BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011F14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 12,852,051 - 12,952,116
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG668043, LOC545732, LOC384144, LOC100041626, EG668059, Sema3d, LOC668015, LOC100042917, LOC668069
Downstream geneLOC433845, LOC625989, LOC670717, Sema3a, LOC208055, LOC626053, Speer3, EG626067, LOC668085, LOC384149, LOC384148
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011F14.bB6Ng01-011F14.g
ACCDH846759DH846760
length863978
definitionDH846759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011F14, 5' end.DH846760|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011F14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,852,051 - 12,852,916)(12,951,130 - 12,952,116)
sequence
gaattccttggaggtctacaacatccctctgcttctccagtccgtctgcc
agctaacccaccgggtccctgagttcagtctgatgcttggctccaagcat
ccacatctgtattggtcacttgctgggaaaacctcccaaggaacagacac
accaggttcctatcagcaggagcctcttgtcaacagctacagtgctgagg
tttggtgtttgtagacaggatggatccccagatggcgtggtccttggatg
gccctttcgtcagtctctgctccatttttttttccctgtctttcctttgg
acaggacctttcttggttaaaatttttgagatgggtgggtggctctaaag
agcagacaaaagagtcagagatttgttggctgagggtcacccatagagat
ctgcaaatgacccaagatgctgatagaacagaagcttactctcttaaaac
tgacagtgaagccccattgataaggaaaccacccacacagctcatttaac
atagagaaggtgaggtggtgcctgtgtgagcccttacccctatattctag
tttgtttggtgcaagaagataaactgtaagctgtgaaaatagaaacatgg
acaccaacccagccataatctatccagtatggaaggtatgctatgcaatg
ttggcacagtacttgtgggagtggccaactagtgtctggtttaaattgag
gctcatgccactagagcatgcccttcacttcatggatagccaggaacaag
agactggatagccagagacctacggtagaaccgaacacactggccacaaa
gaaacaaaagtcaatgaataattcccaaaagattctgtaatacttgtaat
ggagtgcattttc
gaattctagtacagtcagagcaatatagtgagacctgcttctaaatgaac
aaaggacagaaagaaggaaagaaaagaaaagagaaagaaaagaagaaaaa
aactcatccatagaaagaatttttaatgaatgtaaataggacaattattt
ttaaatactccagatgatcacaatgtaaatatatgtcagaaaatgaatgg
ataaaaatgatacataatacatccatataatgcagtaatatacaacaata
aaattttaaatttttttgaaaagttataacattgataatcctcacagata
tgtttacaaagagaacttatttgtatatctaaagagacaactcagagaat
aaaacacttgatacacaaggtgagatacaatagggtttgatccctttgcc
tttagaacagtggagtaggcaagacaacctactaataatcccagcttgtg
gcaggcagtgacagagcccatatcaaggataaatcagtgagaatcttgac
tcaaaccatagtgtggagagtgatcaaggaagatacctggcatcaacttt
gtggatacacactcctgtacatacatagtcatctatacatacacaaagac
tcatcccatatgaacaagcatagaatcagacatactgtacatatatacat
acatgaaaaaagataggcacataaaactctatattatattaaatgaattg
aaaagttaaatttatattatagaatgagtcattgattcccctgaatttgg
aaatacaagaaaggattgagcatatatgggtatatgcattagtgattaaa
tttgtttgaggtaggaagttttttttcgaattggattttggcatataatt
gcagtttttttttttacttaattaaatgtatgacagccgtggctgagttt
aatatgtaagtatacttcttcagtgaacatgcaagatgagtataatttaa
tcataatcttgaaaaaaagctgtatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_12852051_12852916
seq2: B6Ng01-011F14.b_44_906

seq1  GAATTCCTTGGAGGTCTACAACATCCCTCTGCTTCTCCAGTCCGTCTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGGAGGTCTACAACATCCCTCTGCTTCTCCAGTCCGTCTGCC  50

seq1  AGCTAACCCACCGGGTCCCTGAGTTCAGTCTGATGCTTGGCTCCAAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACCCACCGGGTCCCTGAGTTCAGTCTGATGCTTGGCTCCAAGCAT  100

