BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003O08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 44,277,890 - 44,412,663
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd38, EG665989, EG665994, LOC100040677, EG384179, Fgfbp1, Prom1
Upstream geneLOC433883, EG665934, Cpeb2, C1qtnf7, 4833430A08Rik, 5730509K17Rik, Fbxl5, Bst1
Downstream geneLOC100041413, Tapt1, LOC100040717, LOC545747, Ldb2, LOC100041481
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003O08.bB6Ng01-003O08.g
ACCDH841466DH841467
length1,077962
definitionDH841466|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003O08, 5' end.DH841467|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003O08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,411,580 - 44,412,663)(44,277,890 - 44,278,851)
sequence
gaattcttttcatcatggtgttttatcacatcagtagaaagtaaaccaag
acaatatcttgatggtgtgcctcaaggcttattgcctaggtgattctaga
gcctgtgaaattggcaggatggatctccatagttacacttccttcttata
tttcctatgtgtacttctatagatagatagatagatagatagatagatag
atagatagatagatagatagatagacagatagataattacatacataatt
ctatctcaaaattagttctgagctgatcccagatcccaggctctagacca
tgtgagacgacaggtgacgcaacactctaaatgttctataagcattttct
aactctttgtttatggaaggtcaaggtatttttaaccccaaagcactgga
gatggcgggtccactgtgtatgcgggtccactgtgtatgcgggtccactg
agtaggaactcccaggtctcactcatgtcgcttgtgtttccagtggggtt
ggattcggcttccttttttgctggatattgatgatccttgtggttcttac
gtttgttgttggtgcaaatgtggaaaagttgctctgcgaaccttatgaaa
acaagaaattattacaggtaaatatgatttttttatttttatgggaggct
tggacagattcttgggtctcaccatatcttgtgggttatatgaactgaaa
aactattttgctctcactcaacaagttgaaattctgcttgtaatagcttg
tgtacatatacacacatacatacacacatacaaacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacagagtagtaggcttaccctgg
tgagatatcaaggaggcacagttaagagtagaatttcagctttgctttcc
caaagaccgactcacaaagactccaggactctgtctgtacttaaactttc
ttcattaatatagaagtttggttcatatgtctggcttctagtgtttttct
ataagatctgattgtgtgtgcatgtgcgtgcctgtggcgttgtgtgtttg
tatgggtggagtccgaggtcaatgtca
gaattcacctcacccttgaatgagccccctaattgattacctaatacaaa
atggtcattactgaaataatttagtcccaagccacactaaatgtgctcaa
caggtatatataaagagagagagggagggagagagagagagagagagaga
gagagagagaaatattctgtgaatatcttatttccaaataagaatacaat
cagagatagtggggtaaggtttgaacatcttggtgaggacgcagttcaac
ccaccacactgggtatgccaattaaatgttttggagctatattcaataga
gctcaaaaaaagactttaagtgagagatgtataatatctatataatgaga
tacccagaagtgtggtgacttcagggttagcttagcggatcagtgagagt
caggctctttgtttctagtctttcatctcctggggcatcttttatcctca
agcctttgtcaaaaaatggctgcagcaattctaaccactgtgtgctcaca
taatcacatctcgagtaaaaaagatcaggaggactggcattcattttggg
actcctctcattccataacaatgtctttccaggaatcctttcttcactct
tctgcattctccttaaattttcgttggccggaagtggcctgcatggctaa
cccgaggcgtaaggaggtggttcaagaagtgtttgatattctgagatctt
ctgtggagacatgttatccaaacagagaagaggggtgaagacatttgttt
tggttagggccagctgtgctgggcatgtcacatgtggacacagcactgaa
atgtactctccacacctgcagagtccagtctctttgcacaatctctccga
gtgctctctggaccggtgacactggctttggctccatttccctgatcgct
aagccagctgatcatcttctatccatcactggtcattatgacattcttct
gcttggccgtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_44411580_44412663
seq2: B6Ng01-003O08.b_44_1120 (reverse)

seq1  TGACATTGACCTCGGACCTCCAACCATACAAACACACAAACAGCACAAAC  50
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||  ||||   
seq2  TGACATTGACCTCGGA-CTCCACCCATACAAACACAC-AACGCCACA---  45

