BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342E04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 83,863,241 - 84,040,488
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBnc2
Upstream gene1810054D07Rik, Snapc3, Psip1, LOC100040611, 4930473A06Rik, LOC668010
Downstream geneLOC100040660, LOC624465, LOC100040284, D530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342E04.bB6Ng01-342E04.g
ACCGA125399GA125400
length1,2441,150
definitionB6Ng01-342E04.b B6Ng01-342E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,039,223 - 84,040,488)(83,863,241 - 83,864,405)
sequence
gaattcagcagagcccggctctgggtcacacattttatgtcagttaaaag
acaagacatcttaatttttatttctctaaatgttatcaaaaattattaac
ctagctgttgtgtggttgtgtaaaacttttataccagaattcaggagtca
gagacaggcagatctcagagctggagaccagcttggcctaacacagaagg
ttccaaggcggctagggctacttaaacgctgtctctgagcaaactctttg
atgactccctacagactggaactgtaaaacagacttccctggtagagtgt
agagcctataccaggccagtcattaacataggatgattaccatctatctt
cgatgttgcattcaggctgaaatcatggcctcaagccacgctgtttacgt
tccacatcctcacctatggctcatctctgacactcttgagagtcttttct
ttgtggcctacttggactttgttgttactactaacttactcgcacttact
agtacaaacatcctctgcactagggtctgaagctggccctatgcgtatct
gtgtaaataaagttttactggggcacacacacacacacacacccttccat
actctaatgtataagtgactaattgttaaataaaagttgcagcttacaaa
ctagttactaaatatcacgtccttgtagaatacattgtcgagccctgttg
tacatatgctttgtcacactgttcttacttctttatatatgacacgtttg
tatagaatgatcatagactattgagatagttacgtcggtaaacgtgcttg
ccgccagtcctgataatgaacttagaccagtcttcagggccttcctggta
gaagaaaactcctattagccatattctgaccactccatgagcatggtggt
agatgtgcatactcacaaaaaataaatgttaaaaaaaaaaaaactaatta
aataagcatcaggaaacgtccttgtatctcctgtctgggtataaaaggag
tttagagggaatattttgaattagatatttactcagcttttcggttaccc
ccgtcccctccacctttgctccactcagttctttctctttgaaaccacag
aactctagcttcttcatgctcggagatggatagcacttctgtcggcttac
gagacatctggacaatggagtctgcattacactgcagcatgcgactgcca
cccatgcatcaatcagatcgggtacttctgttttctctgtgatc
gaattctcttttggataaaataaccatgaggaagtgtatgtacctctcag
tcacgcaaaggaatgcaagataacattcagttttcatagtcaaaaatggt
agggagcaaatcataccgacaatataacttgtaattaaaagttgtcgggt
gagatttgaatccctgcgaagaaacttgatatcaagcatgtctctgagat
atcagctgggtcccaggaggagtatatatatcctcagtgcctggctccat
caggacaatttctgagtattttgagctagagatcaagtaattgctcacat
ccccaccttaatctttaaaaagtttcaattggcttacaaagtgaagacaa
aggaaaaataaggtgagccaaattcgagagtagagagaaaaagattaact
caccaaatgcctgccattagagattccaggttatcccatgacaagaaggc
catgggtttgggctttgaacttcctagacaacaccatgaagagagaacat
agaaggtttgatatctaggatctgcacattgaaaacaaaacgaattatct
gttcagggaaggaacacagcaatttctgatgctgtggacaataatgcatt
gctcctgagggtccttgtacgtaccaaactccaccttctgcagcatcctt
gatcacagtgatgagtttcacagtctgcctcctgtgagtagaagaggcca
caatagttttcaaagtctatgtaaggttaggacaatgaaatctgacctat
cccttcggagcattgtggtacactcaactcttctgcaaagagcaaatcct
gggctaacagaacttgattaagttttgcaatcatgaaggttagaaatgtc
tgaagaatggacacatgctgcctttcagagtttgccttctaagaagagcc
cctggatttgcagtaaccccatcatcccacaggtgatgaacagacacttt
ttccaggcttgatggtagttgttttatctttgcatatggcagatccttcc
gatttattacatgacagcttttcttgatgttgagtgatgtttaaatgctc
cgaacaggtgtctgcagaccttctgcacttgagaacatctgacatctgaa
gaatgttattctatcatccctcagttccatttataggtgggagtgaacat

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_84039223_84040488
seq2: B6Ng01-342E04.b_47_1290 (reverse)

seq1  GATCACAGAG-AAACAGTAGGACACCGAATCCTGGATTGGATGCATGGGG  49
      |||||||||| |||||| || || ||| |||   |||| |||||||||| 
seq2  GATCACAGAGAAAACAGAAGTAC-CCG-ATC--TGATT-GATGCATGGG-  44

seq1  TTTGGCAGTCTGCATGCCTGCAAAGTGAATGCAGACT-CATGGT-CAGAT  97
        |||||||| ||||| |||||  || |||||||||| ||| || |||||
seq2  --TGGCAGTC-GCATG-CTGCAGTGT-AATGCAGACTCCATTGTCCAGAT  89

seq1  GTGCTCGGTAGCCGACAGGAAGTGCTATCCCATCTTCCGAGGCATTGAGA  147
      || ||||  |||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||  |||
seq2  GT-CTCGTAAGCCGACA-GAAGTGCTAT-CCATC-TCCGA-GCATGAAGA  134

seq1  AGCTAAGAGTCTGGTGGTTTCAAAGAGAAAGAACCTGAGT-GAGCAAAAG  196
      |||| |||||   |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||
seq2  AGCT-AGAGTTCTGTGGTTTCAAAGAGAAAGAA-CTGAGTGGAGC-AAAG  181

seq1  GTGGGAGGGGACGGGGGGTAACCGGAAAAGCCTGAGTAAAATATCTAATT  246
      || ||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GT-GGAGGGGAC-GGGGGTAACC-GAAAAG-CTGAGT-AAATATCTAATT  226

seq1  CAAAATATTTCCCTCTAAACTCCTTTTATACCCAGACAGGAGATACAAGG  296
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATA-TTCCCTCTAAACTCCTTTTATACCCAGACAGGAGATACAAGG  275

seq1  ACGTTTCCTGATGCTTATTTAATTAGTTTTTTTTTTTTTAACATTTATTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACGTTTCCTGATGCTTATTTAATTAGTTTTTTTTTTTTTAACATTTA-TT  324

seq1  TTTTGTGAGTATGCACATCTACCACCATGCTCATGGAGTGGTCAGAATAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGAGTATGCACATCTACCACCATGCTCATGGAGTGGTCAGAATAT  374

seq1  GGCTAATAGGAGTTTTCTTCTACCAGGAAGGCCCTGAAGACTGGTCTAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAATAGGAGTTTTCTTCTACCAGGAAGGCCCTGAAGACTGGTCTAAG  424

seq1  TTCATTATCAGGACTGGCGGCAAGCACGTTTACCGACGTAACTATCTCAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATCAGGACTGGCGGCAAGCACGTTTACCGACGTAACTATCTCAA  474

seq1  TAGTCTATGATCATTCTATACAAACGTGTCATATATAAAGAAGTAAGAAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTATGATCATTCTATACAAACGTGTCATATATAAAGAAGTAAGAAC  524

seq1  AGTGTGACAAAGCATATGTACAACAGGGCTCGACAATGTATTCTACAAGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACAAAGCATATGTACAACAGGGCTCGACAATGTATTCTACAAGG  574

seq1  ACGTGATATTTAGTAACTAGTTTGTAAGCTGCAACTTTTATTTAACAATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGATATTTAGTAACTAGTTTGTAAGCTGCAACTTTTATTTAACAATT  624

seq1  AGTCACTTATACATTAGAGTATGGAAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTATACATTAGAGTATGGAAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCCC  674

seq1  CAGTAAAACTTTATTTACACAGATACGCATAGGGCCAGCTTCAGACCCTA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAACTTTATTTACACAGATACGCATAGGGCCAGCTTCAGACCCTA  724

seq1  GTGCAGAGGATGTTTGTACTAGTAAGTGCGAGTAAGTTAGTAGTAACAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAGGATGTTTGTACTAGTAAGTGCGAGTAAGTTAGTAGTAACAAC  774

seq1  AAAGTCCAAGTAGGCCACAAAGAAAAGACTCTCAAGAGTGTCAGAGATGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCAAGTAGGCCACAAAGAAAAGACTCTCAAGAGTGTCAGAGATGA  824

seq1  GCCATAGGTGAGGATGTGGAACGTAAACAGCGTGGCTTGAGGCCATGATT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGGTGAGGATGTGGAACGTAAACAGCGTGGCTTGAGGCCATGATT  874

seq1  TCAGCCTGAATGCAACATCGAAGATAGATGGTAATCATCCTATGTTAATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGAATGCAACATCGAAGATAGATGGTAATCATCCTATGTTAATG  924

seq1  ACTGGCCTGGTATAGGCTCTACACTCTACCAGGGAAGTCTGTTTTACAGT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCTGGTATAGGCTCTACACTCTACCAGGGAAGTCTGTTTTACAGT  974

seq1  TCCAGTCTGTAGGGAGTCATCAAAGAGTTTGCTCAGAGACAGCGTTTAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCTGTAGGGAGTCATCAAAGAGTTTGCTCAGAGACAGCGTTTAAG  1024

seq1  TAGCCCTAGCCGCCTTGGAACCTTCTGTGTTAGGCCAAGCTGGTCTCCAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCTAGCCGCCTTGGAACCTTCTGTGTTAGGCCAAGCTGGTCTCCAG  1074

seq1  CTCTGAGATCTGCCTGTCTCTGACTCCTGAATTCTGGTATAAAAGTTTTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGATCTGCCTGTCTCTGACTCCTGAATTCTGGTATAAAAGTTTTA  1124

seq1  CACAACCACACAACAGCTAGGTTAATAATTTTTGATAACATTTAGAGAAA  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACCACACAACAGCTAGGTTAATAATTTTTGATAACATTTAGAGAAA  1174

seq1  TAAAAATTAAGATGTCTTGTCTTTTAACTGACATAAAATGTGTGACCCAG  1246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATTAAGATGTCTTGTCTTTTAACTGACATAAAATGTGTGACCCAG  1224

seq1  AGCCGGGCTCTGCTGAATTC  1266
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGGGCTCTGCTGAATTC  1244

seq1: chr4_83863241_83864405
seq2: B6Ng01-342E04.g_64_1213

seq1  GAATTCTCTTTTGGATAAAATAACCATGAGGAAGTGTATGTACCTCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTTTGGATAAAATAACCATGAGGAAGTGTATGTACCTCTCAG  50

seq1  TCACGCAAAGGAATGCAAGATAACATTCAGTTTTCATAGTCAAAAATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGCAAAGGAATGCAAGATAACATTCAGTTTTCATAGTCAAAAATGGT  100

seq1  AGGGAGCAAATCATACCGACAATATAACTTGTAATTAAAAGTTGTCGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGCAAATCATACCGACAATATAACTTGTAATTAAAAGTTGTCGGGT  150

seq1  GAGATTTGAATCCCTGCGAAGAAACTTGATATCAAGCATGTCTCTGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTGAATCCCTGCGAAGAAACTTGATATCAAGCATGTCTCTGAGAT  200

seq1  ATCAGCTGGGTCCCAGGAGGAGTATATATATCCTCAGTGCCTGGCTCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTGGGTCCCAGGAGGAGTATATATATCCTCAGTGCCTGGCTCCAT  250

seq1  CAGGACAATTTCTGAGTATTTTGAGCTAGAGATCAAGTAATTGCTCACAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAATTTCTGAGTATTTTGAGCTAGAGATCAAGTAATTGCTCACAT  300

seq1  CCCCACCTTAATCTTTAAAAAGTTTCAATTGGCTTACAAAGTGAAGACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCTTAATCTTTAAAAAGTTTCAATTGGCTTACAAAGTGAAGACAA  350

seq1  AGGAAAAATAAGGTGAGCCAAATTCGAGAGTAGAGAGAAAAAGATTAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAATAAGGTGAGCCAAATTCGAGAGTAGAGAGAAAAAGATTAACT  400

seq1  CACCAAATGCCTGCCATTAGAGATTCCAGGTTATCCCATGACAAGAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAATGCCTGCCATTAGAGATTCCAGGTTATCCCATGACAAGAAGGC  450

seq1  CATGGGTTTGGGCTTTGAACTTCCTAGACAACACCATGAAGAGAGAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTTTGGGCTTTGAACTTCCTAGACAACACCATGAAGAGAGAACAT  500

seq1  AGAAGGTTTGATATCTAGGATCTGCACATTGAAAACAAAACGAATTATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTTGATATCTAGGATCTGCACATTGAAAACAAAACGAATTATCT  550

seq1  GTTCAGGGAAGGAACACAGCAATTTCTGATGCTGTGGACAATAATGCATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGGAAGGAACACAGCAATTTCTGATGCTGTGGACAATAATGCATT  600

seq1  GCTCCTGAGGGTCCTTGTACGTACCAAACTCCACCTTCTGCAGCATCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGAGGGTCCTTGTACGTACCAAACTCCACCTTCTGCAGCATCCTT  650

seq1  GATCACAGTGATGAGTTTCACAGTCTGCCTCCTGTGAGTAGAAGAGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACAGTGATGAGTTTCACAGTCTGCCTCCTGTGAGTAGAAGAGGCCA  700

seq1  CAATAGTTTTCAAAGTCTATGTAAGGTTAGGACAATGAAATCTGACCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTTTTCAAAGTCTATGTAAGGTTAGGACAATGAAATCTGACCTAT  750

seq1  CCCTTCGGAGCATTGTGGTACACTCAACTCTTCTGCAAAGAGCAAATCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCGGAGCATTGTGGTACACTCAACTCTTCTGCAAAGAGCAAATCCT  800

seq1  GGGCTAACAGAACTTGATTAAGTTTTGCAATCATGAAGGTTAGAAATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAACAGAACTTGATTAAGTTTTGCAATCATGAAGGTTAGAAATGTC  850

seq1  TGAAGAATGGACACATGCTGCCTTTCAGAGTTTGCCTTCTAAGAAGAGCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAAGAATGGACACATGCTGCCTTTCAGAGTTTGCCTTCTAAGAAGAG-C  899

seq1  CCCTGGATTTGCAGTAACCCCATCATCCCACAGTTGATGAACAGACAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  CCCTGGATTTGCAGTAACCCCATCATCCCACAGGTGATGAACAGAC-ACT  948

seq1  TTTTCCAGGCTTGAATGGTAGTTGTTTTATCTTTGGCCATATGGCCAAGA  1000
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||  |||
seq2  TTTTCCAGGCTTG-ATGGTAGTTGTTTTATCTTTG--CATATGGC--AGA  993

seq1  TCCTTTCCGATTTATACCATGACCAGGCTTTTCTGAGTGTGAAGGTGATG  1050
      ||| |||||||||||  ||||||   ||||||||   |||  | ||||| 
seq2  TCC-TTCCGATTTATTACATGAC--AGCTTTTCTTGATGTTGA-GTGAT-  1038

seq1  GTTTAAATGCCTCCG-ACAGTTGTCTGCCAGAACCCTTCCTGCACTTGAG  1099
      ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||  |||| |||||||||||
seq2  GTTTAAATG-CTCCGAACAGGTGTCTG-CAGA--CCTT-CTGCACTTGAG  1083

seq1  -ACATCTGACCATCTGAAG-ATGTTA-TCTATCATCCCTCAAGTCCCATT  1146
       |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||| |
seq2  AACATCTGA-CATCTGAAGAATGTTATTCTATCATCCCTC-AGTTCCA-T  1130

seq1  TTATA-GTTGGAGTGGACAT  1165
      ||||| || |||||| ||||
seq2  TTATAGGTGGGAGTGAACAT  1150