BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010E12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 81,791,776 - 81,953,952
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLphn3
Upstream geneLOC100039506, LOC100039384
Downstream geneEG433912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010E12.bB6Ng01-010E12.g
ACCDH845993DH845994
length1,0781,033
definitionDH845993|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010E12, 5' end.DH845994|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,791,776 - 81,792,868)(81,952,938 - 81,953,952)
sequence
gaattctgtgtgcttagcttaataatgcagcaagcaacgtactgattgag
acagctgtgtgtttagagcatagcaaaggtcattgctaaagtgtcacagg
ttttgaggttagtaaaatatatatatatatttcatattttcttggatgtg
tagggttcatcaaacatgagatttttatttttctttgacattcttatgta
catatgttgacttatcttcccccatatagtagcccagattccttactgta
aaatttgataacattctctcaaatggaggttcaatggaatactactttaa
aaacatttgccagctaaatagctgggcagtggtggtgcatgcctttaatc
ccagcactcaggaggcagaagcaggcagatctctgagtgcaaggctgcct
tgtctatagagtgacaataagggttacccagaaaaaccctatcttaaaac
aacagagaaacaaacaaaataaattgcccagccgctttcttcattggaat
ttttctactgtgcgttttaggagtaagaaaaaaaatgacacttgaaattg
ctatttggtaaaacactaatgtataattgtttttgcctttgagccccctg
tcttttactaaagagataaagtttaagagattgtttcccatttttagaga
gctacctacttcttaccctagttcactgtttcttatcatctaacttctcc
tatctggctatacttatccatttctcattttatctatcatctttctatct
atccatctatctatctatcatctatctctctatccatctatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcat
ctatgtatcttgtatctatgtatctatctttgtatctatgatctatgtat
ctatgatctatctatctatctatctatctatctatctatcatcatctatc
tatcatctatcgatcattatcattatctacattcaattcctgtctttaat
tagctgggcacattcctggagatactcatttgttttcctcaaatctctga
ggatcctacatgggcccctttactttaa
gaattccttccagtacagtaaccgctctaatttgtctttctgcccaccct
taacaacacccctccaacatgggaacagagcaagatcatttgcagagctc
tgtgtgacggcctaggcgcagacttcttctcatcgtgccaatttcgccca
tctattcaaggtgaagataaatggcaccctgctttgccaggacaagctca
caaagggacgtgtctatcctggatcaggctgctgctcttctctgacaacc
acccagactgtaattccatgaggacacaaagcagaagcatttaacgaaac
aaagtgatgtagctccttgtcagagctgcctgagcccacagaggcggcag
ggtacacacggctccgcagcgtcctagtcctaatgcactcacactaagcc
agaagctctatgactgttaatgtgcccatttcggtgcttctctatctaac
acagaatctgaccgctcttgggacgggcttcaagtgctggattcaggact
taacgactctgataagatgaagtgcaggaaagaggtagaaatgaccattt
taataggttcccagagtgacgcatatatcctccatgcagtgagtcattcg
atttggagtttgcccaacacctacacaaagataatcatcaaaaataatca
cggtgggggggggggaaggcaaaatataatggtattctcagaagagtttg
agtttcttttattaatctacaggggtcgtgtcttatacagtaatactaaa
ttttttcaactgcttgttcagaatagattctgggatctactctcactatt
tctgagtaaatccaggggtacaatgtgacactttaatttgttccggcata
ataacctgagtaccttttgaccacagggctgacatgtactctatatgcac
atacatacttttgttatacaaaaaatatgaaaaaattttgccaacagaac
agttgctaaaatgggaagtgttttctttcagataattaataaaattgcat
cccaaacctctaataattcctcaccaacgggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_81791776_81792868
seq2: B6Ng01-010E12.b_46_1123

seq1  GAATTCTGTGTGCTTAGCTTAATAATGCAGCAAGCAACGTACTGATTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGCTTAGCTTAATAATGCAGCAAGCAACGTACTGATTGAG  50

seq1  ACAGCTGTGTGTTTAGAGCATAGCAAAGGTCATTGCTAAAGTGTCACAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGTGTGTTTAGAGCATAGCAAAGGTCATTGCTAAAGTGTCACAGG  100

seq1  TTTTGAGGTTAGTAAAATATATATATATATTTCATATTTTCTTGGATGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGGTTAGTAAAATATATATATATATTTCATATTTTCTTGGATGTG  150

seq1  TAGGGTTCATCAAACATGAGATTTTTATTTTTCTTTGACATTCTTATGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTCATCAAACATGAGATTTTTATTTTTCTTTGACATTCTTATGTA  200

seq1  CATATGTTGACTTATCTTCCCCCATATAGTAGCCCAGATTCCTTACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTTGACTTATCTTCCCCCATATAGTAGCCCAGATTCCTTACTGTA  250

seq1  AAATTTGATAACATTCTCTCAAATGGAGGTTCAATGGAATACTACTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGATAACATTCTCTCAAATGGAGGTTCAATGGAATACTACTTTAA  300

seq1  AAACATTTGCCAGCTAAATAGCTGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTGCCAGCTAAATAGCTGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATC  350

seq1  CCAGCACTCAGGAGGCAGAAGCAGGCAGATCTCTGAGTGCAAGGCTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTCAGGAGGCAGAAGCAGGCAGATCTCTGAGTGCAAGGCTGCCT  400

seq1  TGTCTATAGAGTGACAATAAGGGTTACCCAGAAAAACCCTATCTTAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTATAGAGTGACAATAAGGGTTACCCAGAAAAACCCTATCTTAAAAC  450

seq1  AACAGAGAAACAAACAAAATAAATTGCCCAGCCGCTTTCTTCATTGGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAAACAAACAAAATAAATTGCCCAGCCGCTTTCTTCATTGGAAT  500

seq1  TTTTCTACTGTGCGTTTTAGGAGTAAGAAAAAAAATGACACTTGAAATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTACTGTGCGTTTTAGGAGTAAGAAAAAAAATGACACTTGAAATTG  550

seq1  CTATTTGGTAAAACACTAATGTATAATTGTTTTTGCCTTTGAGCCCCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGGTAAAACACTAATGTATAATTGTTTTTGCCTTTGAGCCCCCTG  600

seq1  TCTTTTACTAAAGAGATAAAGTTTAAGAGATTGTTTCCCATTTTTAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTACTAAAGAGATAAAGTTTAAGAGATTGTTTCCCATTTTTAGAGA  650

seq1  GCTACCTACTTCTTACCCTAGTTCACTGTTTCTTATCATCTAACTTCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTACTTCTTACCCTAGTTCACTGTTTCTTATCATCTAACTTCTCC  700

seq1  TATCTGGCTATACTTATCCATTTCTCA-TTTATCTATCATCTTTCTATCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGGCTATACTTATCCATTTCTCATTTTATCTATCATCTTTCTATCT  750

seq1  ATCCATCTATCTATCTATCATCTATCTCTCTATCCATCTATCTATCTATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCTATCTATCTATCATCTATCTCTCTATCCATCTATCTATCTATC  800

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCAT  850

seq1  CTATGTATCTTTGTATCTATGTATCTATCTTTGTATCTATGTATCTATGT  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTATGTATC-TTGTATCTATGTATCTATCTTTGTATCTATG-ATCTATGT  898

seq1  ATCTATGTATCTATCTAACTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  949
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  ATCTATG-ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC-ATC-AT  945

seq1  CTATCTATCTATCTATCTATCATTATCATTTATCTACATTCATATTTCCT  999
      ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||  | |||||
seq2  CTATCTATC-ATCTATCGATCATTATCA-TTATCTACATTC--AATTCCT  991

seq1  GTCTTTAAATTAGCTGGGCACATATCCTGGAGATTACTCAGTTGTTTTTC  1049
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| |
seq2  GTCTTT-AATTAGCTGGGCACAT-TCCTGGAGA-TACTCATTTGTTTTCC  1038

seq1  TCAGAATCTCTGAGGATTCCTACAATGGGCCCACTTTACTTTAA  1093
      ||| |||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||
seq2  TCA-AATCTCTGAGGA-TCCTAC-ATGGGCCC-CTTTACTTTAA  1078

seq1: chr5_81952938_81953952
seq2: B6Ng01-010E12.g_64_1082 (reverse)

seq1  GAATTATTAGAGTTTTGGATTGCAATTTTATTTAATTATCTGGAAAGAAA  50
      |||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  GAATTATTAGAGGTTTGGGATGCAATTTTA-TTAATTATCT-GAAAGAAA  48

seq1  ACACTTCCATTTTTAGCAACTG-TCTGTTGGCAAAATCTTTTCATA-TTT  98
      ||||||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||
seq2  ACACTTCCCATTTTAGCAACTGTTCTGTTGGCAAAATTTTTTCATATTTT  98

seq1  TTGTATAACAAAAGTATGTATGTGCATATAGGGTACATGTCAGCCCTGTG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAACAAAAGTATGTATGTGCATATAGAGTACATGTCAGCCCTGTG  148

seq1  GTCAAAAGGTACTCAGGTTATTATG-CGGAACAAATTTAAAGTGTCACAT  197
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTCAAAAGGTACTCAGGTTATTATGCCGGAACAAA-TTAAAGTGTCACAT  197

seq1  TGTA-CCCTGGATTTACTCAGAAATAGTGAGAGTAGATCCCAGAATCTAT  246
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCCTGGATTTACTCAGAAATAGTGAGAGTAGATCCCAGAATCTAT  247

seq1  TCTGAACAAGCAGTTG-AAAAATTTAGTATTACTGTATAAGACACGACCC  295
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACAAGCAGTTGAAAAAATTTAGTATTACTGTATAAGACACGACCC  297

seq1  CTGTAGATTAAT-AAAGAAACTCAAACTCTTCTGAGAATACCATTATATT  344
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGATTAATAAAAGAAACTCAAACTCTTCTGAGAATACCATTATATT  347

seq1  TTGCCTT-CCCCCCCCCCACCGTGATTATTTTTGATGATTATCTTTGTGT  393
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTCCCCCCCCCCCACCGTGATTATTTTTGATGATTATCTTTGTGT  397

seq1  AGGTGTTGGGCAAACTCCAAATCGAATGACTCACTGCATGGAGGATATAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTTGGGCAAACTCCAAATCGAATGACTCACTGCATGGAGGATATAT  447

seq1  GCGTCACTCTGGGAACCTATTAAAATGGTCATTTCTACCTCTTTCCTGCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCACTCTGGGAACCTATTAAAATGGTCATTTCTACCTCTTTCCTGCA  497

seq1  CTTCATCTTATCAGAGTCGTTAAGTCCTGAATCCAGCACTTGAAGCCCGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTTATCAGAGTCGTTAAGTCCTGAATCCAGCACTTGAAGCCCGT  547

seq1  CCCAAGAGCGGTCAGATTCTGTGTTAGATAGAGAAGCACCGAAATGGGCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGAGCGGTCAGATTCTGTGTTAGATAGAGAAGCACCGAAATGGGCA  597

seq1  CATTAACAGTCATAGAGCTTCTGGCTTAGTGTGAGTGCATTAGGACTAGG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACAGTCATAGAGCTTCTGGCTTAGTGTGAGTGCATTAGGACTAGG  647

seq1  ACGCTGCGGAGCCGTGTGTACCCTGCCGCCTCTGTGGGCTCAGGCAGCTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGCGGAGCCGTGTGTACCCTGCCGCCTCTGTGGGCTCAGGCAGCTC  697

seq1  TGACAAGGAGCTACATCACTTTGTTTCGTTAAATGCTTCTGCTTTGTGTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAGGAGCTACATCACTTTGTTTCGTTAAATGCTTCTGCTTTGTGTC  747

seq1  CTCATGGAATTACAGTCTGGGTGGTTGTCAGAGAAGAGCAGCAGCCTGAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGAATTACAGTCTGGGTGGTTGTCAGAGAAGAGCAGCAGCCTGAT  797

seq1  CCAGGATAGACACGTCCCTTTGTGAGCTTGTCCTGGCAAAGCAGGGTGCC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATAGACACGTCCCTTTGTGAGCTTGTCCTGGCAAAGCAGGGTGCC  847

seq1  ATTTATCTTCACCTTGAATAGATGGGCGAAATTGGCACGATGAGAAGAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCTTCACCTTGAATAGATGGGCGAAATTGGCACGATGAGAAGAAG  897

seq1  TCTGCGCCTAGGCCGTCACACAGAGCTCTGCAAATGATCTTGCTCTGTTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCGCCTAGGCCGTCACACAGAGCTCTGCAAATGATCTTGCTCTGTTC  947

seq1  CCATGTTGGAGGGGTGTTGTTAAGGGTGGGCAGAAAGACAAATTAGAGCG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTGGAGGGGTGTTGTTAAGGGTGGGCAGAAAGACAAATTAGAGCG  997

seq1  GTTACTGTACTGGAAGGAATTC  1015
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGTACTGGAAGGAATTC  1019