BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342M10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 134,257,294 - 134,406,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMan1c1, Ldlrap1, Tmem57
Upstream geneArid1a, Rps6ka1, 4930429E23Rik, LOC100042151, Hmgn2, Dhdds, Lin28, Aim1l, Cd52, Ubxd5, Sh3bgrl3, Ccdc21, EG665186, Catsper4, Cnksr1, Zfp593, Grrp1, Pdik1l, Trim63, Slc30a2, Extl1, LOC434166, Pafah2, Stmn1, Paqr7, 2610002D18Rik, 2410166I05Rik, Sepn1
Downstream geneRhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2, Runx3, Clic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik, LOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra, Il22ra1, LOC665334, Myom3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342M10.bB6Ng01-342M10.g
ACCGA125752GA125753
length8911,081
definitionB6Ng01-342M10.b B6Ng01-342M10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,405,129 - 134,406,020)(134,257,294 - 134,258,362)
sequence
gaattctgtttgagggccaagatgctagggagtgttaatctgaggtattg
tattaatgctgtatatatgtacatatatatacacacatatatacatatat
tacatagatatgcatatacatatataacgtgtatacatacatacagatat
gcatatacattatatatacacacacactatctatatctatatctatatat
atctatatatatagtgagtcccggattctggtgggttcttctgctcagac
ctggggaagtgcttctgggtcaccgccggctgccggctcttggtacaatg
aggaaagtcctcccccctccccaaagggtcggagcactaggaaggttgag
aaccattgttttttgtttgtttttttgtttttttttttcgagacagggtt
tctctgtatagccctggctgtcatggaactcactctgtagaccaggctgg
ccttgaattcagaaatctacctgcctttgcctaccaagtgctgggaataa
aggcatgcaccaccactgcccggcttaaagatttatttattattatatct
aagtacactgtagctgtcttcagacagcaccagaagagggtgtcagatct
cattatggatgttgtgagccaccatgtggttgctgggatttgaactcagg
accttcggaagagtagtcattgctcttaagaagagcagtcagtgctctta
aacgctgagccatggatctctccagccccaagaatcattgttttaaagca
gcactgagcagcaagtgaccccatgttatgattagtcaactttggctttt
ggttggacaaatcttatttccttttatgcttccttagagaaatatatata
catatatgtacgtacatactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattcccaatgcttttggagatctttttgacaatttcttggcagctcta
ggcatcccatgagagacggcatgcacgaggtgtatgtgtgatttcactgg
gggctgtggcccaccatggaggtttggaagagtgggaaagaaggactgtg
ctaagagacagtttcaggaaaaggagaggcaggtggcccgggtgaatgga
agagaagaagccccataacagaaagggcagagaggatggctctcgagtaa
ctgttataaattctagtctttgatgattaacctttgagagttgagtgaaa
attgtggacttgaagttgctcacgtgcacacacacaagcactcacacacc
aaggacttcgctcatgtgtggttcccccgtgacctgtgattgctcataca
gaatctcaaacagggctcagcacagcaccttagggtaccagcagccataa
atggtgatcctgggaggaaggacagctcccacagaggaagagggtagcca
agtcctccaatggctctggaacatcttggcagcagagaccctaaaggtgc
tgcctgctctctctagaaatggaaacagccctgctgacttcctacagtaa
acctaggaggtccagactggagcaatgctctccttctgggtccccaggaa
caggaaaagcattttcttctttccagggaagagaccctggcccagtgctt
gctcacagcccccttgtggcctgggggtgtcactgcagctcccgctgcta
tgtttggccacgcagttctcacagaccacactttagctggggtggggcag
aacactcagtaccagtggcctcttggcaaattgtcggcaagccagttcca
agccgtgttttgtttttgatgtcttaaaactaagactgtgactcaagtct
agtgatccctctaaatccctctgcggcccactccttacggggaaccagtt
caagaaccgcctcattaagccaataactcggagcttctgtaacaatccca
ctgctttaatgatcactcctttcgtcttttcacaatgccaatatatgtac
catttggtggcaaaccgctctcgatagaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_134405129_134406020
seq2: B6Ng01-342M10.b_50_940 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACAGTATGTACGTACATATATGTATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACAGTATGTACGTACATATATGTATATATAT  50

seq1  TTCTCTAAGGAAGCATAAAAGGAAATAAGATTTGGTCCAACCAAAAGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAAGGAAGCATAAAAGGAAATAAGATTT-GTCCAACCAAAAGCCA  99

seq1  AAGTTGACTAATCATAACATGGGGTCACTTGCTGCTCAGTGCTGCTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGACTAATCATAACATGGGGTCACTTGCTGCTCAGTGCTGCTTTAA  149

seq1  AACAATGATTCTTGGGGCTGGAGAGATCCATGGCTCAGCGTTTAAGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGATTCTTGGGGCTGGAGAGATCCATGGCTCAGCGTTTAAGAGCA  199

seq1  CTGACTGCTCTTCTTAAGAGCAATGACTACTCTTCCGAAGGTCCTGAGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCTCTTCTTAAGAGCAATGACTACTCTTCCGAAGGTCCTGAGTT  249

seq1  CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACATCCATAATGAGATCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACATCCATAATGAGATCTGA  299

seq1  CACCCTCTTCTGGTGCTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCTTCTGGTGCTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAA  349

seq1  TAATAAATAAATCTTTAAGCCGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTATTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATAAATCTTTAAGCCGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTATTCCC  399

seq1  AGCACTTGGTAGGCAAAGGCAGGTAGATTTCTGAATTCAAGGCCAGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGGTAGGCAAAGGCAGGTAGATTTCTGAATTCAAGGCCAGCCTG  449

seq1  GTCTACAGAGTGAGTTCCATGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAGAGTGAGTTCCATGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGT  499

seq1  CTCGAAAAAAAAAAACAAAAAAACAAACAAAAAACAATGGTTCTCAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAAAAAAAAAAACAAAAAAACAAACAAAAAACAATGGTTCTCAACCT  549

seq1  TCCTAGTGCTCCGACCCTTTGGGGAGGGGGGAGGACTTTCCTCATTGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTGCTCCGACCCTTTGGGGAGGGGGGAGGACTTTCCTCATTGTAC  599

seq1  CAAGAGCCGGCAGCCGGCGGTGACCCAGAAGCACTTCCCCAGGTCTGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCCGGCAGCCGGCGGTGACCCAGAAGCACTTCCCCAGGTCTGAGC  649

seq1  AGAAGAACCCACCAGAATCCGGGACTCACTATATATATAGATATATATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAACCCACCAGAATCCGGGACTCACTATATATATAGATATATATAG  699

seq1  ATATAGATATAGATAGTGTGTGTGTATATATAATGTATATGCATATCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGATATAGATAGTGTGTGTGTATATATAATGTATATGCATATCTGT  749

seq1  ATGTATGTATACACGTTATATATGTATATGCATATCTATGTAATATATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATACACGTTATATATGTATATGCATATCTATGTAATATATGT  799

seq1  ATATATGTGTGTATATATATGTACATATATACAGCATTAATACAATACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGTGTATATATATGTACATATATACAGCATTAATACAATACCT  849

seq1  CAGATTAACACTCCCTAGCATCTTGGCCCTCAAACAGAATTC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAACACTCCCTAGCATCTTGGCCCTCAAACAGAATTC  891

seq1: chr4_134257294_134258362
seq2: B6Ng01-342M10.g_71_1151

seq1  GAATTCCCAATGCTTTTGGAGATCTTTTTGACAATTTCTTGGCAGCTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAATGCTTTTGGAGATCTTTTTGACAATTTCTTGGCAGCTCTA  50

seq1  GGCATCCCATGAGAGACGGCATGCACGAGGTGTATGTGTGATTTCACTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCCCATGAGAGACGGCATGCACGAGGTGTATGTGTGATTTCACTGG  100

seq1  GGGCTGTGGCCCACCATGGAGGTTTGGAAGAGTGGGAAAGAAGGACTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGGCCCACCATGGAGGTTTGGAAGAGTGGGAAAGAAGGACTGTG  150

seq1  CTAAGAGACAGTTTCAGGAAAAGGAGAGGCAGGTGGCCCGGGTGAATGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGACAGTTTCAGGAAAAGGAGAGGCAGGTGGCCCGGGTGAATGGA  200

seq1  AGAGAAGAAGCCCCATAACAGAAAGGGCAGAGAGGATGGCTCTCGAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAAGCCCCATAACAGAAAGGGCAGAGAGGATGGCTCTCGAGTAA  250

seq1  CTGTTATAAATTCTAGTCTTTGATGATTAACCTTTGAGAGTTGAGTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATAAATTCTAGTCTTTGATGATTAACCTTTGAGAGTTGAGTGAAA  300

seq1  ATTGTGGACTTGAAGTTGCTCACGTGCACACACACAAGCACTCACACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGACTTGAAGTTGCTCACGTGCACACACACAAGCACTCACACACC  350

seq1  AAGGACTTCGCTCATGTGTGGTTCCCCCGTGACCTGTGATTGCTCATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACTTCGCTCATGTGTGGTTCCCCCGTGACCTGTGATTGCTCATACA  400

seq1  GAATCTCAAACAGGGCTCAGCACAGCACCTTAGGGTACCAGCAGCCATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTCAAACAGGGCTCAGCACAGCACCTTAGGGTACCAGCAGCCATAA  450

seq1  ATGGTGATCCTGGGAGGAAGGACAGCTCCCACAGAGGAAGAGGGTAGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGATCCTGGGAGGAAGGACAGCTCCCACAGAGGAAGAGGGTAGCCA  500

seq1  AGTCCTCCAATGGCTCTGGAACATCTTGGCAGCAGAGACCCTAAAGGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCCAATGGCTCTGGAACATCTTGGCAGCAGAGACCCTAAAGGTGC  550

seq1  TGCCTGCTCTCTCTAGAAATGGAAACAGCCCTGCTGACTTCCTACAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCTCTCTCTAGAAATGGAAACAGCCCTGCTGACTTCCTACAGTAA  600

seq1  ACCTAGGAGGTCCAGACTGGAGCAATGCTCTCCTTCTGGGTCCCCAGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGAGGTCCAGACTGGAGCAATGCTCTCCTTCTGGGTCCCCAGGAA  650

seq1  CAGGAAAAGCATTTTCTTCTTTCCAGGGAAGAGACCCTGGCCCAGTGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAAGCATTTTCTTCTTTCCAGGGAAGAGACCCTGGCCCAGTGCTT  700

seq1  GCTCACAGCCCCCTTGTGGCCTGGGGGTGTCACTGCAGCTCCCGCTGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGCCCCCTTGTGGCCTGGGGGTGTCACTGCAGCTCCCGCTGCTA  750

seq1  TG-TTGGCCACGCAGTTCTCACAGACCACAC-TTAGCTGGGGTGGGGCAG  798
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGCCACGCAGTTCTCACAGACCACACTTTAGCTGGGGTGGGGCAG  800

seq1  AACACTCAGGTACCAGTGGCCTCTTGGCAAATTGTCGGCAAGCCAGTTCC  848
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCA-GTACCAGTGGCCTCTTGGCAAATTGTCGGCAAGCCAGTTCC  849

seq1  AAGCCGTG-TTTGTTTTTGATGTCTTAAAACTAAGACTGTGACTCAAGTC  897
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCGTGTTTTGTTTTTGATGTCTTAAAACTAAGACTGTGACTCAAGTC  899

seq1  TAGTGATCCCTCTAAATCCCTCTGCGGCCCACTCCTTACGGGGAACCAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATCCCTCTAAATCCCTCTGCGGCCCACTCCTTACGGGGAACCAGT  949

seq1  CCAAGACCCGCCTCATTAAGCCAATAACCTCGGAGCTTCTGTAACATTCC  997
       ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  TCAAGAACCGCCTCATTAAGCCAATAA-CTCGGAGCTTCTGTAACAATCC  998

seq1  CACTGCTTTATTGATCACTCC-TTCGTC-TTTCAC-ATG-CAAT-TATGT  1042
      |||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||
seq2  CACTGCTTTAATGATCACTCCTTTCGTCTTTTCACAATGCCAATATATGT  1048

seq1  ACAATT--GTGGCAA----CGCTCGATAGAAGC  1069
      || |||  |||||||    | ||||||||||||
seq2  ACCATTTGGTGGCAAACCGCTCTCGATAGAAGC  1081