BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347J17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 64,992,851 - 65,079,827
singlet/doubletdoublet
Overlap genePappa, Astn2
Upstream genenone
Downstream geneTrim32
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347J17.bB6Ng01-347J17.g
ACCGA129159GA129160
length1,066162
definitionB6Ng01-347J17.b B6Ng01-347J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,078,763 - 65,079,827)(64,992,851 - 64,993,012)
sequence
gaattcacattagcatgttataagcctctggaaccgttctcacccaccat
aagcccttgacacatgtccatgtgtcatatgctttctctctctccctccc
tctccttctctctccccacctcagttaaatttttaatttttcagttgttt
cctagaatggcaccctatcatctaaattatgtgccctctctcaagttaca
gttatccaacttgataatacatatttaaatgtatgttaatgtatggtctc
tgttagggaagtttgtgaggtaaagaagatattttttatttgtatatatt
taggtgcaacataagggaaggcaataaatgttcatttttataataaatga
tttattatatatatgtatatatatatgtatatataatgtgttatgtgata
tgcctctagatatagccataataatgatgtgagacttttttctcttcact
ttaaaggtaagtaagtaaagggtcctggtggcttaataaactagctattg
tcccagagagtgagagaagagacatttgaaagacgtttgacctctaagct
cacggcccttttggtgactatactgtactctcttctgccccataaggaac
acagagagaagagaaatgtagtacttgtcctgatgcacttcctgttcttc
agggaggagccaaatgtgcacagaccactatgtcacacattaattaagtg
gtgactaccttcataatatgcaggttatgagctatggggaaaagcggttg
agacaaagaaggttctggttttttgtttgtttgtttgtttgtttgtttgt
tttgccaggaaataagccccctccctccagttttctttatccaaacatta
gtttctaagcacttgctcaaatgtgatattcccgtttttgcttgggtgtt
tgtttatcccactggcttctgtctacttctttgtagcattctgcactgca
ttcttggaactaaagatgaactagacattgcctctgcttccatggaactc
ataatatggtggccagtgtgtgagcccgctcaggacaaaaggcttttctg
ctgtctagaaagaatg

tgatgaggtgtcagtgagatgctgtaggcactgttcttggagaacattca
ctaaagagaagattttgtgctgaggacaaggaggatggtggtggtagtgc
tgttgactgagttgatagtgactctgctaatatgttggtggtgattatga
tggtggagatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65078763_65079827
seq2: B6Ng01-347J17.b_47_1112 (reverse)

seq1  CATTCTTTCTAGCCAGCAGAAAGGCCTTGT-TCCTGTGCGGGCTCACACC  49
      |||||||||||| ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||| |
seq2  CATTCTTTCTAGACAGCAGAAAAGCCTTTTGTCCTGAGCGGGCTCACA-C  49

seq1  ACTGACCA-CATATTATGAGTTCCATGGAAGCAGAGGCAATGTCTAGTTC  98
      |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCCACCATATTATGAGTTCCATGGAAGCAGAGGCAATGTCTAGTTC  99

seq1  ATCTCTAAGTTCCAAGAATGCAGTGCAGAATGCTACAAAGAAGTAGACAG  148
      |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCT-TTAGTTCCAAGAATGCAGTGCAGAATGCTACAAAGAAGTAGACAG  148

seq1  AAGCCAGTGGGATAAACAAACACCCAAGCAAAAAC-GGAATATCACATTT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAGCCAGTGGGATAAACAAACACCCAAGCAAAAACGGGAATATCACATTT  198

seq1  GAGCAAGTGCTTAGAAACTAATGTTTGGATAAAGAAAACTGGAGGGAGGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGTGCTTAGAAACTAATGTTTGGATAAAGAAAACTGGAGGGAGGG  248

seq1  GGCTTATTTCCTGGCAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTATTTCCTGGCAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAA  298

seq1  CCAGAACCTTCTTTGTCTCAACCGCTTTTCCCCATAGCTCATAACCTGCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACCTTCTTTGTCTCAACCGCTTTTCCCCATAGCTCATAACCTGCA  348

