BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332K01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 154,333,481 - 154,487,114
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1
Upstream geneA430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16, Prdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14
Downstream geneSki, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436, Tnfrsf4, Tnfrsf18, Ttll10, 9430015G10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332K01.bB6Ng01-332K01.g
ACCGA118675GA118676
length1,1071,173
definitionB6Ng01-332K01.b B6Ng01-332K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,333,481 - 154,334,585)(154,485,921 - 154,487,114)
sequence
gaattctgcacttatatcttgcactggacagaccatcctgtgctgcctca
aagccaagccttcccctctgtcccagatgcttccatccatggtaacccaa
caaccccttgtgctaagagcttctggagcaagaccttcggaatagatcat
ttacagcagtgggtcactaccatagcaggagggcgtttccctagtgggca
ctgtgaaggcccttcagttcctgagctcagacatggctgacatccatcca
gagaacctggtttcattccacactggctattgtgctctgatgccagcctc
ctggtttgggcctggctaggtcttaggttgaccctaggaggaagcacggg
gccttatctcctccctcagcccctgcagagtattggggaaatagtacagg
ttccagatggagggacgctcctacatggccatcccctaggtgtctagggt
gtgactagtaaggtcacctggttaggaaccacggttatcagttcttacaa
agaggcccatccacactggcacagcattcatatgggggcttatttttagg
tctcccaccttctacctgccaacacaaaatgctgaatgaaactggaacac
acacacagaggcatgcacgcgcgcgcccgcacgagctgagggggatgtca
tgagaggagttaagggcagccatggtttcctaaaagccacgcgggagtag
tgatcacggacagcatgaaggaggcacggtcctcctgtttcagagatgca
tgtggcacctggtgacacaagagcagtccagataccctgtgggttcaggg
gttcctgagggcttccttaggtatggggctttgtgctaggcattatccaa
agcaaattcagctagcctagaagtacgcttggcaggctccgcgcgtggcc
atttctagctgcggagaagtcactcctctcactgacagactggccattaa
agcgcctaattctaaatacatgagtccctctctcatcctgtacctgcgaa
ttgcatggcgcaagcatctgtttgagagaattgtgaccacttaaccactg
atgcctgctggcaacaagttcccagcttggggaagggtgcccacctcctc
tggaagt
gaattctgggtggcatacacccgtaactctagtactagcagggctgaggc
aggaggaagacgtctgtatggcctacatggcaagattgtttcaaaactta
actaagaatccaaccgctaactactccagggttatatagaagccccgtgg
ggaactatgaggctccatgccacatctgcccttggtttcgggtctggtgc
tacagttttctaacacttggttttgcctttctactcacctagggaagcag
ttcctaacatgtgacttgtgaccccttcaagggttaaatgaccctttcac
aggggccacatattagatatcctgcatatccaatattacatattataaca
tatctagatgttacattaggattcataagtgataagattacagttatgaa
gttgaaagtaactctatggttgggggtcagcccaatgtgaggaactgtag
agtaaagggtcagagccttaggaaggttgagaaccactgacctagtgtct
gcactctgcctgagagccagagcgaggatcccagtgccggggactggggc
tcctggctgtccatcctgagtcagagtccacaaagggtcctaaacacaag
gtgtgattttgcctggaaggcaccctcttacaggaccttctcactcctgt
taagcgccccaaagagtccagacagtggtggctcatgcctttaattctat
catttaggaggcagaggcagtggatctctgtgagtttttggctagcctgg
tctacacggtgagtcccaggacagccagggctatgtagagagagcctgtc
tcaaaacaaccaaaaccaaggaaaaaagacataaacagtatttgtgacat
atcagagtgtaagagaacataatgccaccaggcacaacagactgcagtga
ttaaacttcaattgcatgaataattctcaacactcaaggaaatctggctt
tgaactggtggacctggccaggtacaggtccttcctggctgagaaccagg
acatacatctcagtgaaatgtgaccacacacatgaagtgacactgactga
aagcaagcagctgtgacagacaaggtcacgaaccacagccatctgtactg
ctgagctaggctggtcaatgccttgactgctaggaccaagctgctgcgat
cctatacgtgcctggggttgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154333481_154334585
seq2: B6Ng01-332K01.b_47_1153

seq1  GAATTCTGCACTTATATCTTGCACTGGACAGACCATCCTGTGCTGCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCACTTATATCTTGCACTGGACAGACCATCCTGTGCTGCCTCA  50

seq1  AAGCCAAGCCTTCCCCTCTGTCCCAGATGCTTCCATCCATGGTAACCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAAGCCTTCCCCTCTGTCCCAGATGCTTCCATCCATGGTAACCCAA  100

seq1  CAACCCCTTGTGCTAAGAGCTTCTGGAGCAAGACCTTCGGAATAGATCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCTTGTGCTAAGAGCTTCTGGAGCAAGACCTTCGGAATAGATCAT  150

seq1  TTACAGCAGTGGGTCACTACCATAGCAGGAGGGCGTTTCCCTAGTGGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCAGTGGGTCACTACCATAGCAGGAGGGCGTTTCCCTAGTGGGCA  200

seq1  CTGTGAAGGCCCTTCAGTTCCTGAGCTCAGACATGGCTGACATCCATCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAGGCCCTTCAGTTCCTGAGCTCAGACATGGCTGACATCCATCCA  250

seq1  GAGAACCTGGTTTCATTCCACACTGGCTATTGTGCTCTGATGCCAGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCTGGTTTCATTCCACACTGGCTATTGTGCTCTGATGCCAGCCTC  300

seq1  CTGGTTTGGGCCTGGCTAGGTCTTAGGTTGACCCTAGGAGGAAGCACGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTTGGGCCTGGCTAGGTCTTAGGTTGACCCTAGGAGGAAGCACGGG  350

seq1  GCCTTATCTCCTCCCTCAGCCCCTGCAGAGTATTGGGGAAATAGTACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTATCTCCTCCCTCAGCCCCTGCAGAGTATTGGGGAAATAGTACAGG  400

seq1  TTCCAGATGGAGGGACGCTCCTACATGGCCATCCCCTAGGTGTCTAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATGGAGGGACGCTCCTACATGGCCATCCCCTAGGTGTCTAGGGT  450

seq1  GTGACTAGTAAGGTCACCTGGTTAGGAACCACGGTTATCAGTTCTTACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTAGTAAGGTCACCTGGTTAGGAACCACGGTTATCAGTTCTTACAA  500

seq1  AGAGGCCCATCCACACTGGCACAGCATTCATATGGGGGCTTATTTTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCCATCCACACTGGCACAGCATTCATATGGGGGCTTATTTTTAGG  550

seq1  TCTCCCACCTTCTACCTGCCAACACAAAATGCTGAATGAAACTGGAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACCTTCTACCTGCCAACACAAAATGCTGAATGAAACTGGAACAC  600

seq1  ACACACAGAGGCATGCACGCGCGCGCCCGCACGAGCTGAGGGGGATGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGAGGCATGCACGCGCGCGCCCGCACGAGCTGAGGGGGATGTCA  650

seq1  TGAGAGGAGTTAAGGGCAGCCATGGTTTCCTAAAAGCCACGCGGGAGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGAGTTAAGGGCAGCCATGGTTTCCTAAAAGCCACGCGGGAGTAG  700

seq1  TGATCACGGACAGCATGAAGGAGGCACGGTCCTCCTGTTTCAGAGATGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACGGACAGCATGAAGGAGGCACGGTCCTCCTGTTTCAGAGATGCA  750

seq1  TGTGGCACCTGGTGACACAAGAGCAGTCCAGATACCCTGTGGGTTCAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCACCTGGTGACACAAGAGCAGTCCAGATACCCTGTGGGTTCAGGG  800

seq1  GTTCCTGAGGGCTTCC-TAGGTATGGGGCTTTGTGCTAGGCATTATCCAA  849
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGAGGGCTTCCTTAGGTATGGGGCTTTGTGCTAGGCATTATCCAA  850

seq1  AGCAAATTCAGCTAGCCTAGAAGTACGCTTGGCAGGCTCCGCGCGTGGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTCAGCTAGCCTAGAAGTACGCTTGGCAGGCTCCGCGCGTGGCC  900

seq1  ATTTCTAGCTGCGGAGAAGTCACTCCTCTCAACTGACAGAACTGG-CAAT  948
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |
seq2  ATTTCTAGCTGCGGAGAAGTCACTCCTCTC-ACTGACAG-ACTGGCCATT  948

seq1  AAAGCGCCTAAATTCTAAATACATGAGTCCCTCTCTCATCCTGTACCTGC  998
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCGCCT-AATTCTAAATACATGAGTCCCTCTCTCATCCTGTACCTGC  997

seq1  GAATGGCATGGCGGCAGCATCTGTTTGAGAGAATGTGGCCCACTTTAACC  1048
      |||| ||||||||  |||||||||||||||||||   | ||||||  | |
seq2  GAATTGCATGGCGCAAGCATCTGTTTGAGAGAATTGTGACCACTT--AAC  1045

seq1  CACTG-TGCCTGTGGGCAAC-AGGTCCCAGCT--GGGGAGGGTGCCCA-C  1093
      ||||| ||||||  |||||| || ||||||||  ||| |||||||||| |
seq2  CACTGATGCCTGCTGGCAACAAGTTCCCAGCTTGGGGAAGGGTGCCCACC  1095

seq1  TCCTCTGGAAGT  1105
      ||||||||||||
seq2  TCCTCTGGAAGT  1107

seq1: chr4_154485921_154487114
seq2: B6Ng01-332K01.g_66_1238 (reverse)

seq1  ACACAACCCCA-GCAGCTATGGGGTCTGCAGGGCAGCCTGTGGTCCTAGG  49
      ||||||||||| |||  ||| || || |||  |||||   |||||||| |
seq2  ACACAACCCCAGGCACGTATAGGATC-GCA--GCAGC--TTGGTCCTA-G  44

seq1  CAGGTCAAAGCCATGGGACCCAGCCTAAGCTCAGCAGTACAGATGGCTGT  99
      || ||||| ||  ||    ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CA-GTCAAGGCATTG---ACCAGCCT-AGCTCAGCAGTACAGATGGCTGT  89

seq1  GGGTTCGTGGCCCTGTCTGGTCACAGGCTGCCTTGCTTTCCGGTCAGTGT  149
       |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||| | ||||||||
seq2  -GGTTCGTGACCTTGTCT-GTCACA-GCTG-CTTGCTTT-CAGTCAGTGT  134

seq1  CACTTCATGTGTGTTGGTTCACATTTCACTGAGATGTATGTCCTGGTTCT  199
      ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCATGTGTGT--GGTCACATTTCACTGAGATGTATGTCCTGGTTCT  182

seq1  CAGCCAGGAAGGACCTGTACCCTGGCCAGGTCCACCAGTTCAAAGCCAGA  249
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGAAGGACCTGTA-CCTGGCCAGGTCCACCAGTTCAAAGCCAGA  231

seq1  TTTCCTTTGAGTTGTTTGAGAATTATTCATGCAATTGAAGTTTAATCACT  299
      ||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCC-TTGAGT--GTTGAGAATTATTCATGCAATTGAAGTTTAATCACT  278

seq1  GCAGTCTGTTGTGCCTGGTGGCATTATGTTCTCTTACACTCTGATATGTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTGTTGTGCCTGGTGGCATTATGTTCTCTTACACTCTGATATGTC  328

seq1  ACAAATACTGTTTATGTCTTTTTTCCTTGGTTTTGGTTGTTTTGAGACAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATACTGTTTATGTCTTTTTTCCTTGGTTTTGGTTGTTTTGAGACAG  378

seq1  GCTCTCTCTACATAGCCCTGGCTGTCCTGGGACTCACCGTGTAGACCAGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTCTACATAGCCCTGGCTGTCCTGGGACTCACCGTGTAGACCAGG  428

seq1  CTAGCCAAAAACTCACAGAGATCCACTGCCTCTGCCTCCTAAATGATAGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAAAAACTCACAGAGATCCACTGCCTCTGCCTCCTAAATGATAGA  478

seq1  ATTAAAGGCATGAGCCACCACTGTCTGGACTCTTTGGGGCGCTTAACAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCATGAGCCACCACTGTCTGGACTCTTTGGGGCGCTTAACAGG  528

seq1  AGTGAGAAGGTCCTGTAAGAGGGTGCCTTCCAGGCAAAATCACACCTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAGGTCCTGTAAGAGGGTGCCTTCCAGGCAAAATCACACCTTGT  578

seq1  GTTTAGGACCCTTTGTGGACTCTGACTCAGGATGGACAGCCAGGAGCCCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGACCCTTTGTGGACTCTGACTCAGGATGGACAGCCAGGAGCCCC  628

seq1  AGTCCCCGGCACTGGGATCCTCGCTCTGGCTCTCAGGCAGAGTGCAGACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCGGCACTGGGATCCTCGCTCTGGCTCTCAGGCAGAGTGCAGACA  678

seq1  CTAGGTCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAAGGCTCTGACCCTTTACTCTACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTCAGTGGTTCTCAACCTTCCTAAGGCTCTGACCCTTTACTCTACA  728

seq1  GTTCCTCACATTGGGCTGACCCCCAACCATAGAGTTACTTTCAACTTCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCACATTGGGCTGACCCCCAACCATAGAGTTACTTTCAACTTCAT  778

seq1  AACTGTAATCTTATCACTTATGAATCCTAATGTAACATCTAGATATGTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTAATCTTATCACTTATGAATCCTAATGTAACATCTAGATATGTTA  828

seq1  TAATATGTAATATTGGATATGCAGGATATCTAATATGTGGCCCCTGTGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGTAATATTGGATATGCAGGATATCTAATATGTGGCCCCTGTGAA  878

seq1  AGGGTCATTTAACCCTTGAAGGGGTCACAAGTCACATGTTAGGAACTGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCATTTAACCCTTGAAGGGGTCACAAGTCACATGTTAGGAACTGCT  928

seq1  TCCCTAGGTGAGTAGAAAGGCAAAACCAAGTGTTAGAAAACTGTAGCACC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGGTGAGTAGAAAGGCAAAACCAAGTGTTAGAAAACTGTAGCACC  978

seq1  AGACCCGAAACCAAGGGCAGATGTGGCATGGAGCCTCATAGTTCCCCACG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCGAAACCAAGGGCAGATGTGGCATGGAGCCTCATAGTTCCCCACG  1028

seq1  GGGCTTCTATATAACCCTGGAGTAGTTAGCGGTTGGATTCTTAGTTAAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCTATATAACCCTGGAGTAGTTAGCGGTTGGATTCTTAGTTAAGT  1078

seq1  TTTGAAACAATCTTGCCATGTAGGCCATACAGACGTCTTCCTCCTGCCTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAACAATCTTGCCATGTAGGCCATACAGACGTCTTCCTCCTGCCTC  1128

seq1  AGCCCTGCTAGTACTAGAGTTACGGGTGTATGCCACCCAGAATTC  1194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTGCTAGTACTAGAGTTACGGGTGTATGCCACCCAGAATTC  1173