Query= MSMg01no329_o16.b1 MSMg01no329_o16.b1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no329_o16.b1 PHD_FILE: MSMg01no329_o16.b1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 22:15:32 2005
(308 letters)
>mm_chr4_5703495_5704206
Length = 712
Score = 511 bits (264), Expect = e-149
Identities = 294/308 (95%), Gaps = 8/308 (2%)
Strand = Plus / Plus
Query: 5 gaattccatactacactgtac----atgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaactccac 60
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct: 105 gaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccac 164
Query: 61 gaattccatactacactgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaat 120
|||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 165 gaattc----ctacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaat 220
Query: 121 tccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgaaagaacatcacgaattccatact 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct: 221 tccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgaaagaacatcatgaattccatact 280
Query: 181 acactgtacatgtatgtatgtatgaaagaacaccatgaattccatactacactgtacatg 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 281 acactgtacatgtatgtatgtatgaaagaacaccatgaattccatactacactgtacatg 340
Query: 241 tatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaattccatactacactgtacatgtatg 300
|||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 341 tatgcatgtatgtatgtatgaaagaacatcacgaattccatactacactgtacatgtatg 400
Query: 301 tatgtatg 308
||||||||
Sbjct: 401 tatgtatg 408
Score = 451 bits (233), Expect = e-131
Identities = 272/293 (92%), Gaps = 18/293 (6%)
Strand = Plus / Plus
Query: 5 gaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaac-tccacgaa 63
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | || |||
Sbjct: 217 gaattccatactacactgtac----atgtatgtatgtatgtatgaaagaacat-catgaa 271
Query: 64 ttccatactacactgtgtatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaattcc 123
||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct: 272 ttccatactacac------tgta--catgtatgtatgtatgaaagaacaccatgaattcc 323
Query: 124 atactacactgtacatgt----atgtatgtatgtatgaaagaacatcacgaattccatac 179
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 324 atactacactgtacatgtatgcatgtatgtatgtatgaaagaacatcacgaattccatac 383
Query: 180 tacactgtacatgtatgtatgtatgaaagaacaccatgaattccatactacactgtacat 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 384 tacactgtacatgtatgtatgtatgaaagaacaccatgaattccatactacactgtacat 443
Query: 240 gtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaattccatactacactgta 292
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 444 gtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaattccatactacactgta 496
Score = 445 bits (230), Expect = e-129
Identities = 287/320 (89%), Gaps = 28/320 (8%)
Strand = Plus / Plus
Query: 5 gaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatg-a---aagaactccac 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||
Sbjct: 45 gaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtaagaacaccac 104
Query: 61 gaattccatactacactg----tgtatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccac 116
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 105 gaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccac 164
Query: 117 gaattccatactacactgtac----atgtatgtatgtatgtatgaaagaacatcacgaat 172
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct: 165 gaattc----ctacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaat 220
Query: 173 tccatactacactgtacatgtatgtatgtatg----aaagaacaccatgaattccatact 228
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct: 221 tccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgaaagaacatcatgaattccatact 280
Query: 229 acactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaacaccacgaattccatactacac 288
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct: 281 acactgtacatgtatgtatgtatg--------aaagaacaccatgaattccatactacac 332
Query: 289 tgtacatgtatgtatgtatg 308
|||||||||||| |||||||
Sbjct: 333 tgtacatgtatgcatgtatg 352
Score = 371 bits (192), Expect = e-107
Identities = 248/282 (87%), Gaps = 28/282 (9%)
Strand = Plus / Plus
Query: 47 tgaaagaactccacgaattccatactacactg----tgtatgtatgtatgtatgtatgta 102
||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 31 tgaaagaacaccacgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgta 90
Query: 103 tgaaagaacaccacgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatg------ 156
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 91 tgtaagaacaccacgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgta 150
Query: 157 --aaagaacatcacgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatg--------aa 206
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct: 151 tgaaagaacaccacgaattcc----tacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgaa 206
Query: 207 agaacaccatgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatgtatgaaagaa 266
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct: 207 agaacaccacgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatgtatg----aaagaa 262
Query: 267 caccacgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatg 308
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 263 catcatgaattccatactacactgtacatgtatgtatgtatg 304
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 190
Number of extensions: 37
Number of successful extensions: 37
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 17
Number of HSP's successfully gapped: 12
Length of query: 308
Length of database: 712
Length adjustment: 9
Effective length of query: 299
Effective length of database: 703
Effective search space: 210197
Effective search space used: 210197
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
| Query= MSMg01no329_o16.g1 MSMg01no329_o16.g1 CHROMAT_FILE:
MSMg01no329_o16.g1 PHD_FILE: MSMg01no329_o16.g1.phd.1 CHEM: term DYE:
big TIME: Tue May 17 22:15:32 2005
(582 letters)
>mm_chr4_5868710_5869691
Length = 982
Score = 746 bits (386), Expect = 0.0
Identities = 398/402 (99%)
Strand = Plus / Minus
Query: 181 gtggccctgggttttataagaaagcaagctaagcaagctatggagaagaaagccagtatc 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 982 gtggccctgggttttataagaaagcaagctaagcaagctatggagaagaaagccagtatc 923
Query: 241 actcctcctactccatgtgagttcctgccctcactgcttctgatgataaactgttatatg 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 922 actcctcctactccatgtgagttcctgccctcactgcttctgatgataaactgttatatg 863
Query: 301 gaactgtgcataaaacaaactctttcctccccaacgtgcttcctggccatggtgtttcat 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||
Sbjct: 862 gaactgtgcataaaacaaactctttcctccccaacgtgctttttagccatggtgtttcat 803
Query: 361 ggcagcaatagaaaccctaagataccatcccgtgggattcctcctctgagcctgggctgc 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 802 ggcagcaatagaaaccctaagataccatcccgtgggattcctcctctgagcctgggctgc 743
Query: 421 agcaacactgtactccttagcaacagcacatgacaggagcaaagggattattctccagag 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 742 agcaacactgtactccttagcaacagcacatgacaggagcaaagggattattctccagag 683
Query: 481 aacaaggtggtagttctgacaggcaagaatccgtgggttttgcagacttgctagaatcag 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct: 682 aacaaggtggtagttctgacaggcaagaatccgtgggttttgcagacttgctagaatctg 623
Query: 541 tctttcactgactggatgatgcaaactgccatgaagcaggag 582
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 622 tctttcactgactggatgatgcaaactgccatgaagcaggag 581
Lambda K H
1.37 0.711 1.31
Gapped
Lambda K H
1.34 0.600 1.10
Matrix: blastn matrix:1 -3
Gap Penalties: Existence: 2, Extension: 1
Number of Sequences: 1
Number of Hits to DB: 22
Number of extensions: 1
Number of successful extensions: 1
Number of sequences better than 10.0: 1
Number of HSP's gapped: 1
Number of HSP's successfully gapped: 1
Length of query: 582
Length of database: 982
Length adjustment: 10
Effective length of query: 572
Effective length of database: 972
Effective search space: 555984
Effective search space used: 555984
X1: 8 (15.9 bits)
X2: 517 (999.5 bits)
X3: 517 (999.5 bits)
S1: 8 (16.4 bits)
S2: 8 (16.2 bits)
|
