BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005G21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 37,987,213 - 38,147,545
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk32b, Cytl1
Upstream geneLOC100040278, LOC100040825, Cno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c, Wfs1, Jakmip1, EG330070, Gm1043, LOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988
Downstream geneMsx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik, Clnk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005G21.bB6Ng01-005G21.g
ACCDH842567DH842568
length1,082990
definitionDH842567|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005G21, 5' end.DH842568|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005G21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,987,213 - 37,988,295)(38,146,550 - 38,147,545)
sequence
gaattcaattgaatccaagcaggaaactgacagaacaagaggtccctgtc
actgggagactgggcatgtgggttgcttaaccacatgctcttaattggag
ccactggatagacaacatggtgacaagtgcgggcgaagtcctatggtcaa
atttgagaaaaatgtagcatctaatgaagtgactacaatctttcaagtgc
ctccctcacaagagctgtgttaggtaatactgctcacactgctgtctgct
ctcactgctgtctgctcacactgtggtctgctctcactgctgtctgctca
cactgctgtctgctcacactgctgtctgctcacactgctgtctgctcaca
ctgctgtctgctcacactgctgtctgctcacactgaggtctgctcacact
gaggtctgctcacactgaggtctgctcacactgctgtctgctcacactga
ggtctgctcacactgctgtctgctcacactgaggtctgctcacactgctg
tctgctcacactgaggtctgctcacactaaggtcagctcacactgaggtc
tgctcacactgctgtctgctcacactgctgtctgctctcactgctgtctg
ctcacactgctgtccccacaaatgccaggatgtgtccctcactttcacta
agaagcatgcacaccatgtcctcatagctcttgacccactgcagaaaggt
cttgtgggacttgtgtgccattatgtgttcctgaaataaatagatagttc
agtggtgacttcatataacaagtagcttgctgccatagaaggaaaagcag
tgaaaatcaatgtgagcccctgtgtgtacccatcactcctgggtgtcttt
gtgttggatcctccagtggatggtccaacattttccagtggcgttcagct
gagctagcatcagaagcaagctgatatactgagcagttgagagatttgaa
gactttaatttcttccaagatgctatgctgctttctctttgagccttaat
atcctgcccattacctctcacacattaaaatgccaaatatgaaatactgg
atgctatgcaccgaaatggggaggagaaacgc
gaattcttgcagaggatgcctatgcatcttagtgaagaggatgcccaaac
acagccttcaaagccaacacaaggtgagcctggagggatggcttagcagt
taggagcactcaagttcaattcccagcatccaggtcaggtggcccacaac
tacctgtaaccccagctccaaaggatccgtctttatttggggggcggggg
ggctccctggtgcctgcactcacatgtgcgtatacctacctatacataca
taaactttaaatgatcacaaagtatcctaagcaagcaggatgtcctagta
ggggaagggttagaaagtgctctgtgtgtagtgagcaggcctgagccata
caaacatcattagagagtgggaattggtacagaaggcggtccactagcat
catctatttcagatggggcttgccacatgatgtatacaacaggacctggc
tgactgctcaggagccaccagcagtggtgggaacgtttcaggtgctcatc
agccttggtttctgtttctctaacaagtgtcaagttgaagaacaaaagtc
acgtttacagagatgatcctgacttgaagagtcccgagtacaaacagggc
tatacagaggttgggggccagactgtttgccttcttacaccctgatgatg
agtcccaagccctaccctgggctaggcgctccaccatggtttcttctggg
ttacaggctatgcctgtgtcacagcttctgcacagagcttttcagtaagc
gtgacatatcaacctccacactcctggcgtgcagacagaatgactctttg
cacatcaagtgtatggcctgtggcctggcactcagtagttattcgataaa
gccagccatgtttgctctgattggtcttctctgggttgaccctgcattgc
ctccaattaacacactgcttgtgttcagtcccatgatgcttcttcatctt
gccatctgagcagaagggaccagccctgtgtgccacacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_37987213_37988295
seq2: B6Ng01-005G21.b_42_1124

seq1  GGAATTCAATTGAATCCAAGCAGGAAACTGACAGAACAAGAGGTCCCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAATTGAATCCAAGCAGGAAACTGACAGAACAAGAGGTCCCTGT  50

seq1  CACTGGGAGACTGGGCATGTGGGTTGCTTAACCACATGCTCTTAATTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAGACTGGGCATGTGGGTTGCTTAACCACATGCTCTTAATTGGA  100

seq1  GCCACTGGATAGACAACATGGTGACAAGTGCGGGCGAAGTCCTATGGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGGATAGACAACATGGTGACAAGTGCGGGCGAAGTCCTATGGTCA  150

seq1  AATTTGAGAAAAATGTAGCATCTAATGAAGTGACTACAATCTTTCAAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAGAAAAATGTAGCATCTAATGAAGTGACTACAATCTTTCAAGTG  200

seq1  CCTCCCTCACAAGAGCTGTGTTAGGTAATACTGCTCACACTGCTGTCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCACAAGAGCTGTGTTAGGTAATACTGCTCACACTGCTGTCTGC  250

seq1  TCTCACTGCTGTCTGCTCACACTGTGGTCTGCTCTCACTGCTGTCTGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTGCTGTCTGCTCACACTGTGGTCTGCTCTCACTGCTGTCTGCTC  300

seq1  ACACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCAC  350

seq1  ACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACAC  400

seq1  TGAGGTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTG  450

seq1  AGGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACACTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACACTGCT  500

seq1  GTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACACTAAGGTCAGCTCACACTGAGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTCACACTGAGGTCTGCTCACACTAAGGTCAGCTCACACTGAGGT  550

seq1  CTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCTCACTGCTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACACTGCTGTCTGCTCACACTGCTGTCTGCTCTCACTGCTGTCT  600

seq1  GCTCACACTGCTGTCCCCACAAATGCCAGGATGTGTCCCTCACTTTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACACTGCTGTCCCCACAAATGCCAGGATGTGTCCCTCACTTTCACT  650

seq1  AAGAAGCATGCACACCATGTCCTCATAGCTCTTGACCCACTGCAGAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCATGCACACCATGTCCTCATAGCTCTTGACCCACTGCAGAAAGG  700

seq1  TCTTGTGGGACTTGTGTGCCATTATGTGTTCCTGAAATAAATAGATAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGGGACTTGTGTGCCATTATGTGTTCCTGAAATAAATAGATAGTT  750

seq1  CAGTGGTGACTTCATATAACAAGTAGCTTGCTGCCATAGAAGGAAAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTGACTTCATATAACAAGTAGCTTGCTGCCATAGAAGGAAAAGCA  800

seq1  GTGAAAATCAATGTGAGCCCCTGTGTGTACCCATCACTCCTGGGTGTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATCAATGTGAGCCCCTGTGTGTACCCATCACTCCTGGGTGTCTT  850

seq1  TGTGTTGGATCCTCCAGTGGATGGTCCAACATTTTCCAGTGGCGTTCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGATCCTCCAGTGGATGGTCCAACATTTTCCAGTGGCGTTCAGC  900

seq1  TGAGCTAGCATCAGAAGCAAGCTGATATAACTGAGCAGTTGAGAGATATG  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  TGAGCTAGCATCAGAAGCAAGCTGATAT-ACTGAGCAGTTGAGAGATTTG  949

seq1  AAGACTTTAATTTCTTCCAAGATGCTATGCTGCTTTCTCTTTGAGCCTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTTAATTTCTTCCAAGATGCTATGCTGCTTTCTCTTTGAGCCTTA  999

seq1  ATATCCTGCCCA-TACCTCTCACACAATAAAAATGCAAATATGAAATACT  1049
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||   |||||||||||||||
seq2  ATATCCTGCCCATTACCTCTCACACATTAAAATGCCAAATATGAAATACT  1049

seq1  GGATGCTATGCACGGAAATGTGGAGGAGAAACGC  1083
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  GGATGCTATGCACCGAAATGGGGAGGAGAAACGC  1083

seq1: chr5_38146550_38147545
seq2: B6Ng01-005G21.g_69_1058 (reverse)

seq1  TGGTGTGGCAACAACAGGGGCTGGTCCCTTCCTGCTCAGATGGCAAGATG  50
      ||||||||||   ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGCA--CACA-GGGCTGGTCCCTT-CTGCTCAGATGGCAAGATG  46

seq1  AAGAAGGCATCATGGGGACTGAACACAAGCAGTGTGTTAATTGGAGGCAA  100
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAA-GCATCAT-GGGACTGAACACAAGCAGTGTGTTAATTGGAGGCAA  94

seq1  TGCAGGGTCAACCCAGAGAAGACCAATCAGAGCAAACATGGCTGGCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGTCAACCCAGAGAAGACCAATCAGAGCAAACATGGCTGGCTTTA  144

seq1  TCGAATAACTACTGAGTGCCAGGCCACAGGCCATACACTTGATGTGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATAACTACTGAGTGCCAGGCCACAGGCCATACACTTGATGTGCAAA  194

seq1  GAGTCATTCTGTCTGCACGCCAGGAGTGTGGAGGTTGATATGTCACGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCATTCTGTCTGCACGCCAGGAGTGTGGAGGTTGATATGTCACGCTT  244

seq1  ACTGAAAAGCTCTGTGCAGAAGCTGTGACACAGGCATAGCCTGTAACCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGCTCTGTGCAGAAGCTGTGACACAGGCATAGCCTGTAACCCA  294

seq1  GAAGAAACCATGGTGGAGCGCCTAGCCCAGGGTAGGGCTTGGGACTCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAACCATGGTGGAGCGCCTAGCCCAGGGTAGGGCTTGGGACTCATC  344

seq1  ATCAGGGTGTAAGAAGGCAAACAGTCTGGCCCCCAACCTCTGTATAGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGTGTAAGAAGGCAAACAGTCTGGCCCCCAACCTCTGTATAGCCC  394

seq1  TGTTTGTACTCGGGACTCTTCAAGTCAGGATCATCTCTGTAAACGTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTACTCGGGACTCTTCAAGTCAGGATCATCTCTGTAAACGTGACT  444

seq1  TTTGTTCTTCAACTTGACACTTGTTAGAGAAACAGAAACCAAGGCTGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTTCAACTTGACACTTGTTAGAGAAACAGAAACCAAGGCTGATG  494

seq1  AGCACCTGAAACGTTCCCACCACTGCTGGTGGCTCCTGAGCAGTCAGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTGAAACGTTCCCACCACTGCTGGTGGCTCCTGAGCAGTCAGCCA  544

seq1  GGTCCTGTTGTATACATCATGTGGCAAGCCCCATCTGAAATAGATGATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGTTGTATACATCATGTGGCAAGCCCCATCTGAAATAGATGATGC  594

seq1  TAGTGGACCGCCTTCTGTACCAATTCCCACTCTCTAATGATGTTTGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGACCGCCTTCTGTACCAATTCCCACTCTCTAATGATGTTTGTATG  644

seq1  GCTCAGGCCTGCTCACTACACACAGAGCACTTTCTAACCCTTCCCCTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGCCTGCTCACTACACACAGAGCACTTTCTAACCCTTCCCCTACT  694

seq1  AGGACATCCTGCTTGCTTAGGATACTTTGTGATCATTTAAAGTTTATGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATCCTGCTTGCTTAGGATACTTTGTGATCATTTAAAGTTTATGTA  744

seq1  TGTATAGGTAGGTATACGCACATGTGAGTGCAGGCACCAGGGAGCCCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAGGTAGGTATACGCACATGTGAGTGCAGGCACCAGGGAGCCCCCC  794

seq1  CGCCCCCCAAATAAAGACGGATCCTTTGGAGCTGGGGTTACAGGTAGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCCCCAAATAAAGACGGATCCTTTGGAGCTGGGGTTACAGGTAGTTG  844

seq1  TGGGCCACCTGACCTGGATGCTGGGAATTGAACTTGAGTGCTCCTAACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCACCTGACCTGGATGCTGGGAATTGAACTTGAGTGCTCCTAACTG  894

seq1  CTAAGCCATCCCTCCAGGCTCACCTTGTGTTGGCTTTGAAGGCTGTGTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCCATCCCTCCAGGCTCACCTTGTGTTGGCTTTGAAGGCTGTGTTT  944

seq1  GGGCATCCTCTTCACTAAGATGCATAGGCATCCTCTGCAAGAATTC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCCTCTTCACTAAGATGCATAGGCATCCTCTGCAAGAATTC  990