BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012J20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,451,601 - 27,564,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6
Upstream geneLOC664837, 4930584F24Rik, B930011P16Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1, En2, Cnpy1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012J20.bB6Ng01-012J20.g
ACCDH847661DH847662
length6891,149
definitionDH847661|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012J20, 5' end.DH847662|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,563,854 - 27,564,386)(27,451,601 - 27,452,762)
sequence
gaattcaggctctgatgttttaactaatcttggtgatactgtagaaacca
gtcagcctttcccctcatgctgagagcttctttctcctcctcctcgctcc
tatttcaataaatgcactgttggacttcacacagctagtttgagaggagc
tgagacaaagacaactctatgtgattagaactgtcaaatgggctggattc
aaaaatccttatagatcagaagatgctgggacagaaagatgcccagcaac
gaatgttgactgcatccacccaacatgcagctatgtttgaaaacaggcat
gaactatatctgcttagtgagggtttctattgctgtgaagagacactatg
accttggcagctctcatgaagaaaacatttaattgaggctggcttatagt
tcaaaagtttagtacattatcattgtggagacagacatagtgctggagaa
ggagctgaaagttctatatcttgatccaggtagcaggaatagactgagtc
acagtaggtctagctggagcacttgagaccttaaattctaccacagtgac
acacttcctccaacaaggccacacctactccagcaaggccatacctccta
atagtgtcattgcctgtgaggtatgggggccattttctttcaaaccacta
taattgttaatggctcctatgtgtgtatgggggggggga
gaattctacctaaacacagtttatgatttctcgaaagtctgacatgctgt
tgaagctaatgacactagtgcatactacagagcttcagaaaggtgggcag
gccatgaggaggagagagcagttttcttgtgttctgacagcaggcacact
catacacattgctcaagagtttcctaaaatgattcaaaatgctcccacaa
gcccttggatatagcacctcttccttgagactgggacaccttgagcctaa
cacttagctttcaaaagcttgttcatatttcctcaaagacagcttcctgc
agaaagtatttttttaaagcagtaaaatgttaacactggaaccacgagac
cttgtgaaaaggcatctctatcagactaataatttaagctgaaggctctg
gaaaacattagaaaataaatgcgcttagccacagattttgaacagtggct
gcaaaattaggttattcttgctcgtgaattaaatctataataatttaccc
cctagaatatcctacatagtccacctgcatcactgtgtggaaatgcctat
ggagcctctccctaccctcctgcctagaccttcagagattcttgcaactg
cctaaattgtctgcaagcaaaatgagcagaaaactattgtcatgcctctg
atgaccttctcttgggtcttcttttatgctgccctcaagggttctgcctc
tggcctgtccattttgaagtgacctctccctgtctccctacataattctt
tcacatatgaagttcctgcagaaaaatcaggataaatgtatccctacctc
aactcttcttacatgccttcctctctcaaatataattagactatcaatgt
ctattgctccagcattacagtaaatgcagaggcagagaaatagaaatgct
tgggtgatgagggaacctggtgctgcaagcccggttactgatttctacat
acatcctacccacctaggtgggaaaacaatgtaatttctgtgaaatactg
aaatctgcaaaggataagttacatggcaaacacacatactacctcgtagc
ggagcagctgctatgagttttctgcaaagttgtgctggtctgacactgaa
aaccatgctgaaggaaggaagcatacaggaacatgaatggtggaatgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27563854_27564386
seq2: B6Ng01-012J20.b_201_734 (reverse)

seq1  -TCCCCCCCCCATACACACATAGGAGCCATTAACAATTATAGTGGTTTGA  49
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCATACACACATAGGAGCCATTAACAATTATAGTGGTTTGA  50

seq1  AAGAAAATGGCCCCCATACCTCACAGGCAATGACACTATTAGGAGGTATG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGGCCCCCATACCTCACAGGCAATGACACTATTAGGAGGTATG  100

seq1  GCCTTGCTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACTGTGGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCTGGAGTAGGTGTGGCCTTGTTGGAGGAAGTGTGTCACTGTGGT  150

seq1  AGAATTTAAGGTCTCAAGTGCTCCAGCTAGACCTACTGTGACTCAGTCTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTAAGGTCTCAAGTGCTCCAGCTAGACCTACTGTGACTCAGTCTA  200

seq1  TTCCTGCTACCTGGATCAAGATATAGAACTTTCAGCTCCTTCTCCAGCAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTACCTGGATCAAGATATAGAACTTTCAGCTCCTTCTCCAGCAC  250

seq1  TATGTCTGTCTCCACAATGATAATGTACTAAACTTTTGAACTATAAGCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGTCTCCACAATGATAATGTACTAAACTTTTGAACTATAAGCCA  300

seq1  GCCTCAATTAAATGTTTTCTTCATGAGAGCTGCCAAGGTCATAGTGTCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAATTAAATGTTTTCTTCATGAGAGCTGCCAAGGTCATAGTGTCTC  350

seq1  TTCACAGCAATAGAAACCCTCACTAAGCAGATATAGTTCATGCCTGTTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGCAATAGAAACCCTCACTAAGCAGATATAGTTCATGCCTGTTTT  400

seq1  CAAACATAGCTGCATGTTGGGTGGATGCAGTCAACATTCGTTGCTGGGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATAGCTGCATGTTGGGTGGATGCAGTCAACATTCGTTGCTGGGCA  450

seq1  TCTTTCTGTCCCAGCATCTTCTGATCTATAAGGATTTTTGAATCCAGCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGTCCCAGCATCTTCTGATCTATAAGGATTTTTGAATCCAGCCC  500

seq1  ATTTGACAGTTCTAATCACATAGAGTTGTCTTTG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGACAGTTCTAATCACATAGAGTTGTCTTTG  534

seq1: chr5_27451601_27452762
seq2: B6Ng01-012J20.g_69_1217

seq1  GAATTCTACCTAAACACAGTTTATGATTTCTCGAAAGTCTGACATGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCTAAACACAGTTTATGATTTCTCGAAAGTCTGACATGCTGT  50

seq1  TGAAGCTAATGACACTAGTGCATACTACAGAGCTTCAGAAAGGTGGGCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTAATGACACTAGTGCATACTACAGAGCTTCAGAAAGGTGGGCAG  100

seq1  GCCATGAGGAGGAGAGAGCAGTTTTCTTGTGTTCTGACAGCAGGCACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGAGGAGGAGAGAGCAGTTTTCTTGTGTTCTGACAGCAGGCACACT  150

seq1  CATACACATTGCTCAAGAGTTTCCTAAAATGATTCAAAATGCTCCCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACATTGCTCAAGAGTTTCCTAAAATGATTCAAAATGCTCCCACAA  200

seq1  GCCCTTGGATATAGCACCTCTTCCTTGAGACTGGGACACCTTGAGCCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTGGATATAGCACCTCTTCCTTGAGACTGGGACACCTTGAGCCTAA  250

seq1  CACTTAGCTTTCAAAAGCTTGTTCATATTTCCTCAAAGACAGCTTCCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAGCTTTCAAAAGCTTGTTCATATTTCCTCAAAGACAGCTTCCTGC  300

seq1  AGAAAGTATTTTTTTAAAGCAGTAAAATGTTAACACTGGAACCACGAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTATTTTTTTAAAGCAGTAAAATGTTAACACTGGAACCACGAGAC  350

seq1  CTTGTGAAAAGGCATCTCTATCAGACTAATAATTTAAGCTGAAGGCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAAAGGCATCTCTATCAGACTAATAATTTAAGCTGAAGGCTCTG  400

seq1  GAAAACATTAGAAAATAAATGCGCTTAGCCACAGATTTTGAACAGTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACATTAGAAAATAAATGCGCTTAGCCACAGATTTTGAACAGTGGCT  450

seq1  GCAAAATTAGGTTATTCTTGCTCGTGAATTAAATCTATAATAATTTACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTAGGTTATTCTTGCTCGTGAATTAAATCTATAATAATTTACCC  500

seq1  CCTAGAATATCCTACATAGTCCACCTGCATCACTGTGTGGAAATGCCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAATATCCTACATAGTCCACCTGCATCACTGTGTGGAAATGCCTAT  550

seq1  GGAGCCTCTCCCTACCCTCCTGCCTAGACCTTCAGAGATTCTTGCAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTCTCCCTACCCTCCTGCCTAGACCTTCAGAGATTCTTGCAACTG  600

seq1  CCTAAATTGTCTGCAAGCAAAATGAGCAGAAAACTATTGTCATGCCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAATTGTCTGCAAGCAAAATGAGCAGAAAACTATTGTCATGCCTCTG  650

seq1  ATGACCTTCTCTTGGGTCTTCTTTTATGCTGCCCTCAAGGGTTCTGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTTCTCTTGGGTCTTCTTTTATGCTGCCCTCAAGGGTTCTGCCTC  700

seq1  TGGCCTGTCCATTTTGAAGTGACCTCTCCCTGTCTCCCTACATAATTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGTCCATTTTGAAGTGACCTCTCCCTGTCTCCCTACATAATTCTT  750

seq1  TCACATATGAAGTTCCTGCAGAAAAATCAGGATAAATGTATCCCTACCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATATGAAGTTCCTGCAGAAAAATCAGGATAAATGTATCCCTACCTC  800

seq1  AACTCTTCTTACATGCCTTCCTCTCTCAAATATAATTAGACTATCAATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTCTTACATGCCTTCCTCTCTCAAATATAATTAGACTATCAATGT  850

seq1  CTATTGCTCCAGCATTACAGTAAATGCAGAGGCAGAGAAATAGAAATGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGCTCCAGCATTACAGTAAATGCAGAGGCAGAGAAATAGAAATGCT  900

seq1  TGGGTGATGAGGGAACCTGGTGCTGCAAGCCCGGTTACTGATTTCTACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGATGAGGGAACCTGGTGCTGCAAGCCCGGTTACTGATTTCTACAT  950

seq1  ACATCCTACCCACCTAGGTGGGAAAACAAATGTAATTTCTGTGAAATACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTACCCACCTAGGTGGGAAAAC-AATGTAATTTCTGTGAAATACT  999

seq1  GAAATCTGCAAAGGATAAGGTTACATGGCAAAACACACATACTACCCCGT  1050
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  GAAATCTGCAAAGGATAA-GTTACATGGC-AAACACACATACTACCTCGT  1047

seq1  AGCGGGAGCAGGCTGCTATGAGTTTTTCTGCCAAAAGTTTGTGCTGTGTC  1100
      ||| |||||| ||||||||||| ||||||||  |||| |||||||| |||
seq2  AGC-GGAGCA-GCTGCTATGAG-TTTTCTGC--AAAG-TTGTGCTG-GTC  1090

seq1  TGACACTGAAGAGCGATGCTG-AGGAAGGAGAGGCAGCAGGAGACATGAG  1149
      |||||||||| | | |||||| |||||||| ||    ||||| |||||| 
seq2  TGACACTGAA-AACCATGCTGAAGGAAGGA-AGCATACAGGA-ACATGAA  1137

seq1  TGGGTGGAATGTC  1162
      | |||||||||||
seq2  T-GGTGGAATGTC  1149