BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012M21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,815,466 - 31,960,461
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSupt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000
Upstream gene1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17, Gtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172, Fndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1
Downstream geneBre, Fosl2, LOC672217, Plb1, EG665350, LOC545743, Ppp1cb, LOC634553, LOC675983, Yes1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012M21.bB6Ng01-012M21.g
ACCDH847789DH847790
length1,1201,081
definitionDH847789|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012M21, 5' end.DH847790|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012M21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,815,466 - 31,816,595)(31,959,371 - 31,960,461)
sequence
gaattcagtgtactaactgcatcttggccactttatgaaaatgaagatgt
gatctgccttattgggtttctatttccgtgtcgagagaaaccatgaccac
ctcagcaactcttaaaacagacatggtgctggagtagctgagaattctac
atctttgtagcagggaaagaactgagacactagacctggcttgagcatat
gagacctcaaagcctggccttctccaacaaaaccatgactactctagcaa
ggccacacctccattccagatgagccttggtccagtttcaaactaccaca
agattaaaacaggatagatttaagagtgttaaagattaatttgaggggct
ggagagatggcttagtggttaagagcacagactgctcttccagaggtcct
gagttccaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaatgg
atctgctgtgtctgaagacagctacagtgtactcatatatataaaataaa
taggccttaaaaaagattaatatcaaaaatcctattttaaaattaagctg
taacttctttaggaggtaggactataggttagtctagagtacatgatgtg
actgtctttgaaaactgttaagttgtgatggcaagatggtttggtgggtt
aaaggctcttgctatgaaaacctgacgtcatgccttccacccctggcgcc
catgtaaaggttgaacgagagaactgactgcacacagcagttgtctctgg
cctcgctatacaggccacacacaccatgcacgagcacacacacatataac
aaacctcaaacactctgaggagagctcaccacaaaccttggtttgtcatg
gaggaagggagcatggccatcctttgtcatctcgtgtgccatctgagata
gttgctgtgctcagcctgtgctgagataggtgctgtgcttagccttggca
gctgattgcagtgggcatcagttaaccagtaactggtcagagagcagagg
acgtgatggtgaaggctgacagatctgtatggcctacttccacccctcta
caccagagaatgtcagtgagagggttgaaagtaagaaaccaagaataggg
agcctgaaggagataaaagc
gaattcaaagccaaaactcgctcggttgcattttctcaaagtgtcacaga
tgaggcccatgctcgtggtaagcagactggagctggaggtagccaagctg
gtagagcacatacctagcacgtaccgatcctgctggatcccagtgctaca
taacccaaatgtgctgggacacccccagcatcccaggacctgggaggtgc
tggcaggacgatctgaagctcaagggcagatcagagagatgacttgactc
agaagataaagacacttagggcccaacctgtgacccgagctccatctcca
ggacctacacagtaaggacacagaaaggactagctataaaccacggttgt
cctttgagctccatacatgctctgttctaagaatgtgcatagaaacacac
agagacacaataaatgaataaatgtggatttttgaaaataatttttgaag
tttaggtcatcctcaactatatataaagttcaagaccagctagggctaac
aagaaaaccattgttgaaaaacaaaaacccagtctgtgccttgctctggt
tctaagcaggcaaagtgactactgtgtgcctctgctgtctcctgcccatg
tacagtacaccctcatcgcagttctctcctacccctgcttctcggagagc
cctgctgcctcctctagttccccacagcccacccagctggtggaggagag
gaccgtacagctaacacaggtgagaccctagccttcaacagggacagcta
gtgtcagcctgacacacaggccgcctgaccaacctcagcctgtcatttgg
gtggggttcagaaatgtttccttcatcacctgtcactcatttcttcctct
tcagacattgagggtcttgtggcatcaagagatggggggggaggggatgc
tgtagcactggcaccagcttactcttactctaacttttgtttgatgtttg
ttctgaacaggttgcttgtctggcatgagtttctgatcctctgtctcctg
ccttttcatccacaggttacagatttcaccacccgagctgggctttgtat
ccagtggcttcaattaattccacatatctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31815466_31816595
seq2: B6Ng01-012M21.b_48_1167

seq1  GAATTCAGTGTACTAACTGCATCTTGGCCACTTTATGAAAATGAAGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTACTAACTGCATCTTGGCCACTTTATGAAAATGAAGATGT  50

seq1  GATCTGCCTTATTGGGTTTCTATTTCCGTGTCGAGAGAAACCATGACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCCTTATTGGGTTTCTATTTCCGTGTCGAGAGAAACCATGACCAC  100

seq1  CTCAGCAACTCTTAAAACAGACATGGTGCTGGAGTAGCTGAGAATTCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAACTCTTAAAACAGACATGGTGCTGGAGTAGCTGAGAATTCTAC  150

seq1  ATCTTTGTAGCAGGGAAAGAACTGAGACACTAGACCTGGCTTGAGCATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGTAGCAGGGAAAGAACTGAGACACTAGACCTGGCTTGAGCATAT  200

seq1  GAGACCTCAAAGCCTGGCCTTCTCCAACAAAACCATGACTACTCTAGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCTCAAAGCCTGGCCTTCTCCAACAAAACCATGACTACTCTAGCAA  250

seq1  GGCCACACCTCCATTCCAGATGAGCCTTGGTCCAGTTTCAAACTACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACCTCCATTCCAGATGAGCCTTGGTCCAGTTTCAAACTACCACA  300

seq1  AGATTAAAACAGGATAGATTTAAGAGTGTTAAAGATTAATTTGAGGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAAACAGGATAGATTTAAGAGTGTTAAAGATTAATTTGAGGGGCT  350

seq1  GGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAGGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGGCTTAGTGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAGAGGTCCT  400

seq1  GAGTTCCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGG  450

seq1  ATCTGCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATATATAAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATATATAAAATAAA  500

seq1  TAGGCCTTAAAAAAGATTAATATCAAAAATCCTATTTTAAAATTAAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCTTAAAAAAGATTAATATCAAAAATCCTATTTTAAAATTAAGCTG  550

seq1  TAACTTCTTTAGGAGGTAGGACTATAGGTTAGTCTAGAGTACATGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTCTTTAGGAGGTAGGACTATAGGTTAGTCTAGAGTACATGATGTG  600

seq1  ACTGTCTTTGAAAACTGTTAAGTTGTGATGGCAAGATGGTTTGGTGGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTGAAAACTGTTAAGTTGTGATGGCAAGATGGTTTGGTGGGTT  650

seq1  AAAGGCTCTTGCTATGAAAACCTGACGTCATGCCTTCCACCCCTGGCGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTCTTGCTATGAAAACCTGACGTCATGCCTTCCACCCCTGGCGCC  700

seq1  CATGTAAAGGTTGAACGAGAGAACTGACTGCACACAGCAGTTGTCTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAAGGTTGAACGAGAGAACTGACTGCACACAGCAGTTGTCTCTGG  750

seq1  CCTCGCTATACAGGCCACACACACCATGCACGAGCACACACACATATAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGCTATACAGGCCACACACACCATGCACGAGCACACACACATATAAC  800

seq1  AAACCTCAAACACTCTGAGGAGAGCTCACCACAAACCTTGGTTTGTCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCAAACACTCTGAGGAGAGCTCACCACAAACCTTGGTTTGTCATG  850

seq1  GAGGAAGGGAGCATGGCCATCCTTTGTCATCTCGTGTGCCATCTGAGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGGAGCATGGCCATCCTTTGTCATCTCGTGTGCCATCTGAGATA  900

seq1  GTTGCTGTGCTCAGCCTGTGCTGAGATAGGTGCTGTGCTTAGCCTTGGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGTGCTCAGCCTGTGCTGAGATAGGTGCTGTGCTTAGCCTTGGCA  950

seq1  GCTGATTGCAGTGGGCATCAGTTAACCAGTAACTGGCCAGAGAGCAGAGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTGATTGCAGTGGGCATCAGTTAACCAGTAACTGGTCAGAGAGCAGAGG  1000

seq1  ACGTGATGGTGAAGGGCTGACAGATCTGTATGGCCCTTACTTTCCACCCC  1050
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||
seq2  ACGTGATGGTGAA-GGCTGACAGATCTGTATGGCC--TAC-TTCCACCCC  1046

seq1  TCCTACAACCAGAGAATGTCAAGTGAGAGGGGTGGAAAGTAAGAACACGA  1100
      | |||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||  | |
seq2  T-CTAC-ACCAGAGAATGTC-AGTGAGA-GGGTTGAAAGTAAGAAACCAA  1092

seq1  GGATAGGGAGCTGGAAGGGAGATAGAAAGC  1130
      | |||||||||  ||| ||||||| |||||
seq2  GAATAGGGAGCCTGAA-GGAGATA-AAAGC  1120

seq1: chr5_31959371_31960461
seq2: B6Ng01-012M21.g_65_1145 (reverse)

seq1  CTAGATAATGTGGAATTAATTTAGAAGCACACTGGAT-CAAAGCCAAGCA  49
      |||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||| ||| 
seq2  CTAGAT-ATGTGGAATTAATT--GAAGC-CACTGGATACAAAGCCCAGCT  46

seq1  C-GGTGGTGAATACCTGTAACCCTGT-GATTGAAAGGCAGGGGCAGGAGG  97
      | ||||||||| | |||||| ||||| |||  ||||||||| |   ||||
seq2  CGGGTGGTGAA-ATCTGTAA-CCTGTGGATGAAAAGGCAGGAGACAGAGG  94

seq1  ATCAGAAACTCAATGCCAAGAC-AGCACCTTGTTTCAGAACAAAACATAC  146
      ||||||||||| ||||| |||| |||| | || |||||||| |||||| |
seq2  ATCAGAAACTC-ATGCC-AGACAAGCAACCTG-TTCAGAAC-AAACAT-C  139

seq1  AAACAAAAGTTAGAGTAAGAGTAAGCTGGGTGGCCAGTTGCTACAGCATC  196
      |||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||
seq2  AAACAAAAGTTAGAGTAAGAGTAAGCTGG--TGCCAG-TGCTACAGCATC  186

seq1  CCCT-CCCCCCCATCTTCTTGATGCCACAAGACCCTCAATGTCTGAAGAG  245
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCCCCATC-TCTTGATGCCACAAGACCCTCAATGTCTGAAGAG  235

seq1  GAAGAAATGAGTGACAGGTGATGAAGGAAACATTTCTGAACCCCACCCAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATGAGTGACAGGTGATGAAGGAAACATTTCTGAACCCCACCCAA  285

seq1  ATGACAGGCTGAGGTTGGTCAGGCGGCCTGTGTGTCAGGCTGACACTAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGGCTGAGGTTGGTCAGGCGGCCTGTGTGTCAGGCTGACACTAGC  335

seq1  TGTCCCTGTTGAAGGCTAGGGTCTCACCTGTGTTAGCTGTACGGTCCTCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGTTGAAGGCTAGGGTCTCACCTGTGTTAGCTGTACGGTCCTCT  385

seq1  CCTCCACCAGCTGGGTGGGCTGTGGGGAACTAGAGGAGGCAGCAGGGCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACCAGCTGGGTGGGCTGTGGGGAACTAGAGGAGGCAGCAGGGCTC  435

seq1  TCCGAGAAGCAGGGGTAGGAGAGAACTGCGATGAGGGTGTACTGTACATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAGAAGCAGGGGTAGGAGAGAACTGCGATGAGGGTGTACTGTACATG  485

seq1  GGCAGGAGACAGCAGAGGCACACAGTAGTCACTTTGCCTGCTTAGAACCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGAGACAGCAGAGGCACACAGTAGTCACTTTGCCTGCTTAGAACCA  535

seq1  GAGCAAGGCACAGACTGGGTTTTTGTTTTTCAACAATGGTTTTCTTGTTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGGCACAGACTGGGTTTTTGTTTTTCAACAATGGTTTTCTTGTTA  585

seq1  GCCCTAGCTGGTCTTGAACTTTATATATAGTTGAGGATGACCTAAACTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAGCTGGTCTTGAACTTTATATATAGTTGAGGATGACCTAAACTTC  635

seq1  AAAAATTATTTTCAAAAATCCACATTTATTCATTTATTGTGTCTCTGTGT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTATTTTCAAAAATCCACATTTATTCATTTATTGTGTCTCTGTGT  685

seq1  GTTTCTATGCACATTCTTAGAACAGAGCATGTATGGAGCTCAAAGGACAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTATGCACATTCTTAGAACAGAGCATGTATGGAGCTCAAAGGACAA  735

seq1  CCGTGGTTTATAGCTAGTCCTTTCTGTGTCCTTACTGTGTAGGTCCTGGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGGTTTATAGCTAGTCCTTTCTGTGTCCTTACTGTGTAGGTCCTGGA  785

seq1  GATGGAGCTCGGGTCACAGGTTGGGCCCTAAGTGTCTTTATCTTCTGAGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGCTCGGGTCACAGGTTGGGCCCTAAGTGTCTTTATCTTCTGAGT  835

seq1  CAAGTCATCTCTCTGATCTGCCCTTGAGCTTCAGATCGTCCTGCCAGCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCATCTCTCTGATCTGCCCTTGAGCTTCAGATCGTCCTGCCAGCAC  885

seq1  CTCCCAGGTCCTGGGATGCTGGGGGTGTCCCAGCACATTTGGGTTATGTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGTCCTGGGATGCTGGGGGTGTCCCAGCACATTTGGGTTATGTA  935

seq1  GCACTGGGATCCAGCAGGATCGGTACGTGCTAGGTATGTGCTCTACCAGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGATCCAGCAGGATCGGTACGTGCTAGGTATGTGCTCTACCAGC  985

seq1  TTGGCTACCTCCAGCTCCAGTCTGCTTACCACGAGCATGGGCCTCATCTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTACCTCCAGCTCCAGTCTGCTTACCACGAGCATGGGCCTCATCTG  1035

seq1  TGACACTTTGAGAAAATGCAACCGAGCGAGTTTTGGCTTTGAATTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTTTGAGAAAATGCAACCGAGCGAGTTTTGGCTTTGAATTC  1081