCTCTCCCAG--ATAGCTGGAGGACAAGT--CCTAT-CACT  1132

seq1  GG-CTATT  1155
      || |||||
seq2  GGCCTATT  1140

seq1: chr4_125033557_125034642
seq2: B6Ng01-327D10.g_67_1144 (reverse)

seq1  GGAAGGCCCAG-AGGGTCTAGGCTGCAAGGTGGTTCAGGATGTCAGCTAG  49
      |||||  |||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||
seq2  GGAAG--CCAGAAGGGTCTAGGCTGCAAGGTGG-TCAGGA-GTCAGCTAG  46

seq1  GGGTCATG-TTTCTCCTGAGGCTGAGAGGGAGGTTACGGGCTCTGGGACC  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  GGGTCATGTTTTCTCCTGAGGCTGAGAGGGAGGTTAC-GGCTCT-GGACC  94

seq1  CAGCAAGGTGGTGGGGGAGAGAGAGGAGAGCTCTGTGGCTGGGGCTGTGG  148
      |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |
seq2  CAGC-AGGTGGTGGGGGAGAGAGA-GAGAGCTCTGT-GCTGGGGCTGT-G  140

seq1  TAGCAGGGCCGTGGGGACATTTTTGATCATCGTGCAGTTTGGTTCTAGCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGGCCGTGGGGACATTTTTGATCATCGTGCAGTTTGGTTCTAGCC  190

seq1  TAGTAGAAAATGAGGGGTTGACACATTTTGAACAAACAAGCAGCCTTTCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGAAAATGAGGGGTTGACACATTTTGAACAAACAAGCAGCCTTTCC  240

seq1  CACAGATCCTCTTGCCTGGTGTCAGCAGTGAGACAGGCAGGCCGACCAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATCCTCTTGCCTGGTGTCAGCAGTGAGACAGGCAGGCCGACCAGC  290

seq1  TGGAGTCAGAGCTGACGGTGGCCTAGGGCCAGGTTGGTAGCAGCAGAAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTCAGAGCTGACGGTGGCCTAGGGCCAGGTTGGTAGCAGCAGAAGT  340

seq1  GAGAGGAAGCGATGGGATCCAGTTACGAGTTTGAAAGCTAATAGATTAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAAGCGATGGGATCCAGTTACGAGTTTGAAAGCTAATAGATTAGA  390

seq1  TGTTGAAGGAGAGAGAGAAATGTGTCCAGGCTTACGTCGGTGCTGGCTGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAGGAGAGAGAGAAATGTGTCCAGGCTTACGTCGGTGCTGGCTGC  440

seq1  CAAGCTTCTGTGAGGATGGGGCTGCCTTGGTTGGTCTGAGGAACAGGCTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTCTGTGAGGATGGGGCTGCCTTGGTTGGTCTGAGGAACAGGCTT  490

seq1  CCAGGAAAAAAAGAGGAGTTAGGCTATGCAGGGGGTTGGGGCGGGGCTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAAAAAAGAGGAGTTAGGCTATGCAGGGGGTTGGGGCGGGGCTGT  540

seq1  CTGGTGATCTGTGAGATGTCTCTGTGAGGACAGAGAGCAGGCACTGAGGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGATCTGTGAGATGTCTCTGTGAGGACAGAGAGCAGGCACTGAGGG  590

seq1  ACTAGAAATCAGGAAGGCCCTGTGAAGGGCCAGAAGAGTCAGGTGGGAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAATCAGGAAGGCCCTGTGAAGGGCCAGAAGAGTCAGGTGGGAAG  640

seq1  GATCTGGAGAACCCTGTGGGAGGGGACAGGAGAGCTGTGTGGGAGGAACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGGAGAACCCTGTGGGAGGGGACAGGAGAGCTGTGTGGGAGGAACC  690

seq1  CACAGAGTAGGGCTGGATGGGGGTGTGAGGTATGGGGTATGTGTGTGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGTAGGGCTGGATGGGGGTGTGAGGTATGGGGTATGTGTGTGTGT  740

seq1  GCGCGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGCGT  790

seq1  GTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTTAGCTCTTTCTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCCTTAGCTCTTTCTCT  840

seq1  GGCTGAGAGGACTGCTTTGTTCAGGCAGGTGGCTGACTGCATCAGGAAAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGAGGACTGCTTTGTTCAGGCAGGTGGCTGACTGCATCAGGAAAG  890

seq1  GGCCAAGAGATGATCCCGACAGCTTAGGGCAGGAACTTTGACACTCCTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAGAGATGATCCCGACAGCTTAGGGCAGGAACTTTGACACTCCTAC  940

seq1  CTGCCCAGGGTTTGTCTTCTCTTGGATTTCAGACACTCTGGTACCCATGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCAGGGTTTGTCTTCTCTTGGATTTCAGACACTCTGGTACCCATGG  990

seq1  GTGGATCTGATACCAAGCCCCAAAGCATCCCACCATTCATCTCTCTCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCTGATACCAAGCCCCAAAGCATCCCACCATTCATCTCTCTCTCT  1040

seq1  CTCAGCCCAGGACAGCCAGTCTGTAGCTGAAAGAATTC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCCAGGACAGCCAGTCTGTAGCTGAAAGAATTC  1078