BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-006C07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 51,939,968 - 52,103,873
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpargc1a
Upstream geneLOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265, LOC100041059
Downstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-006C07.bB6Ng01-006C07.g
ACCDH843086DH843087
length9031,104
definitionDH843086|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006C07, 5' end.DH843087|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-006C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,939,968 - 51,940,870)(52,102,750 - 52,103,873)
sequence
gaattcactagacagcagtagcatggcatgggaattaagtctggttaatt
caatgacagcaccaaagctggcctctggggctttaatcacctcgggatgc
accttccattctttttgcccttggcttccaagggggtgttttgtttaatt
tcttccatccaaattctaaactgggatacaagttaagtaccatgtttcca
tgaaggcctccttgattcttccaggtagaaactaacaagaagttttccta
cctctggggtagttacacttgatgagccttagccctcttatagttaacta
tgcccatggttttatcctgtccttatcataggaccgaactgagaaaagtc
tgcaagtgaatttataccttggagtcaccatcagatataatagatatcct
tgcagggtagtggtgacacatgcctttaatcccagcacttgggaggcaga
ggcagaaggatttctaagtttgaggccagcctgttctacagagtgagttt
caggacagccagggctatacagagaaaccctgtctggaaaaacaaaacaa
gacaaaacaagacaaaacaaaacaaaacaaaatggatatccctatgaaaa
actgctcactgagataatagaacccaaggattagactaggaaaacttcct
ccatgcgtactccctgtaagtattataatctgtatcattcatttagcaac
taatgatgcaagtcctctagctcatctctggctctcttgaattgttattt
aaatcatttactttcacttgactttttatgagttccctgacttcatcctt
aacaggtcaaatgcaagttccttgagttaaagaacaaaattcatattatt
tttctatgtgacccttagagctttcactagaaatattttgcaaggtgtgt
gtg
gaattctatatcctgctttatgtgggggctcaaattctcactatgtacaa
ttaatacaattggacatcaccatcaccacgaactgaaacctttgtcttct
aaagtcaattgtctcatcacagatattcccactctcccattacagtgttt
cctctgcagaagaaatgaaggcttagtgaggtaaggaacttgtatcagtg
cactgagctggtgcatagaactgaggttttctggctcagtacacattctt
ggaactagggtgattctttccgtgcaagaattaggatgtaggctcttgct
gagtcaccacatgctacccagggaaattaggaagcagtgaccctgcagcc
tcggagccattcccctgaggacttctgggcctggtagggcttaaactaca
tgtctgtttagagaagtctcccctttctccctgtctgagcattgcccagg
actggcagaggacaagtgcaaataaggaagtgtccttggctgtcatatgt
gctgcctgcgtagcggattgaggactcttgtccactcgaaagatttcttt
gggtgttgcacaagtggccttcccgctgctgcagagtggagtgtacattc
cagtgaccagctttgccaatatgccgggtggcttttgctcttgtggaaca
ctttgtcactgtgtgtcattttgagatgtgcccagtgctcttaaggctca
gaggttcagcaaactgaactcagtatgtgtgatgcctgcaatatctcaga
gctgtggcttgtgctttaggttagatgttgtgtttcacgttcaggcttca
agatgccctttttctggatgaatgaaacctgaaaaggcttgtcagataaa
agggaagtgtgaattctttgctaaacaatccaaactggccattctgaccc
tacatgagcttttgggaagccactatgattctgactatgatgtttatttc
tatacttcatcgtgcttgcagcttagcaggtgttcttttgggagactcat
cacagtacagctcagattagatctagactgaaggttttttaagtggacag
cattgtaaagaattgtgactgagtgacagaaacatctcattgctctctgt
gtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_51939968_51940870
seq2: B6Ng01-006C07.b_47_949

seq1  GAATTCACTAGACAGCAGTAGCATGGCATGGGAATTAAGTCTGGTTAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAGACAGCAGTAGCATGGCATGGGAATTAAGTCTGGTTAATT  50

seq1  CAATGACAGCACCAAAGCTGGCCTCTGGGGCTTTAATCACCTCGGGATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACAGCACCAAAGCTGGCCTCTGGGGCTTTAATCACCTCGGGATGC  100

seq1  ACCTTCCATTCTTTTTGCCCTTGGCTTCCAAGGGGGTGTTTTGTTTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCCATTCTTTTTGCCCTTGGCTTCCAAGGGGGTGTTTTGTTTAATT  150

seq1  TCTTCCATCCAAATTCTAAACTGGGATACAAGTTAAGTACCATGTTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATCCAAATTCTAAACTGGGATACAAGTTAAGTACCATGTTTCCA  200

seq1  TGAAGGCCTCCTTGATTCTTCCAGGTAGAAACTAACAAGAAGTTTTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCTCCTTGATTCTTCCAGGTAGAAACTAACAAGAAGTTTTCCTA  250

seq1  CCTCTGGGGTAGTTACACTTGATGAGCCTTAGCCCTCTTATAGTTAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGGGTAGTTACACTTGATGAGCCTTAGCCCTCTTATAGTTAACTA  300

seq1  TGCCCATGGTTTTATCCTGTCCTTATCATAGGACCGAACTGAGAAAAGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATGGTTTTATCCTGTCCTTATCATAGGACCGAACTGAGAAAAGTC  350

seq1  TGCAAGTGAATTTATACCTTGGAGTCACCATCAGATATAATAGATATCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTGAATTTATACCTTGGAGTCACCATCAGATATAATAGATATCCT  400

seq1  TGCAGGGTAGTGGTGACACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGGTAGTGGTGACACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGA  450

seq1  GGCAGAAGGATTTCTAAGTTTGAGGCCAGCCTGTTCTACAGAGTGAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAGGATTTCTAAGTTTGAGGCCAGCCTGTTCTACAGAGTGAGTTT  500

seq1  CAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAACAAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAAACAAAACAA  550

seq1  GACAAAACAAGACAAAACAAAACAAAACAAAATGGATATCCCTATGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAACAAGACAAAACAAAACAAAACAAAATGGATATCCCTATGAAAA  600

seq1  ACTGCTCACTGAGATAATAGAACCCAAGGATTAGACTAGGAAAACTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTCACTGAGATAATAGAACCCAAGGATTAGACTAGGAAAACTTCCT  650

seq1  CCATGCGTACTCCCTGTAAGTATTATAATCTGTATCATTCATTTAGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCGTACTCCCTGTAAGTATTATAATCTGTATCATTCATTTAGCAAC  700

seq1  TAATGATGCAAGTCCTCTAGCTCATCTCTGGCTCTCTTGAATTGTTATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATGCAAGTCCTCTAGCTCATCTCTGGCTCTCTTGAATTGTTATTT  750

seq1  AAATCATTTACTTTCACTTGACTTTTTATGAGTTCCCTGACTTCATCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATTTACTTTCACTTGACTTTTTATGAGTTCCCTGACTTCATCCTT  800

seq1  AACAGGTCAAATGCAAGTTCCTTGAGTTAAAGAACAAAATTCATATTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGTCAAATGCAAGTTCCTTGAGTTAAAGAACAAAATTCATATTATT  850

seq1  TTTCTATGTGACCCTTAGAGCTTTCACTAGAAATATTTTGCAAGGTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGTGACCCTTAGAGCTTTCACTAGAAATATTTTGCAAGGTGTGT  900

seq1  GTG  903
      |||
seq2  GTG  903

seq1: chr5_52102750_52103873
seq2: B6Ng01-006C07.g_67_1170 (reverse)

seq1  TCACACAGA-AGCCAAATGAGATGCTTCCTTGTCACCTCAGTCCACCATT  49
      ||||||||| |||  ||||||||| |||  ||||| |||||||   || |
seq2  TCACACAGAGAGC--AATGAGATGTTTC--TGTCA-CTCAGTC--ACAAT  43

seq1  TCTCTAACAATGCTGTCCACTTTTAAAAGACCTTCAGGTCTAGATTCTAA  99
      ||| | ||||||||||||||  |||||| ||||||| ||||||| |||||
seq2  TCT-TTACAATGCTGTCCAC--TTAAAAAACCTTCA-GTCTAGA-TCTAA  88

seq1  TCTGAGCTGTACTGTGATGAGTCTCTCAAAAGAACCACCTTGCTAAGCCT  149
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||
seq2  TCTGAGCTGTACTGTGATGAGTCTCCCAAAAGAA-CACC-TGCTAAG-CT  135

seq1  GCAAGCACGGATGAAAGTATTAGAAATAAAACATCATTAGTCAGAATCAT  199
      |||||||| |||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GCAAGCAC-GATG-AAGTA-TAGAAAT-AAACATCA-TAGTCAGAATCAT  180

seq1  AGTGGCTTCCCAAAAGCCTCATGTAGGGTCAGAATGGCCAGTTTGGATTG  249
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTTCCCAAAAG-CTCATGTAGGGTCAGAATGGCCAGTTTGGATTG  229

seq1  TTTTAGCAAAGAATTCACACTTCCCTTTTATCTGACAAGCCTTTTCAGGT  299
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTAGCAAAGAATTCACACTTCCCTTTTATCTGACAAGCCTTTTCAGGT  278

seq1  TTCATTCATCCAG-AAAAGGGCATCTTGAAGCCTGAACGTGAAACACAAC  348
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCATCCAGAAAAAGGGCATCTTGAAGCCTGAACGTGAAACACAAC  328

seq1  ATCTAACCTAAAGCACAAGCCACAGCTCTGAGATATTGCAGGCATCACAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAACCTAAAGCACAAGCCACAGCTCTGAGATATTGCAGGCATCACAC  378

seq1  ATACTGAGTTCAGTTTGCTGAACCTCTGAGCCTTAAGAGCACTGGGCACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGTTCAGTTTGCTGAACCTCTGAGCCTTAAGAGCACTGGGCACA  428

seq1  TCTCAAAATGACACACAGTGACAAAGTGTTCCACAAGAGCAAAAGCCACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAATGACACACAGTGACAAAGTGTTCCACAAGAGCAAAAGCCACC  478

seq1  CGGCATATTGGCAAAGCTGGTCACTGGAATGTACACTCCACTCTGCAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATATTGGCAAAGCTGGTCACTGGAATGTACACTCCACTCTGCAGCA  528

seq1  GCGGGAAGGCCACTTGTGCAACACCCAAAGAAATCTTTCGAGTGGACAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGAAGGCCACTTGTGCAACACCCAAAGAAATCTTTCGAGTGGACAAG  578

seq1  AGTCCTCAATCCGCTACGCAGGCAGCACATATGACAGCCAAGGACACTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCAATCCGCTACGCAGGCAGCACATATGACAGCCAAGGACACTTC  628

seq1  CTTATTTGCACTTGTCCTCTGCCAGTCCTGGGCAATGCTCAGACAGGGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTGCACTTGTCCTCTGCCAGTCCTGGGCAATGCTCAGACAGGGAG  678

seq1  AAAGGGGAGACTTCTCTAAACAGACATGTAGTTTAAGCCCTACCAGGCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGAGACTTCTCTAAACAGACATGTAGTTTAAGCCCTACCAGGCCC  728

seq1  AGAAGTCCTCAGGGGAATGGCTCCGAGGCTGCAGGGTCACTGCTTCCTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCCTCAGGGGAATGGCTCCGAGGCTGCAGGGTCACTGCTTCCTAA  778

seq1  TTTCCCTGGGTAGCATGTGGTGACTCAGCAAGAGCCTACATCCTAATTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGGGTAGCATGTGGTGACTCAGCAAGAGCCTACATCCTAATTCT  828

seq1  TGCACGGAAAGAATCACCCTAGTTCCAAGAATGTGTACTGAGCCAGAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGGAAAGAATCACCCTAGTTCCAAGAATGTGTACTGAGCCAGAAAA  878

seq1  CCTCAGTTCTATGCACCAGCTCAGTGCACTGATACAAGTTCCTTACCTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGTTCTATGCACCAGCTCAGTGCACTGATACAAGTTCCTTACCTCA  928

seq1  CTAAGCCTTCATTTCTTCTGCAGAGGAAACACTGTAATGGGAGAGTGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCCTTCATTTCTTCTGCAGAGGAAACACTGTAATGGGAGAGTGGGA  978

seq1  ATATCTGTGATGAGACAATTGACTTTAGAAGACAAAGGTTTCAGTTCGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTGATGAGACAATTGACTTTAGAAGACAAAGGTTTCAGTTCGTG  1028

seq1  GTGATGGTGATGTCCAATTGTATTAATTGTACATAGTGAGAATTTGAGCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGTGATGTCCAATTGTATTAATTGTACATAGTGAGAATTTGAGCC  1078

seq1  CCCACATAAAGCAGGATATAGAATTC  1124
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATAAAGCAGGATATAGAATTC  1104