BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-001E23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 54,400,103 - 54,488,542
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStim2
Upstream geneSlc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj, Cckar, Tbc1d19
Downstream geneEG666377, LOC666380
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-001E23.bB6Ng01-001E23.g
ACCDH839671DH839672
length1,167874
definitionDH839671|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001E23, 5' end.DH839672|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-001E23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,487,369 - 54,488,542)(54,400,103 - 54,400,976)
sequence
gaattctcatgaaattcatcaatactatggatattagtatgatatattaa
aactatatacatatatattatatcaaaaatgatattattgtgacttttgc
cttatacatcaggaagctatggatcagacagtttagtaattccccaattc
atactccaagtaggtagtgcatatggaaccaaaattgctgtgggtgtcaa
agctcaaactattgactgtcgtgatcttcctccttcccgtaccttttttc
attctgagaaaatctcaaactacagccaagttcactgttggctgcagcag
agcttgaccagagtggatatataactctgcctagctattagctgttgttg
cataaacagttacaggcttatgttctcagtgtcaagaaacaactggcaga
agagttactgtagacaagtgcacttctgccgtgattagctaggacagtgg
gtcagttctgtaaaactaactacactatcttcaattatagcatgaaaaca
accctataaaataccaacaggttggtatagacacaagggaggaaaaatca
caatgttatttaacattgtccattataaaatgttcagtgctcgctgttct
gacatttttataaaagtctaaagacatgatggccaatgtttgaaacagta
gcatgtttacaaatatattctaaaacaatgtaccaatacagaatttatta
gaattaaattcaatttcaaatgaaagactttcaagttacaaagcctcagg
agttctcattacactggcagatgtaacttctcacaggaaacttcaaataa
cctaagctgtaaaaaggcagggctctgctaatgaatctttaaccattttt
taactttactaaacatgagagaaagcaattccttgtatagaggtgaagaa
gctgcaggcctgctcatctcttctcagttggtttcatggactatgtacac
tcgtcacttgtgactgacaccatgacaccagctgccagagaaaggtttat
ctttagacaggccagaatgtgagttcatatttgcacgttcaatcagcagg
acatgtctctgacatggtctaaacccctgcatcatgctaatttgggaagc
ttaagtccatgccttgaactgggcagtcaggtatagtagttgtgcctata
ctaccctcgtgtattcc
gaattcattgctgtggtgacatgcacttgctatcctagcaccaggcgaga
ctggtgaggatccctgggggagctggcctaccagcctaggctactttgta
agcactagttcattgaaagaggctatctcagaaaagtaggtagacggagt
ctgtggattaacctctgacctacaggcttgtacacatgcatctgaacaca
cgaacacacagaataacagtatcattgaagacacttgtgtgactaagtaa
ccagatcattaatgtgtatttttatatgtatttactaataaccttgggat
gatttagaaaaaaagaattggagttggagattggtcccaagggcctttcc
aggctaagtgtgtactcaagagcacttttaaatgttgagttagtgaatcc
ttgggtgtcagatgtattacaggcttatggaagtgttaggagcactgatg
tattcagttataaggctcacgggctcctagaacttacattactgtttaaa
ttgggagcataattaatatcttaaaataatgagacatacctgttaagaac
aaaagagaatacatgaaatagagaatagtgtggcagagaggtcatggggc
acctgctaactttaggagggtgtgctaattggagaagctgcaaagaaatt
catattaaattaataaaaaaaaatctattacccccccccccccatgtttg
tggttgtttccttccacctcaagttgcagttgtttccttccacctcacgt
tgcagggattgaattgagttgacagtcttggcagcaagcaatctcactgg
ctggaaagtcacatttttagtacaataaatttgcatttatttttaaatat
ttttggtgtgtgcattgggcgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_54487369_54488542
seq2: B6Ng01-001E23.b_45_1211 (reverse)

seq1  GGAATACACGAGGGTAGGTATTAGCACAACTACTAATACCTGACCTTCCC  50
      |||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||  | ||
seq2  GGAATACACGAGGGTA-GTATAGGCACAACTACT-ATACCTGAC--TGCC  46

seq1  AAGTTCAGGGCATGG-CTTTAGCTGTCCAAATATAGCATGATGCAGGGGT  99
       |||||| ||||||| ||| ||||  |||||| |||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAAGGCATGGACTTAAGCTTCCCAAAT-TAGCATGATGCAGGGGT  95

seq1  TTAGACCATGTCAGAGACATGTCTTGCTGATTG-ACGTGCAACTATGAAC  148
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||
seq2  TTAGACCATGTCAGAGACATGTCCTGCTGATTGAACGTGCAAATATGAAC  145

seq1  TCACATTCTGGCCCTGTTCTAAAGATAAACCTTTCTCTGGCAGCTGGTTG  198
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCACATTCTGG-CCTG-TCTAAAGATAAACCTTTCTCTGGCAGCTGG-TG  192

seq1  TCATGGTGTCAGTCACAAGTGACGAGTGTACATAGTCCATGGAACCAACT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCATGGTGTCAGTCACAAGTGACGAGTGTACATAGTCCATGAAACCAACT  242

seq1  GAGAAGAGATGAGCAGGCCTGCAGCTTCTTCACCTCTATACAAGGAGTTG  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGAAGAGATGAGCAGGCCTGCAGCTTCTTCACCTCTATACAAGGAATTG  292

seq1  CTTTCTCTCATGTTTAGTAAAGTTTAAAAAATGGTTAAAGATTCATTAGC  348
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCATGTTTAGTAAAG-TTAAAAAATGGTTAAAGATTCATTAGC  341

seq1  AGAGCCCTGCCTTTTTACAGCTTAGGTTATTTGAAGTTTCCTGTGAGAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCTGCCTTTTTACAGCTTAGGTTATTTGAAGTTTCCTGTGAGAAG  391

seq1  TTACATCTGCCAGTGTAATGAGAACTCCTGAGGCTTTGTAACTTGAAAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTGCCAGTGTAATGAGAACTCCTGAGGCTTTGTAACTTGAAAGT  441

seq1  CTTTCATTTGAAATTGAATTTAATTCTAATAAATTCTGTATTGGTACATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTTGAAATTGAATTTAATTCTAATAAATTCTGTATTGGTACATT  491

seq1  GTTTTAGAATATATTTGTAAACATGCTACTGTTTCAAACATTGGCCATCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGAATATATTTGTAAACATGCTACTGTTTCAAACATTGGCCATCA  541

seq1  TGTCTTTAGACTTTTATAAAAATGTCAGAACAGCGAGCACTGAACATTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTAGACTTTTATAAAAATGTCAGAACAGCGAGCACTGAACATTTT  591

seq1  ATAATGGACAATGTTAAATAACATTGTGATTTTTCCTCCCTTGTGTCTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGACAATGTTAAATAACATTGTGATTTTTCCTCCCTTGTGTCTAT  641

seq1  ACCAACCTGTTGGTATTTTATAGGGTTGTTTTCATGCTATAATTGAAGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACCTGTTGGTATTTTATAGGGTTGTTTTCATGCTATAATTGAAGAT  691

seq1  AGTGTAGTTAGTTTTACAGAACTGACCCACTGTCCTAGCTAATCACGGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGTTAGTTTTACAGAACTGACCCACTGTCCTAGCTAATCACGGCA  741

seq1  GAAGTGCACTTGTCTACAGTAACTCTTCTGCCAGTTGTTTCTTGACACTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCACTTGTCTACAGTAACTCTTCTGCCAGTTGTTTCTTGACACTG  791

seq1  AGAACATAAGCCTGTAACTGTTTATGCAACAACAGCTAATAGCTAGGCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATAAGCCTGTAACTGTTTATGCAACAACAGCTAATAGCTAGGCAG  841

seq1  AGTTATATATCCACTCTGGTCAAGCTCTGCTGCAGCCAACAGTGAACTTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATATATCCACTCTGGTCAAGCTCTGCTGCAGCCAACAGTGAACTTG  891

seq1  GCTGTAGTTTGAGATTTTCTCAGAATGAAAAAAGGTACGGGAAGGAGGAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGTTTGAGATTTTCTCAGAATGAAAAAAGGTACGGGAAGGAGGAA  941

seq1  GATCACGACAGTCAATAGTTTGAGCTTTGACACCCACAGCAATTTTGGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACGACAGTCAATAGTTTGAGCTTTGACACCCACAGCAATTTTGGTT  991

seq1  CCATATGCACTACCTACTTGGAGTATGAATTGGGGAATTACTAAACTGTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGCACTACCTACTTGGAGTATGAATTGGGGAATTACTAAACTGTC  1041

seq1  TGATCCATAGCTTCCTGATGTATAAGGCAAAAGTCACAATAATATCATTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCATAGCTTCCTGATGTATAAGGCAAAAGTCACAATAATATCATTT  1091

seq1  TTGATATAATATATATGTATATAGTTTTAATATATCATACTAATATCCAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATAATATATATGTATATAGTTTTAATATATCATACTAATATCCAT  1141

seq1  AGTATTGATGAATTTCATGAGAATTC  1174
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTGATGAATTTCATGAGAATTC  1167

seq1: chr5_54400103_54400976
seq2: B6Ng01-001E23.g_67_940

seq1  GAATTCATTGCTGTGGTGACATGCACTTGCTATCCTAGCACCAGGCGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCTGTGGTGACATGCACTTGCTATCCTAGCACCAGGCGAGA  50

seq1  CTGGTGAGGATCCCTGGGGGAGCTGGCCTACCAGCCTAGGCTACTTTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAGGATCCCTGGGGGAGCTGGCCTACCAGCCTAGGCTACTTTGTA  100

seq1  AGCACTAGTTCATTGAAAGAGGCTATCTCAGAAAAGTAGGTAGACGGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTAGTTCATTGAAAGAGGCTATCTCAGAAAAGTAGGTAGACGGAGT  150

seq1  CTGTGGATTAACCTCTGACCTACAGGCTTGTACACATGCATCTGAACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGATTAACCTCTGACCTACAGGCTTGTACACATGCATCTGAACACA  200

seq1  CGAACACACAGAATAACAGTATCATTGAAGACACTTGTGTGACTAAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACACACAGAATAACAGTATCATTGAAGACACTTGTGTGACTAAGTAA  250

seq1  CCAGATCATTAATGTGTATTTTTATATGTATTTACTAATAACCTTGGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCATTAATGTGTATTTTTATATGTATTTACTAATAACCTTGGGAT  300

seq1  GATTTAGAAAAAAAGAATTGGAGTTGGAGATTGGTCCCAAGGGCCTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGAAAAAAAGAATTGGAGTTGGAGATTGGTCCCAAGGGCCTTTCC  350

seq1  AGGCTAAGTGTGTACTCAAGAGCACTTTTAAATGTTGAGTTAGTGAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAAGTGTGTACTCAAGAGCACTTTTAAATGTTGAGTTAGTGAATCC  400

seq1  TTGGGTGTCAGATGTATTACAGGCTTATGGAAGTGTTAGGAGCACTGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTCAGATGTATTACAGGCTTATGGAAGTGTTAGGAGCACTGATG  450

seq1  TATTCAGTTATAAGGCTCACGGGCTCCTAGAACTTACATTACTGTTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGTTATAAGGCTCACGGGCTCCTAGAACTTACATTACTGTTTAAA  500

seq1  TTGGGAGCATAATTAATATCTTAAAATAATGAGACATACCTGTTAAGAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGCATAATTAATATCTTAAAATAATGAGACATACCTGTTAAGAAC  550

seq1  AAAAGAGAATACATGAAATAGAGAATAGTGTGGCAGAGAGGTCATGGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAATACATGAAATAGAGAATAGTGTGGCAGAGAGGTCATGGGGC  600

seq1  ACCTGCTAACTTTAGGAGGGTGTGCTAATTGGAGAAGCTGCAAAGAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTAACTTTAGGAGGGTGTGCTAATTGGAGAAGCTGCAAAGAAATT  650

seq1  CATATTAAATTAATAAAAAAAAATCTATTACCCCCCCCCCCCCATGTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTAAATTAATAAAAAAAAATCTATTACCCCCCCCCCCCCATGTTTG  700

seq1  TGGTTGTTTCCTTCCACCTCAAGTTGCAGTTGTTTCCTTCCACCTCAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGTTGTTTCCTTCCACCTCAAGTTGCAGTTGTTTCCTTCCACCTCACGT  750

seq1  TGCAGGGATTGAATTGAGTTGACAGTCTTGGCAGCAAGCAATCTCACTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGATTGAATTGAGTTGACAGTCTTGGCAGCAAGCAATCTCACTGG  800

seq1  CTGGAAAGTCACATTTTTAGTACAATAAATTTGCATTTATTTTTTAAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTGGAAAGTCACATTTTTAGTACAATAAATTTGCATTTA-TTTTTAAATA  849

seq1  TTTTTGGTGTGTGCA-TGGGCGTGT  874
      ||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTTGGTGTGTGCATTGGGCGTGT  874