BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008O23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 142,899,774 - 143,040,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxk1, C330006K01Rik, D930005D10Rik, Papolb, Mmd2
Upstream geneSdk1, LOC666727
Downstream geneWipi2, Slc29a4, Tnrc18, LOC100038954, LOC100041004, LOC100038972, LOC100038984, LOC100042525, LOC100038888, Zfp469, LOC666788, Fbxl18, D430018E03Rik, LOC100042558, Actb, Fscn1, 2810055G22Rik, LOC667809, Olfr718-ps1, LOC640324, LOC100042605, Rbak, 4933411G11Rik, Spdyb, Zfp12, Zfp316
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008O23.bB6Ng01-008O23.g
ACCDH845021DH845022
length1,055989
definitionDH845021|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008O23, 5' end.DH845022|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008O23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,899,774 - 142,900,829)(143,039,274 - 143,040,262)
sequence
gaattccatgctctctgtcatgtgctgtatctcatcagcatattcatata
tgcaaattaacatacatgtgggtgcagtatgacaaggagaaaaaagaaca
agaaaggctgagcataaggggacagggagggacaggatgacagtcctggg
cggtggtcctgggcagaagcagtcagctgtcacacagtacttgggagttc
atgttttcttttttccgatagggtctcatgtagcccaagctggccttgaa
cttgctgtgttgtcaaaggatgactttataaacatttggtcttcctgcgt
ccacctcccaaatgctgtggtcacaggtatacggacagctttcccctggc
ttttatgtgagcatttgctgtctgtgactcagtttccctcttttgaaacc
tggaacgtgatggaagctggttgctgctttccccctttccgaaagataca
cttggtccttgcttttcaccgaggcaggaaatcaaagaaggatcttggga
ctggggaggtgttgcagtggggagctgtgtttgagtcctcggtatccatc
cagtgtaaaagctagacctggttgcacggacctgtacctcagccacgtgg
gcagttgaaacaagattgctggctgctagcatagctccaggttctctgag
agaccctgtctcccgggaataagggagtgctgaagcaggacacccattat
ccccctcccatctcctgcacacatgtgtgcacacaccacgtacatgtatg
tgcagatatacacacggacctcagaagctttggctcacccaagacaacag
gtcctgtctctgctgggtgtgcagcgaagggatgagattcgttttcatga
aatgaaacttcacttccttattgttggtggccctccgccagcagggtgat
gcttgccttcccaggaaatacggttgctctctctctttgcttcctgggct
cgacttcttcgggctgtggacttaccaacttatcctactgatgtcagata
gaattaggtgggctgtaaaaaactggagcttgctcgtcaaccgccctgtc
ccacc
gaattcaacatagtgtcccatgcagacattactaattgattctgtgctca
tgatggaaccttttggctggcctggtgtgttaggagacaggatcacagaa
taactattagaagtcactgtatgtaggagcatgcttatctctgggcacca
ttaccttctactcccttctgtccatatttgaggaagttctttaagtgagc
tctttggaggcagtgcagggagaccaaggcatacattccaaacaggtcct
gacactctgttccgccatggttggctcttggttctagaggagctgagatc
tgggatgaagatgctgatacctggccattttttctcatctcaaagaatct
ggagaaaggatgctgtgttcaccagaggggcttttcctcagtgtcaggaa
acggctctcggaggcccctcagatggccctaggagcagggtcttcctcta
tcagaatgggtggaatatcttcatccctcaacctctgaagtgacctgtca
gctaagagcatggctcccaggggcctgtcctcagccacctctattcctgg
gctagcctcatcctaagatgccacatggacactggctgagtattgagcag
ctggcctggctcctgacctgaactgacatctcagactctctgcaagagtc
tgctggaaatccaaggtcttgttcaacaactgccagccagatgggtgtgg
gcaagggtgtgccaagacagggtgccttatactttgttctagtgcattcc
aaggtgtttcagggcttcagcacctggaatcccatatgtcaaagccagta
ttaaatcaagtttatgcattcctcagaaagatgggagccagtgagcttta
agattggttttgtctagcctgcttgtgtacatgcgtgtctgtctgtatga
acatgtgtgactctctctctctctctctctctctctctctctctctcgtg
tgagggatgagtgtgtgtgtggggaggacttctcggacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_142899774_142900829
seq2: B6Ng01-008O23.b_53_1107

seq1  GAATTCCATGCTCTCTGTCATGTGCTGTATCTCGTCAGCATATTCATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTCTCTGTCATGTGCTGTATCTCATCAGCATATTCATATA  50

seq1  TGCAAATTAACATACATGTGGGTGCAGTATGACAAGGAGAAAAAAGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATTAACATACATGTGGGTGCAGTATGACAAGGAGAAAAAAGAACA  100

seq1  AGAAAGGCTGAGCATAAGGGGACAGGGAGGGACAGGATGACAGTCCTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGCTGAGCATAAGGGGACAGGGAGGGACAGGATGACAGTCCTGGG  150

seq1  CGGTGGTCCTGGGCAGAAGCAGTCAGCTGTCACACAGTACTTGGGAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGTCCTGGGCAGAAGCAGTCAGCTGTCACACAGTACTTGGGAGTTC  200

seq1  ATGTTTTCTTTTTTCCGATAGGGTCTCATGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCTTTTTTCCGATAGGGTCTCATGTAGCCCAAGCTGGCCTTGAA  250

seq1  CTTGCTGTGTTGTCAAAGGATGACTTTATAAACATTTGGTCTTCCTGCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGTGTTGTCAAAGGATGACTTTATAAACATTTGGTCTTCCTGCGT  300

seq1  CCACCTCCCAAATGCTGTGGTCACAGGTATACGGACAGCTTTCCCCTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTCCCAAATGCTGTGGTCACAGGTATACGGACAGCTTTCCCCTGGC  350

seq1  TTTTATGTGAGCATTTGCTGTCTGTGACTCAGTTTCCCTCTTTTGAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTGAGCATTTGCTGTCTGTGACTCAGTTTCCCTCTTTTGAAACC  400

seq1  TGGAACGTGATGGAAGCTGGTTGCTGCTTTCCCCCTTTCCGAAAGATACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACGTGATGGAAGCTGGTTGCTGCTTTCCCCCTTTCCGAAAGATACA  450

seq1  CTTGGTCCTTGCTTTTCACCGAGGCAGGAAATCAAAGAAGGATCTTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTCCTTGCTTTTCACCGAGGCAGGAAATCAAAGAAGGATCTTGGGA  500

seq1  CTGGGGAGGTGTTGCAGTGGGGAGCTGTGTTTGAGTCCTCGGTATCCATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGGTGTTGCAGTGGGGAGCTGTGTTTGAGTCCTCGGTATCCATC  550

seq1  CAGTGTAAAAGCTAGACCTGGTTGCACGGACCTGTACCTCAGCCACGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTAAAAGCTAGACCTGGTTGCACGGACCTGTACCTCAGCCACGTGG  600

seq1  GCAGTTGAAACAAGATTGCTGGCTGCTAGCATAGCTCCAGGTTCTCTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGAAACAAGATTGCTGGCTGCTAGCATAGCTCCAGGTTCTCTGAG  650

seq1  AGACCCTGTCTCCCGGGAATAAGGGAGTGCTGAAGCAGGACACCCATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGTCTCCCGGGAATAAGGGAGTGCTGAAGCAGGACACCCATTAT  700

seq1  CCCCCTCCCATCTCCTGCACACATGTGTGCACACACCACGTACATGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTCCCATCTCCTGCACACATGTGTGCACACACCACGTACATGTATG  750

seq1  TGCAGATATACACACGGACCTCAGAAGCTTTGGCTCACCCAAGACAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATATACACACGGACCTCAGAAGCTTTGGCTCACCCAAGACAACAG  800

seq1  GTCCTGTCTCTGCT-GGTGTGCAGCGAAGGGATGAGATTCGTTTCCATGA  849
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTCCTGTCTCTGCTGGGTGTGCAGCGAAGGGATGAGATTCGTTTTCATGA  850

seq1  AATGAAAC-TCACTTCCTTATTGTTGGTGGCCCTCCGCCAGCAGGGTGAT  898
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAACTTCACTTCCTTATTGTTGGTGGCCCTCCGCCAGCAGGGTGAT  900

seq1  GC-TGCC-TCCCAGG-AATACGGTTGCTCTCTCTCTTTGCTTCCTGGCCT  945
      || |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTTGCCTTCCCAGGAAATACGGTTGCTCTCTCTCTTTGCTTCCTGGGCT  950

seq1  CGACTTCTTCCGTGCTGTGGACTTAGCCAACTGTACCTACTGATGCCAGA  995
      ||||||||| || |||||||||||| ||||||   |||||||||| ||||
seq2  CGACTTCTT-CGGGCTGTGGACTTA-CCAACTTATCCTACTGATGTCAGA  998

seq1  TAGGACTAGGTGGGGCTGTAAGAGACTGGGAGC-TGCCCGTCACAGCCGG  1044
      ||| | ||||| ||||||||| | ||| ||||| ||| |||||    | |
seq2  TAGAATTAGGT-GGGCTGTAAAAAACT-GGAGCTTGCTCGTCA---ACCG  1043

seq1  CCCTGTCCCACC  1056
      ||||||||||||
seq2  CCCTGTCCCACC  1055

seq1: chr5_143039274_143040262
seq2: B6Ng01-008O23.g_69_1057 (reverse)

seq1  GGTCCG-GAAGTCCTGCACACACACACACACACACACACACACAGAGAGA  49
      |||||| |||||||| | ||||||||||| ||  | | ||||| ||||||
seq2  GGTCCGAGAAGTCCTCCCCACACACACACTCA-TCCCTCACAC-GAGAGA  48

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCACACATGTTCATACAGA  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCACACATGTTCATACAGA  98

seq1  CAGACACGCATGTACACAAGCAGGCTAGACAAAACCAATCTTAAAGCTCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACGCATGTACACAAGCAGGCTAGACAAAACCAATCTTAAAGCTCA  148

seq1  CTGGCT-CCATCTTTCTGAGGAATGCATAAACTTGATTTAATACTGGCTT  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCCATCTTTCTGAGGAATGCATAAACTTGATTTAATACTGGCTT  198

seq1  TGACATATGGGATTCCAGGTGCTGAAGCCCTGAAACACCTTGGAATGCAC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATATGGGATTCCAGGTGCTGAAGCCCTGAAACACCTTGGAATGCAC  248

seq1  TAGAACAAAGTATAAGGCACCCTGTCTTGGCACACCCTTGCCCACACCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAAAGTATAAGGCACCCTGTCTTGGCACACCCTTGCCCACACCCA  298

seq1  TCTGGCTGGCAGTTGTTGAACAAGACCTTGGATTTCCAGCAGACTCTTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGGCAGTTGTTGAACAAGACCTTGGATTTCCAGCAGACTCTTGC  348

seq1  AGAGAGTCTGAGATGTCAGTTCAGGTCAGGAGCCAGGCCAGCTGCTCAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTCTGAGATGTCAGTTCAGGTCAGGAGCCAGGCCAGCTGCTCAAT  398

seq1  ACTCAGCCAGTGTCCATGTGGCATCTTAGGATGAGGCTAGCCCAGGAATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCCAGTGTCCATGTGGCATCTTAGGATGAGGCTAGCCCAGGAATA  448

seq1  GAGGTGGCTGAGGACAGGCCCCTGGGAGCCATGCTCTTAGCTGACAGGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGCTGAGGACAGGCCCCTGGGAGCCATGCTCTTAGCTGACAGGTC  498

seq1  ACTTCAGAGGTTGAGGGATGAAGATATTCCACCCATTCTGATAGAGGAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAGAGGTTGAGGGATGAAGATATTCCACCCATTCTGATAGAGGAAG  548

seq1  ACCCTGCTCCTAGGGCCATCTGAGGGGCCTCCGAGAGCCGTTTCCTGACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGCTCCTAGGGCCATCTGAGGGGCCTCCGAGAGCCGTTTCCTGACA  598

seq1  CTGAGGAAAAGCCCCTCTGGTGAACACAGCATCCTTTCTCCAGATTCTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAAAGCCCCTCTGGTGAACACAGCATCCTTTCTCCAGATTCTTT  648

seq1  GAGATGAGAAAAAATGGCCAGGTATCAGCATCTTCATCCCAGATCTCAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGAGAAAAAATGGCCAGGTATCAGCATCTTCATCCCAGATCTCAGC  698

seq1  TCCTCTAGAACCAAGAGCCAACCATGGCGGAACAGAGTGTCAGGACCTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAGAACCAAGAGCCAACCATGGCGGAACAGAGTGTCAGGACCTGT  748

seq1  TTGGAATGTATGCCTTGGTCTCCCTGCACTGCCTCCAAAGAGCTCACTTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGTATGCCTTGGTCTCCCTGCACTGCCTCCAAAGAGCTCACTTA  798

seq1  AAGAACTTCCTCAAATATGGACAGAAGGGAGTAGAAGGTAATGGTGCCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACTTCCTCAAATATGGACAGAAGGGAGTAGAAGGTAATGGTGCCCA  848

seq1  GAGATAAGCATGCTCCTACATACAGTGACTTCTAATAGTTATTCTGTGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAGCATGCTCCTACATACAGTGACTTCTAATAGTTATTCTGTGAT  898

seq1  CCTGTCTCCTAACACACCAGGCCAGCCAAAAGGTTCCATCATGAGCACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTCCTAACACACCAGGCCAGCCAAAAGGTTCCATCATGAGCACAG  948

seq1  AATCAATTAGTAATGTCTGCATGGGACACTATGTTGAATTC  989
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATTAGTAATGTCTGCATGGGACACTATGTTGAATTC  989