BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346E03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 107,581,555 - 107,677,194
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCpt2, Slc1a7
Upstream geneSsbp3, Mrpl37, 2810410C14Rik, Cdcp2, 2210012G02Rik, Tmem59, LOC546840, Lrrc42, 2900042B11Rik, Dio1, Yipf1, LOC652920, Tmem48, Glis1, Dmrtb1, LOC100039889, LOC433743, 4933424M12Rik, 4930430J20Rik, Magoh, 0610037L13Rik
Downstream genePodn, Scp2, Echdc2, Zyg11a, Zyg11b, LOC100040252, 2010305A19Rik, LOC545667, Gpx7, LOC665728, Zcchc11, LOC100040110, Prpf38a, Orc1l, Cc2d1b, Zfyve9, LOC100040326, 3110021N24Rik, Btf3l4, Txndc12, Kti12, Rab3b, Nrd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346E03.bB6Ng01-346E03.g
ACCGA128204GA128205
length1,1431,189
definitionB6Ng01-346E03.b B6Ng01-346E03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,581,555 - 107,582,700)(107,676,004 - 107,677,194)
sequence
gaattcactatgtagaccaggctggtcttgaatttaccgagatctgacta
cctctacttcctggtattaaaggtttgcccaccacacctggcttctgtta
agccctttgaggaatacccacaagccctgtgtgagagctccagttcccat
gccctcaaaagcaactattcctatgtagacagagtctcactgatgctact
gctagtctgaaatttgtaatttttctgtctcggtctttgggtagtcagga
ttacaaaaatgccaagcaagccaatgttaaggtcaagagaaagactaaaa
gtctgaaagtatctaggcgacttgtaatgcccaagacagatggaagaagg
ctgatttcaacctagcaagaaggccagatacaacctgcttcatgcagcag
gcctcccagaggaccaggctgaaatggtaccattgcacgtgtgcctactg
ctctataattccttcccactcttgttctctccatcaagataagctggaag
acatcccaactgagctcccaggtcctcccccaccccatttctctacatta
cactcagtgaggcactctagaagccccttcctagagaatctaaccagaca
ccaccactagagacacccaaagcaacagctgaacacacccacaaaaacta
tgtctaaaactgagcagcccccccccacccttcccccagagaacacctca
ctcatcagcatcacacgcaaggcaagacagacagacgggagagggactcg
gagaagcgagggcatgggaagtaagagtaggaagcttgacgtgctaaaca
taaacagtaaaaagaatcttcacaacaagcttggtaaggctgcctgccac
taaacctaatggcctgagttagatcctgaggacttacattataagagatc
caagtcctacaggttgtcctatgacagctgcatgtgcgtcataggacaca
cgcgcgtgcgcgcacacacacacagtaaatatgaaaaaaatgtaatctga
ctgaaaagagctggtgagcagaagggggaagtggagaacagaagaccagg
attagaaattccacagaagagttgaaagggagaacctaaatttctagaac
cttagaagaaaagagcaagagattgtactacgaacgaaacaag
gaattctcaggaggagcaggacttggagcccattaggaagagcaggaaag
aaggccctggagtgttgggagggcattgccggagcagtgacaacacatac
ccatcgtggctgagaagatgacaatgcctagcacgttcatgccatcactg
gtaccaggctctgacttgtagacaatctcaggtgggggcgtcagatccag
ggcaaagttctgcacacgtgagccattgtcttcctggaccccatagatga
cgatccgccggggagcctcctccgctgctcccctgggagacttgataact
ggggtggtcttggtgcggtactgttggagagcacgttggccaggagggag
tcagtaccgtgaaacatctcgaaggcgcatgtgtatgcacttgtattata
tggttgtcaatagactgttgagggagaagctcggaagctggggtgttgcc
caccacaaagagaaggggaccttcatgtcactgctcactgtccgcagctc
tctccagttctccgtcaccgccacctgattccctcgccccaccccgatct
gtctcctcctctgccagaagccctgtcatctatcttaccccttcctccag
gccagtacccatgctccagacgacccaaagccttgctgtcccttggacag
atccagaaccttctcagagaaagctcctagaccctgggcctggttgataa
tgtcagccacccaaggtcttcctctgcccaccaggccattattcctcaga
agcccagacaagggatagctgtcccttcaaacagcacaacatcaggatgg
tagggcttcttagaggaggggagcctattcaggaaatacatgaaccaaca
gtccttggttttgtcccactcacctataaaagggaccacaatcgcatttc
cctcacttgaatgaaacgcgtgctccccatagcccttggcatgcagaaaa
ccccacgtggaagcttattgctgccaacaccagcaacatacaggaaccaa
ctgaacaggcacgtttcttgctcaagccttggcggaaagaggtgcttagc
caacgggaatttcattggtcttcaaaagatgagttagtttgccagaggga
actgtcttaaattagacttaacacagtctctgaaacggtcataatttctt
cagaaatgggtgggtgcacactggctgaccttgcttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_107581555_107582700
seq2: B6Ng01-346E03.b_49_1191

