BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345N19
Chromosome4 (Build37)
Map Location 154,802,693 - 154,966,687
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk
Upstream genePrdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd
Downstream geneA530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436, Tnfrsf4, Tnfrsf18, Ttll10, 9430015G10Rik, EG667357, Agrn, LOC100038882, AW011738, LOC677185, 2310042D19Rik, Plekhn1, Klhl17, LOC100042378
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345N19.bB6Ng01-345N19.g
ACCGA127927GA127928
length1,1861,104
definitionB6Ng01-345N19.b B6Ng01-345N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,802,693 - 154,803,881)(154,965,581 - 154,966,687)
sequence
gaattccccaaatcttcctgttgccctgactcaatcatctaaaacagtag
tttctgctgttgctgctcagggagtcttacatacttctgcttttctctct
ttctgtctcttcccctctgtctctttctctgtctctcccctctgtgtgtg
tctctctctctgtctttgtcactgtgtctctgtccatctctgtccctgct
actctctgcttctctgtgcctctctgactctgtgtgtctccctctgtttt
tgtttctgtgtgtctctgtctttctgtgtgtgtctctgtctctgtttctg
tctctctgtctctgtgtgtgtttctgcctctctttgcctgtgtctgtctc
tgtgtgtgtctctctgtgtctttttgtatatgtttctgtttatgtctctc
tctgtctctgtctctctcactctggggtccctcagagaagtctcctgggt
gcaagctctccttctttgccaggttaggccctgcactttgttcactatgg
ggctttgaacaaacatggacctctgtctgtttgaactcaaggtgcccaag
gaggacatggaacgaaaacctgtgggcggaagtaagatggaaaaggatat
cctggctcggactatggagcagctgcgcagtggggtggttcaaaagcagg
tggtatctggtcgggagttcaagggccgcccattcaatagcaagcctgag
gtcatccacttcaaggtgagccttgaggggtggacagcaaggcaagcctg
ttatcactctcctgcctctgatgctttctgtttccaccatgggaaaccca
gaaaagtctttagctttggggctggtgtgcagggctgggtttacagcaga
aaggtacaggaagcacctgggccctccatgacagggcctggacttctgag
aaaggaaaataatagcataattacctgttaggcagccccttctgcttggc
aaattccaccttctcatgaggtgcccaaggacccaacacccactaccagc
tagctaatatagcattacagagggtagactaagaatacacagcccggtgc
ttcaatcctctcctcccaccaacagtcccccataaaaactcaatatcctg
cttgaggagaaagttcctcatgagtagaaccttcctgttctctctcagaa
cctcagtggcactcagataccaggaaccttttctac
gaattcactttgtagactaggatagcttcccactcagtgtttggcctgcc
tctgacactcccctcgcccctctctgtgcctggacctaaaggcatatgcc
accacaccccgtcatcttcataagtgtgtctttgtgccagtatagctgtc
tgctttcctgcccatgccgctcgagtgatgatattaaaggtgtgcaccac
acctggcttttgttgttttagacagagtcttttattttctgtttatagac
tttcttcactttgggtctttctggaacataatgtaatggaagggctgctg
ctggtgatgaaggggcttaaggagctgggagggacaaatccaacataggg
tctgggcaggcagtggtatagcctggaacctcactgagtgctgcttagac
accatgcttagtcctctagcaacgtctaaaagggctggtgggatccctct
ctaaatcctccctctctcctcttctatctttgcctcctgaaggcaaggtc
aaggctctaatgtcaacagtctttggatggccttgggagcaggtctctaa
cactcctaatgattaagccatcctctctggcttagagccttagggcagtg
ctgggtctaactcctaggccatggaagggattcaggctctgaacaaggag
gcagttataagtgctgggaagtgaagcttcacccacaacgagcagctttt
ggtccagggatgctggcacctgggtaggagagacatttcccttcacaaac
taaagccccaggtactgggtatgatctagcaaacaatagccattattgcc
atgtcagtggcttccagaagccttctgactaaatctgtgattagcagtcc
cagggagagtgctaatggcagtgaggtagggaggtaaaaagtacaaacag
agcagcaatgaccgcctggggcctgggcttaataagggccactggctggc
tttatccagcctcagagctgtgtttgtcttgagagcttttgctgggatgt
agacaggcagggttgagggatgcatagagcagcaccatagtgattcgtgc
tttccttcagttgtgaacattggtagcacttcacagctcttgaacactag
gcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154802693_154803881
seq2: B6Ng01-345N19.b_48_1233

seq1  GAATTCCCCAAATCTTCCTGTTGCCCTGACTCAATCATCTAAAACAGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAAATCTTCCTGTTGCCCTGACTCAATCATCTAAAACAGTAG  50

seq1  TTTCTGCTGTTGCTGCTCAGGGAGTCTTACATACTTCTGCTTTTCTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGTTGCTGCTCAGGGAGTCTTACATACTTCTGCTTTTCTCTCT  100

seq1  TTCTGTCTCTTCCCCTCTGTCTCTTTCTCTGTCTCTCCCCTCTGTGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTCTTCCCCTCTGTCTCTTTCTCTGTCTCTCCCCTCTGTGTGTG  150

seq1  TCTCTCTCTCTGTCTTTGTCACTGTGTCTCTGTCCATCTCTGTCCCTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTGTCTTTGTCACTGTGTCTCTGTCCATCTCTGTCCCTGCT  200

seq1  ACTCTCTGCTTCTCTGTGCCTCTCTGACTCTGTGTGTCTCCCTCTGTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTGCTTCTCTGTGCCTCTCTGACTCTGTGTGTCTCCCTCTGTTTT  250

seq1  TGTTTCTGTGTGTCTCTGTCTTTCTGTGTGTGTCTCTGTCTCTGTTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTGTGTGTCTCTGTCTTTCTGTGTGTGTCTCTGTCTCTGTTTCTG  300

seq1  TCTCTCTGTCTCTGTGTGTGTTTCTGCCTCTCTTTGCCTGTGTCTGTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTCTCTGTGTGTGTTTCTGCCTCTCTTTGCCTGTGTCTGTCTC  350

seq1  TGTGTGTGTCTCTCTGTGTCTTTTTGTATATGTTTCTGTTTATGTCTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTCTCTCTGTGTCTTTTTGTATATGTTTCTGTTTATGTCTCTC  400

seq1  TCTGTCTCTGTCTCTCTCACTCTGGGGTCCCTCAGAGAAGTCTCCTGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTGTCTCTCTCACTCTGGGGTCCCTCAGAGAAGTCTCCTGGGT  450

seq1  GCAAGCTCTCCTTCTTTGCCAGGTTAGGCCCTGCACTTTGTTCACTATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCTCCTTCTTTGCCAGGTTAGGCCCTGCACTTTGTTCACTATGG  500

seq1  GGCTTTGAACAAACATGGACCTCTGTCTGTTTGAACTCAAGGTGCCCAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTGAACAAACATGGACCTCTGTCTGTTTGAACTCAAGGTGCCCAAG  550

seq1  GAGGACATGGAACGAAAACCTGTGGGCGGAAGTAAGATGGAAAAGGATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATGGAACGAAAACCTGTGGGCGGAAGTAAGATGGAAAAGGATAT  600

seq1  CCTGGCTCGGACTATGGAGCAGCTGCGCAGTGGGGTGGTTCAAAAGCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTCGGACTATGGAGCAGCTGCGCAGTGGGGTGGTTCAAAAGCAGG  650

seq1  TGGTATCTGGTCGGGAGTTCAAGGGCCGCCCATTCAATAGCAAGCCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATCTGGTCGGGAGTTCAAGGGCCGCCCATTCAATAGCAAGCCTGAG  700

seq1  GTCATCCACTTCAAGGTGAGCCTTGAGGGGTGGACAGCAAGGCAAGCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCCACTTCAAGGTGAGCCTTGAGGGGTGGACAGCAAGGCAAGCCTG  750

seq1  TTATCACTCTCCTGCCTCTGATGCTTTCTGTTTCCACCATGGGAAACCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACTCTCCTGCCTCTGATGCTTTCTGTTTCCACCATGGGAAACCCA  800

seq1  GAAAAGTCTTTAGCTTTGGGGCTGGTGTGCAGGGCTGGGTTTACAGCAG-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAAAGTCTTTAGCTTTGGGGCTGGTGTGCAGGGCTGGGTTTACAGCAGA  850

seq1  AAGGTACAGGAAGCACCTGGGCCCTCCATGACAGGGGCCTGGACTTCTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGGTACAGGAAGCACCTGGGCCCTCCATGACA-GGGCCTGGACTTCTGA  899

seq1  G-AAGGAAAATAATAGCATAATTACCTGTTAGGCAGGCCCCTTCTGCTTG  948
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAAGGAAAATAATAGCATAATTACCTGTTAGGCA-GCCCCTTCTGCTTG  948

seq1  GCAAATTCCACCTTCTCATGAGGTGCCCCAAGGACCCAACACCCACTACC  998
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATTCCACCTTCTCATGAGGTG-CCCAAGGACCCAACACCCACTACC  997

seq1  AGCTAGCTAATATTAGCATTTACAGAGGGTAGACTAAG-ATACACAG-CC  1046
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  AGCTAGCTAATA-TAGCA-TTACAGAGGGTAGACTAAGAATACACAGCCC  1045

seq1  GGTGCTTCCATCCTCT-CTCCCACCCAACCAGTCCCCCAT-AAAACTC-A  1093
      |||||||| ||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||| |
seq2  GGTGCTTCAATCCTCTCCTCCCACC--AACAGTCCCCCATAAAAACTCAA  1093

seq1  TATCCTGC-TGAGGAGAAAGTT-CTCATGAGGTAGACCCTTCCCTGTCCT  1141
      |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||| ||
seq2  TATCCTGCTTGAGGAGAAAGTTCCTCATGA-GTAGAACCTT-CCTGTTCT  1141

seq1  -TCTCAG-ACCTCAAGGTGGGCATCATGACCCAAGGGAAACCTTTTCTAC  1189
       |||||| ||||||  ||||   ||| ||  | |||  ||||||||||||
seq2  CTCTCAGAACCTCA--GTGGCACTCA-GATACCAGG--AACCTTTTCTAC  1186

seq1: chr4_154965581_154966687
seq2: B6Ng01-345N19.g_67_1170 (reverse)

seq1  CTGCCT-GTGTGTCAAGAGCCTGTTGAGTGCTACAAATGTACACAAACTG  49
      |||||| |||| ||||||| ||||  |||||||| ||||| ||| |||||
seq2  CTGCCTAGTGT-TCAAGAG-CTGTGAAGTGCTACCAATGTTCAC-AACTG  47

seq1  AAGGAAACCACGAAACCACTATGGTGCTTGCTTCTATGCATCCCTC-ACC  98
      ||||||| |||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||| |||
seq2  AAGGAAAGCACG-AATCACTATGGTGC-TGC-TCTATGCATCCCTCAACC  94

seq1  CTGCCCTGTCTACATCCCAGC-AAAGCTCTCAAGACAAACACAGCTCTG-  146
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTG-CCTGTCTACATCCCAGCAAAAGCTCTCAAGACAAACACAGCTCTGA  143

seq1  GGCTGGATAAAGCCAGCCAGTGGCCCTTA-TAAGCCCAGGCCCCAGGCGG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGATAAAGCCAGCCAGTGGCCCTTATTAAGCCCAGGCCCCAGGCGG  193

seq1  TCATTGCCTGCTCTGTTTGTACTTTTTACCTCCCTACCTCACTGCCATTA  245
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTG-CTGCTCTGTTTGTACTTTTTACCTCCCTACCTCACTGCCATTA  242

seq1  GCACTCTCCCTGGGACTGCTAATCACAGATTTAGTCAGAAGGCTTCTGGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCCCTGGGACTGCTAATCACAGATTTAGTCAGAAGGCTTCTGGA  292

seq1  AGCCACTGACATGGCAATAATGGCTATTGTTTGCTAGATCATACCCAGTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTGACATGGCAATAATGGCTATTGTTTGCTAGATCATACCCAGTA  342

seq1  CCTGGGGCTTTAGTTTGTGAAGGGAAATGTCTCTCCTACCCAGGTGCCAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGCTTTAGTTTGTGAAGGGAAATGTCTCTCCTACCCAGGTGCCAG  392

seq1  CATCCCTGGACCAAAAGCTGCTCGTTGTGGGTGAAGCTTCACTTCCCAGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTGGACCAAAAGCTGCTCGTTGTGGGTGAAGCTTCACTTCCCAGC  442

seq1  ACTTATAACTGCCTCCTTGTTCAGAGCCTGAATCCCTTCCATGGCCTAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATAACTGCCTCCTTGTTCAGAGCCTGAATCCCTTCCATGGCCTAGG  492

seq1  AGTTAGACCCAGCACTGCCCTAAGGCTCTAAGCCAGAGAGGATGGCTTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGACCCAGCACTGCCCTAAGGCTCTAAGCCAGAGAGGATGGCTTAA  542

seq1  TCATTAGGAGTGTTAGAGACCTGCTCCCAAGGCCATCCAAAGACTGTTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGGAGTGTTAGAGACCTGCTCCCAAGGCCATCCAAAGACTGTTGA  592

seq1  CATTAGAGCCTTGACCTTGCCTTCAGGAGGCAAAGATAGAAGAGGAGAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAGCCTTGACCTTGCCTTCAGGAGGCAAAGATAGAAGAGGAGAGA  642

seq1  GGGAGGATTTAGAGAGGGATCCCACCAGCCCTTTTAGACGTTGCTAGAGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGATTTAGAGAGGGATCCCACCAGCCCTTTTAGACGTTGCTAGAGG  692

seq1  ACTAAGCATGGTGTCTAAGCAGCACTCAGTGAGGTTCCAGGCTATACCAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCATGGTGTCTAAGCAGCACTCAGTGAGGTTCCAGGCTATACCAC  742

seq1  TGCCTGCCCAGACCCTATGTTGGATTTGTCCCTCCCAGCTCCTTAAGCCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCCAGACCCTATGTTGGATTTGTCCCTCCCAGCTCCTTAAGCCC  792

seq1  CTTCATCACCAGCAGCAGCCCTTCCATTACATTATGTTCCAGAAAGACCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCACCAGCAGCAGCCCTTCCATTACATTATGTTCCAGAAAGACCC  842

seq1  AAAGTGAAGAAAGTCTATAAACAGAAAATAAAAGACTCTGTCTAAAACAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAAGAAAGTCTATAAACAGAAAATAAAAGACTCTGTCTAAAACAA  892

seq1  CAAAAGCCAGGTGTGGTGCACACCTTTAATATCATCACTCGAGCGGCATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGCCAGGTGTGGTGCACACCTTTAATATCATCACTCGAGCGGCATG  942

seq1  GGCAGGAAAGCAGACAGCTATACTGGCACAAAGACACACTTATGAAGATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAAAGCAGACAGCTATACTGGCACAAAGACACACTTATGAAGATG  992

seq1  ACGGGGTGTGGTGGCATATGCCTTTAGGTCCAGGCACAGAGAGGGGCGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGGTGTGGTGGCATATGCCTTTAGGTCCAGGCACAGAGAGGGGCGAG  1042

seq1  GGGAGTGTCAGAGGCAGGCCAAACACTGAGTGGGAAGCTATCCTAGTCTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTGTCAGAGGCAGGCCAAACACTGAGTGGGAAGCTATCCTAGTCTA  1092

seq1  CAAAGTGAATTC  1107
      ||||||||||||
seq2  CAAAGTGAATTC  1104