BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009C15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 145,256,576 - 145,397,023
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930568B11Rik, Nptx2
Upstream geneDaglb, Rac1, 2810453I06Rik, Pscd3, Usp42, Eif2ak1, 4921520G13Rik, Jtv1, Pms2, 4930526H21Rik, AU022870, Ocm, Lmtk2, Bhlhb8, 2210010N04Rik, Bri3, Baiap2l1
Downstream geneEG621967, Tmem130, LOC100039427, Trrap, Smurf1, AW146299, EG231885, EG666992, 1700018F24Rik, Arpc1a, Arpc1b, Pdap1, Bud31, Ptcd1, Cpsf4, Atp5j2, Zkscan14, Zkscan5, EG622116, Zfp655, LOC677270, EG666311, EG622127, LOC100039566, Cyp3a16, LOC100041375, LOC667065
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009C15.bB6Ng01-009C15.g
ACCDH845180DH845181
length1,112351
definitionDH845180|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009C15, 5' end.DH845181|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009C15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,395,910 - 145,397,023)(145,256,576 - 145,256,924)
sequence
gaattcaaggctagccgggcaacttagtgagaccaggtctcaaataaaaa
gaaaacaaggggccagagagaaggcttgggtagttaagagcactgtctgc
ttttccagaggtcctgagttcaattcctagtaacccagtggctcacaacc
atctatactgggatctgatgccctcttttggcatgcaggtgtacatgcag
ctagagtgcacatatatattaaatacatacatacatacatacatacatac
atacacacacacaaacaaacaaatacatacataaatacataaataagaaa
acagtgctggaggcatggctcactgatagagcatttgccaagaatccccc
agtgagcagctgggggtgtggctcagtggtagaacccctgcctagaatcc
cccagtgagggactggggcgtggctcagtggtagagcccctgtctagaat
cccccagggaggagcagggatgtgcctcagtggtggagcttagaagctac
caccagtctcccactcctcacctctcttggtgattgagaaatcttcaacc
actttgacccactgagtaaccatatggatgaaggcatgtcagtctctgcc
caggctcttcctgtacctgttggatctgtgagctagagagaaatcattac
tgcgtcaagtcacagtcacttagctggtagagttatttgttaatgctcaa
atcctctcttattctgactagtaaaattttttgaaaataatatgtggcag
accttagaaaatacatctgcttgtgccaactatttgctctctggaaagat
ctttgatgaacaaaagccaggggtttcttatagcacgggaggatcatttt
gggctgagtggctgatacacaatctgtgtctcagacatacttcatgggta
tctctgggtgtagtcgagttgatcatcctaagttttctgttttaagatga
aaacagtgctctctgtctcctatttgtgggttggggtttgagctctcagc
agctgctcagacccatgcccgcctgctgtcattctggccaccacgatggt
aagaacattatcccttcttgaaccataaggtctcaaaataaccctttcct
ctaaaaagttgc
attggatgcggtgctgggaattcaactcaggacccgctgagccaggtctt
cagatctagccatatgagttttcacagactatgtcatagaatcatatctt
cacacctcctttgtgatctcatgcccctcagactgtcccttgcatcaact
gtaccctttctctgacatgcctcacctgtccctgtcattccacactttcc
tgtaatatataaatggaagcctacaaagttcagaaggctcagccctctga
gacaaacttctttctgtcagtgattcatttggatcttctgtccctggtcc
tcttagtgagtgagtgagtgtgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_145395910_145397023
seq2: B6Ng01-009C15.b_50_1161 (reverse)

seq1  GCAACTTTTTAGAAGGAAGGGTTAATCTGGGACCTTATGGTTCAAGAAGG  50
      ||||||||||||| | |||||||| | || ||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTTTAGAGGAAAGGGTTATTTTGAGACCTTATGGTTCAAGAAGG  50

seq1  ATAAATGTTCCCTACCATCGTGGTGGCCAGAATGACAGCAGGCGGGCATG  100
         |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGTT-CTTACCATCGTGGTGGCCAGAATGACAGCAGGCGGGCATG  99

seq1  GGTCTGGAGCAGCTGCTGAGAGCTCAAACCCCAACCCACAAATAGGAGAC  150
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCT-GAGCAGCTGCTGAGAGCTCAAACCCCAACCCACAAATAGGAGAC  148

seq1  AGAGAGCACTGTTTTCATCTTAAAAACAGAAAACTTAGGATGATCAACTC  200
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCACTGTTTTCATCTT-AAAACAGAAAACTTAGGATGATCAACTC  197

seq1  GACTACACCCAGAGATACCAATG-AGTATGTCTGAGACACAGATTTGTGT  249
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACTACACCCAGAGATACCCATGAAGTATGTCTGAGACACAGA-TTGTGT  246

seq1  ATCAGCCACTCAG-CCAAAATGATCCT-CCGTGCTATAAGAAACCCCTGG  297
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCACTCAGCCCAAAATGATCCTCCCGTGCTATAAGAAACCCCTGG  296

seq1  CTTTTGTTCATCAAAGATCTTTCCAGAGAGCAAATAGTTGGCACAAGCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTCATCAAAGATCTTTCCAGAGAGCAAATAGTTGGCACAAGCAG  346

seq1  ATGTATTTTCTAAGGTCTGCCACATATTATTTTTCAAAAAATTTTACTAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTTCTAAGGTCTGCCACATATTA-TTTTCAAAAAATTTTACTAG  395

seq1  TCAGAATAAGAGAGGATTTGAGCATTAACAAATAACTCTACCAGCTAAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATAAGAGAGGATTTGAGCATTAACAAATAACTCTACCAGCTAAGT  445

seq1  GACTGTGACTTGACGCAGTAATGATTTCTCTCTAGCTCACAGATCCAACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGACTTGACGCAGTAATGATTTCTCTCTAGCTCACAGATCCAACA  495

seq1  GGTACAGGAAGAGCCTGGGCAGAGACTGACATGCCTTCATCCATATGGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGGAAGAGCCTGGGCAGAGACTGACATGCCTTCATCCATATGGTT  545

seq1  ACTCAGTGGGTCAAAGTGGTTGAAGATTTCTCAATCACCAAGAGAGGTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGGGTCAAAGTGGTTGAAGATTTCTCAATCACCAAGAGAGGTGA  595

seq1  GGAGTGGGAGACTGGTGGTAGCTTCTAAGCTCCACCACTGAGGCACATCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGGAGACTGGTGGTAGCTTCTAAGCTCCACCACTGAGGCACATCC  645

seq1  CTGCTCCTCCCTGGGGGATTCTAGACAGGGGCTCTACCACTGAGCCACGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTCCCTGGGGGATTCTAGACAGGGGCTCTACCACTGAGCCACGC  695

seq1  CCCAGTCCCTCACTGGGGGATTCTAGGCAGGGGTTCTACCACTGAGCCAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCCCTCACTGGGGGATTCTAGGCAGGGGTTCTACCACTGAGCCAC  745

seq1  ACCCCCAGCTGCTCACTGGGGGATTCTTGGCAAATGCTCTATCAGTGAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCAGCTGCTCACTGGGGGATTCTTGGCAAATGCTCTATCAGTGAGC  795

seq1  CATGCCTCCAGCACTGTTTTCTTATTTATGTATTTATGTATGTATTTGTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTCCAGCACTGTTTTCTTATTTATGTATTTATGTATGTATTTGTT  845

seq1  TGTTTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTTAAT  895

seq1  ATATATGTGCACTCTAGCTGCATGTACACCTGCATGCCAAAAGAGGGCAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTGCACTCTAGCTGCATGTACACCTGCATGCCAAAAGAGGGCAT  945

seq1  CAGATCCCAGTATAGATGGTTGTGAGCCACTGGGTTACTAGGAATTGAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCAGTATAGATGGTTGTGAGCCACTGGGTTACTAGGAATTGAAC  995

seq1  TCAGGACCTCTGGAAAAGCAGACAGTGCTCTTAACTACCCAAGCCTTCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACCTCTGGAAAAGCAGACAGTGCTCTTAACTACCCAAGCCTTCTC  1045

seq1  TCTGGCCCCTTGTTTTCTTTTTATTTGAGACCTGGTCTCACTAAGTTGCC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCCCTTGTTTTCTTTTTATTTGAGACCTGGTCTCACTAAGTTGCC  1095

seq1  CGGCTAGCCTTGAATTC  1114
      |||||||||||||||||
seq2  CGGCTAGCCTTGAATTC  1112

seq1: chr5_145256576_145256924
seq2: B6Ng01-009C15.g_76_424

seq1  TGGATGCGGTGCTGGGAATTCAACTCAGGACCCGCTGAGCCAGGTCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCGGTGCTGGGAATTCAACTCAGGACCCGCTGAGCCAGGTCTTCA  50

seq1  GATCTAGCCATATGAGTTTTCACAGACTATGTCATAGAATCATATCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAGCCATATGAGTTTTCACAGACTATGTCATAGAATCATATCTTCA  100

seq1  CACCTCCTTTGTGATCTCATGCCCCTCAGACTGTCCCTTGCATCAACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTTTGTGATCTCATGCCCCTCAGACTGTCCCTTGCATCAACTGT  150

seq1  ACCCTTTCTCTGACATGCCTCACCTGTCCCTGTCATTCCACACTTTCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCTCTGACATGCCTCACCTGTCCCTGTCATTCCACACTTTCCTG  200

seq1  TAATATATAAATGGAAGCCTACAAAGTTCAGAAGGCTCAGCCCTCTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATATAAATGGAAGCCTACAAAGTTCAGAAGGCTCAGCCCTCTGAGA  250

seq1  CAAACTTCTTTCTGTCAGTGATTCATTTGGATCTTCTGTCCCTGGTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTCTTTCTGTCAGTGATTCATTTGGATCTTCTGTCCCTGGTCCTC  300

seq1  TTAGTGAGTGAGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGAGTGAGTGAGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  349