BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334I09
Chromosome4 (Build37)4 (Build37)
Map Location 114,705,678 - 114,705,95388,491,781 - 88,492,939
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneStil
Upstream geneLOC100040625, A630098G03Rik, LOC666048, Foxd2, LOC100040736, Foxe3, Cmpk
Downstream geneTal1, Pdzk1ip1, Cyp4x1, Cyp4a21-ps, LOC384042, LOC230639, Cyp4a12, LOC546842, Cyp4a12b, LOC435802, LOC666393, LOC230641, Cyp4a14, Cyp4a10, LOC666168, LOC631037, LOC100040843, Cyp4b1, LOC546843, 4732418C07Rik, 4930544O15Rik, Atpaf1, Mobkl2c, Mknk1, Kncn, 6430628N08Rik, Dmbx1, Faah, Nsun4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334I09.bB6Ng01-334I09.g
ACCGA120007GA120008
length9641,157
definitionB6Ng01-334I09.b B6Ng01-334I09.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,705,678 - 114,705,953)(88,491,781 - 88,492,939)
sequence
gaattctttggcatgcctgggacattatttagtgtgcaatgtgtggctgt
gtttgttcaatgaactgaagtgcttttctcagcttctgtctagccatatc
gttatatttgcatgcatcatcagagtagttgaaattcaatatgtatatta
agtgaataaagttaatataattttatagcttttgagtgaaaatagcgttt
gccatttttttgagatacaaatactttaaaaactgataaagatgctgaag
tgtagctcttcacagttgatggcttctgggggttgggggaaaggacttaa
gtatctttgttttaaaaaattattttatttattaacattctagctgttgt
tccttcacccccctcttacagttcctcatcccattcctcctcccccttgc
ctataagaggatgctccctcccaccaggccttccccttctctggggccta
aagtctctcaagaattagtcagattcagatatttgcacccaatcaatgga
cagaagcagctgacccctgtggttgaattatggaaggctgaaagaagctg
aggagaaggccaaccctgtaggagaaccagcagtcccaattaatctggac
ccccgagagctctcaaacactggaccaccaaacaggcagtatacaccagc
tgatataaggcccccaccacacatacagtagaggacttctgggtctgtgt
tcattcagagatgatgcacctaaccctcaagagactggaggccctttgga
gtttagaagtcaggtggggccgggcctggtggcacatgcctttaatccca
gcacactggaggcagaggcaggtggatttctgagttccaggacaacctgg
tctacaaagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtc
tcgaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaatgtcagtggtggtgg
tggtgacatccttg
gaattctgtaaaatggcatgtgaacccatggaggccagcaacattgagtt
cagtcaatgctgatttatgactgtctttgatctgtgacctcagtagttca
gataacctactccacaatggcacatgcacatggtgcaatgtgaatctgtg
accaggccatggtcagtctaaatcgatgcagattaacttagttcatatgt
ctattggggcaagatctgtaatttacaaggacatggctcaccatatcagg
ggctcttgacccctcagcctctttgagttttgaaggacatgttaacagag
gaatacaatgtgtatctgtatgtagagctgccaagaaaatgctagaactt
ctcttccttttcaatttcaaaaacttcctccttgatgttttgttctggcc
cttgactccatgggcaggagaatgatgtctctgttctttggaaggtgaaa
atgcccacatgagtgtctccatgtctgattcctcacagagagcagatgaa
taagtgatatatatctatagatatagatatggaaatacattggtgatttg
tgtatttgccgaaaatcaagtgattatcaaggtgagttacagtagtacag
atcttgtaattgaagtagactttgttgaggattttaattattggataaat
agctatttgtgtgactactaaacatgtttaagatatgacttcctgtactc
tttctttggtggttatttttaatgtaactttcatggttaaataataaaaa
aaatatgaaatagctcaagatatcaacatgctcagcaaacatgaagtgtt
ccacacctttgattcaataactttttcttattaacaaaatttgggaatca
agagaagaaatggaaaggactgagacaggagaatgcagtagtgagctatc
attcctacactcataagcaaccttgatttaatgcacacccaggccacgta
gaaaggatatagagtcaggagcatcacacagctgtcatgaagacacatct
gtgtacagtaacaccatgtagctgagactgccaagtttgtcaagcttcag
gattgagagtgtgaacatggccaatatccaggtcctcttgtgtctgctat
tgctgagctgcatgaccaggtacccacttgacctaagcagaacacagtta
catctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_114705678_114705953
seq2: B6Ng01-334I09.b_515_805 (reverse)

seq1  TCTAAACTCCCTGGGGCCTCCAGTCTCTTGAGGGTTAGGTGCATCATCTC  50
      ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACTCCAAAGGGCCTCCAGTCTCTTGAGGGTTAGGTGCATCATCTC  50

seq1  TGAGTGAACACAGACCTGGAAGTCCTCTACTGTATGTGTGTTGGGGGCCT  100
      ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGAATGAACACAGACCCAGAAGTCCTCTACTGTATGTGTGGTGGGGGCCT  100

seq1  CATATCAGCTGGTGTATGCTGTCTGTTTGGTGGTCCAGTGTTTGAAAGAT  150
       |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |
seq2  TATATCAGCTGGTGTATACTGCCTGTTTGGTGGTCCAGTGTTTGAGAGCT  150

seq1  CTCGGGGGGGGGGGGGTTCAGGTTAATTGAGTCTGCTGG-----------  189
      |||        |||||| ||| ||||||| | |||||||           
seq2  CTC--------GGGGGTCCAGATTAATTGGGACTGCTGGTTCTCCTACAG  192

seq1  -----------TCCTCAGCTTCTTTCAGCCTTCCCTAATTCAACAACAGG  228
                 ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GGTTGGCCTTCTCCTCAGCTTCTTTCAGCCTTCCATAATTCAACCACAGG  242

seq1  GGTCAGC-GCTTCTGTCCATTGGTTGGGTGCAAATAACTGCATCTGACT  276
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  GGTCAGCTGCTTCTGTCCATTGATTGGGTGCAAATATCTGAATCTGACT  291

seq1: chr4_88491781_88492939
seq2: B6Ng01-334I09.g_65_1221

seq1  GAATTCTGTAAAATGGCATGTGAACCCATGGAGGCCAGCAACATTGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAAATGGCATGTGAACCCATGGAGGCCAGCAACATTGAGTT  50

seq1  CAGTCAATGCTGATTTATGACTGTCTTTGATCTGTGACCTCAGTAGTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATGCTGATTTATGACTGTCTTTGATCTGTGACCTCAGTAGTTCA  100

seq1  GATAACCTACTCCACAATGGCACATGCACATGGTGCAATGTGAATCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCTACTCCACAATGGCACATGCACATGGTGCAATGTGAATCTGTG  150

seq1  ACCAGGCCATGGTCAGTCTAAATCGATGCAGATTAACTTAGTTCATATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCCATGGTCAGTCTAAATCGATGCAGATTAACTTAGTTCATATGT  200

seq1  CTATTGGGGCAAGATCTGTAATTTACAAGGACATGGCTCACCATATCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGGGGCAAGATCTGTAATTTACAAGGACATGGCTCACCATATCAGG  250

seq1  GGCTCTTGACCCCTCAGCCTCTTTGAGTTTTGAAGGACATGTTAACAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTGACCCCTCAGCCTCTTTGAGTTTTGAAGGACATGTTAACAGAG  300

seq1  GAATACAATGTGTATCTGTATGTAGAGCTGCCAAGAAAATGCTAGAACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAATGTGTATCTGTATGTAGAGCTGCCAAGAAAATGCTAGAACTT  350

seq1  CTCTTCCTTTTCAATTTCAAAAACTTCCTCCTTGATGTTTTGTTCTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTTTTCAATTTCAAAAACTTCCTCCTTGATGTTTTGTTCTGGCC  400

seq1  CTTGACTCCATGGGCAGGAGAATGATGTCTCTGTTCTTTGGAAGGTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTCCATGGGCAGGAGAATGATGTCTCTGTTCTTTGGAAGGTGAAA  450

seq1  ATGCCCACATGAGTGTCTCCATGTCTGATTCCTCACAGAGAGCAGATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCACATGAGTGTCTCCATGTCTGATTCCTCACAGAGAGCAGATGAA  500

seq1  TAAGTGATATATATCTATAGATATAGATATGGAAATACATTGGTGATTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGATATATATCTATAGATATAGATATGGAAATACATTGGTGATTTG  550

seq1  TGTATTTGCCGAAAATCAAGTGATTATCAAGGTGAGTTACAGTAGTACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTGCCGAAAATCAAGTGATTATCAAGGTGAGTTACAGTAGTACAG  600

seq1  ATCTTGTAATTGAAGTAGACTTTGTTGAGGATTTTAATTATTGGATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTAATTGAAGTAGACTTTGTTGAGGATTTTAATTATTGGATAAAT  650

seq1  AGCTATTTGTGTGACTACTAAACATGTTTAAGATATGACTTCCTGTACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTGTGTGACTACTAAACATGTTTAAGATATGACTTCCTGTACTC  700

seq1  TTTCTTTGGTGGTTATTTTTAATGTAACTTTCATGGTTAAATAATAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGGTGGTTATTTTTAATGTAACTTTCATGGTTAAATAATAAAAA  750

seq1  AAATATGAAATAGCTCAAGATATCAACATGCTCAGCAAACATGAAGTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAAATAGCTCAAGATATCAACATGCTCAGCAAACATGAAGTGTT  800

seq1  CCACACCTTTGATTCAATAACTTTTTCTTATTAACAAAATTTGGGAATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTTTGATTCAATAACTTTTTCTTATTAACAAAATTTGGGAATCA  850

seq1  AGAGAAGAAATGG-AAGGACTGAGACAGGAGAATGCAGTAGGTGAGCTAT  899
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGAGAAGAAATGGAAAGGACTGAGACAGGAGAATGCAGTA-GTGAGCTAT  899

seq1  CATTCCTACACTCATAAGCAACCTTGATTTAATGCACACCCAGGCCACGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTACACTCATAAGCAACCTTGATTTAATGCACACCCAGGCCACGT  949

seq1  AGAAAGGATATTAGAGTCAGGGAGCATCACACAGCTGTCCATGAAGACAC  999
      |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAAAGGATA-TAGAGTCA-GGAGCATCACACAGCTGT-CATGAAGACAC  996

seq1  ATCTGTGTACAGTAACACCATGTAAGCTGGAGACTGCCAAGTTTGTCAAG  1049
      ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGTACAGTAACACCATGT-AGCT-GAGACTGCCAAGTTTGTCAAG  1044

seq1  CTTCAGGATTGAGAGTGTGAACATGGCC-ATATCCAGGT-CTC-TGTGTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||
seq2  CTTCAGGATTGAGAGTGTGAACATGGCCAATATCCAGGTCCTCTTGTGTC  1094

seq1  TGCTATTGCTGAGCTGCAGTGACCA-GTACCCAC-TGACATAGGGCAGAA  1144
      |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||  ||||||
seq2  TGCTATTGCTGAGCTGCA-TGACCAGGTACCCACTTGACCTA-AGCAGAA  1142

seq1  CACAGTAACATCTTA  1159
      |||||| ||||||||
seq2  CACAGTTACATCTTA  1157