seq1  AGCACGCACATGCACACACAAATCAGAATCTATAGAAAAACACTAGAAAG  100
       |||||||||||||||||| |||||||   |||||||||||||||| |||
seq2  GGCACGCACATGCACACAC-AATCAGATCTTATAGAAAAACACTAG-AAG  93

seq1  CCAGACATATGAACCAAACTTCTATATTAATGAAGAAAGTTTAAGTACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACATATGAACCAAACTTCTATATTAATGAAGAAAGTTTAAGTACAG  143

seq1  ACAGAGTCCTGGAGTCTTTGTGAGTCGGTCTTTGGGAAAGCAAAGCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCCTGGAGTCTTTGTGAGTCGGTCTTTGGGAAAGCAAAGCTGAA  193

seq1  ATTCTACTCTTAACTGTGCCTCCTTGATATCTCACCAGGGTAAGCCTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTACTCTTAACTGTGCCTCCTTGATATCTCACCAGGGTAAGCCTACT  243

seq1  ACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  293

seq1  TTTGTATGTGTGTATGTATGTGTGTATATGTACACAAGCTATTACAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATGTGTGTATGTATGTGTGTATATGTACACAAGCTATTACAAGCA  343

seq1  GAATTTCAACTTGTTGAGTGAGAGCAAAATAGTTTTTCAGTTCATATAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAACTTGTTGAGTGAGAGCAAAATAGTTTTTCAGTTCATATAAC  393

seq1  CCACAAGATATGGTGAGACCCAAGAATCTGTCCAAGCCTCCCATAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGATATGGTGAGACCCAAGAATCTGTCCAAGCCTCCCATAAAAAT  443

seq1  AAAAAAATCATATTTACCTGTAATAATTTCTTGTTTTCATAAGGTTCGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCATATTTACCTGTAATAATTTCTTGTTTTCATAAGGTTCGCA  493

seq1  GAGCAACTTTTCCACATTTGCACCAACAACAAACGTAAGAACCACAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACTTTTCCACATTTGCACCAACAACAAACGTAAGAACCACAAGGA  543

seq1  TCATCAATATCCAGCAAAAAAGGAAGCCGAATCCAACCCCACTGGAAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAATATCCAGCAAAAAAGGAAGCCGAATCCAACCCCACTGGAAACA  593

seq1  CAAGCGACATGAGTGAGACCTGGGAGTTCCTACTCAGTGGACCCGCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGACATGAGTGAGACCTGGGAGTTCCTACTCAGTGGACCCGCATAC  643

seq1  ACAGTGGACCCGCATACACAGTGGACCCGCCATCTCCAGTGCTTTGGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGACCCGCATACACAGTGGACCCGCCATCTCCAGTGCTTTGGGGT  693

seq1  TAAAAATACCTTGACCTTCCATAAACAAAGAGTTAGAAAATGCTTATAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATACCTTGACCTTCCATAAACAAAGAGTTAGAAAATGCTTATAGA  743

seq1  ACATTTAGAGTGTTGCGTCACCTGTCGTCTCACATGGTCTAGAGCCTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGAGTGTTGCGTCACCTGTCGTCTCACATGGTCTAGAGCCTGGG  793

seq1  ATCTGGGATCAGCTCAGAACTAATTTTGAGATAGAATTATGTATGTAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGATCAGCTCAGAACTAATTTTGAGATAGAATTATGTATGTAATT  843

seq1  ATCTATCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTGTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  893

seq1  CTATCTATCTATCTATAGAAGTACACATAGGAAATATAAGAAGGAAGTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTATCTATAGAAGTACACATAGGAAATATAAGAAGGAAGTGT  943

seq1  AACTATGGAGATCCATCCTGCCAATTTCACAGGCTCTAGAATCACCTAGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATGGAGATCCATCCTGCCAATTTCACAGGCTCTAGAATCACCTAGG  993

seq1  CAATAAGCCTTGAGGCACACCATCAAGATATTGTCTTGGTTTACTTTCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGCCTTGAGGCACACCATCAAGATATTGTCTTGGTTTACTTTCTA  1043

seq1  CTGATGTGATAAAACACCATGATGAAAAGAATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTGATAAAACACCATGATGAAAAGAATTC  1077

