BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350I21
Chromosome4 (Build37)
Map Location 47,146,330 - 47,313,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol15a1
Upstream geneBC057893, AU014645, Xpa, LOC624430, LOC666379, LOC666389, Foxe1, 5830415F09Rik, Hemgn, LOC100040643, Anp32b, Nans, Trim14, Coro2a, Tbc1d2, Gabbr2, Anks6, LOC435781, Galnt12
Downstream geneTgfbr1, LOC666236, LOC666473, Alg2, Sec61b, LOC100040788, Nr4a3, Stx17, Txndc4, Invs
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350I21.bB6Ng01-350I21.g
ACCGA131190GA131191
length1,1001,105
definitionB6Ng01-350I21.b B6Ng01-350I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,146,330 - 47,147,447)(47,312,873 - 47,313,978)
sequence
gaattccaaatgtcacacagtcgcagaaacgatctgctgctgggaaaaat
cacgcccctgctagagcaggaggcacagcatagtcagctgccgtggacca
cctgaagcaacagcctcatctctcacacctgggattacgatgaaaacagg
ttcctataacatttctgtgtctttcaaaggaaccaaccaaaatgccaaaa
ttgtcactgcaaaggtgggtgtttatcggtcctcagctgtcttccttcat
tttatacaacccagattgccctgcccagggagtgactccacccacactta
agatgggtgcctacatcagggaacttaagatcatcccccagaggcaaggt
cctgtagaggcctagttcctgggtggggtagactgagtcatgttggtgat
aaacaccagccattgcagatggggagactagtcctagtgtaaagagccac
actgctgttgacctgaagcctgactgaccctagagctgagtgaaacactc
ccatctccaccgtgccacctgagctcctaggacctccgtgaccccatcct
tgggcctcacaccctagaactgtcctcctgggttcctgttcagggtgtct
gttctctcttgcaaggacacagggagcaggcttggcagggataaggacac
ctgcttgctctgaatctctgataggaatagattttggcttgggagcttca
gaactaaacccacacccacagtctcatacaaggctggcttcctgaggtgt
gtgccgctgtgtttaacactttattcccttcatatgattacaaaaaaata
agccaattctaacatttcataatttcattaagttgcataatctttgattt
gcttaattttagtgcgtgtttttatttacttccaattttttttaaataac
aaagtaaaaaataataagagcaaaaaacgtaagctcattgtcaaaattta
gaaactacaaaacatattatcagagccactcactctgtgtcagagacagc
acactggagcatccctctagcttctgtcactttcatttcctgcctcattt
gttttggtgcatgtggaggagcacagctaagcattccacttatgtgtgtg

gaattccataccaagagtgaccattcatactggtcctttaggccactgtg
ctgagtagttttgtgtcaacctgacagttaaagtcatctgagagaaggga
acctcaatcaagaaaattcttccatgagaccagacaaattcttaaggcat
tgacaaaacagccaggaaggttctagaatatgtggaaagatgcccaacac
aattactcactaggcaaactgagaaaccacagtgagctagcacctcacag
ccatcaggactgagccagtgtaaccacaagtgctggcgaagatgactgtg
agtaccttcaacattactggattgtacacttgaagtaggtgcatgttata
atatctgaactgtatccattttaaagaagatgggaggctccatccggccc
tctatcaaacaaatagactgacatgtcacccaatgtgctaccctgagccc
aaaggcagaggcagcaggaatgagacatcattcagtactaacctgcaccc
agaatggcaggaggtcctggtggcccagggggtcctggtggtccaggaac
accaggtctcccaaagccaggtggcccaggcaggcctggaattcctgggg
gtccctgaggccccacaacagcctctcctttctgtccctgttgaggcaag
cacatagttatggagaaatctctcctcttagcatgtttgtgaaaatctag
taatgccaggtggtgtcagttccagcaagcatcagcccaggtttggagtc
caaagataccagcaagcctaggcatccagagggccctggagatttagagt
ggccttctcactccacacaaggaggaactgagtcctcagaatggagaggg
cttgcctcaagccaagttaggttagaaaagtggggcaaccttgatcttct
ctcatggctgcctgaccctcctcccatctataaagaccagacctgtagaa
taatctttacaggcttagccttcagtcaaacatcaggagaatcaagaatc
ctctaaagacattaccagaactttcccttcatcctctagataccccctca
ctattgacagctctggtacagagtgacatggccacagtatgttatggcct
ggtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_47146330_47147447
seq2: B6Ng01-350I21.b_47_1146

seq1  GAATTCCAAATGTCACACAGTCGCAGAAACGATCTGCTGCTGGGAAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTCACACAGTCGCAGAAACGATCTGCTGCTGGGAAAAAT  50

seq1  CACGCCCCTGCTAGAGCAGGAGGCACAGCATAGTCAGCTGCCGTGGACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCCCCTGCTAGAGCAGGAGGCACAGCATAGTCAGCTGCCGTGGACCA  100

seq1  CCTGAAGCAACAGCCTCATCTCTCACACCTGGGATTACGATGAAAACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGCAACAGCCTCATCTCTCACACCTGGGATTACGATGAAAACAGG  150

seq1  TTCCTATAACATTTCTGTGTCTTTCAAAGGAACCAACCAAAATGCCAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATAACATTTCTGTGTCTTTCAAAGGAACCAACCAAAATGCCAAAA  200

seq1  TTGTCACTGCAAAGGTGGGTGTTTATCGGTCCTCAGCTGTCTTCCTTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTGCAAAGGTGGGTGTTTATCGGTCCTCAGCTGTCTTCCTTCAT  250

seq1  TTTATACAACCCAGATTGCCCTGCCCAGGGAGTGACTCCACCCACACTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACAACCCAGATTGCCCTGCCCAGGGAGTGACTCCACCCACACTTA  300

seq1  AGATGGGTGCCTACATCAGGGAACTTAAGATCATCCCCCAGAGGCAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTGCCTACATCAGGGAACTTAAGATCATCCCCCAGAGGCAAGGT  350

seq1  CCTGTAGAGGCCTAGTTCCTGGGTGGGGTAGACTGAGTCATGTTGGTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGAGGCCTAGTTCCTGGGTGGGGTAGACTGAGTCATGTTGGTGAT  400

seq1  AAACACCAGCCATTGCAGATGGGGAGACTAGTCCTAGTGTAAAGAGCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCAGCCATTGCAGATGGGGAGACTAGTCCTAGTGTAAAGAGCCAC  450

seq1  ACTGCTGTTGACCTGAAGCCTGACTGACCCTAGAGCTGAGTGAAACACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTTGACCTGAAGCCTGACTGACCCTAGAGCTGAGTGAAACACTC  500

seq1  CCATCTCCACCGTGCCACCTGAGCTCCTAGGACCTCCGTGACCCCATCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCCACCGTGCCACCTGAGCTCCTAGGACCTCCGTGACCCCATCCT  550

seq1  TGGGCCTCACACCCTAGAACTGTCCTCCTGGGTTCCTGTTCAGGGTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTCACACCCTAGAACTGTCCTCCTGGGTTCCTGTTCAGGGTGTCT  600

seq1  GTTCTCTCTTGCAAGGACACAGGGAGCAGGCTTGGCAGGGATAAGGACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTCTTGCAAGGACACAGGGAGCAGGCTTGGCAGGGATAAGGACAC  650

seq1  CTGCTTGCTCTGAATCTCTGATAGGAATAGATTTTGGCTTGGGAGCTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGCTCTGAATCTCTGATAGGAATAGATTTTGGCTTGGGAGCTTCA  700

seq1  GAACTAAACCCACACCCACAGTCTCATACAAGGCTGGCTTCCTGAGGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAACCCACACCCACAGTCTCATACAAGGCTGGCTTCCTGAGGTGT  750

seq1  GTGCCGCTGTGTTTAACACTTTATTCCCTTCATATGATTACAAAAAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCGCTGTGTTTAACACTTTATTCCCTTCATATGATTACAAAAAAATA  800

seq1  AGCCAATTCTAACATTTCATAATTTCATTAAGTTGCATAATCTTTGATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATTCTAACATTTCATAATTTCATTAAGTTGCATAATCTTTGATTT  850

seq1  GCTTAATTTTAGTGCGTGTTTTTATTTACTTCCAA-TTTTTTTAAATAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCTTAATTTTAGTGCGTGTTTTTATTTACTTCCAATTTTTTTTAAATAAC  900

seq1  AAAGTAAAAAATAATAAGAGCAAAAAACGTAAGCTCATTGTCAAAAATTT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAGTAAAAAATAATAAGAGCAAAAAACGTAAGCTCATTGTC-AAAATTT  949

seq1  AGAAACTACAAAAACATATTATCAAGAAGCCACTCACTCTGTGTCCAGAG  999
      ||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAAACTAC-AAAACATATTATCA--GAGCCACTCACTCTGTGT-CAGAG  995

seq1  ACAGCACCACTGGAGCATTCCCTCTAGCCTTCTGTTCACTTTCATTTTCT  1049
      |||||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||| ||
seq2  ACAGCA-CACTGGAGCA-TCCCTCTAG-CTTCTG-TCACTTTCATTTCCT  1041

seq1  GCTTCATTTTGTTTTTGTTGCATTGTTGAAGGAGCCACCAAGCTAAAGCC  1099
      || ||||||   ||||| |||||   || ||||| |||  ||||||   |
seq2  GCCTCATTT--GTTTTGGTGCAT--GTGGAGGAG-CAC--AGCTAA--GC  1082

seq1  ATTCCACTTAGTGTGTGTG  1118
      |||||||||| ||||||||
seq2  ATTCCACTTA-TGTGTGTG  1100

seq1: chr4_47312873_47313978
seq2: B6Ng01-350I21.g_67_1171 (reverse)

seq1  GCACCA-GCCAT-ACATACTGTGGCAAGGTCACTCTGTAACCAGAGCTGT  48
      |||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||| |||||||||||
seq2  GCACCAGGCCATAACATACTGTGGCCATGTCACTCTGT-ACCAGAGCTGT  49

seq1  CAATAGTGAGGGGTTATCTTAGAGGATGAAGGGAAAGTTCTGGTAATGTC  98
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTGAGGGGGTATC-TAGAGGATGAAGGGAAAGTTCTGGTAATGTC  98

seq1  TTTAGAAGGATTCTTGATTCTTCTGATGTTTGACTGAAGGCTAAGCCTGT  148
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAG-AGGATTCTTGATTCTCCTGATGTTTGACTGAAGGCTAAGCCTGT  147

seq1  AAAGATTA-TCTACAGGTCTGGTCTTTATAGATGGGAGGAGGGTCAGGCA  197
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATTATTCTACAGGTCTGGTCTTTATAGATGGGAGGAGGGTCAGGCA  197

seq1  GCCATGAGAGAAGATCAAGGTTTGCCCCACTTTTCTAACCTAACTTGGCT  247
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAGAGAAGATCAAGG-TTGCCCCACTTTTCTAACCTAACTTGGCT  246

seq1  TGAGGCAAGCCCTCTCCATTCTGAGGACTCAGTTCCTCCTTGTGTGGAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAAGCCCTCTCCATTCTGAGGACTCAGTTCCTCCTTGTGTGGAGT  296

seq1  GAGAAGGCCACTCTAAATCTCCAGGGCCCTCTGGATGCCTAGGCTTGCTG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCCACTCTAAATCTCCAGGGCCCTCTGGATGCCTAGGCTTGCTG  346

seq1  GTATCTTTGGACTCCAAACCTGGGCTGATGCTTGCTGGAACTGACACCAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTTGGACTCCAAACCTGGGCTGATGCTTGCTGGAACTGACACCAC  396

seq1  CTGGCATTACTAGATTTTCACAAACATGCTAAGAGGAGAGATTTCTCCAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTACTAGATTTTCACAAACATGCTAAGAGGAGAGATTTCTCCAT  446

seq1  AACTATGTGCTTGCCTCAACAGGGACAGAAAGGAGAGGCTGTTGTGGGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGTGCTTGCCTCAACAGGGACAGAAAGGAGAGGCTGTTGTGGGGC  496

seq1  CTCAGGGACCCCCAGGAATTCCAGGCCTGCCTGGGCCACCTGGCTTTGGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGACCCCCAGGAATTCCAGGCCTGCCTGGGCCACCTGGCTTTGGG  546

seq1  AGACCTGGTGTTCCTGGACCACCAGGACCCCCTGGGCCACCAGGACCTCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGGTGTTCCTGGACCACCAGGACCCCCTGGGCCACCAGGACCTCC  596

seq1  TGCCATTCTGGGTGCAGGTTAGTACTGAATGATGTCTCATTCCTGCTGCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATTCTGGGTGCAGGTTAGTACTGAATGATGTCTCATTCCTGCTGCC  646

seq1  TCTGCCTTTGGGCTCAGGGTAGCACATTGGGTGACATGTCAGTCTATTTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTTGGGCTCAGGGTAGCACATTGGGTGACATGTCAGTCTATTTG  696

seq1  TTTGATAGAGGGCCGGATGGAGCCTCCCATCTTCTTTAAAATGGATACAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGAGGGCCGGATGGAGCCTCCCATCTTCTTTAAAATGGATACAG  746

seq1  TTCAGATATTATAACATGCACCTACTTCAAGTGTACAATCCAGTAATGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATATTATAACATGCACCTACTTCAAGTGTACAATCCAGTAATGTT  796

seq1  GAAGGTACTCACAGTCATCTTCGCCAGCACTTGTGGTTACACTGGCTCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTACTCACAGTCATCTTCGCCAGCACTTGTGGTTACACTGGCTCAG  846

seq1  TCCTGATGGCTGTGAGGTGCTAGCTCACTGTGGTTTCTCAGTTTGCCTAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGATGGCTGTGAGGTGCTAGCTCACTGTGGTTTCTCAGTTTGCCTAG  896

seq1  TGAGTAATTGTGTTGGGCATCTTTCCACATATTCTAGAACCTTCCTGGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAATTGTGTTGGGCATCTTTCCACATATTCTAGAACCTTCCTGGCT  946

seq1  GTTTTGTCAATGCCTTAAGAATTTGTCTGGTCTCATGGAAGAATTTTCTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTCAATGCCTTAAGAATTTGTCTGGTCTCATGGAAGAATTTTCTT  996

seq1  GATTGAGGTTCCCTTCTCTCAGATGACTTTAACTGTCAGGTTGACACAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAGGTTCCCTTCTCTCAGATGACTTTAACTGTCAGGTTGACACAAA  1046

seq1  ACTACTCAGCACAGTGGCCTAAAGGACCAGTATGAATGGTCACTCTTGGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCAGCACAGTGGCCTAAAGGACCAGTATGAATGGTCACTCTTGGT  1096

seq1  ATGGAATTC  1106
      |||||||||
seq2  ATGGAATTC  1105