BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008E18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 105,785,022 - 105,923,522
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrrc8b
Upstream geneSpp1, Pkd2, BC005561, LOC100042165, LOC100041172, D930016D06Rik, 2310012P17Rik, LOC640963, LOC100041199, LOC666726, C230055K05Rik, LOC100041216, Abcg3, LOC626471, EG545790, 5830443L24Rik, BC057170, Gbp4, LOC675363, LOC626578, Mpa2l, EG634650
Downstream geneLrrc8c, Lrrc8d, LOC100042335, D830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326, LOC626723, LOC546882, LOC671295, 4930458A03Rik, Barhl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008E18.bB6Ng01-008E18.g
ACCDH844599DH844600
length839980
definitionDH844599|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008E18, 5' end.DH844600|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,785,022 - 105,785,857)(105,922,545 - 105,923,522)
sequence
gaattctgtgtccccttccatctagccaggaccaacaacagtgatagtat
ttctaccacatttttttagagaggccctgggttttaatagatcaaacctg
tgcctgaacccagacactattgcatatgccagaaagattttactgaaggg
accctgttatacctgtctcatatgaggctatgccagtgcctggcaaatac
agaagtggatgctcagagtcctctataagagggaacacagggcccccaat
ggagaagctagagaaagcacccaaggagctgaaggggtctgcaaccctat
aggtagaacaacaatatttctacctcttctgtgatagaaataacttttcc
attgaaactactccactgttgattgcatccacctaggttgtcacctgagt
cctcaaatcctctgtgaactttgtgaaaatatatataaatatcaaatctc
caactcagtaaaatccatgtctctgagattgagtctaagatcacaagcac
tcactgaaatggagtaaacctttgacttcctcaaaaattcagtccttaga
ctcaactacacaggatgtggagcctttcatgagatgtttaagtgggaagt
gcagaggtcttgtggctgtaactgctgttcttacaaaatctccccagaca
actcactggccctcccatagtgtgaggagacaccataagtcagtggtcat
ttaacctaaatgacaactcctcagacaccagcatgctgatacttctgatt
ttgaagtcccggggtttaaaactaagaaataagtttctgttatttttatg
ttcatcctttgtgtagggggtttttttaatcctagcact
gaattcaatacgctcagcgaaactcatcccttcttctcctcctcctcagg
ctccaaggagctaagtcgacagcagagggtggtgtagcagaactgtgtga
ggaattcattttgcaagtctgagatgcctgccagccagcattttcctaca
ataagtcagtttgcagggactaaatctgcaacttcgtccccaataaaaca
gaaactgggagcttccttagcaactggaagcaagaccacagtgttaacaa
ctcttcaatagacaggggccctaggctacacagcccagtggaactcacca
ttcctctgagagcaggaatatgcaaagctttaggttaagcctccaaaata
aaagctatgtatgcttcagcatatgcagttttaaaacagtcatttggatg
acatacttataccaaaatgtgtttaaaatttgtgtgtatactggcatgta
cttgcataccaagtattttccagaacattcatgtataaccttcatattag
aaagggcattacagtgctcaaacccccaaaacttcttagaggtgtgacct
tggcagtgttagagtatataaaaggtattgatttggtggaaaatttggtc
tctagcttaaaacccagctgtgctattgactttctgtataatctaacata
cagtccaatatggcactcactttgctgggatgaatttttcatctgttaaa
tggaattcctgcctacttacactttaagcatcagcggcgttcatgatgct
cctgggagatgccctggatattctcagtgatggtagccactgcagatgcc
tttgagagctgggttgcttatgaagtgaagtggggacaggtcctaagtca
gcaatgccccaaggcacagaaaggtgtgtttgtaactgaaggggtgcagc
ttgtttgggaacccgctgggtcctgatgagcaaggaattgggctgtctat
ctggagttcttccagcacacaggctttggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_105785022_105785857
seq2: B6Ng01-008E18.b_47_885

seq1  GAATTCTGTGTCCCCTTCCATCTAGCCAGGACCAACAACAGTGATAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTCCCCTTCCATCTAGCCAGGACCAACAACAGTGATAGTAT  50

seq1  TTCTACCACATTTTTTTAGAGAGGCCCTGGGTTTTAATAGATCAAACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCACATTTTTTTAGAGAGGCCCTGGGTTTTAATAGATCAAACCTG  100

seq1  TGCCTGAACCCAGACACTATTGCATATGCCAGAAAGATTTTACTGAAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAACCCAGACACTATTGCATATGCCAGAAAGATTTTACTGAAGGG  150

seq1  ACCCTGTTATACCTGTCTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTTATACCTGTCTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGGCAAATAC  200

seq1  AGAAGTGGATGCTCAGAGTCCTCTATAAGAGGGAACACAGGGCCCCCAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGGATGCTCAGAGTCCTCTATAAGAGGGAACACAGGGCCCCCAAT  250

seq1  GGAGAAGCTAGAGAAAGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGCTAGAGAAAGCACCCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTAT  300

seq1  AGGTAGAACAACAATATTTCTACCTCTTCTGTGATAGAAATAACTTTTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAACAACAATATTTCTACCTCTTCTGTGATAGAAATAACTTTTCC  350

seq1  ATTGAAACTACTCCACTGTTGATTGCATCCACCTAGGTTGTCACCTGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAACTACTCCACTGTTGATTGCATCCACCTAGGTTGTCACCTGAGT  400

seq1  CCTCAAATCCTCTGTGAACTTTGTGAAAATATATATAAATATCAAATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATCCTCTGTGAACTTTGTGAAAATATATATAAATATCAAATCTC  450

seq1  CAACTCAGTAAAATCCATGTCTCTGAGATTGAGTCTAAGATCACAAGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCAGTAAAATCCATGTCTCTGAGATTGAGTCTAAGATCACAAGCAC  500

seq1  TCACTGAAATGGAGTAAACCTTTGACTTCCTCAAAAATTCAGTCCTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAAATGGAGTAAACCTTTGACTTCCTCAAAAATTCAGTCCTTAGA  550

seq1  CTCAACTACACAGGATGTGGAGCCTTTCATGAGATGTTTAAGTGGGAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTACACAGGATGTGGAGCCTTTCATGAGATGTTTAAGTGGGAAGT  600

seq1  GCAGAGGTCTTGTGGCTGTAACTGCTGTTCTTACAAAATCTCCCCAGACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGTCTTGTGGCTGTAACTGCTGTTCTTACAAAATCTCCCCAGACA  650

seq1  ACTCACTGGCCCTCCCATAGTGTGAGGAGACACCATAAGTCAGTGGTCA-  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTCACTGGCCCTCCCATAGTGTGAGGAGACACCATAAGTCAGTGGTCAT  700

seq1  TTAACCTAAATGACAACTCCTCAGACACCAGCATGCTGATAC-TCTGATT  748
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAACCTAAATGACAACTCCTCAGACACCAGCATGCTGATACTTCTGATT  750

seq1  TTGAAGTCCCGGGGTTTAAAACTAAGAAATAAGTTTCTGTTATTTTTATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTCCCGGGGTTTAAAACTAAGAAATAAGTTTCTGTTATTTTTATG  800

seq1  TTCATCCTTTGTGTAGGGGG-TTTTTTAATCCTAGCACT  836
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCTTTGTGTAGGGGGTTTTTTTAATCCTAGCACT  839

seq1: chr5_105922545_105923522
seq2: B6Ng01-008E18.g_68_1047 (reverse)

seq1  GCCAAAGCCTTGTGT-CTGGAAGAGC-CCAGATCAGCAGCCACATTTCCT  48
      ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||   ||||| || |||||
seq2  GCCAAAGCC-TGTGTGCTGGAAGAACTCCAGATAGACAGCC-CAATTCCT  48

seq1  GCCTCACCAGG-CCCAGCGTGTTCCCCAACAAGCTGCACCCCTTTCAGTT  97
        |||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  TGCTCATCAGGACCCAGCGGGTTCCCAAACAAGCTGCACCCC-TTCAGTT  97

seq1  ACAAACACACCTTCCTGTGCC-TGGGGCATTGCTGACTTAGGACCTGTCC  146
      ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACACCTTTCTGTGCCTTGGGGCATTGCTGACTTAGGACCTGTCC  147

seq1  CCACTTCAC-TCATAAGCAACCCAGCTCTCAAAGGCATCTGCAGTGGCTA  195
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCACTTCATAAGCAACCCAGCTCTCAAAGGCATCTGCAGTGGCTA  197

seq1  CCATCACTGAGAATATCCAGGGCATCTCCCAGGAGCATCATGAACGCCGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACTGAGAATATCCAGGGCATCTCCCAGGAGCATCATGAACGCCGC  247

seq1  TGATGCTTAAAGTGTAAGTAGGCAGGAATTCCATTTAACAGGTGAAAAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGATGCTTAAAGTGTAAGTAGGCAGGAATTCCATTTAACAGATGAAAAAT  297

seq1  TCATCCCAGCAAAGTGAGTGCCATATTGGACTGTATGTTAGATTATACAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCAGCAAAGTGAGTGCCATATTGGACTGTATGTTAGATTATACAG  347

seq1  AAAGTCAATAGCACAGCTGGGTTTTAAGCTAGAGACCAAATTTTCCACCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAATAGCACAGCTGGGTTTTAAGCTAGAGACCAAATTTTCCACCA  397

seq1  AATCAATACCTTTTATATACTCTAACACTGCCAAGGTCACACCTCTAAGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATACCTTTTATATACTCTAACACTGCCAAGGTCACACCTCTAAGA  447

seq1  AGTTTTGGGGGTTTGAGCACTGTAATGCCCTTTCTAATATGAAGGTTATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGGGGGTTTGAGCACTGTAATGCCCTTTCTAATATGAAGGTTATA  497

seq1  CATGAATGTTCTGGAAAATACTTGGTATGCAAGTACATGCCAGTATACAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGTTCTGGAAAATACTTGGTATGCAAGTACATGCCAGTATACAC  547

seq1  ACAAATTTTAAACACATTTTGGTATAAGTATGTCATCCAAATGACTGTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTTTAAACACATTTTGGTATAAGTATGTCATCCAAATGACTGTTT  597

seq1  TAAAACTGCATATGCTGAAGCATACATAGCTTTTATTTTGGAGGCTTAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTGCATATGCTGAAGCATACATAGCTTTTATTTTGGAGGCTTAAC  647

seq1  CTAAAGCTTTGCATATTCCTGCTCTCAGAGGAATGGTGAGTTCCACTGGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGCTTTGCATATTCCTGCTCTCAGAGGAATGGTGAGTTCCACTGGG  697

seq1  CTGTGTAGCCTAGGGCCCCTGTCTATTGAAGAGTTGTTAACACTGTGGTC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGCCTAGGGCCCCTGTCTATTGAAGAGTTGTTAACACTGTGGTC  747

seq1  TTGCTTCCAGTTGCTAAGGAAGCTCCCAGTTTCTGTTTTATTGGGGACGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCCAGTTGCTAAGGAAGCTCCCAGTTTCTGTTTTATTGGGGACGA  797

seq1  AGTTGCAGATTTAGTCCCTGCAAACTGACTTATTGTAGGAAAATGCTGGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAGATTTAGTCCCTGCAAACTGACTTATTGTAGGAAAATGCTGGC  847

seq1  TGGCAGGCATCTCAGACTTGCAAAATGAATTCCTCACACAGTTCTGCTAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGCATCTCAGACTTGCAAAATGAATTCCTCACACAGTTCTGCTAC  897

seq1  ACCACCCTCTGCTGTCGACTTAGCTCCTTGGAGCCTGAGGAGGAGGAGAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCTCTGCTGTCGACTTAGCTCCTTGGAGCCTGAGGAGGAGGAGAA  947

seq1  GAAGGGATGAGTTTCGCTGAGCGTATTGAATTC  978
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGATGAGTTTCGCTGAGCGTATTGAATTC  980