seq1  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGTCTTGAATTTACCGAGATCTGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGACCAGGCTGGTCTTGAATTTACCGAGATCTGACTA  50

seq1  CCTCTACTTCCTGGTATTAAAGGTTTGCCCACCACACCTGGCTTCTGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACTTCCTGGTATTAAAGGTTTGCCCACCACACCTGGCTTCTGTTA  100

seq1  AGCCCTTTGAGGAATACCCACAAGCCCTGTGTGAGAGCTCCAGTTCCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTTTGAGGAATACCCACAAGCCCTGTGTGAGAGCTCCAGTTCCCAT  150

seq1  GCCCTCAAAAGCAACTATTCCTATGTAGACAGAGTCTCACTGATGCTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAAAAGCAACTATTCCTATGTAGACAGAGTCTCACTGATGCTACT  200

seq1  GCTAGTCTGAAATTTGTAATTTTTCTGTCTCGGTCTTTGGGTAGTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGTCTGAAATTTGTAATTTTTCTGTCTCGGTCTTTGGGTAGTCAGGA  250

seq1  TTACAAAAATGCCAAGCAAGCCAATGTTAAGGTCAAGAGAAAGACTAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAAATGCCAAGCAAGCCAATGTTAAGGTCAAGAGAAAGACTAAAA  300

seq1  GTCTGAAAGTATCTAGGCGACTTGTAATGCCCAAGACAGATGGAAGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAAGTATCTAGGCGACTTGTAATGCCCAAGACAGATGGAAGAAGG  350

seq1  CTGATTTCAACCTAGCAAGAAGGCCAGATACAACCTGCTTCATGCAGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTCAACCTAGCAAGAAGGCCAGATACAACCTGCTTCATGCAGCAG  400

seq1  GCCTCCCAGAGGACCAGGCTGAAATGGTACCATTGCACGTGTGCCTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCAGAGGACCAGGCTGAAATGGTACCATTGCACGTGTGCCTACTG  450

seq1  CTCTATAATTCCTTCCCACTCTTGTTCTCTCCATCAAGATAAGCTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAATTCCTTCCCACTCTTGTTCTCTCCATCAAGATAAGCTGGAAG  500

seq1  ACATCCCAACTGAGCTCCCAGGTCCTCCCCCACCCCATTTCTCTACATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCAACTGAGCTCCCAGGTCCTCCCCCACCCCATTTCTCTACATTA  550

seq1  CACTCAGTGAGGCACTCTAGAAGCCCCTTCCTAGAGAATCTAACCAGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGTGAGGCACTCTAGAAGCCCCTTCCTAGAGAATCTAACCAGACA  600

seq1  CCACCACTAGAGACACCCAAAGCAACAGCTGAACACACCCACAAAAACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACTAGAGACACCCAAAGCAACAGCTGAACACACCCACAAAAACTA  650

seq1  TGTCTAAAACTGAGCAGCCCCCCCCCACCCTTCCCCCAGAGAACACCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAAACTGAGCAGCCCCCCCCCACCCTTCCCCCAGAGAACACCTCA  700

seq1  CTCATCAGCATCACACGCAAGGCAAGACAGACAGACGGGAGAGGGACTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAGCATCACACGCAAGGCAAGACAGACAGACGGGAGAGGGACTCG  750

seq1  GAGAAGCGAGGGCATGGGAAGTAAGAGTAGGAAGCTTGACGTGCTAAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCGAGGGCATGGGAAGTAAGAGTAGGAAGCTTGACGTGCTAAACA  800

seq1  TAAACAGTAAAAAGAATCTTCACAACAAGCTTGGTAAGGCTGCCTGCCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGTAAAAAGAATCTTCACAACAAGCTTGGTAAGGCTGCCTGCCAC  850

seq1  TAAACCTAATGGCCTGAGTTAGATCCTGAGGACTTACATTATAAGAGATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTAATGGCCTGAGTTAGATCCTGAGGACTTACATTATAAGAGATC  900

seq1  CAAGTCCTACAGGTTGTCCTATGACAGCTGCATGTGCGTCATAGGACACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCTACAGGTTGTCCTATGACAGCTGCATGTGCGTCATAGGACACA  950

seq1  CGCGCGTGCGCGCACACACACACAGTAAATATTGAAAAAAAATGTAATCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |
seq2  CGCGCGTGCGCGCACACACACACAGTAAATAT--GAAAAAAATGTAAT-C  997

seq1  TGACTGAAAAAGAGCTGGTGGAGCAG-AGGGGGAAGTGGAGAACAG-AGA  1048
      |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TGACTG-AAAAGAGCTGGT-GAGCAGAAGGGGGAAGTGGAGAACAGAAGA  1045

seq1  CCAGGAATTAGAAATTCCACAGAAGAGTTGAAA--GAGAAACTAAATTTC  1096
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||
seq2  CCAGG-ATTAGAAATTCCACAGAAGAGTTGAAAGGGAGAACCTAAATTTC  1094

seq1  TAAGACATTAGAAGAAAAGAGCAAGAGATGGAAACTACGACAGAAACAAG  1146
      ||  || |||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||
seq2  TAGAACCTTAGAAGAAAAGAGCAAGAGATTG-TACTACGAACGAAACAAG  1143

seq1: chr4_107676004_107677194
seq2: B6Ng01-346E03.g_71_1259 (reverse)

seq1  GAAAAGCAAGGCAGGGCAGTGTGCCACCCACCCCAGTGCTGGAGAATTAT  50
      |||||||||||   | ||||||| |||||| |||| | ||| |||| |  
seq2  GAAAAGCAAGGTCAGCCAGTGTG-CACCCA-CCCATTTCTGAAGAAATTA  48

seq1  TGACGGTTTCAGAGACTGTGTT-AGTCTATTTTAAGACAGTTCCCTCTTG  99
      |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TGACCGTTTCAGAGACTGTGTTAAGTCTAATTTAAGACAGTTCCCTC-TG  97

seq1  CCAAACT-ACTCATCTTTTG-AGACCCAAATGAAATTCCCCCTTTTGGCT  147
       |||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||    ||||||
seq2  GCAAACTAACTCATCTTTTGAAGACC--AATGAAATTCCC---GTTGGCT  142

seq1  AAGCA-CTCTCTCCGCCAAGGCCTTGAGC-AGAAACGTGCCTGGTTCAGT  195
      ||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  AAGCACCTCTTTCCGCCAAGG-CTTGAGCAAGAAACGTGCCT-GTTCAGT  190

seq1  TGGTT-CTGTATG-TGCTGGTGTTGGCAGCAATAAGCTT-CACGTGGGGT  242
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGGTTCCTGTATGTTGCTGGTGTTGGCAGCAATAAGCTTCCACGTGGGGT  240

seq1  TTTCTGCATGCCAAGGGCTATGGGGAGCACGCGTTTCATTC-AGTGAGGG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTTCTGCATGCCAAGGGCTATGGGGAGCACGCGTTTCATTCAAGTGAGGG  290

seq1  AAATGCGATTGTGGTCCCCTTTTATAGGTGAGTGGGACAAAACCAAGGAC  341
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCGATTGTGGT-CCCTTTTATAGGTGAGTGGGACAAAACCAAGGAC  339

seq1  TGTTGGTTCATGTATTTCCTGAATAGGCTCCCCTCCTCTAAGAAGCCCTA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTTCATGTATTTCCTGAATAGGCTCCCCTCCTCTAAGAAGCCCTA  389

seq1  CCATCCTGATGTTGTGCTGTTTGAAGGGACAGCTATCCCTTGTCTGGGCT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGATGTTGTGCTGTTTGAAGGGACAGCTATCCCTTGTCTGGGCT  439

seq1  TCTGAGGAATAATGGCCTGGTGGGCAGAGGAAGACCTTGGGTGGCTGACA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGAATAATGGCCTGGTGGGCAGAGGAAGACCTTGGGTGGCTGACA  489

seq1  TTATCAACCAGGCCCAGGGTCTAGGAGCTTTCTCTGAGAAGGTTCTGGAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAACCAGGCCCAGGGTCTAGGAGCTTTCTCTGAGAAGGTTCTGGAT  539

seq1  CTGTCCAAGGGACAGCAAGGCTTTGGGTCGTCTGGAGCATGGGTACTGGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAAGGGACAGCAAGGCTTTGGGTCGTCTGGAGCATGGGTACTGGC  589

seq1  CTGGAGGAAGGGGTAAGATAGATGACAGGGCTTCTGGCAGAGGAGGAGAC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGAAGGGGTAAGATAGATGACAGGGCTTCTGGCAGAGGAGGAGAC  639

seq1  AGATCGGGGTGGGGCGAGGGAATCAGGTGGCGGTGACGGAGAACTGGAGA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGGGGTGGGGCGAGGGAATCAGGTGGCGGTGACGGAGAACTGGAGA  689

seq1  GAGCTGCGGACAGTGAGCAGTGACATGAAGGTCCCCTTCTCTTTGTGGTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCGGACAGTGAGCAGTGACATGAAGGTCCCCTTCTCTTTGTGGTG  739

seq1  GGCAACACCCCAGCTTCCGAGCTTCTCCCTCAACAGTCTATTGACAACCA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACACCCCAGCTTCCGAGCTTCTCCCTCAACAGTCTATTGACAACCA  789

seq1  TATAATACAAGTGCATACACATGCGCCTTCGAGATGTTTCACGGTACTGA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATACAAGTGCATACACATGCGCCTTCGAGATGTTTCACGGTACTGA  839

seq1  CTCCCTCCTGGCCAACGTGCTCTCCAACAGTACCGCACCAAGACCACCCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCTGGCCAACGTGCTCTCCAACAGTACCGCACCAAGACCACCCC  889

seq1  AGTTATCAAGTCTCCCAGGGGAGCAGCGGAGGAGGCTCCCCGGCGGATCG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCAAGTCTCCCAGGGGAGCAGCGGAGGAGGCTCCCCGGCGGATCG  939

seq1  TCATCTATGGGGTCCAGGAAGACAATGGCTCACGTGTGCAGAACTTTGCC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATGGGGTCCAGGAAGACAATGGCTCACGTGTGCAGAACTTTGCC  989

seq1  CTGGATCTGACGCCCCCACCTGAGATTGTCTACAAGTCAGAGCCTGGTAC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCTGACGCCCCCACCTGAGATTGTCTACAAGTCAGAGCCTGGTAC  1039

seq1  CAGTGATGGCATGAACGTGCTAGGCATTGTCATCTTCTCAGCCACGATGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATGGCATGAACGTGCTAGGCATTGTCATCTTCTCAGCCACGATGG  1089

seq1  GTATGTGTTGTCACTGCTCCGGCAATGCCCTCCCAACACTCCAGGGCCTT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTTGTCACTGCTCCGGCAATGCCCTCCCAACACTCCAGGGCCTT  1139

seq1  CTTTCCTGCTCTTCCTAATGGGCTCCAAGTCCTGCTCCTCCTGAGAATTC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGCTCTTCCTAATGGGCTCCAAGTCCTGCTCCTCCTGAGAATTC  1189