BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346I16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 119,603,043 - 119,790,078
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHivep3
Upstream geneOlfr1519, Lao1, LOC666703, OTTMUSG00000008833, Slc2a1, Zfp691, Ermap, Ccdc23, 4930538K18Rik, AU022252, Lepre1, Cldn19, Ybx1, Ppih, 1700041C02Rik, Ldha-ps2, LOC100041471, Ppcs, Zmynd12, BC057371, LOC666766, LOC384052, AA415398, Foxj3, Guca2a, Guca2b
Downstream geneEdn2, Foxo6, Scmh1, Slfnl1, Ctps, EG667063, Cited4, Kcnq4, Nfyc, Rims3, LOC626489, 3110037I16Rik, Zfp69, Smap1l, Col9a2, Zmpste24, Tmco2, LOC100042174
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346I16.bB6Ng01-346I16.g
ACCGA128410GA128411
length1,0881,114
definitionB6Ng01-346I16.b B6Ng01-346I16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,603,043 - 119,604,130)(119,788,980 - 119,790,078)
sequence
gaattcactcttgcacctgcgtacaggacttgtttactagttaggcacag
cggaggcccgcgccatcttataatggcgattgctcgcggcacacacggct
ctcctcagagattactggcagcacgcatgcgattgctcgcagcatgtact
ggctctccacacctggccagccaaggagggggctggggatgtgagaatgt
ctatggagctttcgtggccttcttggaggatccctgtcaataaatcacag
tgttgttcaagtctttgggaaacttgatttgtgtttctttcatgtgtctc
tgccaagacaggtgtttagtgtggttttatttaggctgtaaagttttgat
ggcgtttattcaattacctccagagagcatcagcatgcgccctcttagga
gctgccaggcatagcagtcctttctgtgtctgaggacagggggatcaagg
atttgctagtcagccagcctgtctagtcaaaatggcaggttctagatcta
gtgagagacaaataaggcagagagtaattgaggaagacacctgatattga
cttctgacctctgcacttggattcacaggtttaggcacttgcacacactc
acgcgcgtgcgcgcacacacacaaatacacatactgatgcacatgaatgc
atgcatgtacacacacacagatacatagaggcacacatatacacagacat
acccagaaacacacaggcacacacacaaacatatacatacgtgtacacac
acacaacagatacatagatacacacacagagtcataagacacatatggaa
acacacactcacagagacacacacagacatatatatatatatatgcatgc
atgtgtatatatatatatacatatatatatatatatacacacacacacac
acagaaacatatatacacatacagaaacacgggcacacacactcacacag
gcacatacacagacactcagacacatacatacacacacacacacacacac
acaccagatacactgcccctcaatttatgagtctgtctgcgtgtatctgg
atgaatactaccgccattttctacatacatagtgtgtg
gaattccactgtagctctgagcctggagactccaaagcaaagaaagcctc
tcaggcaggccagccctagtcaggacttcagtcctctagtcaaagtggca
atgaggctagcatcatgctcagagctcctaggcagctgtgaatggagatg
tctgacagggagccagctctgactttggtgctatggcatatgacacactg
aatcttagactgatttgagttcccatcctgcattcggctgatgacactga
acttcttgtctggacagtcagtgcgtttgaccccttggtttgtagctcta
gactctctggaattgttaataagacctgaaacttttgctaagttgacagg
tgtttggcacagattacaccagaggaggtgactatccttctgcaggttcc
agaagaggggtacagtgggggtgagatgactgagaggatgaggtgacctt
aggctctgcatatgagaaagatgcaggtatcataagccactgtaaggcat
tgagcttcctaccacaaacccatgctccgcattgcacaagccaggtagcc
ctgtagggaggaattgtgactatgagcctaacggctgcaggcagataagc
ttgtccagaccatcaaagcattgtcaagtggatgtgcattttcttacata
gcctacatttgttcctaagaccaaatggagggtgggctgtgctcaaatgc
tgaagaggtagagggggtacctatgggggatgtgtgtatggaggactata
agaaatggaaggcagggcacacagcctctctgaagggtcagagaatgctg
ccatccagctaaaggtggcatgaaattgctgtattttgcagggtttcctg
agaaaaaccacaaatccagaaagggggaaaaacaacaactaaaaatatca
gtgaactcatatagctttttactgggttgccaactgctattttggaaaag
ctcacatgttaccctcattcagatcacatgacagtgggatgagcctatgg
gccccacccatccctgctctcactgaaggttacagttatagaagcacctg
agttcctgcccaagttccaactgtcagttaatggaattagaaactgtaac
ccagggctcacttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_119603043_119604130
seq2: B6Ng01-346I16.b_48_1135

seq1  GAATTCACTCTTGCACCTGCGTACAGGACTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTGCACCTGCGTACAGGACTTGTTTACTAGTTAGGCACAG  50

