BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-348C22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 84,538,379 - 84,707,038
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD530005L17Rik, LOC622811
Upstream geneLOC668010, Bnc2, LOC100040660, LOC624465, LOC100040284
Downstream geneLOC100040303, Sh3gl2, A930009N24, LOC668052
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-348C22.bB6Ng01-348C22.g
ACCGA129552GA129553
length1,1741,111
definitionB6Ng01-348C22.b B6Ng01-348C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,705,870 - 84,707,038)(84,538,379 - 84,539,489)
sequence
gaattcagattcacatcctaagaactctacgttaagtgtttcttagaagg
acttcttggggctaaacttgtataattctctttggcatgtccattctaaa
atagactcatacagtatttctacatattgactattaaatatctatttctt
ctagagtcgctaaacaacagacattttgtactcaaagtgaactgttctga
agtcttattatatatacaacaggatcttcctagtctgctgacatctttgg
aaatcatgattccacattgtaaagtttttctccacctctcatattctgaa
gtgtatctactttctgatttttgagggccatttttaatgacaaagttgat
aagtatgccttgttaaggttcagatacattgtgtttaaaggtgagataag
atgtgggctgggtaacaggtcagtggtagagcacttagcatgaggaaggc
tctgtgctcagtcctcagtataggcccaggttagagaaaaaggcatagat
ctgcctgataaaaatttattttcaagaactaggcagactttcagaaatca
gttgttggggtggtttgactatgcttagctcaggaaatggcactgtttgg
ggtgaggccttggagtaggtgtgtcactgtgggtgtgggctttaagactc
gcatcctagctgcctggaagtgagtcttctcctagaggccttcaaatgaa
gacatagaactctcagctcttcctgtaccatgcctgcctggatgctgcca
tgctcccactttgatgataatggactgaacctctgaacctgtaagccagc
cctattaaatgttgtccttaaaagagttgccttgaagccaggtgtggtgg
cacatgcctttaatcctagcactcgggaggcagaggcaggtggatttctg
agttcgaggccagcctggtctacagagtgagtttccaggacagccagggc
tacacagagaaaccctgtctcaaaaaccaaagagttgccttggtcatggt
gtctgttcacagcagtaaaaccctaactaagacagtgtgtgtatgcatac
accaacataaacactgcgtctttggatatgtgtattgggcttgtgtgtac
atatgtaccactcacattcatgcagggtgttacctggcatacagtggttg
catgccagtacgggcctggaagtt

gaattccagtggaatttagaggaacaaagtgagggaacttttttttttta
atgacaaattaagtcatacattcatttttcccaccgtgtctgtcccttcc
catatacctctcatcatgtgcacacccaactattcattggcaggcataag
atggtaaataaggaattgtgtgtaaaagttcacttgaacaaaacagtttg
ccttacatccccaatccagtttaggtaaaattttccatctgtttgtactt
cattcattgggaatactctagaaaagagactgtctaaattagattattat
taggtatattggttggagttctgtttgtgttgtattattgtcccgagatg
ggagcacgggtagcccagatgcagggagaagtctgaggagcttctggcat
tgttagatgcattgcttggtgaggggtatgtgtgtgtgcacactaaatgc
aaatttaaagtatgctgccaaggatatgagaagaaccaggagtgagcgcc
tgatttccacttctttcagtaacaggtcaacaatctagaagtgctcaacg
ctgaccctgaccactggtaacatatttggcaagctggcaggaagtgagca
aaaacattcttttctatcatactactcaaaattctccttactactttcta
ttctttttcattctaaactctagggttcagagtccctggcctttgcacaa
tataaactcctcctaattgtatcataattatgaaacatctatggattgtc
ccactcccatttcctacccaaagtctgtagaaactggtattttcctcagg
tgaagacacttcttggcgtgccaagactggattataataattatagtaag
ggcatgacttctaagtatgcatgtagctcccatggcccctttaacttgtc
tttcagacatgaccctgccttagtccgcagcttcttttcacagaggatac
tgggaaggagatcaacgggagatgcccaaagctactgctcatacccaggg
caccatagctagaaagctgacagggttatggagacttcagtccctagttc
ttaaggaaacaaaagtgaatattgcacttgtcatccgtgctagactggaa
gcattcattgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_84705870_84707038
seq2: B6Ng01-348C22.b_52_1225 (reverse)

seq1  AACTT-CAGGCCCCTACTGGCATGCACACA-TGTATG-CATGT-ACA-CC  45
      ||||| ||||||| ||||||||||||  || |||||| || || ||| ||
seq2  AACTTCCAGGCCCGTACTGGCATGCAACCACTGTATGCCAGGTAACACCC  50

seq1  TGCATGAATGTGAGT-GTACATA-GTACACACAAACCCAAATACACATTA  93
      ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||  
seq2  TGCATGAATGTGAGTGGTACATATGTACACACAAGCCC-AATACACAT--  97

seq1  ACCCAAAGACGCAAGTGTGTATGT--GTGTATGCATACACACACTGTCTT  141
      | |||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAAGACGC-AGTGTTTATGTTGGTGTATGCATACACACACTGTCTT  146

seq1  AGTTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAACTCTTT  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGTTTTACTGCTGTGAACAGACACCATGACCAAGGCAACTCTTT  196

seq1  GGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGG-AACT  240
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GG-TTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAAACT  245

seq1  CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGC  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGC  295

seq1  CTCCCGAGTGCTAGGATTAAAGGCATGTGCCACCACACCTGGCTTCAAGG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGAGTGCTAGGATTAAAGGCATGTGCCACCACACCTGGCTTCAAGG  345

seq1  CAACTCTTTTAAGGACAACATTTAATAGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGG  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTTTAAGGACAACATTTAATAGGGCTGGCTTACAGGTTCAGAGG  395

seq1  TTCAGTCCATTATCATCAAAGTGGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCAT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCCATTATCATCAAAGTGGGAGCATGGCAGCATCCAGGCAGGCAT  445

seq1  GGTACAGGAAGAGCTGAGAGTTCTATGTCTTCATTTGAAGGCCTCTAGGA  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGGAAGAGCTGAGAGTTCTATGTCTTCATTTGAAGGCCTCTAGGA  495

seq1  GAAGACTCACTTCCAGGCAGCTAGGATGCGAGTCTTAAAGCCCACACCCA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTCACTTCCAGGCAGCTAGGATGCGAGTCTTAAAGCCCACACCCA  545

seq1  CAGTGACACACCTACTCCAAGGCCTCACCCCAAACAGTGCCATTTCCTGA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACACACCTACTCCAAGGCCTCACCCCAAACAGTGCCATTTCCTGA  595

seq1  GCTAAGCATAGTCAAACCACCCCAACAACTGATTTCTGAAAGTCTGCCTA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCATAGTCAAACCACCCCAACAACTGATTTCTGAAAGTCTGCCTA  645

seq1  GTTCTTGAAAATAAATTTTTATCAGGCAGATCTATGCCTTTTTCTCTAAC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGAAAATAAATTTTTATCAGGCAGATCTATGCCTTTTTCTCTAAC  695

seq1  CTGGGCCTATACTGAGGACTGAGCACAGAGCCTTCCTCATGCTAAGTGCT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTATACTGAGGACTGAGCACAGAGCCTTCCTCATGCTAAGTGCT  745

seq1  CTACCACTGACCTGTTACCCAGCCCACATCTTATCTCACCTTTAAACACA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCACTGACCTGTTACCCAGCCCACATCTTATCTCACCTTTAAACACA  795

seq1  ATGTATCTGAACCTTAACAAGGCATACTTATCAACTTTGTCATTAAAAAT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTGAACCTTAACAAGGCATACTTATCAACTTTGTCATTAAAAAT  845

seq1  GGCCCTCAAAAATCAGAAAGTAGATACACTTCAGAATATGAGAGGTGGAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTCAAAAATCAGAAAGTAGATACACTTCAGAATATGAGAGGTGGAG  895

seq1  AAAAACTTTACAATGTGGAATCATGATTTCCAAAGATGTCAGCAGACTAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTTTACAATGTGGAATCATGATTTCCAAAGATGTCAGCAGACTAG  945

seq1  GAAGATCCTGTTGTATATATAATAAGACTTCAGAACAGTTCACTTTGAGT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCCTGTTGTATATATAATAAGACTTCAGAACAGTTCACTTTGAGT  995

seq1  ACAAAATGTCTGTTGTTTAGCGACTCTAGAAGAAATAGATATTTAATAGT  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATGTCTGTTGTTTAGCGACTCTAGAAGAAATAGATATTTAATAGT  1045

seq1  CAATATGTAGAAATACTGTATGAGTCTATTTTAGAATGGACATGCCAAAG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATGTAGAAATACTGTATGAGTCTATTTTAGAATGGACATGCCAAAG  1095

seq1  AGAATTATACAAGTTTAGCCCCAAGAAGTCCTTCTAAGAAACACTTAACG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATACAAGTTTAGCCCCAAGAAGTCCTTCTAAGAAACACTTAACG  1145

seq1  TAGAGTTCTTAGGATGTGAATCTGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTCTTAGGATGTGAATCTGAATTC  1174


seq1: chr4_84538379_84539489
seq2: B6Ng01-348C22.g_67_1177

seq1  GAATTCCAGTGGAATTTAGAGGAACAAAGTGAGGGAACTTTTTTTTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGGAATTTAGAGGAACAAAGTGAGGGAACTTTTTTTTTTTA  50

seq1  ATGACAAATTAAGTCATACATTCATTTTTCCCACCGTGTCTGTCCCTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAATTAAGTCATACATTCATTTTTCCCACCGTGTCTGTCCCTTCC  100

