BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-332P11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 17,178,716 - 17,322,502
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040173
Upstream geneLOC383994, LOC100040154, LOC667212
Downstream geneMmp16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-332P11.bB6Ng01-332P11.g
ACCGA118916GA118917
length1,1731,136
definitionB6Ng01-332P11.b B6Ng01-332P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,321,324 - 17,322,502)(17,178,716 - 17,179,866)
sequence
gaattcaagagatggcacactgttaagcaaatatattgattttcaagttt
tcatttcattagaaattgactagattcaatgccaagaaaagacaatttaa
aaagtaaggttcagcaaattatttacatttctataaagtttaagaaaata
ctaaataatccttgactgtaagaagaaaaaaatcaacaattagttatgag
ctctaaactttttctgtcatcactaagcagggaaaatacaagtgtcttgt
tggggatattgtgaagattaagtgggattgtgcatctaaagtacacaaag
gctcccatgcaccctcagagcatgataaatagtattgttctcactgagag
cttagttcccaacctttgcttacttagattgtaactgtgacattttggct
tacaggaacttaaagcttcccatttaagagtatactcagaatcatcctgg
aaatggcgcaactttgtcttacccttgcaatgaaaccaaagagcttttca
ttcaggtcggaaaagtatattttctaatggttgtcatttagaaatgtgtc
tgagtttggtttttagaatttcactccaatataatctcacaaaggacact
ttcttgtctccttttactcaaaatgtttgcaaaggtttttgatatttgtt
tatccaaaatgactatatttttatctatgaagatgaatgttatcccattg
tttcaaaacttaggccaacatattactggtgataatatggaatacttttt
caatttatatagtttaatattcttatggaaaatttatataagacatttta
aaataatatcttattatgatttatttacatgtacatgtgagtatgcctgc
atgtgtgtatgtggctgaggattcagacatccctaacctctgtatttaca
agtaataatttaaaagcttcctgatttagtgcttagagttaaacccatgt
tctctacaaataaaatacatattcttagccacagaggtatcactgcagcc
tacacaaaacttttttaaagtgtgttttaatttcatttttgtgaagagaa
gcagaattcatgtgtctttttggtgtgtttacccttgtattgaacctggc
attgttcaatctgctatagttttgaagctcttctaacttcaatctgggtc
agtccttcccttctccttcctcc

gaattcacttggacaaccggatccttctacggcaaagcttttattgcttc
aacataaggaagaccccgaaccaggagaatggcactgcttatatagcccg
cagcgtgacgtttcagcacctgatgtagcgtgacagcacctgagcacctg
attagttgctcgcccatcaccccattactacgccctgagatgggcagtga
ctgggtgtgaatttactcttgcacttgcacataaggcttgtttactagtt
aggcgcagtagaagccagcaccatcttataatggcgattgctcacagcac
ggctctccacagaaaacacgcaaaattagacaaattgtatgtcaaaatgt
ttaaaatttagatagttttggtagttgtatatgataatttacgaattact
cttatacttgattttaagttgagtgataataccttttactgaaatgtgtt
gaagtagaatatgaaccttatagtatcaaagacaagactttgtgccagca
tagcacgttgtaattgtaaaatagttcaaatgatgcaataatggtaaatc
tagaatgttttgtttggtaaatttggaaccatctgtcagactttgctttt
cttgtggtagagattgagctagggcactagctatactcaggaagcacttt
gactgtgagctacatacctatcctctaaagacagtctcaaagcctttcat
cacacttaatgtacacatgtaaacttatttcctcataacagtgatcagac
agaaactcttgaaatgattttcacacagacagcaaggcattttcctgtga
cctttacttggtgacaaacacatctcaatgaaagatgtattcattcaacc
atggtccctttgttcatctgttttaataccagctgactcatcgtcttcat
ctctgctagcctaagtctattgtagaaatgtaaagatatgttaatttgac
tgtttgtctttagacatatctcatcagattgacaaagctcttcctttgct
acctttgtcctactcatcacatcttacagaatctagctgaagccaaggaa
acatggacaatctactcacttctgaatcatgcttgttaaaaaaaatccta
acattaatcttaatgtcttgaaatataataattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_17321324_17322502
seq2: B6Ng01-332P11.b_48_1220 (reverse)

seq1  GGAGGAAGGGAAGAAAGGAAGAACTGACCAAAGGATTGAAG-TAGAAGAG  49
      |||||||||  |||| ||||| ||||||| |  |||||||| ||||||||
seq2  GGAGGAAGG--AGAAGGGAAGGACTGACCCA--GATTGAAGTTAGAAGAG  46

seq1  CATACAAAAACTAATAGCAGATGGAACAATGCCAGG-TCCATACAGGGTT  98
      | |   |||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| || |
seq2  CTT--CAAAACT-ATAGCAGATTGAACAATGCCAGGTTCAATACAAGGGT  93

