BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002H12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,273,379 - 127,430,586
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040327
Upstream geneEG231736, LOC100039178, LOC665760
Downstream geneTmem132c, Slc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002H12.bB6Ng01-002H12.g
ACCDH840482DH840483
length1,1411,153
definitionDH840482|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002H12, 5' end.DH840483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002H12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,429,432 - 127,430,586)(127,273,379 - 127,274,540)
sequence
gaattctttggcccctttaaattagagaagtgtgtcattttaaatggttt
ccgtgggtacctttctctgtccagaagtttgggccagttatgaaaactga
gcgatgctctcatgaaaccacaggcaggcagccaggtgtcaggaagcagc
caggcgtcaggaaacagaagagcatactggtaaaatcctaagcaaagacg
tgatgaaatatccgtctcctcaaaaataaaaaccgattcatcatacctag
aaattcattttcctgggaagcagggaagcaggtgcatcgagttttggcaa
ttaactcgtaaagctgtttccacaatgtctacttttctttcttaatgata
tctttttttttctttcttttttgttttgcagatatgctgatgtacagtta
ttctacctgcccatatttctttgcatatgcttaccctacgccacgatgag
tgtttcaattagaaatgtgtgcccttcccactcctgaacagtaacggaca
aaaccaggagcacatttaacagaaactgcacagtgcgcatgtctcgaaat
cataggtttgggaaactgtgctcggtactatcaatggattgcataaccaa
agccttccctgaaaccatataagtaaatgggaattgaactttgtccattt
gttaaatgtttctcttattgttaactatgtgatgcacacgtgcctgtgca
cacatgagcgcagtacctttagaagccaggctatgaggtggacttggttc
gaagcatgtttgctgtaagccaagttttgctaaaatatgtgtagtgtttc
cctgctatgtatgatcgtttacacagtgtgaagcccgaagaggcaactgt
ggcagagaccacctcctctgggactggacttacaagtggtcatgagttac
catgtgggtgctgggaacgaaacccagattctctgcacagcagcttgtgt
tgtttaactgctgagccatctctacagccccagagtgtaaactttgaaat
ctaaaatgctgacagctattgtctaatcccccccaaaaaatgggtgtaga
gagggagcacagatgacaggttgtggtggcttcatctgttttgtcagcct
taaccagaacagacaaaacctttctcttgcagatccgggaa
gaattcactatacagaccagagagcccaggctggtctcaaattcatagca
atcctcctgcttcagaatctcaagcaataatccttgccttgtgccaagaa
ttatcagcacaaaccactagtctcagaaaaactgctttaaaaaatgttta
tgcgcatgaatgttagcctgcatgttgtatgtgtaccatgtgcttgcagt
acatgcagaaaccagcagagggtgtcagatcccatggaactagagtttca
ggtggttatgagctgccatgtgggtgctgagaactgaactcaggtcctct
gtcagaacagccagtacattttcatttcagacaccagagaatagaattca
ctttcatttttgcacagatgcaggtttgctttgttataggccaagaatgg
aaagatggcttcagtttgatgatataaaagggtggactcttaagagatta
agttgcagggatgagcaagattccatgttagagctctgctatgggaggtt
taatcattttaggtagaagcctaaaacaacccattttgaaggagaaaatg
tctaacaagaaaagaaacagaagccttgagtgctgaggtcagtcctggct
gcaggaactagttttaataaaacatgtttattgtcaccatgactcagcca
cagctccctttgccattgtgttggggattatgaccagaaaaacatcttta
atactggctatgtgaaactgatagaaacaaagggtccaagtcagaagtcc
caacatcttttgggtagaaagttgggggtgggtcatctggaattcataac
agaatgttgcagaacagctagggactgtagctgtatgattgtgagcctaa
acctgcttcctttatggtgcaaagtctatcatgttaaaacaagcctgaag
actaatatatatgcccactatgatgcttaagtaataaaccatgcttatgc
cagagcccctggttgtagaatgaacttatagtcctagctaggctgcataa
agacacacaatccaggtattttatttacagctgtaacctaggctgggtag
ttgggagctatctacttattcccagctataaagctcttcttgctacttgc
tctttcctctagtcacctactcatggtccattctcctcctggcactcctc
cac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127429432_127430586
seq2: B6Ng01-002H12.b_46_1186 (reverse)

seq1  TTCCCGAATCTGC-AGAGAAAGTTTTTGTCTGTCTTGGGTTTAAAGCTGA  49
      |||||| |||||| |||||||| ||||||||||  |||  |||| |||||
seq2  TTCCCGGATCTGCAAGAGAAAGGTTTTGTCTGTTCTGG--TTAAGGCTGA  48

seq1  CAAAAACAGATTGGAGCCACCACAACCTGTTCATCTTGGTGGCTTCCCTC  99
      | |||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||   ||||||
seq2  C-AAAACAGA-TGAAGCCACCACAACCTG-TCATCT--GTG--CTCCCTC  91

seq1  TCTACACCCATTTTTTGGGGGGGGATTAGACAATTAGCTGGTCAGCATTT  149
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||
seq2  TCTACACCCATTTTTT-GGGGGGGATTAGACAA-TAGCT-GTCAGCA-TT  137

seq1  TTAGATTTCAAAGTTTACACTCTTGGGGCTGTAGAGATGGCTCAGCAGTT  199
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTTCAAAGTTTACACTC-TGGGGCTGTAGAGATGGCTCAGCAGTT  186

seq1  AAACAACACAGGCTGCTGTTGCAGAGAATCTGGGTTTCGTTCCCAGCACC  249
      |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACACAAGCTGCTG-TGCAGAGAATCTGGGTTTCGTTCCCAGCACC  235

seq1  CACATGGTAACTCATGACCACTTGTAAGTCCAGTCCCAGAGGAGGTGGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGGTAACTCATGACCACTTGTAAGTCCAGTCCCAGAGGAGGTGGTC  285

seq1  TCTGCCACAGTTGCCTCTTCGGGCTTCACACTGTGTAAACGATCATACAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCACAGTTGCCTCTTCGGGCTTCACACTGTGTAAACGATCATACAT  335

seq1  AGCAGGGAAACACTACACATATTTTAGCAAAACTTGGCTTACAGCAAACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGGAAACACTACACATATTTTAGCAAAACTTGGCTTACAGCAAACA  385

seq1  TGCTTCGAACCAAGTCCACCTCATAGCCTGGCTTCTAAAGGTACTGCGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCGAACCAAGTCCACCTCATAGCCTGGCTTCTAAAGGTACTGCGCT  435

seq1  CATGTGTGCACAGGCACGTGTGCATCACATAGTTAACAATAAGAGAAACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGCACAGGCACGTGTGCATCACATAGTTAACAATAAGAGAAACA  485

seq1  TTTAACAAATGGACAAAGTTCAATTCCCATTTACTTATATGGTTTCAGGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAATGGACAAAGTTCAATTCCCATTTACTTATATGGTTTCAGGG  535

seq1  AAGGCTTTGGTTATGCAATCCATTGATAGTACCGAGCACAGTTTCCCAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTTGGTTATGCAATCCATTGATAGTACCGAGCACAGTTTCCCAAA  585

seq1  CCTATGATTTCGAGACATGCGCACTGTGCAGTTTCTGTTAAATGTGCTCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGATTTCGAGACATGCGCACTGTGCAGTTTCTGTTAAATGTGCTCC  635

seq1  TGGTTTTGTCCGTTACTGTTCAGGAGTGGGAAGGGCACACATTTCTAATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGTCCGTTACTGTTCAGGAGTGGGAAGGGCACACATTTCTAATT  685

seq1  GAAACACTCATCGTGGCGTAGGGTAAGCATATGCAAAGAAATATGGGCAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACTCATCGTGGCGTAGGGTAAGCATATGCAAAGAAATATGGGCAG  735

seq1  GTAGAATAACTGTACATCAGCATATCTGCAAAACAAAAAAGAAAGAAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATAACTGTACATCAGCATATCTGCAAAACAAAAAAGAAAGAAAAA  785

seq1  AAAAGATATCATTAAGAAAGAAAAGTAGACATTGTGGAAACAGCTTTACG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATATCATTAAGAAAGAAAAGTAGACATTGTGGAAACAGCTTTACG  835

seq1  AGTTAATTGCCAAAACTCGATGCACCTGCTTCCCTGCTTCCCAGGAAAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATTGCCAAAACTCGATGCACCTGCTTCCCTGCTTCCCAGGAAAAT  885

seq1  GAATTTCTAGGTATGATGAATCGGTTTTTATTTTTGAGGAGACGGATATT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTAGGTATGATGAATCGGTTTTTATTTTTGAGGAGACGGATATT  935

seq1  TCATCACGTCTTTGCTTAGGATTTTACCAGTATGCTCTTCTGTTTCCTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCACGTCTTTGCTTAGGATTTTACCAGTATGCTCTTCTGTTTCCTGA  985

seq1  CGCCTGGCTGCTTCCTGACACCTGGCTGCCTGCCTGTGGTTTCATGAGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGGCTGCTTCCTGACACCTGGCTGCCTGCCTGTGGTTTCATGAGAG  1035

seq1  CATCGCTCAGTTTTCATAACTGGCCCAAACTTCTGGACAGAGAAAGGTAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGCTCAGTTTTCATAACTGGCCCAAACTTCTGGACAGAGAAAGGTAC  1085

seq1  CCACGGAAACCATTTAAAATGACACACTTCTCTAATTTAAAGGGGCCAAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGAAACCATTTAAAATGACACACTTCTCTAATTTAAAGGGGCCAAA  1135

seq1  GAATTC  1155
      ||||||
seq2  GAATTC  1141

seq1: chr5_127273379_127274540
seq2: B6Ng01-002H12.g_69_1221

seq1  GAATTCACTATACAGACCAGAGAGCCCAGGCTGGTCTCAAATTCATAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATACAGACCAGAGAGCCCAGGCTGGTCTCAAATTCATAGCA  50

seq1  ATCCTCCTGCTTCAGAATCTCAAGCAATAATCCTTGCCTTGTGCCAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCCTGCTTCAGAATCTCAAGCAATAATCCTTGCCTTGTGCCAAGAA  100

seq1  TTATCAGCACAAACCACTAGTCTCAGAAAAACTGCTTTAAAAAATGTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGCACAAACCACTAGTCTCAGAAAAACTGCTTTAAAAAATGTTTA  150

seq1  TGCGCATGAATGTTAGCCTGCATGTTGTATGTGTACCATGTGCTTGCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCATGAATGTTAGCCTGCATGTTGTATGTGTACCATGTGCTTGCAGT  200

seq1  ACATGCAGAAACCAGCAGAGGGTGTCAGATCCCATGGAACTAGAGTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAGAAACCAGCAGAGGGTGTCAGATCCCATGGAACTAGAGTTTCA  250

seq1  GGTGGTTATGAGCTGCCATGTGGGTGCTGAGAACTGAACTCAGGTCCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTTATGAGCTGCCATGTGGGTGCTGAGAACTGAACTCAGGTCCTCT  300

seq1  GTCAGAACAGCCAGTACATTTTCATTTCAGACACCAGAGAATAGAATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAACAGCCAGTACATTTTCATTTCAGACACCAGAGAATAGAATTCA  350

seq1  CTTTCATTTTTGCACAGATGCAGGTTTGCTTTGTTATAGGCCAAGAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTTTTGCACAGATGCAGGTTTGCTTTGTTATAGGCCAAGAATGG  400

seq1  AAAGATGGCTTCAGTTTGATGATATAAAAGGGTGGACTCTTAAGAGATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGCTTCAGTTTGATGATATAAAAGGGTGGACTCTTAAGAGATTA  450

seq1  AGTTGCAGGGATGAGCAAGATTCCATGTTAGAGCTCTGCTATGGGAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAGGGATGAGCAAGATTCCATGTTAGAGCTCTGCTATGGGAGGTT  500

seq1  TAATCATTTTAGGTAGAAGCCTAAAACAACCCATTTTGAAGGAGAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATTTTAGGTAGAAGCCTAAAACAACCCATTTTGAAGGAGAAAATG  550

seq1  TCTAACAAGAAAAGAAACAGAAGCCTTGAGTGCTGAGGTCAGTCCTGGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACAAGAAAAGAAACAGAAGCCTTGAGTGCTGAGGTCAGTCCTGGCT  600

seq1  GCAGGAACTAGTTTTAATAAAACATGTTTATTGTCACCATGACTCAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACTAGTTTTAATAAAACATGTTTATTGTCACCATGACTCAGCCA  650

seq1  CAGCTCCCTTTGCCATTGTGTTGGGGATTATGACCAGAAAAACATCTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCTTTGCCATTGTGTTGGGGATTATGACCAGAAAAACATCTTTA  700

seq1  ATACTGGCTATGTGAAACTGATAGAAACAAAGGGTCCAAGTCAGAAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGGCTATGTGAAACTGATAGAAACAAAGGGTCCAAGTCAGAAGTCC  750

seq1  CAACATCTTTTGGGTAGAAAGTTGGGGGTGGGTCATCTGGAATTCATAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATCTTTTGGGTAGAAAGTTGGGGGTGGGTCATCTGGAATTCATAAC  800

seq1  AGAATGTTGCAGAACAGCTAGGGACTGTAGCTGTATGATTGTGAGCCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTTGCAGAACAGCTAGGGACTGTAGCTGTATGATTGTGAGCCTAA  850

seq1  ACCTGCTTCCTTTATGGTGCAAAGTCTATCATGTTAAAACAAGCCTGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTTCCTTTATGGTGCAAAGTCTATCATGTTAAAACAAGCCTGAAG  900

seq1  ACTAATATATATGCCCACTATGATGCTTAAGTAATAAACCATTGCTTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTAATATATATGCCCACTATGATGCTTAAGTAATAAACCA-TGCTTATG  949

seq1  CCAGAGCCCCTGGTTGTAGAATGAACTTATAGTCCTAGCTAGGCTGCATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCAGAGCCCCTGGTTGTAGAATGAACTTATAGTCCTAGCTAGGCTGCAT-  998

seq1  AAAGACACACAATCCAGGTATTTTATTTACAGGCTGTAAACCTAGGCTGG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AAAGACACACAATCCAGGTATTTTATTTACA-GCTGT-AACCTAGGCTGG  1046

seq1  GTAGGTTGGGAGCTATTCTAACTTATTCCCCAGCTAT-AAGCTC-TCTTG  1098
      ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  GTA-GTTGGGAGCTA-TCT-ACTTATT-CCCAGCTATAAAGCTCTTCTTG  1092

seq1  CTACTTGCTCTTTCTCCTAGTCACCTACTCATGGTCCATCTCCTCTCGTG  1148
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||  ||| ||
seq2  CTACTTGCTCTTTCCTCTAGTCACCTACTCATGGTCCAT-TCTCCTCCTG  1141

seq1  GCAACTTCCTCCAC  1162
      |||   ||||||||
seq2  GCA--CTCCTCCAC  1153