seq1  CATATACCTCTCATCATGTGCACACCCAACTATTCATTGGCAGGCATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACCTCTCATCATGTGCACACCCAACTATTCATTGGCAGGCATAAG  150

seq1  ATGGTAAATAAGGAATTGTGTGTAAAAGTTCACTTGAACAAAACAGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAATAAGGAATTGTGTGTAAAAGTTCACTTGAACAAAACAGTTTG  200

seq1  CCTTACATCCCCAATCCAGTTTAGGTAAAATTTTCCATCTGTTTGTACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACATCCCCAATCCAGTTTAGGTAAAATTTTCCATCTGTTTGTACTT  250

seq1  CATTCATTGGGAATACTCTAGAAAAGAGACTGTCTAAATTAGATTATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTGGGAATACTCTAGAAAAGAGACTGTCTAAATTAGATTATTAT  300

seq1  TAGGTATATTGGTTGGAGTTCTGTTTGTGTTGTATTATTGTCCCGAGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATATTGGTTGGAGTTCTGTTTGTGTTGTATTATTGTCCCGAGATG  350

seq1  GGAGCACGGGTAGCCCAGATGCAGGGAGAAGTCTGAGGAGCTTCTGGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACGGGTAGCCCAGATGCAGGGAGAAGTCTGAGGAGCTTCTGGCAT  400

seq1  TGTTAGATGCATTGCTTGGTGAGGGGTATGTGTGTGTGCACACTAAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGATGCATTGCTTGGTGAGGGGTATGTGTGTGTGCACACTAAATGC  450

seq1  AAATTTAAAGTATGCTGCCAAGGATATGAGAAGAACCAGGAGTGAGCGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAAAGTATGCTGCCAAGGATATGAGAAGAACCAGGAGTGAGCGCC  500

seq1  TGATTTCCACTTCTTTCAGTAACAGGTCAACAATCTAGAAGTGCTCAACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCCACTTCTTTCAGTAACAGGTCAACAATCTAGAAGTGCTCAACG  550

seq1  CTGACCCTGACCACTGGTAACATATTTGGCAAGCTGGCAGGAAGTGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCTGACCACTGGTAACATATTTGGCAAGCTGGCAGGAAGTGAGCA  600

seq1  AAAACATTCTTTTCTATCATACTACTCAAAATTCTCCTTACTACTTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTCTTTTCTATCATACTACTCAAAATTCTCCTTACTACTTTCTA  650

seq1  TTCTTTTTCATTCTAAACTCTAGGGTTCAGAGTCCCTGGCCTTTGCACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTCATTCTAAACTCTAGGGTTCAGAGTCCCTGGCCTTTGCACAA  700

seq1  TATAAACTCCTCCTAATTGTATCATAATTATGAAACATCTATGGATTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACTCCTCCTAATTGTATCATAATTATGAAACATCTATGGATTGTC  750

seq1  CCACTCCCATTTCCTACCCAAAGTCTGTAGAAACTGGTATTTTCCTCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCATTTCCTACCCAAAGTCTGTAGAAACTGGTATTTTCCTCAGG  800

seq1  TGAAGACACTTCTTGGCGTGCCAAGACTGGATTATAATAATTATAGTAA-  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGAAGACACTTCTTGGCGTGCCAAGACTGGATTATAATAATTATAGTAAG  850

seq1  GGCATGACTTCTAAGTATGCATGTAGCTCCCATGGCCCCTTTAACTTGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGACTTCTAAGTATGCATGTAGCTCCCATGGCCCCTTTAACTTGTC  900

seq1  TTTCAGACAATGACCCTGCCTTAGTCCGCAGCTTC-TTTCACAAGAGGAT  948
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TTTCAGAC-ATGACCCTGCCTTAGTCCGCAGCTTCTTTTCAC-AGAGGAT  948

seq1  AACTGGAAGGAGATCAACGGGAGGATGCCAAAAGCCACTGCTCATACCCA  998
      |   |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  ACTGGGAAGGAGATCAACGGGA-GATGCCCAAAGCTACTGCTCATACCCA  997

seq1  GGGGCACCATAGCTAGAAAGCTGACAAGGTTATGGAGGAACTCAG-CCCT  1047
       ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||| ||||
seq2  -GGGCACCATAGCTAGAAAGCTGACAGGGTTATGGA-GACTTCAGTCCCT  1045

seq1  AAGTC-TAAGGAAACAAAAGTG-ATATTGCAC-TGTCATCCGTGCTTAGA  1094
      |  || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  AGTTCTTAAGGAAACAAAAGTGAATATTGCACTTGTCATCCGTGC-TAGA  1094

seq1  TTGAAGGCATTCATTGT  1111
       || | |||||||||||
seq2  CTGGAAGCATTCATTGT  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |