BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009O02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 139,248,716 - 139,392,869
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC004044, EG384244
Upstream geneZcwpw1, Pilra, Pilrb1, Pilrb2, LOC100041016, LOC100041027, Cyp3a13, LOC666429, Gje1, Azgp1, EG243302, LOC100041050, Smok3a, Smok3b, Smok3c, Zkscan1, Zscan21, Zfp113, Cops6, Mcm7, Ap4m1, Taf6, 2610019P18Rik, BC038925, Gm454, BC055004, 0910001L09Rik, BC037034, Gal3st4, Gpc2, Stag3, Got2-ps1, 2610020C11Rik, LOC433955, EG666533, 1700123K08Rik, Zfp68, LOC665882, A430033K04Rik
Downstream genePdgfa, Prkar1b, Heatr2, Unc84a, 1110007L15Rik, Centa1, Cox19, Cyp2w1, 3110082I17Rik, D830046C22Rik, Gpr146, C130050O18Rik, Gpr30, Zfand2a, Uncx4.1, LOC100041200, LOC100041209, LOC100041217, Micall2, Ints1, Mafk, BC019731, 1810042K04Rik, A930017N06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009O02.bB6Ng01-009O02.g
ACCDH845705DH845706
length8051,029
definitionDH845705|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009O02, 5' end.DH845706|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009O02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,248,716 - 139,249,519)(139,391,837 - 139,392,869)
sequence
gaattcagtttatcctctgcccacaaagacttgcaagatgaggccagaga
gctcatcccaagtctacctttgggagttagcctaggatatgccctgggat
gattctccagaggcttcttgcaagagcggagctcagcagggtggggtcag
tgcaggcctcaacaatacaaacatcaagttgtttcttggaaaagaacctt
ccgggcatgcctgaggctgccccatgatgcagtgggactgtctcgtggct
gaaatactcatctagcagcagcaggtacttccaaagctcctgggttgggc
ctggcacagaggtgattcaaggcccaggctcgtgagaaagccacagggct
gtgaaccctgagcgagggtcatgtcacttgtgcgcttgagaggggatgag
gcagtgtgcgcccagccccccagggcagctctgactgctgcttatgtagt
cgtgcacagaatgtatggaaggaagaactcctgtggcacagacagatgga
ccagcaggcttccctgaagagagtcagggctggaaagaaggacagccttg
caagaacactcagctgaaagcatccttcagggaggtcatgatgagtgtga
aggtcagatatgtcctggccacagaaggagccctgcacacaagaggttgt
ctgacaccgtcaggattgagtccctacaaggttccagccgctctgtctga
agcataggcagcaggtactagacacagatgtccacccgggactttcagct
ccttccctacagctacttagcaagagttcagggctggatgctgaagctgg
tcttt
gaattcctcctgtctccgcctccccagtgcaacagattccaagtgtgtgc
caccgtgcccagctcatttgtgggttctgaggatcaaacccaggccccta
tgcttgtaaaacaactcctttagagagttagtaacgctgtccgtccctgt
ctttgctaacctgggctcattcaggaaaacaccaatggtgaactgacaga
ctgctccaggacatgcttgcatacaacagaggaggttatggagagatgag
aagtcgtgagctcagatttacaggacagctatctggaggtcctaaatatg
tcccccagatccacataagtcctggggtgacaggtgccgtttcgtaccat
cagcagctggggtagacaatatcccatgaggtcaaggggagcagcaggga
catgcccttgacccattgctccttgggcctggctgttgtcttcccaactt
agctctgggtcgctccctaatccaccctttctttctgttcctttttccat
ccaccccagcccctcctccagggcctcctgccaggtaccatttcccctta
catacctcctctcacacaaccatcccaggaccccaaatccccatctagct
ttgcaaccttggtcctggatcatgttgtaagcacttcccctggggatgcc
atgggcctggagtgctctagactaactatagactgggctggccagccaac
ccatccccatcccctctgttgggactctgggtagtcttctagatctagaa
gccccagggtataaagtttgagagagtaaagagttatctagatgaattcc
acatcccagaatgtactctgagccactttgaaacaggaatgtcctcttag
gaggtccaagacctcaagactgggactgctggtctgggcctacttactgc
cctgggcctgggtaggcagaccctccatgtgagggactgagcaagggaca
cagtatctgctttgtctatgcatctgtggctttgactgggaaagaaagat
aaagagccgaagcctgtgagggcactgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_139248716_139249519
seq2: B6Ng01-009O02.b_51_855

seq1  GAATTCAGTTTATCCTCTGCCCACAAAGACTTGCAAGATGAGGCCAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTATCCTCTGCCCACAAAGACTTGCAAGATGAGGCCAGAGA  50

seq1  GCTCATCCCAAGTCTACCTTTGGGAGTTAGCCTAGGATATGCCCTGGGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATCCCAAGTCTACCTTTGGGAGTTAGCCTAGGATATGCCCTGGGAT  100

seq1  GATTCTCCAGAGGCTTCTTGCAAGAGCGGAGCTCAGCAGGGTGGGGTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTCCAGAGGCTTCTTGCAAGAGCGGAGCTCAGCAGGGTGGGGTCAG  150

seq1  TGCAGGCCTCAACAATACAAACATCAAGTTGTTTCTTGGAAAAGAACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCCTCAACAATACAAACATCAAGTTGTTTCTTGGAAAAGAACCTT  200

seq1  CCGGGCATGCCTGAGGCTGCCCCATGATGCAGTGGGACTGTCTCGTGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGCATGCCTGAGGCTGCCCCATGATGCAGTGGGACTGTCTCGTGGCT  250

seq1  GAAATACTCATCTAGCAGCAGCAGGTACTTCCAAAGCTCCTGGGTTGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTCATCTAGCAGCAGCAGGTACTTCCAAAGCTCCTGGGTTGGGC  300

seq1  CTGGCACAGAGGTGATTCAAGGCCCAGGCTCGTGAGAAAGCCACAGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCACAGAGGTGATTCAAGGCCCAGGCTCGTGAGAAAGCCACAGGGCT  350

seq1  GTGAACCCTGAGCGAGGGTCATGTCACTTGTGCGCTTGAGAGGGGATGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACCCTGAGCGAGGGTCATGTCACTTGTGCGCTTGAGAGGGGATGAG  400

seq1  GCAGTGTGCGCCCAGCCCCCCAGGGCAGCTCTGACTGCTGCTTATGTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTGCGCCCAGCCCCCCAGGGCAGCTCTGACTGCTGCTTATGTAGT  450

seq1  CGTGCACAGAATGTATGGAAGGAAGAACTCCTGTGGCACAGACAGATGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCACAGAATGTATGGAAGGAAGAACTCCTGTGGCACAGACAGATGGA  500

seq1  CCAGCAGGCTTCCCTGAAGAGAGTCAGGGCTGGAAAGAAGGACAGCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGGCTTCCCTGAAGAGAGTCAGGGCTGGAAAGAAGGACAGCCTTG  550

seq1  CAAGAACACTCAGCTGAAAGCATCCTTCAGGGAGGTCATGATGAGTGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACACTCAGCTGAAAGCATCCTTCAGGGAGGTCATGATGAGTGTGA  600

seq1  AGGTCAGATATGTCCTGGCCACAGAAGGAGCCCTGCACACAAGAGGTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGATATGTCCTGGCCACAGAAGGAGCCCTGCACACAAGAGGTTGT  650

seq1  CTGACACCGTCAGGATTGAGTCCCTACAAGGTTCCAGCCGCTCTGTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACCGTCAGGATTGAGTCCCTACAAGGTTCCAGCCGCTCTGTCTGA  700

seq1  AGCATAGGCAGCAGGTACTAGACACAGATGTCCACCCGGGAC-TTCAGCT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCATAGGCAGCAGGTACTAGACACAGATGTCCACCCGGGACTTTCAGCT  750

seq1  CCTTCCCTACAGCTACTTAGCAAGAGTTCAGGGCTGGATGCTGAAGCTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTACAGCTACTTAGCAAGAGTTCAGGGCTGGATGCTGAAGCTGG  800

seq1  TCTTT  804
      |||||
seq2  TCTTT  805

seq1: chr5_139391837_139392869
seq2: B6Ng01-009O02.g_67_1095 (reverse)

seq1  TCCAGTGGCCCCTCAGGCTTCGGCTCCTTTATCTTTCTTTCCCAGGTCAA  50
      ||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCAGTGCCCTCACAGGCTTCGGCT-CTTTATCTTTCTTTCCCA-GTCAA  48

seq1  AGCCACAGATGCATAGGACAAAGCAGATACTGTGTCCCCTTTGCTCAGTC  100
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AGCCACAGATGCATA-GACAAAGCAGATACTGTGTCCC--TTGCTCAGTC  95

seq1  CCTCACATGGAGGGTCCTGCCTACCCAGGCCCAGGGCAGTAAGTAGGCCC  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACATGGAGGGT-CTGCCTACCCAGGCCCAGGGCAGTAAGTAGGCCC  144

seq1  AGACCAGCAGT-CCAGTCTTGAGGTCTTGGACCTCCTAAGAGGACATTCC  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGCAGTCCCAGTCTTGAGGTCTTGGACCTCCTAAGAGGACATTCC  194

seq1  TG-TTCAAAGTGGCTCAGAGTACATTCTGGGATGTGGAATTCATCTAGAT  248
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAAAGTGGCTCAGAGTACATTCTGGGATGTGGAATTCATCTAGAT  244

seq1  AACTCTTTACTCTCTCAAACTTTATACCCTGGGGCTTCTAGATCTAGAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTACTCTCTCAAACTTTATACCCTGGGGCTTCTAGATCTAGAAG  294

seq1  ACTACCCAGAGTCCCAACAGAGGGGATGGGGATGGGTTGGCTGGCCAGCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCAGAGTCCCAACAGAGGGGATGGGGATGGGTTGGCTGGCCAGCC  344

seq1  CAGTCTATAGTTAGTCTAGAGCACTCCAGGCCCATGGCATCCCCAGGGGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTATAGTTAGTCTAGAGCACTCCAGGCCCATGGCATCCCCAGGGGA  394

seq1  AGTGCTTACAACATGATCCAGGACCAAGGTTGCAAAGCTAGATGGGGATT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTACAACATGATCCAGGACCAAGGTTGCAAAGCTAGATGGGGATT  444

seq1  TGGGGTCCTGGGATGGTTGTGTGAGAGGAGGTATGTAAGGGGAAATGGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCCTGGGATGGTTGTGTGAGAGGAGGTATGTAAGGGGAAATGGTA  494

seq1  CCTGGCAGGAGGCCCTGGAGGAGGGGCTGGGGTGGATGGAAAAAGGAACA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAGGAGGCCCTGGAGGAGGGGCTGGGGTGGATGGAAAAAGGAACA  544

seq1  GAAAGAAAGGGTGGATTAGGGAGCGACCCAGAGCTAAGTTGGGAAGACAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAGGGTGGATTAGGGAGCGACCCAGAGCTAAGTTGGGAAGACAA  594

seq1  CAGCCAGGCCCAAGGAGCAATGGGTCAAGGGCATGTCCCTGCTGCTCCCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGCCCAAGGAGCAATGGGTCAAGGGCATGTCCCTGCTGCTCCCC  644

seq1  TTGACCTCATGGGATATTGTCTACCCCAGCTGCTGATGGTACGAAACGGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTCATGGGATATTGTCTACCCCAGCTGCTGATGGTACGAAACGGC  694

seq1  ACCTGTCACCCCAGGACTTATGTGGATCTGGGGGACATATTTAGGACCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCACCCCAGGACTTATGTGGATCTGGGGGACATATTTAGGACCTC  744

seq1  CAGATAGCTGTCCTGTAAATCTGAGCTCACGACTTCTCATCTCTCCATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAGCTGTCCTGTAAATCTGAGCTCACGACTTCTCATCTCTCCATAA  794

seq1  CCTCCTCTGTTGTATGCAAGCATGTCCTGGAGCAGTCTGTCAGTTCACCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCTGTTGTATGCAAGCATGTCCTGGAGCAGTCTGTCAGTTCACCA  844

seq1  TTGGTGTTTTCCTGAATGAGCCCAGGTTAGCAAAGACAGGGACGGACAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTTTTCCTGAATGAGCCCAGGTTAGCAAAGACAGGGACGGACAGC  894

seq1  GTTACTAACTCTCTAAAGGAGTTGTTTTACAAGCATAGGGGCCTGGGTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTAACTCTCTAAAGGAGTTGTTTTACAAGCATAGGGGCCTGGGTTT  944

seq1  GATCCTCAGAACCCACAAATGAGCTGGGCACGGTGGCACACACTTGGAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCAGAACCCACAAATGAGCTGGGCACGGTGGCACACACTTGGAAT  994

seq1  CTGTTGCACTGGGGAGGCGGAGACAGGAGGAATTC  1033
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCACTGGGGAGGCGGAGACAGGAGGAATTC  1029