seq1  CCACATCTGTATTGGTCACTTGCTGGGAAAACCTCCCAAGGAACAGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTGTATTGGTCACTTGCTGGGAAAACCTCCCAAGGAACAGACAC  150

seq1  ACCAGGTTCCTATCAGCAGGAGCCTCTTGTCAACAGCTACAGTGCTGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTTCCTATCAGCAGGAGCCTCTTGTCAACAGCTACAGTGCTGAGG  200

seq1  TTTGGTGTTTGTAGACAGGATGGATCCCCAGATGGCGTGGTCCTTGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTTTGTAGACAGGATGGATCCCCAGATGGCGTGGTCCTTGGATG  250

seq1  GCCCTTTCGTCAGTCTCTGCTCCATTTTTTTTTCCCTGTCTTTCCTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTCGTCAGTCTCTGCTCCATTTTTTTTTCCCTGTCTTTCCTTTGG  300

seq1  ACAGGACCTTTCTTGGTTAAAATTTTTGAGATGGGTGGGTGGCTCTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACCTTTCTTGGTTAAAATTTTTGAGATGGGTGGGTGGCTCTAAAG  350

seq1  AGCAGACAAAAGAGTCAGAGATTTGTTGGCTGAGGGTCACCCATAGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGACAAAAGAGTCAGAGATTTGTTGGCTGAGGGTCACCCATAGAGAT  400

seq1  CTGCAAATGACCCAAGATGCTGATAGAACAGAAGCTTACTCTCTTAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATGACCCAAGATGCTGATAGAACAGAAGCTTACTCTCTTAAAAC  450

seq1  TGACAGTGAAGCCCCATTGATAAGGAAACCACCCACACAGCTCATTTAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGAAGCCCCATTGATAAGGAAACCACCCACACAGCTCATTTAAC  500

seq1  ATAGAGAAGGTGAGGTGGTGCCTGTGTGAGCCCTTACCCCTATATTCTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAAGGTGAGGTGGTGCCTGTGTGAGCCCTTACCCCTATATTCTAG  550

seq1  TTTGTTTGGTGCAAGAAGATAAACTGTAAGCTGTGAAAATAGAAACATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGGTGCAAGAAGATAAACTGTAAGCTGTGAAAATAGAAACATGG  600

seq1  ACACCAACCCAGCCATAATCTATCCAGTATGGAAGGTATGCTATGCAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAACCCAGCCATAATCTATCCAGTATGGAAGGTATGCTATGCAATG  650

seq1  TTGGCACAGTACTTGTGGGAGTGGCCAACTAGTGTCTGGTTTAAATTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACAGTACTTGTGGGAGTGGCCAACTAGTGTCTGGTTTAAATTGAG  700

seq1  GCTCATGCCACTAGAGCATGCCCTTCACTTCATGGATAGCCAGGAACAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGCCACTAGAGCATGCCCTTCACTTCATGGATAGCCAGGAACAAG  750

seq1  AGACTGGATAGCCAGAGACCTAGGGTAGAACCGAACACACTGGCCACAAA  800
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGACTGGATAGCCAGAGACCTACGGTAGAACCGAACACACTGGCCAC-AA  799

seq1  AGAAACAAAAGTCAATGAAATAATTCCCAAAAGATTCTGTTATACTTGTA  850
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGAAACAAAAGTCAATG-AATAATTCCCAAAAGATTCTGTAATACTTGTA  848

seq1  ATGGAGTGCCATTTCC  866
      |||||||||  |||| 
seq2  ATGGAGTGCATTTTC-  863

seq1: chr5_12951130_12952116
seq2: B6Ng01-011F14.g_67_1044 (reverse)

seq1  TCCATACAGCTTTTCTTTCAAGATTTATGATTATAATTAAACTCATTTTT  50
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||| | ||
seq2  TCCATACAGCTTTT-TTTCAAGA-TTATGATTA-AATTATACTCA-TCTT  46

seq1  GCATGTTCACTGAAGAAGTATAACTTACATATTAAATTCAGCCACTGCTG  100
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GCATGTTCACTGAAGAAGTAT-ACTTACATATTAAACTCAGCCACGGCTG  95

seq1  TCATACAATTAAATTAAGTAAAAAAAAAAACTACAATTATATTGCCAAAA  150
      |||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TCATAC-ATTTAATTAAGTAAAAAAAAAAACTGCAATTATA-TGCCAAAA  143

seq1  TCCAATTTTGAAAAAAAACTTCCTTACCTCAAACAAATTTAATCACTAAT  200
      ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAA-TTCGAAAAAAAACTTCC-TACCTCAAACAAATTTAATCACTAAT  191

seq1  GCATATACCCATATATGCTCAATCCTTTCTTGTATTTCCAAATTCAGGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATACCCATATATGCTCAATCCTTTCTTGTATTTCCAAATTCAGGGG  241

seq1  AATCAATGACTCATTCTATAATATAAATTTAACTTTTCAATTCATTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATGACTCATTCTATAATATAAATTTAACTTTTCAATTCATTTAAT  291

seq1  ATAATATAGAGTTTTATGTGCCTATCTTTTTTCATGTATGTATATATGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATAGAGTTTTATGTGCCTATCTTTTTTCATGTATGTATATATGTA  341

seq1  CAGTATGTCTGATTCTATGCTTGTTCATATGGGATGAGTCTTTGTGTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGTCTGATTCTATGCTTGTTCATATGGGATGAGTCTTTGTGTATG  391

seq1  TATAGATGACTATGTATGTACAGGAGTGTGTATCCACAAAGTTGATGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGACTATGTATGTACAGGAGTGTGTATCCACAAAGTTGATGCCA  441

seq1  GGTATCTTCCTTGATCACTCTCCACACTATGGTTTGAGTCAAGATTCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTTCCTTGATCACTCTCCACACTATGGTTTGAGTCAAGATTCTCA  491

seq1  CTGATTTATCCTTGATATGGGCTCTGTCACTGCCTGCCACAAGCTGGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTTATCCTTGATATGGGCTCTGTCACTGCCTGCCACAAGCTGGGAT  541

seq1  TATTAGTAGGTTGTCTTGCCTACTCCACTGTTCTAAAGGCAAAGGGATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTAGGTTGTCTTGCCTACTCCACTGTTCTAAAGGCAAAGGGATCA  591

seq1  AACCCTATTGTATCTCACCTTGTGTATCAAGTGTTTTATTCTCTGAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTATTGTATCTCACCTTGTGTATCAAGTGTTTTATTCTCTGAGTTG  641

seq1  TCTCTTTAGATATACAAATAAGTTCTCTTTGTAAACATATCTGTGAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTAGATATACAAATAAGTTCTCTTTGTAAACATATCTGTGAGGAT  691

seq1  TATCAATGTTATAACTTTTCAAAAAAATTTAAAATTTTATTGTTGTATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATGTTATAACTTTTCAAAAAAATTTAAAATTTTATTGTTGTATAT  741

seq1  TACTGCATTATATGGATGTATTATGTATCATTTTTATCCATTCATTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCATTATATGGATGTATTATGTATCATTTTTATCCATTCATTTTCT  791

seq1  GACATATATTTACATTGTGATCATCTGGAGTATTTAAAAATAATTGTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATATTTACATTGTGATCATCTGGAGTATTTAAAAATAATTGTCCT  841

seq1  ATTTACATTCATTAAAAATTCTTTCTATGGATGAGTTTTTTTCTTCTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATTCATTAAAAATTCTTTCTATGGATGAGTTTTTTTCTTCTTTT  891

seq1  CTTTCTCTTTTCTTTTCTTTCCTTCTTTCTGTCCTTTGTTCATTTAGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTTTTCTTTTCTTTCCTTCTTTCTGTCCTTTGTTCATTTAGAAG  941

seq1  CAGGTCTCACTATATTGCTCTGACTGTACTAGAATTC  987
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTCACTATATTGCTCTGACTGTACTAGAATTC  978