BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002L16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,852,680 - 118,972,493
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665162
Upstream geneKsr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik
Downstream geneThrap2, LOC100039488, EG665194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002L16.bB6Ng01-002L16.g
ACCDH840664DH840665
length1,1691,137
definitionDH840664|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002L16, 5' end.DH840665|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002L16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,971,325 - 118,972,493)(118,852,680 - 118,853,805)
sequence
gaattctctacaagagcaagagtgctcttaaccattgagctgtctctcag
cccctcccgcacaccgttttattctgttgtagtagcatgaagccagctta
ccagtttgacttctttatttttaattaacatctgttcatttatttactaa
tttttgagacagggcttcattatgtacctgagactgacctggaactcatt
ctccctgcctccgtctccacactgctgggatcacaggcatgtgcttccac
gccccgtgatttcttgttcctctttggacccaggacatctgacctcactg
tggggtgaaggtgtgcctgaaccccacaacagctctactctttgctttgg
aagacagccggacaacagatgactcagcccagctgtcttctaagacacgc
ctgtcaggtgtgtttaaagtcgggcaggggactggagagatggctatgta
ctttagagcatgttctgctcttgcagaggatccacattcagttcccagcg
cccaccatttaatttaatctgctcattaaaaaagacacccttccttgcaa
gcagtggaatgggaaggtccacctgatacagcaataggccagtggcccag
ggatctgctgtctccatcgcccagaagctgggattacagacagatgctgt
cacacattttttttttttatggtgatgagctcagacccttgtgtatgcat
ggcaagaactttaccaactgagccatctccttggattgtttgcctccttc
taccatgatatttgcaggggactgcacttcgggttgtcaggactgtgaga
cacatgtttttttatccactgaccacaccctgacaggtcccacgtcatcg
ttttttgaggcttttcaaagatgaactctcttttccacacaggccagcaa
gtcatcctcagtcacagatgtgaacaggctacacagccagacatctcttc
taggtgatgatcagtcatgctccccctccctccccaccatcctctctggt
attaactctttgctaactgtccatcaccccacggcttggctctagaagtt
gctgggaagaccaggtattcttagactaagaggatccacctgctctgtct
cctgaagggcgggggctaaggtgtgtggccacaattctttttatgactga
aaaacattccatgtaagga
gaattcttcacagagagcaggagcctaactggcagggcacaaaaggttgg
aaaatggggttagctactcctggggatgggtgtctcctgttgctgtgata
aaatactctgaccaaagcaacttcagggagaaaggatttattttgctcag
agttgcaagttacaatccatcacggttgggaagtcactgcggcaggagcc
tgagggagttggtcacatcacatcctcacatccggccacagttaggaagc
agagagctatgggtgcaggccactgctcagccccctgttgcttttataca
gtccaggatcccagccaggggatggcaccacccacagtgggcaggtcttc
ctacctcagagaacaaaatcaagatgatcccctgcaagcatgcctagggg
tcatctcctgggagattccctggatcctgtcaagttggtggttcattcca
accattgcagggtaagagagttcaatccgtgcacaacttgcacagcatgc
taaagacaacatgctaaagaccttcagactctgcatttgaagagatgcat
gttagggtgcaaagattaaatgtcaataaagaggttatagaaacaaaaaa
gcagtaagcagcattaaacggatgcttgagaagtaggaatcacggacagg
ttccgagtatgcatctgccttccattttgtatagcccactctttgtgcat
gtacatgtacacacgtgtgcatgtgtgcacacactctcatgtgccttctg
tacatctatggtataccacctacagatggtgtcatttacctgttcctgct
acccatggcaggtggctcctagttgtctgtcatttcagctccaaggggat
cttgtccaggggatctctgggcctctgtatgcacctgtattcctgtgcag
atacccacaggctggcacaccaatctatgcatattcaaaaattataaaag
tgaaacgtcagagagcattaaaggaggatgctgggattctcacctctggc
ctccacacttacatgcctgggtatgctcacctccagcacacaattttctt
cttaaaaaaagttgactttaggctgggcaggtggtgccgcccacctttta
ttcccagccccttggggaggcagaagacagtggattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118971325_118972493
seq2: B6Ng01-002L16.b_46_1214 (reverse)

seq1  TCCTTACAATGGAATGTTTTTCAGTTCTAAAAAGGAATGGTGG-CACACA  49
      ||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||| |||| ||||||
seq2  TCCTTAC-ATGGAATGTTTTTCAGTCATAAAAA-GAATTGTGGCCACACA  48

seq1  CCTTTAGCCCCAGCAC-TCAGGAGACAGAGGCAGGTGGATCTCTCTAAGT  98
      || |||||||| || | |||||||||||| ||||||||||| |||| |||
seq2  CC-TTAGCCCCCGCCCTTCAGGAGACAGA-GCAGGTGGATC-CTCTTAGT  95

seq1  CTGAGGATAACCTGGTCTACACAGCAACTTCTAGAG-CAAGCCGTTGGGG  147
      || || || ||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  CTAAGAAT-ACCTGGTCTTCCCAGCAACTTCTAGAGCCAAGCCG-TGGGG  143

seq1  TGATGGACAGGTTAGCAAAGAGTTAAATACCAGAGAGGATGGTGGGGAGG  197
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGACA-GTTAGCAAAGAGTT-AATACCAGAGAGGATGGTGGGGAGG  191

seq1  GAGGGGGAGCATGACTGATCATCACCTAGAAGGAGATGTCTGGGCTGTGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GAGGGGGAGCATGACTGATCATCACCTAGAA-GAGATGTCT-GGCTGTGT  239

seq1  AGCCTGTTCACATCTGTGACTG-GGATGACTTGCTGGCCTGTGTGGAAAG  296
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCCTGTTCACATCTGTGACTGAGGATGACTTGCTGGCCTGTGTGGAAAA  289

seq1  GAG-GTTCATCTTTG-AAAGCCTC-AAAAACGATGACGTGGGACCTGTCA  343
      ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTCATCTTTGAAAAGCCTCAAAAAACGATGACGTGGGACCTGTCA  339

seq1  GGGTG-GGTCAGTGGAT-AAAAAACATGTGTCTCACAGTCCTGACAACCC  391
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGGTCAGTGGATAAAAAAACATGTGTCTCACAGTCCTGACAACCC  389

seq1  G-AGTGCAGT-CCCTGCAAATATCATGGTAGAAGGAGGCAAACAATCCAA  439
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGCAGTCCCCTGCAAATATCATGGTAGAAGGAGGCAAACAATCCAA  439

seq1  GGAGATGGCTCAGTTGGTAAAGTTCTTGCCATGCATACACAAGGGTCTGA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGCTCAGTTGGTAAAGTTCTTGCCATGCATACACAAGGGTCTGA  489

seq1  GCTCATCACCATAAAAAAAAAAAATGTGTGACAGCATCTGTCTGTAATCC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCACCATAAAAAAAAAAAATGTGTGACAGCATCTGTCTGTAATCC  539

seq1  CAGCTTCTGGGCGATGGAGACAGCAGATCCCTGGGCCACTGGCCTATTGC  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCTGGGCGATGGAGACAGCAGATCCCTGGGCCACTGGCCTATTGC  589

seq1  TGTATCAGGTGGACCTTCCCATTCCACTGCTTGCAAGGAAGGGTGTCTTT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCAGGTGGACCTTCCCATTCCACTGCTTGCAAGGAAGGGTGTCTTT  639

seq1  TTTAATGAGCAGATTAAATTAAATGGTGGGCGCTGGGAACTGAATGTGGA  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGAGCAGATTAAATTAAATGGTGGGCGCTGGGAACTGAATGTGGA  689

seq1  TCCTCTGCAAGAGCAGAACATGCTCTAAAGTACATAGCCATCTCTCCAGT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGCAAGAGCAGAACATGCTCTAAAGTACATAGCCATCTCTCCAGT  739

seq1  CCCCTGCCCGACTTTAAACACACCTGACAGGCGTGTCTTAGAAGACAGCT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCCCGACTTTAAACACACCTGACAGGCGTGTCTTAGAAGACAGCT  789

seq1  GGGCTGAGTCATCTGTTGTCCGGCTGTCTTCCAAAGCAAAGAGTAGAGCT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAGTCATCTGTTGTCCGGCTGTCTTCCAAAGCAAAGAGTAGAGCT  839

seq1  GTTGTGGGGTTCAGGCACACCTTCACCCCACAGTGAGGTCAGATGTCCTG  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGGGGTTCAGGCACACCTTCACCCCACAGTGAGGTCAGATGTCCTG  889

seq1  GGTCCAAAGAGGAACAAGAAATCACGGGGCGTGGAAGCACATGCCTGTGA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAAGAGGAACAAGAAATCACGGGGCGTGGAAGCACATGCCTGTGA  939

seq1  TCCCAGCAGTGTGGAGACGGAGGCAGGGAGAATGAGTTCCAGGTCAGTCT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCAGTGTGGAGACGGAGGCAGGGAGAATGAGTTCCAGGTCAGTCT  989

seq1  CAGGTACATAATGAAGCCCTGTCTCAAAAATTAGTAAATAAATGAACAGA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACATAATGAAGCCCTGTCTCAAAAATTAGTAAATAAATGAACAGA  1039

seq1  TGTTAATTAAAAATAAAGAAGTCAAACTGGTAAGCTGGCTTCATGCTACT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATTAAAAATAAAGAAGTCAAACTGGTAAGCTGGCTTCATGCTACT  1089

seq1  ACAACAGAATAAAACGGTGTGCGGGAGGGGCTGAGAGACAGCTCAATGGT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGAATAAAACGGTGTGCGGGAGGGGCTGAGAGACAGCTCAATGGT  1139

seq1  TAAGAGCACTCTTGCTCTTGTAGAGAATTC  1169
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCACTCTTGCTCTTGTAGAGAATTC  1169

seq1: chr5_118852680_118853805
seq2: B6Ng01-002L16.g_70_1206

seq1  GAATTCTTCACAGAGAGCAGGAGCCTAACTGGCAGGGCACAAAAGGTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACAGAGAGCAGGAGCCTAACTGGCAGGGCACAAAAGGTTGG  50

seq1  AAAATGGGGTTAGCTACTCCTGGGGATGGGTGTCTCCTGTTGCTGTGATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGGTTAGCTACTCCTGGGGATGGGTGTCTCCTGTTGCTGTGATA  100

seq1  AAATACTCTGACCAAAGCAACTTCAGGGAGAAAGGATTTATTTTGCTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTCTGACCAAAGCAACTTCAGGGAGAAAGGATTTATTTTGCTCAG  150

seq1  AGTTGCAAGTTACAATCCATCACGGTTGGGAAGTCACTGCGGCAGGAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAAGTTACAATCCATCACGGTTGGGAAGTCACTGCGGCAGGAGCC  200

seq1  TGAGGGAGTTGGTCACATCACATCCTCACATCCGGCCACAGTTAGGAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAGTTGGTCACATCACATCCTCACATCCGGCCACAGTTAGGAAGC  250

seq1  AGAGAGCTATGGGTGCAGGCCACTGCTCAGCCCCCTGTTGCTTTTATACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTATGGGTGCAGGCCACTGCTCAGCCCCCTGTTGCTTTTATACA  300

seq1  GTCCAGGATCCCAGCCAGGGGATGGCACCACCCACAGTGGGCAGGTCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGGATCCCAGCCAGGGGATGGCACCACCCACAGTGGGCAGGTCTTC  350

seq1  CTACCTCAGAGAACAAAATCAAGATGATCCCCTGCAAGCATGCCTAGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCAGAGAACAAAATCAAGATGATCCCCTGCAAGCATGCCTAGGGG  400

seq1  TCATCTCCTGGGAGATTCCCTGGATCCTGTCAAGTTGGTGGTTCATTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTCCTGGGAGATTCCCTGGATCCTGTCAAGTTGGTGGTTCATTCCA  450

seq1  ACCATTGCAGGGTAAGAGAGTTCAATCCGTGCACAACTTGCACAGCATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGCAGGGTAAGAGAGTTCAATCCGTGCACAACTTGCACAGCATGC  500

seq1  TAAAGACAACATGCTAAAGACCTTCAGACTCTGCATTTGAAGAGATGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACAACATGCTAAAGACCTTCAGACTCTGCATTTGAAGAGATGCAT  550

seq1  GTTAGGGTGCAAAGATTAAATGTCAATAAAGAGGTTATAGAAACAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGGTGCAAAGATTAAATGTCAATAAAGAGGTTATAGAAACAAAAAA  600

seq1  GCAGTAAGCAGCATTAAACGGATGCTTGAGAAGTAGGAATCACGGACAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAGCAGCATTAAACGGATGCTTGAGAAGTAGGAATCACGGACAGG  650

seq1  TTCCGAGTATGCATCTGCCTTCCA-TTTGTATAGCCCACTCTTTGTGCAT  699
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGAGTATGCATCTGCCTTCCATTTTGTATAGCCCACTCTTTGTGCAT  700

seq1  GTACATGTACACACGTGTGCATGTGTGCACACACTCTCATGTGCCTTCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATGTACACACGTGTGCATGTGTGCACACACTCTCATGTGCCTTCTG  750

seq1  TACATCTATGGTATACCACCTACAGATGGTGTCA-TTACCTGTTCCTGCT  798
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACATCTATGGTATACCACCTACAGATGGTGTCATTTACCTGTTCCTGCT  800

seq1  ACCCATGGCAGGTGGCTCCTAGTTGTCTGTCATTCCAGCTCCAAGGGGAT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACCCATGGCAGGTGGCTCCTAGTTGTCTGTCATTTCAGCTCCAAGGGGAT  850

seq1  C-TGTCCAGGGGATCTCT-GGCCTCTGTATGCACCTGTATTCCTGTGCAG  896
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCAGGGGATCTCTGGGCCTCTGTATGCACCTGTATTCCTGTGCAG  900

seq1  ATACCCACAGGCTGGCACACCAACCTATGCATAATCAAAAAATAATAAAA  946
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||
seq2  ATACCCACAGGCTGGCACACCAATCTATGCATATTC-AAAAATTATAAAA  949

seq1  GTGAAA-GGCAGAGAGCAATAAAGGAAGATGCT-GGATTCCCACCTCTGG  994
      |||||| | ||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||
seq2  GTGAAACGTCAGAGAGCATTAAAGGAGGATGCTGGGATTCTCACCTCTGG  999

seq1  CCTCCACACTTACATGCCT-GGTATGCTCACCTCCAGCACAC-ATATTCC  1042
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| 
seq2  CCTCCACACTTACATGCCTGGGTATGCTCACCTCCAGCACACAATTTTCT  1049

seq1  TCTAAAAAAAAGTTGACTTTAGGCTGGGCA-GTGGTGCCGCACACC-TTT  1090
      ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||
seq2  TCTTAAAAAAAGTTGACTTTAGGCTGGGCAGGTGGTGCCGCCCACCTTTT  1099

seq1  AATCCCAGCAC--TTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTT  1126
      | ||||||| |  | |||||||||| |   ||||||||
seq2  ATTCCCAGCCCCTTGGGGAGGCAGAAGACAGTGGATTT  1137