BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011K03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 52,829,687 - 52,966,088
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041805, Lgi2
Upstream genePpargc1a, Dhx15, Sod3, Gm447
Downstream geneLOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2, 2310045A20Rik, 1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011K03.bB6Ng01-011K03.g
ACCDH846961DH846962
length1,0971,121
definitionDH846961|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011K03, 5' end.DH846962|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011K03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,964,977 - 52,966,088)(52,829,687 - 52,830,817)
sequence
gaattctcttaattacactgattgtactccattctgaagtgcccagaaaa
tgaagattctgggtgtgtggagagtgccagaaataagctttgctgacttc
ttatctgaagaattcttcctgtaagacataggtgaagtcaagaggagaca
cccatagctaggcctacagggagcagtggaaaacagagtccatggtctca
gttcagaaatgtgtttctgccatcctcgccatggctcttggcttaagtct
gagagctgtttcttcatgccaatcaagtctagtctttcgaacacttacca
catattgcctatggcattttactcttagcattctgaggcttctctagcct
ccatttctaaagtcttctgcattcctcgtgcaacccacttataaagccca
ctaaccatagagtcagatttaccacagcaacaaccccactcctggtacta
tccatagagtcagatttaccacagcaacaaccccactcctggtactatat
ttttgcattagctatttttcttggcactctgacaaaatacctgctggaag
caactcaaagaaaggaaagtttattatggcccatggctccagagggattt
ccatttaccagaatgggaaaggtcttactgtaagcagatcaatctatggt
gagtagtggggcagctgcctctatggtgagaatgggggcagctgtgcctg
tgttgagtaattcgggcagttgtatctgtggcaaggagtagggtatgtgg
ctggcctcctcacatttttggcagaccaggaaagcaaagacttaggtcgg
aagtatcggcagtttacagccctttcaaggtccaaccctagtaatttact
tcaaccagccaaggctcatctcctaaatgctccagagctttctaaatagt
tccacaaactggagacaaatgctcatagcagagcctttagggacatttta
gatctgaaccatgatatatgagacccatagatagcagtcttttgggttca
tgtgggagcctttcgagatccctcagaaacacattttgatgtgatcgggc
cagctgatcagagcatatgatccgagtaccgaattctgtggacagga
gaattctctgctgtggcaaagcagaacagcagccacaatggactctctca
acccttgtcacccggctgccatcggccacctatggggtctgagctcatgg
aacataaaagaacaaagaggagctgagttgttttttttttctttattgac
aattaactcagttaagttgggccgccgctatgcacacctgacagcctctg
tattagtacagatttaaggtatgaatattctttaaaatgaaaagcaagag
tccatatcaataagttaataagaaaagaaccacagtaaacatacatggcc
atgagcacctccataagtgccagctccagcatcctggaagtacgtacatg
cagaacaaacaggtgacaaatgcatttctacttttaacttgcattttctt
tcatgctttttggcttgttcacttgtctgagacaagttcttaggtctctt
acccactacatagccaaggaaggccttgaagtcctgatcccctgcctgta
catccctaatgctagggttacaagcatagacttagctactggcaaactgt
ttgttgggaaagggttactgtctaagagagcatgtccagatgctaccaca
gtgtcacttacaatcagctctcgatacttcttcttcagggactgatgccg
ttctcgcagctgattggccatgagcttgtactggtccctctcctgctggc
aggtgtccagctccttggagaggatcagcagagcctccttcttgctctcc
agcttccgtttacacaccaggtactacagaacaaatggccactggttaga
aatgacaggcgggcttctacacccccaagtgcaccgagctccacgccctc
tccttagtcatggttagggatcatacactatactaaagagaaactctagc
ttgcctggcacacggtctcgagagacaaaactaaaccttacctgtccgtg
agctttcacaacctgggaaagatacaaaaattcattgcgagtgagttcaa
aagtagaactgttagccagcaagaaggctcagtagttaaagcactggcct
taaaacccttggtgacccgagtcacctaagccataatgcatgagcgacaa
ttccaactcttctctgacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_52964977_52966088
seq2: B6Ng01-011K03.b_49_1145 (reverse)

seq1  TCCTGTTCCACAGAATCTGCGTTACTCTGTGATCATATGCTCTTGATCAG  50
      ||||| |||||||||  | || |||||   |||||||||||| |||||||
seq2  TCCTG-TCCACAGAA--TTCGGTACTC--GGATCATATGCTC-TGATCAG  44

seq1  CTGGCCCGAACCACATCAAAATGTG-TTCTGAGGGAATCCTCT-GAAAGG  98
      |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    ||| ||||||
seq2  CTGGCCCG-ATCACATCAAAATGTGTTTCTGAGGGA----TCTCGAAAGG  89

seq1  CTCCCACATGAACCCCAAAGACTGCTTATCTATTGGGTCTCCTTATATCA  148
      ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||| | |||||||
seq2  CTCCCACATGAACCCAAAAGACTGC-TATCTA-TGGGTCT-CATATATCA  136

seq1  TGGTTCAGATCTAAAATGTCCCCTAAAGGCTCCTGCTATGAGCATTTGGT  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  TGGTTCAGATCTAAAATGT-CCCTAAAGGCT-CTGCTATGAGCATTT-GT  183

seq1  CTCCAGTTTGTGGAACTATTTAGAAAGCTCTGGAGCATTTAGGAGATGAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTTTGTGGAACTATTTAGAAAGCTCTGGAGCATTTAGGAGATGAG  233

seq1  CCTTGGCTGGTTGAAGTAAATTACTAGGGTTGGACCTTGAAAGGGCTGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCTGGTTGAAGTAAATTACTAGGGTTGGACCTTGAAAGGGCTGTA  283

seq1  AACTGCCGATACTTCCGACCTAAGTCTTTGCTTTCCTGGTCTGCCAAAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCGATACTTCCGACCTAAGTCTTTGCTTTCCTGGTCTGCCAAAAA  333

seq1  TGTGAGGAGGCCAGCCACATACCCTACTCCTTGCCACAGATACAACTGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGGAGGCCAGCCACATACCCTACTCCTTGCCACAGATACAACTGCC  383

seq1  CGAATTACTCAACACAGGCACAGCTGCCCCCATTCTCACCATAGAGGCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTACTCAACACAGGCACAGCTGCCCCCATTCTCACCATAGAGGCAG  433

seq1  CTGCCCCACTACTCACCATAGATTGATCTGCTTACAGTAAGACCTTTCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCACTACTCACCATAGATTGATCTGCTTACAGTAAGACCTTTCCC  483

seq1  ATTCTGGTAAATGGAAATCCCTCTGGAGCCATGGGCCATAATAAACTTTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGTAAATGGAAATCCCTCTGGAGCCATGGGCCATAATAAACTTTC  533

seq1  CTTTCTTTGAGTTGCTTCCAGCAGGTATTTTGTCAGAGTGCCAAGAAAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTGAGTTGCTTCCAGCAGGTATTTTGTCAGAGTGCCAAGAAAAA  583

seq1  TAGCTAATGCAAAAATATAGTACCAGGAGTGGGGTTGTTGCTGTGGTAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAATGCAAAAATATAGTACCAGGAGTGGGGTTGTTGCTGTGGTAAA  633

seq1  TCTGACTCTATGGATAGTACCAGGAGTGGGGTTGTTGCTGTGGTAAATCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCTATGGATAGTACCAGGAGTGGGGTTGTTGCTGTGGTAAATCT  683

seq1  GACTCTATGGTTAGTGGGCTTTATAAGTGGGTTGCACGAGGAATGCAGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTATGGTTAGTGGGCTTTATAAGTGGGTTGCACGAGGAATGCAGAA  733

seq1  GACTTTAGAAATGGAGGCTAGAGAAGCCTCAGAATGCTAAGAGTAAAATG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAGAAATGGAGGCTAGAGAAGCCTCAGAATGCTAAGAGTAAAATG  783

seq1  CCATAGGCAATATGTGGTAAGTGTTCGAAAGACTAGACTTGATTGGCATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGGCAATATGTGGTAAGTGTTCGAAAGACTAGACTTGATTGGCATG  833

seq1  AAGAAACAGCTCTCAGACTTAAGCCAAGAGCCATGGCGAGGATGGCAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAGCTCTCAGACTTAAGCCAAGAGCCATGGCGAGGATGGCAGAA  883

seq1  ACACATTTCTGAACTGAGACCATGGACTCTGTTTTCCACTGCTCCCTGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTCTGAACTGAGACCATGGACTCTGTTTTCCACTGCTCCCTGTA  933

seq1  GGCCTAGCTATGGGTGTCTCCTCTTGACTTCACCTATGTCTTACAGGAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGCTATGGGTGTCTCCTCTTGACTTCACCTATGTCTTACAGGAAG  983

seq1  AATTCTTCAGATAAGAAGTCAGCAAAGCTTATTTCTGGCACTCTCCACAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTCAGATAAGAAGTCAGCAAAGCTTATTTCTGGCACTCTCCACAC  1033

seq1  ACCCAGAATCTTCATTTTCTGGGCACTTCAGAATGGAGTACAATCAGTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAATCTTCATTTTCTGGGCACTTCAGAATGGAGTACAATCAGTGT  1083

seq1  AATTAAGAGAATTC  1112
      ||||||||||||||
seq2  AATTAAGAGAATTC  1097

seq1: chr5_52829687_52830817
seq2: B6Ng01-011K03.g_65_1185

seq1  GAATTCTCTGCTGTGGCAAAGCAGAACAGCAGCCACAATGGACTCTCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCTGTGGCAAAGCAGAACAGCAGCCACAATGGACTCTCTCA  50

seq1  ACCCTTGTCACCCGGCTGCCATCGGCCACCTATGGGGTCTGAGCTCATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGTCACCCGGCTGCCATCGGCCACCTATGGGGTCTGAGCTCATGG  100

seq1  AACATAAAAGAACAAAGAGGAGCTGAGTTGTTTTTTTTTTCTTTATTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAAAGAACAAAGAGGAGCTGAGTTGTTTTTTTTTTCTTTATTGAC  150

seq1  AATTAACTCAGTTAAGTTGGGCCGCCGCTATGCACACCTGACAGCCTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACTCAGTTAAGTTGGGCCGCCGCTATGCACACCTGACAGCCTCTG  200

seq1  TATTAGTACAGATTTAAGGTATGAATATTCTTTAAAATGAAAAGCAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTACAGATTTAAGGTATGAATATTCTTTAAAATGAAAAGCAAGAG  250

seq1  TCCATATCAATAAGTTAATAAGAAAAGAACCACAGTAAACATACATGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATCAATAAGTTAATAAGAAAAGAACCACAGTAAACATACATGGCC  300

seq1  ATGAGCACCTCCATAAGTGCCAGCTCCAGCATCCTGGAAGTACGTACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCACCTCCATAAGTGCCAGCTCCAGCATCCTGGAAGTACGTACATG  350

seq1  CAGAACAAACAGGTGACAAATGCATTTCTACTTTTAACTTGCATTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAAACAGGTGACAAATGCATTTCTACTTTTAACTTGCATTTTCTT  400

seq1  TCATGCTTTTTGGCTTGTTCACTTGTCTGAGACAAGTTCTTAGGTCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTTTTTGGCTTGTTCACTTGTCTGAGACAAGTTCTTAGGTCTCTT  450

seq1  ACCCACTACATAGCCAAGGAAGGCCTTGAAGTCCTGATCCCCTGCCTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTACATAGCCAAGGAAGGCCTTGAAGTCCTGATCCCCTGCCTGTA  500

seq1  CATCCCTAATGCTAGGGTTACAAGCATAGACTTAGCTACTGGCAAACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTAATGCTAGGGTTACAAGCATAGACTTAGCTACTGGCAAACTGT  550

seq1  TTGTTGGGAAAGGGTTACTGTCTAAGAGAGCATGTCCAGATGCTACCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGGAAAGGGTTACTGTCTAAGAGAGCATGTCCAGATGCTACCACA  600

seq1  GTGTCACTTACAATCAGCTCTCGATACTTCTTCTTCAGGGACTGATGCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACTTACAATCAGCTCTCGATACTTCTTCTTCAGGGACTGATGCCG  650

seq1  TTCTCGCAGCTGATTGGCCATGAGCTTGTACTGGTCCCTCTCCTGCTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGCAGCTGATTGGCCATGAGCTTGTACTGGTCCCTCTCCTGCTGGC  700

seq1  AGGTGTCCAGCTCCTTGGAGAGGATCAGCAGAGCCTCCTTCTTGCTCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCCAGCTCCTTGGAGAGGATCAGCAGAGCCTCCTTCTTGCTCTCC  750

seq1  AGCTTCCGTTTACACACCAGGTACTACAGAACAAATGGCCACTGGTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCGTTTACACACCAGGTACTACAGAACAAATGGCCACTGGTTAGA  800

seq1  AATGACAGGCGGGCTTCTACACCCCCAAGTGCACCGAGCTCCACGCCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGGCGGGCTTCTACACCCCCAAGTGCACCGAGCTCCACGCCCTC  850

seq1  TCCTTAGTCATGGTTAGGGATCATACACTATACTAAGGAGAAACCCTAGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
seq2  TCCTTAGTCATGGTTAGGGATCATACACTATACTAAAGAGAAACTCTA-G  899

seq1  CTTGCCTGGCACACGGTTCTCGAGAGACAAAACTAAACCTTACCTGTCCG  950
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGGCACACGG-TCTCGAGAGACAAAACTAAACCTTACCTGTCCG  948

seq1  TGAGCTTTCACAACCTGGGACAGATACAATAATTCATTTGCGAGTGAGTT  1000
      |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||
seq2  TGAGCTTTCACAACCTGGGAAAGATACAAAAATTCA-TTGCGAGTGAGTT  997

seq1  CAAAAGTAGAACTGTAAGCCAGCAAGACGCCTCAGTAGGTTAAAGCACTT  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| ||||||||||| 
seq2  CAAAAGTAGAACTGTTAGCCAGCAAGAAGGCTCAGTA-GTTAAAGCACTG  1046

seq1  GCCTTAAAACCC-TGGTGACCCGAGTCACCTAAGCCCATAATGCAATGAG  1099
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  GCCTTAAAACCCTTGGTGACCCGAGTCACCTAAG-CCATAATGC-ATGAG  1094

seq1  CGAACCAATTCCCAACTTCATCCTCTGACTTC  1131
      |||  ||||| ||||||   | ||||||||||
seq2  CGA--CAATT-CCAACT--CTTCTCTGACTTC  1121