BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-331E08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 135,504,636 - 135,643,675
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11
Upstream geneRunx3, Clic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra, Il22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1
Downstream geneId3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr, Htr1d, LOC100042540, Luzp1, Aof2, LOC667080, LOC433770, 4930549C01Rik, BC029684, Ephb2, C1qb, C1qc, C1qa, Epha8, Zbtb40
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-331E08.bB6Ng01-331E08.g
ACCGA117687GA117688
length800525
definitionB6Ng01-331E08.b B6Ng01-331E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,642,882 - 135,643,675)(135,504,636 - 135,505,166)
sequence
gaattcacaagttatcttctgtatcatgtgccacactttctcctatatct
gtaaacatttacatgttcctgtacatgcaaggacacgtgtgtataggtgt
acatgcatgtgcatgggtgtgcatgtggaggagccctgaccacaaccttg
gctgtcattccccaggtgctatccaccctggctttcattttatggtttta
ttattatcgttggtggtggtgtgtgtttgagacagagagaacacgtgctt
gtctaggtgcgtgccaccgcatttgtgtgaagatcaaaggacaactggca
ggagtcagttctctcctcccctcagagggctccaggggttgaaatctggt
catcaggcttgagtggcttttgacccaggcccttccactggccccatctt
ggttttggaaagtctcccactaacatggaactcaccaaggaaactagcct
ggctggtcagggagctacagccatctgtccgtggtgcacactatctttaa
tcctaaccctggagaggcaaaagcaggaagatctctgtgagcttgaggtc
agcctggtctacagagtaagttccaggctactcaggccctgtctcaaaac
acaaagaaacacacacgaacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacaggttctggggattgaactcaggtctttcacatttacc
aacgatctatatggctcatttttcccttaaccatctccacccacccaggg
cggtacccttataggaatattatccccatcttacagatgatggacactga

cagacaacggtgagctgctatgtggttgctggaaattgaactcaggtcct
ccggcagagcagccagtgctcttcactgctgagccacctctccagcgccc
tgccgacttcttgtaattcaggtgcttgtcagaaactgttccagctaaaa
cccaaagccgcttcaggtgcgctgacaagcgagctccagttgatttcctc
aaggtcttcacgggcttggagaactttggcatgcatggcatctttctctt
tgacccattgcagtatgtttacctgggtgtgggggaagggctggagtgat
ggctccctgctttaaaatgatcgctgctcttccagaggacctggtcttga
ctcctacaatctacctggtggctcacaaccatcggtgactccagtcttaa
gggatatgctgttttcttaaaaggacaatgcacacatgtgtcataaaatg
caggcagaatacccatacacataaataattaagcaaggtgtttgtttgtt
ttttgtttttctgaggcagggtttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_135642882_135643675
seq2: B6Ng01-331E08.b_46_845 (reverse)

seq1  TCAGTGTCC-TCATCTGTAAGATGGGGATAATATTCCTATA--GGTACCG  47
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||
seq2  TCAGTGTCCATCATCTGTAAGATGGGGATAATATTCCTATAAGGGTACCG  50

seq1  CCCTGGGT-GGTGGAGATGGTTAAGGG-AAAATGAGCCATATAGATCGTT  95
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGTGGGTGGAGATGGTTAAGGGAAAAATGAGCCATATAGATCGTT  100

seq1  GGTAAATGTGAAAGACCTGAGTTCAATCCCCAGAACCTGTGTGTGTGTGT  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATGTGAAAGACCTGAGTTCAATCCCCAGAACCTGTGTGTGTGTGT  150

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCGTGTGTG-TTCTTTGT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCGTGTGTGTTTCTTTGT  200

seq1  GTTTTGAGACAGGGCCTGAGTAGCCTGGAACTTACTCTGTAGACCAGGCT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAGACAGGGCCTGAGTAGCCTGGAACTTACTCTGTAGACCAGGCT  250

seq1  GACCTCAAGCTCACAGAGATCTTCCTGCTTTTGCCTCTCCAGGGTTAGGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCAAGCTCACAGAGATCTTCCTGCTTTTGCCTCTCCAGGGTTAGGA  300

seq1  TTAAAGATAGTGTGCACCACGGACAGATGGCTGTAGCTCCCTGACCAGCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATAGTGTGCACCACGGACAGATGGCTGTAGCTCCCTGACCAGCC  350

seq1  AGGCTAGTTTCCTTGGTGAGTTCCATGTTAGTGGGAGACTTTCCAAAACC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGTTTCCTTGGTGAGTTCCATGTTAGTGGGAGACTTTCCAAAACC  400

seq1  AAGATGGGGCCAGTGGAAGGGCCTGGGTCAAAAGCCACTCAAGCCTGATG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGGGCCAGTGGAAGGGCCTGGGTCAAAAGCCACTCAAGCCTGATG  450

seq1  ACCAGATTTCAACCCCTGGAGCCCTCTGAGGGGAGGAGAGAACTGACTCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATTTCAACCCCTGGAGCCCTCTGAGGGGAGGAGAGAACTGACTCC  500

seq1  TGCCAGTTGTCCTTTGATCTTCACACAAATGCGGTGGCACGCACCTAGAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTTGTCCTTTGATCTTCACACAAATGCGGTGGCACGCACCTAGAC  550

seq1  AAGCACGTGTTCTCTCTGTCTCAAACACACACCACCACCAACGATAATAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACGTGTTCTCTCTGTCTCAAACACACACCACCACCAACGATAATAA  600

seq1  TAAAACCATAAAATGAAAGCCAGGGTGGATAGCACCTGGGGAATGACAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCATAAAATGAAAGCCAGGGTGGATAGCACCTGGGGAATGACAGC  650

seq1  CAAGGTTGTGGTCAGGGCTCCTCCACATGCACACCCATGCACATGCATGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTTGTGGTCAGGGCTCCTCCACATGCACACCCATGCACATGCATGT  700

seq1  ACACCTATACACACGTGTCCTTGCATGTACAGGAACATGTAAATGTTTAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTATACACACGTGTCCTTGCATGTACAGGAACATGTAAATGTTTAC  750

seq1  AGATATAGGAGAAAGTGTGGCACATGATACAGAAGATAACTTGTGAATTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATAGGAGAAAGTGTGGCACATGATACAGAAGATAACTTGTGAATTC  800

seq1: chr4_135504636_135505166
seq2: B6Ng01-331E08.g_65_595

seq1  GAATTCCAGACAACGGTGAGCTGCTATGTGGTTGCTGGAAATTGAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACAACGGTGAGCTGCTATGTGGTTGCTGGAAATTGAACTCA  50

seq1  GGTCCTCCGGCAGAGCAGCCAGTGCTCTTCACTGCTGAGCCACCTCTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTCCGGCAGAGCAGCCAGTGCTCTTCACTGCTGAGCCACCTCTCCA  100

seq1  GCGCCCTGCCGACTTCTTGTAATTCAGGTGCTTGTCAGAAACTGTTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCCTGCCGACTTCTTGTAATTCAGGTGCTTGTCAGAAACTGTTCCAG  150

seq1  CTAAAACCCAAAGCCGCTTCAGGTGCGCTGACAAGCGAGCTCCAGTTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACCCAAAGCCGCTTCAGGTGCGCTGACAAGCGAGCTCCAGTTGAT  200

seq1  TTCCTCAAGGTCTTCACGGGCTTGGAGAACTTTGGCATGCATGGCATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAAGGTCTTCACGGGCTTGGAGAACTTTGGCATGCATGGCATCTT  250

seq1  TCTCTTTGACCCATTGCAGTATGTTTACCTGGGTGTGGGGGAAGGGCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTGACCCATTGCAGTATGTTTACCTGGGTGTGGGGGAAGGGCTGG  300

seq1  AGTGATGGCTCCCTGCTTTAAAATGATCGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGGCTCCCTGCTTTAAAATGATCGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGG  350

seq1  TCTTGACTCCTACAATCTACCTGGTGGCTCACAACCATCGGTGACTCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACTCCTACAATCTACCTGGTGGCTCACAACCATCGGTGACTCCAG  400

seq1  TCTTAAGGGATATGCTGTTTTCTTAAAAGGACAATGCACACATGTGTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGGGATATGCTGTTTTCTTAAAAGGACAATGCACACATGTGTCAT  450

seq1  AAAATGCAGGCAGAATACCCATACACATAAATAATTAAGCAAGGTGTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCAGGCAGAATACCCATACACATAAATAATTAAGCAAGGTGTTTG  500

seq1  TTTGTTTTTTGTTTTTCTGAGGCAGGGTTTC  531
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTGTTTTTCTGAGGCAGGGTTTC  531