seq1  AAACACACC-AAAAGACACATGAATTCTGCTTCTCTTCACAAAATGGAAA  147
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  AAACACACCAAAAAGACACATGAATTCTGCTTCTCTTCACAAAAATGAAA  143

seq1  TTAAAACACACTTTAAAAAAGTTTTGTGTAGGGCTGCAGTGATACCTCTG  197
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACACACTTTAAAAAAGTTTTGTGTA-GGCTGCAGTGATACCTCTG  192

seq1  TGGCTAAGAATATGTATTTTATTTGTAGAGAACATGGGTTTAACTCTAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAGAATATGTATTTTATTTGTAGAGAACATGGGTTTAACTCTAAG  242

seq1  CACCTAAATCAGGAAGCTTTTAAATTATTACTTGTAAATACAGAGGTTAG  297
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CTAAATCAGGAAGCTTTTAAATTATTACTTGTAAATACAGAGGTTAG  291

seq1  GGATGTCTGAATCCTCAGCCACATACACACATGCAGGCATACTCACATGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTCTGAATCCTCAGCCACATACACACATGCAGGCATACTCACATGT  341

seq1  ACATGTAAATAAATCATAATAAGATATTATTTTAAAATGTCTTATATAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAATAAATCATAATAAGATATTATTTTAAAATGTCTTATATAAA  391

seq1  TTTTCCATAAGAATATTAAACTATATAAATTGAAAAAGTATTCCATATTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATAAGAATATTAAACTATATAAATTGAAAAAGTATTCCATATTA  441

seq1  TCACCAGTAATATGTTGGCCTAAGTTTTGAAACAATGGGATAACATTCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGTAATATGTTGGCCTAAGTTTTGAAACAATGGGATAACATTCAT  491

seq1  CTTCATAGATAAAAATATAGTCATTTTGGATAAACAAATATCAAAAACCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATAGATAAAAATATAGTCATTTTGGATAAACAAATATCAAAAACCT  541

seq1  TTGCAAACATTTTGAGTAAAAGGAGACAAGAAAGTGTCCTTTGTGAGATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAACATTTTGAGTAAAAGGAGACAAGAAAGTGTCCTTTGTGAGATT  591

seq1  ATATTGGAGTGAAATTCTAAAAACCAAACTCAGACACATTTCTAAATGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGAGTGAAATTCTAAAAACCAAACTCAGACACATTTCTAAATGAC  641

seq1  AACCATTAGAAAATATACTTTTCCGACCTGAATGAAAAGCTCTTTGGTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATTAGAAAATATACTTTTCCGACCTGAATGAAAAGCTCTTTGGTTT  691

seq1  CATTGCAAGGGTAAGACAAAGTTGCGCCATTTCCAGGATGATTCTGAGTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAAGGGTAAGACAAAGTTGCGCCATTTCCAGGATGATTCTGAGTA  741

seq1  TACTCTTAAATGGGAAGCTTTAAGTTCCTGTAAGCCAAAATGTCACAGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTAAATGGGAAGCTTTAAGTTCCTGTAAGCCAAAATGTCACAGTT  791

seq1  ACAATCTAAGTAAGCAAAGGTTGGGAACTAAGCTCTCAGTGAGAACAATA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTAAGTAAGCAAAGGTTGGGAACTAAGCTCTCAGTGAGAACAATA  841

seq1  CTATTTATCATGCTCTGAGGGTGCATGGGAGCCTTTGTGTACTTTAGATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTATCATGCTCTGAGGGTGCATGGGAGCCTTTGTGTACTTTAGATG  891

seq1  CACAATCCCACTTAATCTTCACAATATCCCCAACAAGACACTTGTATTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATCCCACTTAATCTTCACAATATCCCCAACAAGACACTTGTATTTT  941

seq1  CCCTGCTTAGTGATGACAGAAAAAGTTTAGAGCTCATAACTAATTGTTGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTTAGTGATGACAGAAAAAGTTTAGAGCTCATAACTAATTGTTGA  991

seq1  TTTTTTTCTTCTTACAGTCAAGGATTATTTAGTATTTTCTTAAACTTTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTCTTACAGTCAAGGATTATTTAGTATTTTCTTAAACTTTAT  1041

seq1  AGAAATGTAAATAATTTGCTGAACCTTACTTTTTAAATTGTCTTTTCTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTAAATAATTTGCTGAACCTTACTTTTTAAATTGTCTTTTCTTG  1091

seq1  GCATTGAATCTAGTCAATTTCTAATGAAATGAAAACTTGAAAATCAATAT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGAATCTAGTCAATTTCTAATGAAATGAAAACTTGAAAATCAATAT  1141

seq1  ATTTGCTTAACAGTGTGCCATCTCTTGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTAACAGTGTGCCATCTCTTGAATTC  1173


seq1: chr4_17178716_17179866
seq2: B6Ng01-332P11.g_68_1203

seq1  GAATTCACTTGGACAACCGGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTATTGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGACAACCGGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTATTGCTTC  50

seq1  AACATAAGGAAGACCCCGAACCAGGAGAATGGCACTGCTTATATAGCCCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAGGAAGACCCCGAACCAGGAGAATGGCACTGCTTATATAGCCCG  100

seq1  CAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATGTAGCGTGACAGCACCTGAGCACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATGTAGCGTGACAGCACCTGAGCACCTG  150

seq1  ATTAGTTGCTCGCCCATCACCCCATTACTACGCCCTGAGATGGGCAGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTGCTCGCCCATCACCCCATTACTACGCCCTGAGATGGGCAGTGA  200

seq1  CTGGGTGTGAATTTACTCTTGCACTTGCACATAAGGCTTGTTTACTAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGTGAATTTACTCTTGCACTTGCACATAAGGCTTGTTTACTAGTT  250

seq1  AGGCGCAGTAGAAGCCAGCACCATCTTATAATGGCGATTGCTCACAGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGCAGTAGAAGCCAGCACCATCTTATAATGGCGATTGCTCACAGCAC  300

seq1  GGCTCTCCACAGAAAACACGCAAAATTAGACAAATTGTATGTCAAAATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCCACAGAAAACACGCAAAATTAGACAAATTGTATGTCAAAATGT  350

seq1  TTAAAATTTAGATAGTTTTGGTAGTTGTATATGATAATTTACGAATTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATTTAGATAGTTTTGGTAGTTGTATATGATAATTTACGAATTACT  400

seq1  CTTATACTTGATTTTAAGTTGAGTGATAATACCTTTTACTGAAATGTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACTTGATTTTAAGTTGAGTGATAATACCTTTTACTGAAATGTGTT  450

seq1  GAAGTAGAATATGAACCTTATAGTATCAAAGACAAGACTTTGTGCCAGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGAATATGAACCTTATAGTATCAAAGACAAGACTTTGTGCCAGCA  500

seq1  TAGCACGTTGTAATTGTAAAATAGTTCAAATGATGCAATAATGGTAAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACGTTGTAATTGTAAAATAGTTCAAATGATGCAATAATGGTAAATC  550

seq1  TAGAATGTTTTGTTTGGTAAATTTGGAACCATCTGTCAGACTTTGCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGTTTTGTTTGGTAAATTTGGAACCATCTGTCAGACTTTGCTTTT  600

seq1  CTTGTGGTAGAGATTGAGCTAGGGCACTAGCTATACTCAGGAAGCACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGTAGAGATTGAGCTAGGGCACTAGCTATACTCAGGAAGCACTTT  650

seq1  GACTGTGAGCTACATACCTATCCTCTAAAGACAGTCTCAAAGCCTTTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGAGCTACATACCTATCCTCTAAAGACAGTCTCAAAGCCTTTCAT  700

seq1  CACACTTAATGTACACATGTAAACTTATTTCCTCATAACAGTGATCAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTAATGTACACATGTAAACTTATTTCCTCATAACAGTGATCAGAC  750

seq1  AGAAACTCTTGAAATGATTTTCACACAGACAGCAAGGCATTTTCCTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTCTTGAAATGATTTTCACACAGACAGCAAGGCATTTTCCTGTGA  800

seq1  CCTTTACTTGGTGACAAACACATCTCAATGAAAGATGTATTCATTCAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTACTTGGTGACAAACACATCTCAATGAAAGATGTATTCATTCAACC  850

seq1  ATGGTCCCTTTGTTCATCTGTTTTAATACCAGCTGACTCATCGTCTTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCCCTTTGTTCATCTGTTTTAATACCAGCTGACTCATCGTCTTCAT  900

seq1  CTCTGCTAGCCTAAGTCTATTGTAGAAATGTAAAGATATGTTAATTTGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTAGCCTAAGTCTATTGTAGAAATGTAAAGATATGTTAATTTGAC  950

seq1  TGTTTGTCTTTAGACATATCTCATCAGATTGACAAAGCTCTTCCTTTGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTCTTTAGACATATCTCATCAGATTGACAAAGCTCTTCCTTTGCT  1000

seq1  ACC-TTGTCCTACTCATCAACAATCTTACAAGAATCTAGCTGAAGCCAAG  1049
      ||| |||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  ACCTTTGTCCTACTCATCA--CATCTTAC-AGAATCTAGCTGAAGCCAA-  1046

seq1  GGAAACATGGGACAATCTAACTCACTCCTGAAATCATTGCTTTGGTTTAA  1099
      |||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||  |||  |
seq2  GGAAACAT-GGACAATCT-ACTCACTTCTG-AATCA-TGCTT--GTT--A  1088

seq1  AAAAAAATCCCTACATTAATCTTTAAATGTCTTTGAAATTATATAATTTT  1149
      ||||||||||  |||||||||||  |||||| |||||||   ||||||||
seq2  AAAAAAATCCTAACATTAATCTT--AATGTC-TTGAAATATAATAATTTT  1135

seq1  TT  1151
      | 
seq2  T-  1136


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |