BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343G18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 68,854,425 - 68,904,686
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTcp1-ps1, Dbc1
Downstream geneLOC622491, LOC433716, LOC100039888, LOC242497, LOC671064, Cdk5rap2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343G18.bB6Ng01-343G18.g
ACCGA126205GA126206
length1,1511,093
definitionB6Ng01-343G18.b B6Ng01-343G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,903,530 - 68,904,686)(68,854,425 - 68,855,543)
sequence
gaattctcaggaactgactgtgagtcctaggattgcacagccaaggtggg
gtgtctaaaatgtcttgcaggaacactttatagttttatcattaatcttt
cctggaagtatttagcaataaaattgagctcctaaggaacagagtgaaat
acagaataaagtctagatttccaatcaaaatcaactggacccagatgcct
ctttttcactgatgagctcattgggcagaggcactgatatacaagattca
tggtcacaaatgttagttagttcctgttctttagatataagtagtacatt
ctacagagaagaccatgagtctcttcatacaaaccaatctttgggctcaa
caacttggtcaacaaacaccccttgtactgtggattcctacacactattt
tggattcagacacactatatagtatatacatgtaggctctcttcaggaga
atgaagctaaagaaatgtttcactttgctacccaggtagcaacctccagg
ctttctctacagatggcagaaagtttcttctccttaatacatctgattgt
gtgtgtaagcaaaattggaaagcaatctatctgaacaaaattgtctagca
ggctttattaagtattataggaaaaactgttaaacaaaaacatcaaaaat
aaggtatggagacatgtggactagaaacagtgaaatacatgtaatcaaga
cagatggtctctttctagtcagcaacagtgccaggccaccttgagcttga
aaacagtggacagtcccatggtacccagagtactatccactccccagaga
ccctagcacacccacgatcttaggatcactgatgagtataacacaacatc
tgttcaaacaccaccaggagtgcctgggaccggcaagagcaaggacacag
gaatcccacccaaccaatgtctcagttccttacagtcagtctgtcctggt
ataccttggttttgaacttagtggacagacccccccaccccccgagcagg
taccacttccaggtgctctaatacacccaggatcttaggatcccatgatc
catgatcccaggagcttggcgacacaggatctcaaggtctcagacaaggc
ttgactgcagactatgaaacaccagaatcttcgactccaggattccagaa
t
gaattctgggaactcttcagagggtatataaattctagatgtcagagaga
agaggctggttgccaattggtagccggttgctgttgcttgcagtttgtca
agtagttgtgtgtgaggagataagaatcatcttcagtatccttacagtaa
agatcaaacttgcccaaggaactggacacacttaactggcaggaactggt
cgaatgattctgttacaccatttcccctctagcattttttttttttgtct
ctcctacctagtgttatgggcttgagagggtaaaaagaaaggagtggtga
agtgtgtcagtaaaaaggaactcacaaaatagacaaaattccactatacc
tatgagtgtatgtggctcatgtaacaagtggtcagttcttgctctagaag
atgggtgacatataagacatcacagggctggctaaggacactgatcttct
ttagtcaagggaacggcaaagagtttagatagaaattcaaaaccagattt
acatttgcaaaaacaattatacaaaatggattgggattgacaaggaagga
gaaagtttaagttgacagctaattagaaaattactatcattacaatggct
gtgatatttgtacagaggagatattgataaggatgctttgagatatttaa
gggcaaaattaacataactgtgatgtagattggggctgtaagagggaaag
ttcagcagaacactcaatggaactgcttatctaatgacagattgacatct
tatcttggaacaagtgagttccctgtccctgggagcattcaaaaagagta
cagactcctgactgacaggtattccttaaccagcaatgagtggagattgg
cgcagataaagtctcgcagctctgagggtccatgatctttatgtttctct
gattgtctttatcactaaagggagcaaatgatttgtttagtcatgagata
tagacaacttcactctcaatacaaatacttcattggcagatctatctact
ttacagtctgatgtcattttgtctctgagagttatagatgagctgcaaca
gaaacgagaaaaaagatttgttttttgtttcaaactttttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_68903530_68904686
seq2: B6Ng01-343G18.b_44_1194 (reverse)

seq1  ATTCTGGGATCCTGGGAGTCTGAGATTCTGGTTGTTTCATAGTTCTTGGC  50
      ||||||| ||||| ||||||  ||||||||| |||||||||| |||  ||
seq2  ATTCTGGAATCCT-GGAGTCGAAGATTCTGG-TGTTTCATAG-TCT--GC  45

seq1  AGTCAAGCTTTGTCTGAGACCCTGAGATCCTGGTGTCGCCAAGCTCCTGG  100
      |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGCCTTGTCTGAGACCTTGAGATCCT-GTGTCGCCAAGCTCCTGG  94

seq1  GATCATGGGATCATGGGATCCTAAGATCCTGGGTGTATTAGAGCACCTGG  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAT-GGATCATGGGATCCTAAGATCCTGGGTGTATTAGAGCACCTGG  143

seq1  AAGTGGTACCTGCTCGGGGG--TGGGGGGTCTGTCCACTAAGTTCAAAAC  198
      ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTACCTGCTCGGGGGGTGGGGGGGTCTGTCCACTAAGTTCAAAAC  193

seq1  CAAGGTATACCAGGACAGACTGACTGTAAGGAACCTGAGACATTGGTTGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAAGGTATACCAGGACAGACTGACTGTAAGGAA-CTGAGACATTGGTTGG  242

seq1  GTGGGATTCCTGTGTCCTTGCTCTTGCCGGTCCCAGGCACTCCTGGTGGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGATTCCTGTGTCCTTGCTCTTGCCGGTCCCAGGCACTCCTGGTGGT  292

seq1  GTTTGAACAGATGTTGTGTTATACTCATCAGTGATCCTAAGATCGTGGGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAACAGATGTTGTGTTATACTCATCAGTGATCCTAAGATCGTGGGT  342

seq1  GTGCTAGGGTCTCTGGGGAGTGGATAGTACTCTGGGTACCATGGGACTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGGGTCTCTGGGGAGTGGATAGTACTCTGGGTACCATGGGACTGT  392

seq1  CCACTGTTTTCAAGCTCAAGGTGGCCTGGCACTGTTGCTGACTAGAAAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGTTTTCAAGCTCAAGGTGGCCTGGCACTGTTGCTGACTAGAAAGA  442

seq1  GACCATCTGTCTTGATTACATGTATTTCACTGTTTCTAGTCCACATGTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCTGTCTTGATTACATGTATTTCACTGTTTCTAGTCCACATGTCT  492

seq1  CCATACCTTATTTTTGATGTTTTTGTTTAACAGTTTTTCCTATAATACTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCTTATTTTTGATGTTTTTGTTTAACAGTTTTTCCTATAATACTT  542

seq1  AATAAAGCCTGCTAGACAATTTTGTTCAGATAGATTGCTTTCCAATTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCCTGCTAGACAATTTTGTTCAGATAGATTGCTTTCCAATTTTG  592

seq1  CTTACACACACAATCAGATGTATTAAGGAGAAGAAACTTTCTGCCATCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACACACAATCAGATGTATTAAGGAGAAGAAACTTTCTGCCATCTG  642

seq1  TAGAGAAAGCCTGGAGGTTGCTACCTGGGTAGCAAAGTGAAACATTTCTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAAGCCTGGAGGTTGCTACCTGGGTAGCAAAGTGAAACATTTCTT  692

seq1  TAGCTTCATTCTCCTGAAGAGAGCCTACATGTATATACTATATAGTGTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCATTCTCCTGAAGAGAGCCTACATGTATATACTATATAGTGTGT  742

seq1  CTGAATCCAAAATAGTGTGTAGGAATCCACAGTACAAGGGGTGTTTGTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCCAAAATAGTGTGTAGGAATCCACAGTACAAGGGGTGTTTGTTG  792

seq1  ACCAAGTTGTTGAGCCCAAAGATTGGTTTGTATGAAGAGACTCATGGTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGTTGTTGAGCCCAAAGATTGGTTTGTATGAAGAGACTCATGGTCT  842

seq1  TCTCTGTAGAATGTACTACTTATATCTAAAGAACAGGAACTAACTAACAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTAGAATGTACTACTTATATCTAAAGAACAGGAACTAACTAACAT  892

seq1  TTGTGACCATGAATCTTGTATATCAGTGCCTCTGCCCAATGAGCTCATCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGACCATGAATCTTGTATATCAGTGCCTCTGCCCAATGAGCTCATCA  942

seq1  GTGAAAAAGAGGCATCTGGGTCCAGTTGATTTTGATTGGAAATCTAGACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAAAGAGGCATCTGGGTCCAGTTGATTTTGATTGGAAATCTAGACT  992

seq1  TTATTCTGTATTTCACTCTGTTCCTTAGGAGCTCAATTTTATTGCTAAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGTATTTCACTCTGTTCCTTAGGAGCTCAATTTTATTGCTAAAT  1042

seq1  ACTTCCAGGAAAGATTAATGATAAAACTATAAAGTGTTCCTGCAAGACAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGGAAAGATTAATGATAAAACTATAAAGTGTTCCTGCAAGACAT  1092

seq1  TTTAGACACCCCACCTTGGCTGTGCAATCCTAGGACTCACAGTCAGTTCC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACACCCCACCTTGGCTGTGCAATCCTAGGACTCACAGTCAGTTCC  1142

seq1  TGAGAATTC  1157
      |||||||||
seq2  TGAGAATTC  1151

seq1: chr4_68854425_68855543
seq2: B6Ng01-343G18.g_64_1156

seq1  GAATTCTGGGAACTCTTCAGAGGGTATATAAATTCTAGATGTCAGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAACTCTTCAGAGGGTATATAAATTCTAGATGTCAGAGAGA  50

seq1  AGAGGCTGGTTGCCAATTGGTAGCCGGTTGCTGTTGCTTGCAGTTTGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTGGTTGCCAATTGGTAGCCGGTTGCTGTTGCTTGCAGTTTGTCA  100

seq1  AGTAGTTGTGTGTGAGGAGATAAGAATCATCTTCAGTATCCTTACAGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTGTGTGTGAGGAGATAAGAATCATCTTCAGTATCCTTACAGTAA  150

seq1  AGATCAAACTTGCCCAAGGAACTGGACACACTTAACTGGCAGGAACTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAACTTGCCCAAGGAACTGGACACACTTAACTGGCAGGAACTGGT  200

seq1  CGAATGATTCTGTTACACCATTTCCCCTCTAGCATTTTTTTTTTTTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGATTCTGTTACACCATTTCCCCTCTAGCATTTTTTTTTTTTGTCT  250

seq1  CTCCTACCTAGTGTTATGGGCTTGAGAGGGTAAAAAGAAAGGAGTGGTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACCTAGTGTTATGGGCTTGAGAGGGTAAAAAGAAAGGAGTGGTGA  300

seq1  AGTGTGTCAGTAAAAAGGAACTCACAAAATAGACAAAATTCCACTATACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCAGTAAAAAGGAACTCACAAAATAGACAAAATTCCACTATACC  350

seq1  TATGAGTGTATGTGGCTCATGTAACAAGTGGTCAGTTCTTGCTCTAGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTGTATGTGGCTCATGTAACAAGTGGTCAGTTCTTGCTCTAGAAG  400

seq1  ATGGGTGACATATAAGACATCACAGGGCTGGCTAAGGACACTGATCTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTGACATATAAGACATCACAGGGCTGGCTAAGGACACTGATCTTCT  450

seq1  TTAGTCAAGGGAACGGCAAAGAGTTTAGATAGAAATTCAAAACCAGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCAAGGGAACGGCAAAGAGTTTAGATAGAAATTCAAAACCAGATTT  500

seq1  ACATTTGCAAAAACAATTATACAAAATGGATTGGGATTGACAAGGAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGCAAAAACAATTATACAAAATGGATTGGGATTGACAAGGAAGGA  550

seq1  GAAAGTTTAAGTTGACAGCTAATTAGAAAATTACTATCATTACAATGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTTAAGTTGACAGCTAATTAGAAAATTACTATCATTACAATGGCT  600

seq1  GTGATATTTGTACAGAGGAGATATTGATAAGGATGCTTTGAGATATTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATATTTGTACAGAGGAGATATTGATAAGGATGCTTTGAGATATTTAA  650

seq1  GGGCAAAATTAACATAACTGTGATGTAGATTGGGGCTGTAAGAGGGAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAAATTAACATAACTGTGATGTAGATTGGGGCTGTAAGAGGGAAAG  700

seq1  TTCAGCAGAACACTCAATGGAACTGCTTATCTAATGACAGATTGACATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAGAACACTCAATGGAACTGCTTATCTAATGACAGATTGACATCT  750

seq1  TATCTTGGAACAAGTGAGTTCCCTGTCCCTGGGAGCATTCAAAAAGAGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGGAACAAGTGAGTTCCCTGTCCCTGGGAGCATTCAAAAAGAGTA  800

seq1  CAGACTCCTGACTGACAGGTATTCCTTAACCAGCAATGAGTGGAGATTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCCTGACTGACAGGTATTCCTTAACCAGCAATGAGTGGAGATTGG  850

seq1  CGCAGATAAAGTCTCGCAGCTCTGAGGGTCCATGATCTTTATGTTTCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGATAAAGTCTCGCAGCTCTGAGGGTCCATGATCTTTATGTTTCTCT  900

seq1  GATTGTCTTTATCACTAAAGGGAGCAAATGATTTGTTTAGTCAATGAAGA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   
seq2  GATTGTCTTTATCACTAAAGGGAGCAAATGATTTGTTTAGTC-ATGA--G  947

seq1  ATATAGACAAACTTCACCTCTCAATACAAATTACCTTCATTTGGCAGGAA  1000
      |||||||| ||||||| ||||||||||||||   ||||| |||||||  |
seq2  ATATAGAC-AACTTCA-CTCTCAATACAAAT--ACTTCA-TTGGCAG--A  990

seq1  TCTATCTACTTTTACAGTTCTGGATGTCCATTTTGTCTCTGAGGAGTTTA  1050
      ||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||| |||
seq2  TCTATCTAC-TTTACAG-TCT-GATGT-CATTTTGTCTCTGA-GAG-TTA  1034

seq1  TAAGGATTGAAGCCTGGAACAGAGAAACAGAGAAAAAAAGATTTTGTTTT  1100
      ||  || |||   ||| |||  |||||| ||| |||||||| ||||||||
seq2  TA--GA-TGA--GCTGCAAC--AGAAAC-GAG-AAAAAAGA-TTTGTTTT  1074

seq1  TTGTTTCAAACTTTTTTTT  1119
      |||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCAAACTTTTTTTT  1093