seq1  CGGAGGCCCGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCGCGGCACACACGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGCCCGCGCCATCTTATAATGGCGATTGCTCGCGGCACACACGGCT  100

seq1  CTCCTCAGAGATTACTGGCAGCACGCATGCGATTGCTCGCAGCATGTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGAGATTACTGGCAGCACGCATGCGATTGCTCGCAGCATGTACT  150

seq1  GGCTCTCCACACCTGGCCAGCCAAGGAGGGGGCTGGGGATGTGAGAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCCACACCTGGCCAGCCAAGGAGGGGGCTGGGGATGTGAGAATGT  200

seq1  CTATGGAGCTTTCGTGGCCTTCTTGGAGGATCCCTGTCAATAAATCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAGCTTTCGTGGCCTTCTTGGAGGATCCCTGTCAATAAATCACAG  250

seq1  TGTTGTTCAAGTCTTTGGGAAACTTGATTTGTGTTTCTTTCATGTGTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCAAGTCTTTGGGAAACTTGATTTGTGTTTCTTTCATGTGTCTC  300

seq1  TGCCAAGACAGGTGTTTAGTGTGGTTTTATTTAGGCTGTAAAGTTTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGACAGGTGTTTAGTGTGGTTTTATTTAGGCTGTAAAGTTTTGAT  350

seq1  GGCGTTTATTCAATTACCTCCAGAGAGCATCAGCATGCGCCCTCTTAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTTTATTCAATTACCTCCAGAGAGCATCAGCATGCGCCCTCTTAGGA  400

seq1  GCTGCCAGGCATAGCAGTCCTTTCTGTGTCTGAGGACAGGGGGATCAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCAGGCATAGCAGTCCTTTCTGTGTCTGAGGACAGGGGGATCAAGG  450

seq1  ATTTGCTAGTCAGCCAGCCTGTCTAGTCAAAATGGCAGGTTCTAGATCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTAGTCAGCCAGCCTGTCTAGTCAAAATGGCAGGTTCTAGATCTA  500

seq1  GTGAGAGACAAATAAGGCAGAGAGTAATTGAGGAAGACACCTGATATTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGACAAATAAGGCAGAGAGTAATTGAGGAAGACACCTGATATTGA  550

seq1  CTTCTGACCTCTGCACTTGGATTCACAGGTTTAGGCACTTGCACACACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGACCTCTGCACTTGGATTCACAGGTTTAGGCACTTGCACACACTC  600

seq1  ACGCGCGTGCGCGCACACACACAAATACACATACTGATGCACATGAATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGCGTGCGCGCACACACACAAATACACATACTGATGCACATGAATGC  650

seq1  ATGCATGTACACACACACAGATACATAGAGGCACACATATACACAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGTACACACACACAGATACATAGAGGCACACATATACACAGACAT  700

seq1  ACCCAGAAACACACAGGCACACACACAAACATATACATACGTGTACACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAAACACACAGGCACACACACAAACATATACATACGTGTACACAC  750

seq1  ACACAACAGATACATAGATACACACACAGAGTCATAAGACACATATGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACAGATACATAGATACACACACAGAGTCATAAGACACATATGGAA  800

seq1  ACACACACTCACAGAGACACACACAGACATATATATATATATATGCATGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTCACAGAGACACACACAGACATATATATATATATATGCATGC  850

seq1  ATGTGTATATATATATATACATATATATATATATATACACACACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATATATATATATACATATATATATATATATACACACACACACAC  900

seq1  ACAGAAACATATATACACATACAGAAACACGGGCACACACACTCACACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACATATATACACATACAGAAACACGGGCACACACACTCACACAG  950

seq1  GCACATACACAGACACTCAGACACATACATACACACACACACACACACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATACACAGACACTCAGACACATACATACACACACACACACACACAC  1000

seq1  ACACCAGATACACTTGCCCCTCTATTTATGAGTCTGTCTGCGTTGTATCT  1050
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACACCAGATACAC-TGCCCCTCAATTTATGAGTCTGTCTGCG-TGTATCT  1048

seq1  -GATGGATACTAC--GCATTTTCTACATACATAGTGGTGTG  1088
       |||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGATGAATACTACCGCCATTTTCTACATACATAGT-GTGTG  1088

seq1: chr4_119788980_119790078
seq2: B6Ng01-346I16.g_67_1180 (reverse)

seq1  CAAGTGA--CCTGGGTT-CAAGTTCTGAATCCATTAACTGACAGTGTGAA  47
      |||||||  |||||||| ||  |||| | ||||||||||||||||  |||
seq2  CAAGTGAGCCCTGGGTTACAGTTTCTAATTCCATTAACTGACAGTTGGAA  50

seq1  CTTGGGCAGGTACTC-GGTGC-TCTATAACTGT-ACCCTCAGTGAGAGCA  94
      |||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  CTTGGGCAGGAACTCAGGTGCTTCTATAACTGTAACCTTCAGTGAGAGCA  100

seq1  -GGATGGGTGGGGCCCATA-GCTCAT-CCACTGTCATGTGATCTGAATGA  141
       |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGGTGGGGCCCATAGGCTCATCCCACTGTCATGTGATCTGAATGA  150

seq1  -GGTAACATGTGAGCTTTT-CAAAATAGCAGTTGGC-ACCCAGT-AAAAG  187
       |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GGGTAACATGTGAGCTTTTCCAAAATAGCAGTTGGCAACCCAGTAAAAAG  200

seq1  CTATATGAGTTCACTGATATTTTTAGTTGTTGTTTTTCCCCC-TTCTGGA  236
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTATATGAGTTCACTGATATTTTTAGTTGTTGTTTTTCCCCCTTTCTGGA  250

seq1  TTTGTGGTTTTTCTCAGGAAA-CCTGCAAAATACAGCAATTTCATGCCAC  285
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGTTTTTCTCAGGAAACCCTGCAAAATACAGCAATTTCATGCCAC  300

seq1  CTTTAGCTGGATGGCAGCATTCTCTGACCCTTCAGAGAGGCTGTGTGCCC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCTGGATGGCAGCATTCTCTGACCCTTCAGAGAGGCTGTGTGCCC  350

seq1  TGCCTTCCATTTCTTATAGTCCTCCATACACACATCCCCCATAGGTACCC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCATTTCTTATAGTCCTCCATACACACATCCCCCATAGGTACCC  400

seq1  CCTCTACCTCTTCAGCATTTGAGCACAGCCCACCCTCCATTTGGTCTTAG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACCTCTTCAGCATTTGAGCACAGCCCACCCTCCATTTGGTCTTAG  450

seq1  GAACAAATGTAGGCTATGTAAGAAAATGCACATCCACTTGACAATGCTTT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATGTAGGCTATGTAAGAAAATGCACATCCACTTGACAATGCTTT  500

seq1  GATGGTCTGGACAAGCTTATCTGCCTGCAGCCGTTAGGCTCATAGTCACA  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCTGGACAAGCTTATCTGCCTGCAGCCGTTAGGCTCATAGTCACA  550

seq1  ATTCCTCCCTACAGGGCTACCTGGCTTGTGCAATGCGGAGCATGGGTTTG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCCCTACAGGGCTACCTGGCTTGTGCAATGCGGAGCATGGGTTTG  600

seq1  TGGTAGGAAGCTCAATGCCTTACAGTGGCTTATGATACCTGCATCTTTCT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGGAAGCTCAATGCCTTACAGTGGCTTATGATACCTGCATCTTTCT  650

seq1  CATATGCAGAGCCTAAGGTCACCTCATCCTCTCAGTCATCTCACCCCCAC  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAGAGCCTAAGGTCACCTCATCCTCTCAGTCATCTCACCCCCAC  700

seq1  TGTACCCCTCTTCTGGAACCTGCAGAAGGATAGTCACCTCCTCTGGTGTA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCCTCTTCTGGAACCTGCAGAAGGATAGTCACCTCCTCTGGTGTA  750

seq1  ATCTGTGCCAAACACCTGTCAACTTAGCAAAAGTTTCAGGTCTTATTAAC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGCCAAACACCTGTCAACTTAGCAAAAGTTTCAGGTCTTATTAAC  800

seq1  AATTCCAGAGAGTCTAGAGCTACAAACCAAGGGGTCAAACGCACTGACTG  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAGAGAGTCTAGAGCTACAAACCAAGGGGTCAAACGCACTGACTG  850

seq1  TCCAGACAAGAAGTTCAGTGTCATCAGCCGAATGCAGGATGGGAACTCAA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACAAGAAGTTCAGTGTCATCAGCCGAATGCAGGATGGGAACTCAA  900

seq1  ATCAGTCTAAGATTCAGTGTGTCATATGCCATAGCACCAAAGTCAGAGCT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCTAAGATTCAGTGTGTCATATGCCATAGCACCAAAGTCAGAGCT  950

seq1  GGCTCCCTGTCAGACATCTCCATTCACAGCTGCCTAGGAGCTCTGAGCAT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCCTGTCAGACATCTCCATTCACAGCTGCCTAGGAGCTCTGAGCAT  1000

seq1  GATGCTAGCCTCATTGCCACTTTGACTAGAGGACTGAAGTCCTGACTAGG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTAGCCTCATTGCCACTTTGACTAGAGGACTGAAGTCCTGACTAGG  1050

seq1  GCTGGCCTGCCTGAGAGGCTTTCTTTGCTTTGGAGTCTCCAGGCTCAGAG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTGCCTGAGAGGCTTTCTTTGCTTTGGAGTCTCCAGGCTCAGAG  1100

seq1  CTACAGTGGAATTC  1099
      ||||||||||||||
seq2  CTACAGTGGAATTC  1114