seq1  TATTATGAAGGTAGTCACCACTTAATTAATGTGTGACATAGTGGTCTGTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATGAAGGTAGTCACCACTTAATTAATGTGTGACATAGTGGTCTGTG  398

seq1  CACATTTGGCTCCTCCCTGAAGAACAGGAAGTGCATCAGGACAAGTACTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTGGCTCCTCCCTGAAGAACAGGAAGTGCATCAGGACAAGTACTA  448

seq1  CATTTCTCTTCTCTCTGTGTTCCTTATGGGGCAGAAGAGAGTACAGTATA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTCTTCTCTCTGTGTTCCTTATGGGGCAGAAGAGAGTACAGTATA  498

seq1  GTCACCAAAAGGGCCGTGAGCTTAGAGGTCAAACGTCTTTCAAATGTCTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAAAAGGGCCGTGAGCTTAGAGGTCAAACGTCTTTCAAATGTCTC  548

seq1  TTCTCTCACTCTCTGGGACAATAGCTAGTTTATTAAGCCACCAGGACCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCACTCTCTGGGACAATAGCTAGTTTATTAAGCCACCAGGACCCT  598

seq1  TTACTTACTTACCTTTAAAGTGAAGAGAAAAAAGTCTCACATCATTATTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTACTTACCTTTAAAGTGAAGAGAAAAAAGTCTCACATCATTATTA  648

seq1  TGGCTATATCTAGAGGCATATCACATAACACATTATATATACATATATAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATATCTAGAGGCATATCACATAACACATTATATATACATATATAT  698

seq1  ATACATATATATAATAAATCATTTATTATAAAAATGAACATTTATTGCCT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATATAATAAATCATTTATTATAAAAATGAACATTTATTGCCT  748

seq1  TCCCTTATGTTGCACCTAAATATATACAAATAAAAAATATCTTCTTTACC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTATGTTGCACCTAAATATATACAAATAAAAAATATCTTCTTTACC  798

seq1  TCACAAACTTCCCTAACAGAGACCATACATTAACATACATTTAAATATGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAACTTCCCTAACAGAGACCATACATTAACATACATTTAAATATGT  848

seq1  ATTATCAAGTTGGATAACTGTAACTTGAGAGAGGGCACATAATTTAGATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAAGTTGGATAACTGTAACTTGAGAGAGGGCACATAATTTAGATG  898

seq1  ATAGGGTGCCATTCTAGGAAACAACTGAAAAATTAAAAATTTAACTGAGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGTGCCATTCTAGGAAACAACTGAAAAATTAAAAATTTAACTGAGG  948

seq1  TGGGGAGAGAGAAGGAGAGGGAGGGAGAGAGAGAAAGCATATGACACATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAGAGAAGGAGAGGGAGGGAGAGAGAGAAAGCATATGACACATG  998

seq1  GACATGTGTCAAGGGCTTATGGTGGGTGAGAACGGTTCCAGAGGCTTATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGTGTCAAGGGCTTATGGTGGGTGAGAACGGTTCCAGAGGCTTATA  1048

seq1  ACATGCTAATGTGAATTC  1065
      ||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTAATGTGAATTC  1066


seq1: chr4_64992851_64993012
seq2: B6Ng01-347J17.g_72_233

seq1  TGATGAGGTGTCAGTGAGATGCTGTAGGCACTGTTCTTGGAGAACATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGGTGTCAGTGAGATGCTGTAGGCACTGTTCTTGGAGAACATTCA  50

seq1  CTAAAGAGAAGATTTTGTGCTGAGGACAAGGAGGATGGTGGTGGTAGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGAGAAGATTTTGTGCTGAGGACAAGGAGGATGGTGGTGGTAGTGC  100

seq1  TGTTGACTGAGTTGATAGTGACTCTGCTAATATGTTGGTGGTGATTATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACTGAGTTGATAGTGACTCTGCTAATATGTTGGTGGTGATTATGA  150

seq1  TGGTGGAGATGG  162
      ||||||||||||
seq2  TGGTGGAGATGG  162


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |