BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339H19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 71,728,693 - 71,848,470
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTle1
Upstream geneLOC100039565, LOC100039979, LOC667638, EG667649
Downstream geneAldoa-ps2, EG384113, LOC667713, LOC100039698
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339H19.bB6Ng01-339H19.g
ACCGA123472GA123473
length1,0681,099
definitionB6Ng01-339H19.b B6Ng01-339H19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,847,401 - 71,848,470)(71,728,693 - 71,729,802)
sequence
gaattcaataagtaagaatacggacaagtaaaattagtggtgaccaaagc
agctccccacaggtagttatttgcagggggagggatgttatcaaaattgt
tagcagtccttataaactccattcacactcttggccttgcacatcttgct
ccatttatatttccatcttgtttctgtttttcaatcctggcattcttttc
tctctgtctgatttcacttcattttttttttcattgtaattgtaaagtct
tattgatttcctctttagatcataagcattaaaaaccaaaatacagccat
tgttgactgcctccactctttaaaaaatataaaatcattaaactgacaaa
tataggccagtcagcagtgtggctctcaagtatttagtatatctaccagg
ggaaataaagtgggttaggtttttgttttgttttgttttgttttgcttcc
catttatgaagatggataaacaataaataagacttggttcatttttatag
aagtgagattcagcaggataaatggtaaaacaggtgtgtaagtgtgtttt
agattggttttaatgtaacaaaactgaaattgaaaaaaactgtcctcctg
aagataaagaggtttgtttacatagttactagagtaagttgtgtggttag
agaaagtttcaaaccttgaaacagggatgtgtgggcattgtgtgtttgtg
tagggggtactgtctgcatgtggttttgttttttctatggcatctgtaag
ttgctgtgtagaagacttgtataattgcttttctgtatctagtacaggcc
tggagatgttggttgacttgagagctgtggcctaatgttgttaatactgg
gagaagcaaaaacaagaaaagtgttacctttgagacaagggcatagcata
ggactgttctcaaggactaagagtaagtaacccagctgtctgtataggaa
gaacctggttgttgacagctgctttgacctgccagtttgctggggttcag
agcctttccacttgtaaccaggcttactctctatgttttggaccatgatc
tttcttggaaagccagtg

gaattcttgagctaaattccgcattctgatatgacaatgtgtccagtact
tttctctccagaagcaagtgtaagaaaacactggaaaagctgacagaatt
caacaagattttaatctatgcaaataataaatggggtgatattgcacttc
tcaagagaagaaaagccaaatgcagaagcaattttgatcaaaagtcttaa
gcaatggaaatgaatggaacttgctttctgtaatgtacatttgagcggcc
gctagggtttgtttatttttgctgattgagacttctccttgtctgcctgg
cttataccttactgctttataaaagtgatgatccttatctgccagttcct
gtcacatttgtttccaagggcacttaaagtaaataatgcaatagcagaga
cgagtcaagccaatgctgcagaaatggcactaaggatacggcagcagtgg
catggtgccctacccagttcgcagcagctaagccactgttctgcttgtgc
caaaaatgtctttgaaatgggagctcagagctggctcagaagactaagcc
tgcaaataccatgtcagggtatttatttatttatttatttatttattgta
acatgtcttggttaggtttttattgctgtaaagggacaccattactctta
taaaataaaaaatttaattgggtctgtcttgcaatttaagaggtgtagtc
ctttatcaccatggtgggtaggatgacaccgtgcaggcagacatggtgct
agacaagctaagaattctacatcttgatccacaggcagaaaggagatact
ctgcttcacgttgggcatagcttgagcataggaaacctcaaaaccagcct
caacagggtgaaacacttcccccaacaaggccacaccaactccaacaagg
ccatatctactaatagtgctactttccaatggaccaagcatttaaacaca
ggaatttatgggggattataccctattcaaaccattacgttatataaagg
tatgatactaaatacaaacatacattaccctgagtacagttgaatatcta
atctgaacatcaggttgtctataagttaatattcagcattatgaaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_71847401_71848470
seq2: B6Ng01-339H19.b_46_1113 (reverse)

seq1  CACTGGC--TCCAAGGAAGCTCATGGTCCCAAAACATAAGAGAGTAAGCC  48
      |||||||  |||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CACTGGCTTTCCAAGAAAGATCATGGT-CCAAAACAT-AGAGAGTAAGCC  48

seq1  TGTTTACAAGTGGAAAGGCTCTGAAACCCCAGCCAACTGGCAGGTCAAAG  98
      || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGGTTACAAGTGGAAAGGCTCTG-AACCCCAGCAAACTGGCAGGTCAAAG  97

seq1  CAGCTGTCAACAACCA-GTTCTTCCTATACAGACAGCTGGGCTACTTACT  147
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAGCTGTCAACAACCAGGTTCTTCCTATACAGACAGCTGGGTTACTTACT  147

seq1  CTTTAGTCCTTGAGAACAGTCCTATGCTATGCCCTTGTCTCAAAGGTAAC  197
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTAGTCCTTGAGAACAGTCCTATGCTATGCCCTTGTCTCAAAGGTAAC  196

seq1  ACTTTTCTTGTTTTTGCTTCTCCCAGTATTAACAACATTTAGGCCACAGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTTTTCTTGTTTTTGCTTCTCCCAGTATTAACAACA-TTAGGCCACAGC  245

seq1  TCTCAAGTCAACCAACATCTCCAGGCCTGTACTAGATACAGAAAAGCAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGTCAACCAACATCTCCAGGCCTGTACTAGATACAGAAAAGCAAT  295

seq1  TATACAAGTCTTCTACACAGCAACTTACAGATGCCATAGAAAAAACAAAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAGTCTTCTACACAGCAACTTACAGATGCCATAGAAAAAACAAAA  345

seq1  CCACATGCAGACAGTACCCCCTACACAAACACACAATGCCCACACATCCC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGCAGACAGTACCCCCTACACAAACACACAATGCCCACACATCCC  395

seq1  TGTTTCAAGGTTTGAAACTTTCTCTAACCACACAACTTACTCTAGTAACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAAGGTTTGAAACTTTCTCTAACCACACAACTTACTCTAGTAACT  445

seq1  ATGTAAACAAACCTCTTTATCTTCAGGAGGACAGTTTTTTTCAATTTCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAACAAACCTCTTTATCTTCAGGAGGACAGTTTTTTTCAATTTCAG  495

seq1  TTTTGTTACATTAAAACCAATCTAAAACACACTTACACACCTGTTTTACC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTACATTAAAACCAATCTAAAACACACTTACACACCTGTTTTACC  545

seq1  ATTTATCCTGCTGAATCTCACTTCTATAAAAATGAACCAAGTCTTATTTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCCTGCTGAATCTCACTTCTATAAAAATGAACCAAGTCTTATTTA  595

seq1  TTGTTTATCCATCTTCATAAATGGGAAGCAAAACAAAACAAAACAAAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTATCCATCTTCATAAATGGGAAGCAAAACAAAACAAAACAAAACA  645

seq1  AAAACCTAACCCACTTTATTTCCCCTGGTAGATATACTAAATACTTGAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTAACCCACTTTATTTCCCCTGGTAGATATACTAAATACTTGAGA  695

seq1  GCCACACTGCTGACTGGCCTATATTTGTCAGTTTAATGATTTTATATTTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACTGCTGACTGGCCTATATTTGTCAGTTTAATGATTTTATATTTT  745

seq1  TTAAAGAGTGGAGGCAGTCAACAATGGCTGTATTTTGGTTTTTAATGCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAGTGGAGGCAGTCAACAATGGCTGTATTTTGGTTTTTAATGCTT  795

seq1  ATGATCTAAAGAGGAAATCAATAAGACTTTACAATTACAATGAAAAAAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTAAAGAGGAAATCAATAAGACTTTACAATTACAATGAAAAAAAA  845

seq1  AATGAAGTGAAATCAGACAGAGAGAAAAGAATGCCAGGATTGAAAAACAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTGAAATCAGACAGAGAGAAAAGAATGCCAGGATTGAAAAACAG  895

seq1  AAACAAGATGGAAATATAAATGGAGCAAGATGTGCAAGGCCAAGAGTGTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGATGGAAATATAAATGGAGCAAGATGTGCAAGGCCAAGAGTGTG  945

seq1  AATGGAGTTTATAAGGACTGCTAACAATTTTGATAACATCCCTCCCCCTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGTTTATAAGGACTGCTAACAATTTTGATAACATCCCTCCCCCTG  995

seq1  CAAATAACTACCTGTGGGGAGCTGCTTTGGTCACCACTAATTTTACTTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAACTACCTGTGGGGAGCTGCTTTGGTCACCACTAATTTTACTTGT  1045

seq1  CCGTATTCTTACTTATTGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATTCTTACTTATTGAATTC  1068


seq1: chr4_71728693_71729802
seq2: B6Ng01-339H19.g_64_1162

seq1  GAATTCTTGAGCTAAATTCCGCATTCTGATATGACAATGTGTCCAGTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGCTAAATTCCGCATTCTGATATGACAATGTGTCCAGTACT  50

seq1  TTTCTCTCCAGAAGCAAGTGTAAGAAAACACTGGAAAAGCTGACAGAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTCCAGAAGCAAGTGTAAGAAAACACTGGAAAAGCTGACAGAATT  100

seq1  CAACAAGATTTTAATCTATGCAAATAATAAATGGGGTGATATTGCACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGATTTTAATCTATGCAAATAATAAATGGGGTGATATTGCACTTC  150

seq1  TCAAGAGAAGAAAAGCCAAATGCAGAAGCAATTTTGATCAAAAGTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGAAGAAAAGCCAAATGCAGAAGCAATTTTGATCAAAAGTCTTAA  200

seq1  GCAATGGAAATGAATGGAACTTGCTTTCTGTAATGTACATTTGAGCGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGGAAATGAATGGAACTTGCTTTCTGTAATGTACATTTGAGCGGCC  250

seq1  GCTAGGGTTTGTTTATTTTTGCTGATTGAGACTTCTCCTTGTCTGCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGGTTTGTTTATTTTTGCTGATTGAGACTTCTCCTTGTCTGCCTGG  300

seq1  CTTATACCTTACTGCTTTATAAAAGTGATGATCCTTATCTGCCAGTTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATACCTTACTGCTTTATAAAAGTGATGATCCTTATCTGCCAGTTCCT  350

seq1  GTCACATTTGTTTCCAAGGGCACTTAAAGTAAATAATGCAATAGCAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATTTGTTTCCAAGGGCACTTAAAGTAAATAATGCAATAGCAGAGA  400

seq1  CGAGTCAAGCCAATGCTGCAGAAATGGCACTAAGGATACGGCAGCAGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCAAGCCAATGCTGCAGAAATGGCACTAAGGATACGGCAGCAGTGG  450

seq1  CATGGTGCCCTACCCAGTTCGCAGCAGCTAAGCCACTGTTCTGCTTGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGCCCTACCCAGTTCGCAGCAGCTAAGCCACTGTTCTGCTTGTGC  500

seq1  CAAAAATGTCTTTGAAATGGGAGCTCAGAGCTGGCTCAGAAGACTAAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGTCTTTGAAATGGGAGCTCAGAGCTGGCTCAGAAGACTAAGCC  550

seq1  TGCAAATACCATGTCAGGGTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATACCATGTCAGGGTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGTA  600

seq1  ACATGTCTTGGTTAGGTTTTTATTGCTGTAAAGGGACACCATTACTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCTTGGTTAGGTTTTTATTGCTGTAAAGGGACACCATTACTCTTA  650

seq1  TAAAATAAAAAATTTAATTGGGTCTGTCTTGCAATTTAAGAGGTGTAGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAAAATTTAATTGGGTCTGTCTTGCAATTTAAGAGGTGTAGTC  700

seq1  CTTTATCACCATGGTGGGTAGGATGACACCGTGCAGGCAGACATGGTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCACCATGGTGGGTAGGATGACACCGTGCAGGCAGACATGGTGCT  750

seq1  AGACAAGCTAAGAATTCTACATCTTGATCCACAGGCAGAAAGGAGATACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGCTAAGAATTCTACATCTTGATCCACAGGCAGAAAGGAGATACT  800

seq1  CTGCTTCACGTTGGGCATAGCTTGAGCATAGGAAACCTCAAAACCAGCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCACGTTGGGCATAGCTTGAGCATAGGAAACCTCAAAACCAGCCT  850

seq1  CAACAGGGTGAAACACTTCCCCCAACAAGGCCACACCAACTCCAACAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGGTGAAACACTTCCCCCAACAAGGCCACACCAACTCCAACAAGG  900

seq1  CCATATCTACTAATAGTGCTAC-TTCCAATGGACCAAGCATTTAAACACA  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTACTAATAGTGCTACTTTCCAATGGACCAAGCATTTAAACACA  950

seq1  GGAATTTATGGGGGATTATA-CCTATTCAAACCATTACGTAATATAAAGG  998
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAATTTATGGGGGATTATACCCTATTCAAACCATTACGTTATATAAAGG  1000

seq1  TAATGATACTTAAATACAAACAATACATTACCCTGAGTAACAGTGAATTA  1048
      | ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||  | ||
seq2  T-ATGATAC-TAAATACAAAC-ATACATTACCCTGAGT-ACAGTTGAATA  1046

seq1  TCTAAATTCTGAACAACCAGGGGTGGTCTATAAGTAAATAATTCAGCAAT  1098
      |||||  |||||||| |    ||| |||||||||| ||| |||||||| |
seq2  TCTAA--TCTGAACATC---AGGTTGTCTATAAGTTAAT-ATTCAGCATT  1090

seq1  AAATAGAAATAA  1110
      |    |||||||
seq2  A---TGAAATAA  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |