BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003N06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 151,990,944 - 152,116,677
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStard13, LOC630708
Upstream geneLOC667470, Fry, LOC100042068, Gm5, XM_359419, Brca2, B230342M21Rik, BC037393, Aprin, LOC100040180, Kl, LOC667510
Downstream geneLOC625175, LOC100042166, EG435877, EG632649, EG632671, Rfc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003N06.bB6Ng01-003N06.g
ACCDH841419DH841420
length1,1071,139
definitionDH841419|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003N06, 5' end.DH841420|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003N06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,990,944 - 151,992,067)(152,115,530 - 152,116,677)
sequence
gaattcattggctccaatcattccattaccccattaaaaacaaaacaaac
aaccaaaaaaaacaaaaacaaaaacaaacaaacaaacaaaaaaaaaaacc
aaggaacctcctcacattttctaagtatgaaaaaaataaaacacagaaat
acggtgtccatatataagaatgacccactttcaccaagaatggtaattca
cccaaaacaaccattatcccaaaggaacatgtcaatgactaacaatacat
ataaagaagattggaaacttccagtgtccataggattatatacctaatgc
ccaatacactcccattgtaagtagtttctcaatagaagatggagctggtt
cttattctcaactgaatgtatttttaaatcgagccacagggaatactttt
gtttccattcaagtgagacttgcacacagagttcatggagtgacttaata
tccttcctgcaatcatactggtatgccgcgccagtatccttcacacatag
ccagttcctgaaccttcgcaaacaaatgcccatttccaaggaaacaatct
cattaaatgtcgctgctagaatgtgtattgttccttttggagacattaca
gtgagatcttttaagattacagactttaacttcccctctaaaattcaata
taatctcaaattcatttatctaactgggaacggtattttcataatagctc
ttgaaaattcctggtagggccaatgtaatagtttagttaggtttgtagtt
aagagctaggtgactatttactgactgtggatggatgtgtctgtctctta
aatgggtatcttcaaatttgtaccacacagggcatgtcataagctttaag
ccttaaaaaaaaatccatgagttttattaatgtttgaggtacaagagttt
ttaatgttttcccttgagataagaaaggatcacttagcagcttgtatcag
tactgtcaacctgccttagaaacagtgctcctagtggtgtgtagcatagg
cttttgtttgaggtgaagagtcacatttatcctttagcagaacggtgtca
caatcagtggtgactatgcaacaagcacttgacagaagaactgtattcag
ttgtcag
gaattcttctttcttagccactctgtaccttatatcaacatacccaaatt
ttatttatttctttcatccttatggactatttaaaatatgttactatctc
cctccagctatcaggcatgtagaaaacataactggtaatgtttttaacct
tcgtatgatctttcacatacatcaatgaaatgataactgccaatgtcaga
tgattttagcccagggttgttgaaacagcatctctactataaagagcagc
tgcaaagatccccaacactgtgcttggagaggattaagagagtctggtgg
attagctgtttgatctctcctaccagcctgggacagacagactatcagta
tttacattttctgagtggaagcaccaagtattagggaagataacttgcaa
aaagtcacatagctaaacgatatgaggagataagtgttttatttcctaaa
aggtcgtttttaaaaaatgattgtcttagagttttactgctgtgaacaga
cactatgaccaaggcaagtcttaaaaaggacaacatttaattggggctgg
cttacaggttcagaggttcatcccattatcatcaaggcagaagcatggca
gcattcaggcaggcatggtacaggaggagctgagagttctacatcttcat
ctgaaggctgctagtggaagacaaacttccaggcagctagggtgagggtc
ttaattccacgcccacagtgacaaacctactccaacaaggccacacctcc
aaatagtacaactccttgggccaagcatatacaaacaaaccatcacaata
ataagtgattatattaagcaagtgcaaaaataaagtggttttgctttagt
aactggctccccagcagaagcctcatgtgttcaatgacgccattagaaca
gtctgaacagattgttcatggaataaatgtctcaaagatcagagcgttca
gttcacacgagggctgttcagatgtcctgatactctttctggcagacagt
gtgtaggaagggatgagtaaggatggtacctcagagacgggtgagccgtg
atgaaggtgaagaaatctattgataacaggctatggagacaaaccatgca
gatacatagctggaatgtaatcttatttggagaatggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_151990944_151992067
seq2: B6Ng01-003N06.b_50_1156

seq1  GAATTCATTGGCTCCAATCATTCCATTACCCCATTAAAAACAAAACAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGCTCCAATCATTCCATTACCCCATTAAAAACAAAACAAAC  50

seq1  AACCAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAAAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAACAAACAAACAAAAAAAAAAACC  100

seq1  AAGGAACCTCCTCACATTTTCTAAGTATGAAAAAAATAAAACACAGAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACCTCCTCACATTTTCTAAGTATGAAAAAAATAAAACACAGAAAT  150

seq1  ACGGTGTCCATATATAAGAATGACCCACTTTCACCAAGAATGGTAATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGTCCATATATAAGAATGACCCACTTTCACCAAGAATGGTAATTCA  200

seq1  CCCAAAACAACCATTATCCCAAAGGAACATGTCAATGACTAACAATACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAACAACCATTATCCCAAAGGAACATGTCAATGACTAACAATACAT  250

seq1  ATAAAGAAGATTGGAAACTTCCAGTGTCCATAGGATTATATACCTAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAAGATTGGAAACTTCCAGTGTCCATAGGATTATATACCTAATGC  300

seq1  CCAATACACTCCCATTGTAAGTAGTTTCTCAATAGAAGATGGAGCTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATACACTCCCATTGTAAGTAGTTTCTCAATAGAAGATGGAGCTGGTT  350

seq1  CTTATTCTCAACTGAATGTATTTTTAAATCGAGCCACAGGGAATACTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCTCAACTGAATGTATTTTTAAATCGAGCCACAGGGAATACTTTT  400

seq1  GTTTCCATTCAAGTGAGACTTGCACACAGAGTTCATGGAGTGACTTAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATTCAAGTGAGACTTGCACACAGAGTTCATGGAGTGACTTAATA  450

seq1  TCCTTCCTGCAATCATACTGGTATGCCGCGCCAGTATCCTTCACACATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTGCAATCATACTGGTATGCCGCGCCAGTATCCTTCACACATAG  500

seq1  CCAGTTCCTGAACCTTCGCAAACAAATGCCCATTTCCAAGGAAACAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCTGAACCTTCGCAAACAAATGCCCATTTCCAAGGAAACAATCT  550

seq1  CATTAAATGTCGCTGCTAGAATGTGTATTGTTCCTTTTGGAGACATTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAATGTCGCTGCTAGAATGTGTATTGTTCCTTTTGGAGACATTACA  600

seq1  GTGAGATCTTTTAAGATTACAGACTTTAACTTCCCCTCTAAAATTCAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATCTTTTAAGATTACAGACTTTAACTTCCCCTCTAAAATTCAATA  650

seq1  TAATCTCAAATTCATTTATCTAACTGGGAACGGTATTTTCATAATAGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTCAAATTCATTTATCTAACTGGGAACGGTATTTTCATAATAGCTC  700

seq1  TTGAAAATTCCTGGTAGGGCCAATGTAATAGTTTAGTTAGGTTTGTAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATTCCTGGTAGGGCCAATGTAATAGTTTAGTTAGGTTTGTAGTT  750

seq1  AAGAGCTAGGTGACTATTTACTGACTGTGGATGGATGTGTCTGTCTCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTAGGTGACTATTTACTGACTGTGGATGGATGTGTCTGTCTCTTA  800

seq1  AATGGGTATCTTCAAATTTGTACCACACAGGGCATGTCATAAGCTTTAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGTATCTTCAAATTTGTACCACACAGGGCATGTCATAAGCTTTAAG  850

seq1  CCTTAAAAAAAAAATCCATGAGTTTTATTAATGTTTGAGGTACAAGAGTT  900
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTT-AAAAAAAAATCCATGAGTTTTATTAATGTTTGAGGTACAAGAGTT  899

seq1  TTTAATGTTTTCCCTTGAGAATAGAAAAGGATCACTTAGCAGCCTGTAAT  950
      ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TTTAATGTTTTCCCTTGAG-ATAAGAAAGGATCACTTAGCAGCTTGT-AT  947

seq1  CAGTACTGTCAACCTGCCTTAGGAAACCAGTGCTCCTAAGTGTGTGTAGT  1000
      ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||   |||||||| 
seq2  CAGTACTGTCAACCTGCCTTAG--AAACAGTGCTCCTAGTGGTGTGTAG-  994

seq1  CATAGGCTCTGTTTTGAGGTGAAGAGTCACATTTATCCTTTAGCAAGAAA  1050
      |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||   | |
seq2  CATAGGCTTTTGTTTGAGGTGAAGAGTCACATTTATCCTTTAGC---AGA  1041

seq1  ACGGTGTCAACAAATCAGTGGTGACTATGCACACAAGCACACTGACAGGA  1100
      |||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||
seq2  ACGGTGTCA--CAATCAGTGGTGACTATGCA-ACAAGCAC-TTGACA-GA  1086

seq1  AGAGACTGTAATTCAAGTTGTCAG  1124
      ||| ||||| |||| |||||||||
seq2  AGA-ACTGT-ATTC-AGTTGTCAG  1107

seq1: chr5_152115530_152116677
seq2: B6Ng01-003N06.g_70_1208 (reverse)

seq1  TTCCATCTTTCCAAATAAGATTTACATCTCCAGGTATGTTATCTGCATGG  50
      |||||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||
seq2  TTCCAT-TCTCCAAATAAGA-TTACAT-TCCAGCTATG-TATCTGCATGG  46

seq1  TTTTGTCTTCCATAAGGCTGTTTATCAATAGATTTCTTCACC-TCATCAC  99
       |||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -TTTGTC-TCCAT-AGCCTG-TTATCAATAGATTTCTTCACCTTCATCAC  92

seq1  GGCTCACCCCTTCTCCTGA-GTACCATCCTTACTTCATCCCTTCCTACAC  148
      |||||| ||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGCTCA-CCCGTCT-CTGAGGTACCATCCTTAC-TCATCCCTTCCTACAC  139

seq1  ACTGTCTGCCAG-AAGAGTATCAGGACATCTGAACAGCCCTCGTGGTGAA  197
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTGTCTGCCAGAAAGAGTATCAGGACATCTGAACAGCCCTCGT-GTGAA  188

seq1  CTGAACGCTCTGATCTTTGAGACATTTATTCCATG-ACAATCTGTTCAGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGAACGCTCTGATCTTTGAGACATTTATTCCATGAACAATCTGTTCAGA  238

seq1  CTGTTCTAATGGCGTCATTGAACACATGAGGCTTTCTGCTGGGGAGCCAG  296
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTAATGGCGTCATTGAACACATGAGGC-TTCTGCTGGGGAGCCAG  287

seq1  TTACTAAAGCAAAACCACTTTATTTTTGCACTTGCTTAATATAATCACTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAAGCAAAACCACTTTATTTTTGCACTTGCTTAATATAATCACTT  337

seq1  ATTATTGTGATGGTTTGTTTGTATATGCTTGGCCCAAGGAGTTGTACTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGTGATGGTTTGTTTGTATATGCTTGGCCCAAGGAGTTGTACTAT  387

seq1  TTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTTTGTCACTGTGGGCGTGGAATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGGTTTGTCACTGTGGGCGTGGAATT  437

seq1  AAGACCCTCACCCTAGCTGCCTGGAAGTTTGTCTTCCACTAGCAGCCTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCTCACCCTAGCTGCCTGGAAGTTTGTCTTCCACTAGCAGCCTTC  487

seq1  AGATGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGTACCATGCCTGCCTGAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGTACCATGCCTGCCTGAAT  537

seq1  GCTGCCATGCTTCTGCCTTGATGATAATGGGATGAACCTCTGAACCTGTA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCATGCTTCTGCCTTGATGATAATGGGATGAACCTCTGAACCTGTA  587

seq1  AGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTTTTAAGACTTGCCTTGGTCATAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTCCTTTTTAAGACTTGCCTTGGTCATAG  637

seq1  TGTCTGTTCACAGCAGTAAAACTCTAAGACAATCATTTTTTAAAAACGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGTTCACAGCAGTAAAACTCTAAGACAATCATTTTTTAAAAACGAC  687

seq1  CTTTTAGGAAATAAAACACTTATCTCCTCATATCGTTTAGCTATGTGACT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGAAATAAAACACTTATCTCCTCATATCGTTTAGCTATGTGACT  737

seq1  TTTTGCAAGTTATCTTCCCTAATACTTGGTGCTTCCACTCAGAAAATGTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAGTTATCTTCCCTAATACTTGGTGCTTCCACTCAGAAAATGTA  787

seq1  AATACTGATAGTCTGTCTGTCCCAGGCTGGTAGGAGAGATCAAACAGCTA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGATAGTCTGTCTGTCCCAGGCTGGTAGGAGAGATCAAACAGCTA  837

seq1  ATCCACCAGACTCTCTTAATCCTCTCCAAGCACAGTGTTGGGGATCTTTG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCAGACTCTCTTAATCCTCTCCAAGCACAGTGTTGGGGATCTTTG  887

seq1  CAGCTGCTCTTTATAGTAGAGATGCTGTTTCAACAACCCTGGGCTAAAAT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTCTTTATAGTAGAGATGCTGTTTCAACAACCCTGGGCTAAAAT  937

seq1  CATCTGACATTGGCAGTTATCATTTCATTGATGTATGTGAAAGATCATAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGACATTGGCAGTTATCATTTCATTGATGTATGTGAAAGATCATAC  987

seq1  GAAGGTTAAAAACATTACCAGTTATGTTTTCTACATGCCTGATAGCTGGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTAAAAACATTACCAGTTATGTTTTCTACATGCCTGATAGCTGGA  1037

seq1  GGGAGATAGTAACATATTTTAAATAGTCCATAAGGATGAAAGAAATAAAT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATAGTAACATATTTTAAATAGTCCATAAGGATGAAAGAAATAAAT  1087

seq1  AAAATTTGGGTATGTTGATATAAGGTACAGAGTGGCTAAGAAAGAAGAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTGGGTATGTTGATATAAGGTACAGAGTGGCTAAGAAAGAAGAAT  1137

seq1  TC  1148
      ||
seq2  TC  1139