seq1: chr5_44277890_44278851
seq2: B6Ng01-003O08.g_68_1029

seq1  GAATTCACCTCACCCTTGAATGAGCCCCCTAATTGATTACCTAATACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTCACCCTTGAATGAGCCCCCTAATTGATTACCTAATACAAA  50

seq1  ATGGTCATTACTGAAATAATTTAGTCCCAAGCCACACTAAATGTGCTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATTACTGAAATAATTTAGTCCCAAGCCACACTAAATGTGCTCAA  100

seq1  CAGGTATATATAAAGAGAGAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTATATATAAAGAGAGAGAGGGAGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  150

seq1  GAGAGAGAGAAATATTCTGTGAATATCTTATTTCCAAATAAGAATACAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAAATATTCTGTGAATATCTTATTTCCAAATAAGAATACAAT  200

seq1  CAGAGATAGTGGGGTAAGGTTTGAACATCTTGGTGAGGACGCAGTTCAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAGTGGGGTAAGGTTTGAACATCTTGGTGAGGACGCAGTTCAAC  250

seq1  CCACCACACTGGGTATGCCAATTAAATGTTTTGGAGCTATATTCAATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACACTGGGTATGCCAATTAAATGTTTTGGAGCTATATTCAATAGA  300

seq1  GCTCAAAAAAAGACTTTAAGTGAGAGATGTATAATATCTATATAATGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAAAAAGACTTTAAGTGAGAGATGTATAATATCTATATAATGAGA  350

seq1  TACCCAGAAGTGTGGTGACTTCAGGGTTAGCTTAGCGGATCAGTGAGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAGAAGTGTGGTGACTTCAGGGTTAGCTTAGCGGATCAGTGAGAGT  400

seq1  CAGGCTCTTTGTTTCTAGTCTTTCATCTCCTGGGGCATCTTTTATCCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCTTTGTTTCTAGTCTTTCATCTCCTGGGGCATCTTTTATCCTCA  450

seq1  AGCCTTTGTCAAAAAATGGCTGCAGCAATTCTAACCACTGTGTGCTCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGTCAAAAAATGGCTGCAGCAATTCTAACCACTGTGTGCTCACA  500

seq1  TAATCACATCTCGAGTAAAAAAGATCAGGAGGACTGGCATTCATTTTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACATCTCGAGTAAAAAAGATCAGGAGGACTGGCATTCATTTTGGG  550

seq1  ACTCCTCTCATTCCATAACAATGTCTTTCCAGGAATCCTTTCTTCACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCTCATTCCATAACAATGTCTTTCCAGGAATCCTTTCTTCACTCT  600

seq1  TCTGCATTCTCCTTAAA-TTTCGTTGGCCGGAAGTGGCCTGCATGGCTAA  649
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTCTCCTTAAATTTTCGTTGGCCGGAAGTGGCCTGCATGGCTAA  650

seq1  CCCGAGGCGTAAGGAGGTGGTTCAAGAAGTGTTTGATATTCTGAGATCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGGCGTAAGGAGGTGGTTCAAGAAGTGTTTGATATTCTGAGATCTT  700

seq1  CTGTGGAGACATGTTATCCAAACAGAGAAGAGGGGTGAAGACATTTG-TT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGTGGAGACATGTTATCCAAACAGAGAAGAGGGGTGAAGACATTTGTTT  750

seq1  TGGTTAGGGCCAGCTGTGCTGGGCATGTCACATGTGGACACAGCACTGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGGGCCAGCTGTGCTGGGCATGTCACATGTGGACACAGCACTGAA  800

seq1  ATGTACTCTCCACACCTGCAGAGTCCAGTCTCCTTGCACGATCTCTCCGA  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  ATGTACTCTCCACACCTGCAGAGTCCAGTCTCTTTGCACAATCTCTCCGA  850

seq1  GTGCTCTCTGGACCGGTGACACTGGCTTTGGCTCCATTTCCCTGATCGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTGCTCTCTGGACCGGTGACACTGGCTTTGGCTCCATTTCCCTGATCGC-  899

seq1  TAGGCCAGCTGATCATCTTCTATCCATTCACTGGTCATTATGAC-TTCTT  947
      || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAGCCAGCTGATCATCTTCTATCCA-TCACTGGTCATTATGACATTCTT  948

seq1  CTGCTTTGCCCGTCT  962
      |||| ||| ||||||
seq2  CTGC-TTGGCCGTCT  962