BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330F23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 36,584,110 - 36,705,428
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLingo2
Downstream geneLOC100042132, LOC545600, LOC621458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330F23.bB6Ng01-330F23.g
ACCGA117066GA117067
length1,1191,092
definitionB6Ng01-330F23.b B6Ng01-330F23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,704,297 - 36,705,428)(36,584,110 - 36,585,197)
sequence
gaattccacatccatcagtatctttgaatctgttatattgctgagtacat
ttaagagattcttataattattggtaatttaggtatagttacatgcacaa
atcttaaacaccatcttgccaggtaacactctagcatgagtgggagagag
gccaacaagccacttttcattggatctgtggtcattggcaggttgaccac
gctgtagttcatagcccctcacccatgtatacataggcaacactagttga
aatcagagggtcataataaatataacataaaaggacacacatttggaagg
gatgcatatttatggtaccttaagtgagtttaaggtgagactgtgggtgg
aaatgctcaagatatattatatattaaatacatgaataaattatcaaata
gtaaaaaaaaatgttttttttaacaacaagagactttactttcctaaatt
acttagaggaaaatgaatcagttttccaaaatgaaacatttgaggaaatc
tattactgagcaaaatagaacagaaaggcaatagactgtgtaattaaaat
tttaatttgtcaaaaaaaaaaggtgtctaaagctttaatagtagccatta
acaggaacagtggtgttttagtatgctttattaaccaaaatgcaagcata
attttcattggctacacacactttgaattttgttgtcttctgtttaacac
attaattcagtgacttaattattttttcccgatagcagtaagtatatcat
gaatttgttgttaacactttcttttttttttcctttttaaagattggata
tttctttatttacatttcaaatgttatcccctttcctggtgtcccctcaa
aaaataccctctcactattcccttcctctccccctgctcaccaccccacc
cactccagcttcctggacctggcactggggcatagagccttaataggaca
aagggcctctctccctattgatgtctgactaggccatcctctgctgcata
tgcagctggagcatgagaaccacatgtgtactctttgatgttggttagtc
cctgggagctctgggggtactgactagtcatatactttctctatgtatgc
aactccttcagctctaagc

gaattcccatgattatttggagaaacatgaacagttttgaagcagcccag
gttcctggtacactttgagaatgagacaatctaattgcagcacttcagtg
agtagaaaatgtaggaataacatcatagtcagattctagaatctgactat
tctcttccacttaagggaagagaattttgttgcaacaaaaaagtgtttca
gtttctatggaaattttggattttgcctccaaatctatttttttccttgt
gctatatgttccatatgggtattgaacatcctctctgtagcaggaattat
attcatgacaaaaataagatagtgatgaaataaaacaaataccattaatt
ctatgactcataatccaatatgataataagcaataaacaataatgttatg
agctctgacagtgctgtatgtgccttaatcctagaaatcagattgcatgc
aaagagctgatatttatactgatatctacaaaatcaatgtgacctaagta
aggaaatcagtgaggacagagaactctgagtatgcatattatacacagaa
attattctgaccaaagtgaatatggaataggtaggatttattaattcatg
tttggcggctgactggtgcagtcttgtgccaggccagatgaaggcagcca
tagctgctatgagctattgtttacaatgactacatcatgttctcttcata
acatttcatttctctttttccatcttccagttccacatcctttctccttc
tcatcaacagtgttctgttagcctcaagctaatgtctaggatatagaacc
aaatcattgttttttctaattatctcgactgggcatgtgtctgtgcacca
gctacctctctctgcaaagggaagtctctctgattaaggatgacagtagt
atttgtctatgggtataacataaataactatactattggtttagtgaaat
aatcaatgtagctaaagtacagaatcagttgccccctgggagtctatatt
ccccaaccatatttattttataactatgtacagaatgaggcatatatcct
tccctacggagccagctttcaaatatatgccaagaacagctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_36704297_36705428
seq2: B6Ng01-330F23.b_48_1166 (reverse)

seq1  GCTTAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCATACCATAGGAAGAAAAGTAATATGA  50
      |||||  |||||||||| | ||||||| |||||  || ||||| ||||| 
seq2  GCTTA--GAGCTGAAGGAG-TTGCATA-CATAG--AG-AAAGT-ATATG-  41

seq1  ACTAGTCAGTACCCCCAGAGCTCCCAGGGACTAAACCACCAATCAAAGAG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||
seq2  ACTAGTCAGTACCCCCAGAGCTCCCAGGGACTAACCAAC--ATCAAAGAG  89

seq1  TACACATTGTGGTTCTCATGGCTCCAGCTGCATATGCAGCAGAGGATGGC  150
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACA-TGTGGTTCTCAT-GCTCCAGCTGCATATGCAGCAGAGGATGGC  137

seq1  CTAGTCAGACATCAATAGGGAGAGAGGCCCTTTGTCCTATTAAGGCTCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCAGACATCAATAGGGAGAGAGGCCCTTTGTCCTATTAAGGCTCTA  187

seq1  TGCCCCAGTGCCAGGTCCAGGAAGCTGGAGTGGGTGGGGTGGTGAGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGTGCCAGGTCCAGGAAGCTGGAGTGGGTGGGGTGGTGAGCAGG  237

seq1  GGGAGAGGAAGGGAATAGTGAGAGGGTATTTTTTGAGGGGACACCAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGAAGGGAATAGTGAGAGGGTATTTTTTGAGGGGACACCAGGAA  287

seq1  AGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAATATCCAATCTTTAAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAATATCCAATCTTTAAAAAG  337

seq1  GAAAAAAAAAAGAAAGTGTTAACAACAAATTCATGATATACTTACTGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAGAAAGTGTTAACAACAAATTCATGATATACTTACTGCTA  387

seq1  TCGGGAAAAAATAATTAAGTCACTGAATTAATGTGTTAAACAGAAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGAAAAAATAATTAAGTCACTGAATTAATGTGTTAAACAGAAGACAA  437

seq1  CAAAATTCAAAGTGTGTGTAGCCAATGAAAATTATGCTTGCATTTTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTCAAAGTGTGTGTAGCCAATGAAAATTATGCTTGCATTTTGGTT  487

seq1  AATAAAGCATACTAAAACACCACTGTTCCTGTTAATGGCTACTATTAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCATACTAAAACACCACTGTTCCTGTTAATGGCTACTATTAAAG  537

seq1  CTTTAGACACCTTTTTTTTTTGACAAATTAAAATTTTAATTACACAGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGACACCTTTTTTTTTTGACAAATTAAAATTTTAATTACACAGTCT  587

seq1  ATTGCCTTTCTGTTCTATTTTGCTCAGTAATAGATTTCCTCAAATGTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTTTCTGTTCTATTTTGCTCAGTAATAGATTTCCTCAAATGTTTC  637

seq1  ATTTTGGAAAACTGATTCATTTTCCTCTAAGTAATTTAGGAAAGTAAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGAAAACTGATTCATTTTCCTCTAAGTAATTTAGGAAAGTAAAGT  687

seq1  CTCTTGTTGTTAAAAAAAACATTTTTTTTTACTATTTGATAATTTATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGTTGTTAAAAAAAACATTTTTTTTTACTATTTGATAATTTATTCA  737

seq1  TGTATTTAATATATAATATATCTTGAGCATTTCCACCCACAGTCTCACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTAATATATAATATATCTTGAGCATTTCCACCCACAGTCTCACCT  787

seq1  TAAACTCACTTAAGGTACCATAAATATGCATCCCTTCCAAATGTGTGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCACTTAAGGTACCATAAATATGCATCCCTTCCAAATGTGTGTCC  837

seq1  TTTTATGTTATATTTATTATGACCCTCTGATTTCAACTAGTGTTGCCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTATATTTATTATGACCCTCTGATTTCAACTAGTGTTGCCTAT  887

seq1  GTATACATGGGTGAGGGGCTATGAACTACAGCGTGGTCAACCTGCCAATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATGGGTGAGGGGCTATGAACTACAGCGTGGTCAACCTGCCAATG  937

seq1  ACCACAGATCCAATGAAAAGTGGCTTGTTGGCCTCTCTCCCACTCATGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGATCCAATGAAAAGTGGCTTGTTGGCCTCTCTCCCACTCATGCT  987

seq1  AGAGTGTTACCTGGCAAGATGGTGTTTAAGATTTGTGCATGTAACTATAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTTACCTGGCAAGATGGTGTTTAAGATTTGTGCATGTAACTATAC  1037

seq1  CTAAATTACCAATAATTATAAGAATCTCTTAAATGTACTCAGCAATATAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTACCAATAATTATAAGAATCTCTTAAATGTACTCAGCAATATAA  1087

seq1  CAGATTCAAAGATACTGATGGATGTGGAATTC  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCAAAGATACTGATGGATGTGGAATTC  1119


seq1: chr4_36584110_36585197
seq2: B6Ng01-330F23.g_70_1161

seq1  GAATTCCCATGATTATTTGGAGAAACATGAACAGTTTTGAAGCAGCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATGATTATTTGGAGAAACATGAACAGTTTTGAAGCAGCCCAG  50

seq1  GTTCCTGGTACACTTTGAGAATGAGACAATCTAATTGCAGCACTTCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGTACACTTTGAGAATGAGACAATCTAATTGCAGCACTTCAGTG  100

seq1  AGTAGAAAATGTAGGAATAACATCATAGTCAGATTCTAGAATCTGACTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAAATGTAGGAATAACATCATAGTCAGATTCTAGAATCTGACTAT  150

seq1  TCTCTTCCACTTAAGGGAAGAGAATTTTGTTGCAACAAAAAAGTGTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCACTTAAGGGAAGAGAATTTTGTTGCAACAAAAAAGTGTTTCA  200

seq1  GTTTCTATGGAAATTTTGGATTTTGCCTCCAAATCTATTTTTTTCCTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATGGAAATTTTGGATTTTGCCTCCAAATCTATTTTTTTCCTTGT  250

seq1  GCTATATGTTCCATATGGGTATTGAACATCCTCTCTGTAGCAGGAATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATATGTTCCATATGGGTATTGAACATCCTCTCTGTAGCAGGAATTAT  300

seq1  ATTCATGACAAAAATAAGATAGTGATGAAATAAAACAAATACCATTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGACAAAAATAAGATAGTGATGAAATAAAACAAATACCATTAATT  350

seq1  CTATGACTCATAATCCAATATGATAATAAGCAATAAACAATAATGTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGACTCATAATCCAATATGATAATAAGCAATAAACAATAATGTTATG  400

seq1  AGCTCTGACAGTGCTGTATGTGCCTTAATCCTAGAAATCAGATTGCATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGACAGTGCTGTATGTGCCTTAATCCTAGAAATCAGATTGCATGC  450

seq1  AAAGAGCTGATATTTATACTGATATCTACAAAATCAATGTGACCTAAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCTGATATTTATACTGATATCTACAAAATCAATGTGACCTAAGTA  500

seq1  AGGAAATCAGTGAGGACAGAGAACTCTGAGTATGCATATTATACACAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATCAGTGAGGACAGAGAACTCTGAGTATGCATATTATACACAGAA  550

seq1  ATTATTCTGACCAAAGTGAATATGGAATAGGTAGGATTTATTAATTCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCTGACCAAAGTGAATATGGAATAGGTAGGATTTATTAATTCATG  600

seq1  TTTGGCGGCTGACTGGTGCAGTCTTGTGCCAGGCCAGATGAAGGCAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCGGCTGACTGGTGCAGTCTTGTGCCAGGCCAGATGAAGGCAGCCA  650

seq1  TAGCTGCTATGAGCTATTGTTTACAATGACTACATCATGTTCTCTTCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCTATGAGCTATTGTTTACAATGACTACATCATGTTCTCTTCATA  700

seq1  ACATTTCATTTCTCTTTTTCCATCTTCCAGTTCCACATCCTTTCTCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTCATTTCTCTTTTTCCATCTTCCAGTTCCACATCCTTTCTCCTTC  750

seq1  TCATCAACAGTGTTCTGTTAGCCTCAAGCTAATGTCTAGGATATAGAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAACAGTGTTCTGTTAGCCTCAAGCTAATGTCTAGGATATAGAACC  800

seq1  AAATCATTGTTTTTTCTAATTATCTCGACTGGGCATGTGTCTGTGCACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATTGTTTTTTCTAATTATCTCGACTGGGCATGTGTCTGTGCACCA  850

seq1  GCTACCTCTCTCTGCAAAGGGAAGTCTCTCTGATTAAGGATGACAGTAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTCTCTCTGCAAAGGGAAGTCTCTCTGATTAAGGATGACAGTAGT  900

seq1  ATTTGTCTATGGGTATAACATAAATAACTATACTATT-GTTTAGTGAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATTTGTCTATGGGTATAACATAAATAACTATACTATTGGTTTAGTGAAAT  950

seq1  -ATCAATGTAGCTAAAGTACAGAATCAGTTGCCCC--TGGAGTCTATATT  996
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  AATCAATGTAGCTAAAGTACAGAATCAGTTGCCCCCTGGGAGTCTATATT  1000

seq1  -CCCAACCATATTTATTTTATAAACTATGTTACAGAATGAGGCATATATC  1045
       |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAACCATATTTATTTTAT-AACTATG-TACAGAATGAGGCATATATC  1048

seq1  CCTTCCTACAGAG-CAGCTTTCAAATATATGCCAAGAACAGTTG  1088
      | | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTCCCTACGGAGCCAGCTTTCAAATATATGCCAAGAACAGCTG  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |