BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013P07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,283,552 - 27,445,351
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6, B930011P16Rik
Upstream geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837, 4930584F24Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013P07.bB6Ng01-013P07.g
ACCDH848639DH848640
length6431,078
definitionDH848639|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013P07, 5' end.DH848640|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013P07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,283,552 - 27,284,193)(27,444,320 - 27,445,351)
sequence
gaattcatcacctttagatgcctcgggtagaagcccaattataagttcta
ttctcctaattaagtcatacaaaggaagaactatgtgagtttacttgtgt
ctctgtcttgatgcaactttgacatgactgcatgcaagaagaggtttctt
ctcttcagctaactattctatgtcctctctatcaacatgcctaaggacta
aaactgctgaacgaacttagtgtacttcttggcacctttgatattggatg
aaccacagggaaagggctggatcccctcaaagattgccagagctatgtgt
gcactgacaggtggctatgttatgtgtgaaggtatatgattaatttaatt
atttcctggatccttttctggtttctgtaagttgtaattaaagtgagcat
ttaaaatataagataaagatagattatttgtgtaattacatgtaagcccc
ttataaatttgtcctattagcctagcacctttcctagaaaaagttctaat
attactttagcaagcaaataactagttgctctctctctctctctctctct
ctctctctctctctctctctctcacttttttatgttttatatataatgtt
tatgttttatatatatttatatatataatattcctatatgctc
gaattcctacaggcatgagatggaaatggaaaagtgggcttgtgttgacc
ttggaaatgaaaccctgcagatgagtttagttgatttatcaaggggtatc
ttcttgttatgccaaataagagagagtgccatagaatgttccttaaaaat
gagaagctcctatgaggcaacagtgcacccaagcctatcccaagagtgac
agtttatagctgtcctggcatgaatgagtctctaccctcttcccttgctc
atcaccctgtttggatgacactcaggtcaccacacacttaagttccttta
tattaatttcattaaatctattttgtggttctatatttaaccaactggaa
atgctacgttaagttcacatatgtgctgctacagggagaatttcttattt
ctctccaaaccaaaggcattggaaatttcaccttcaagttcagtgacctt
cctgaagtattctttactgcattcatggttttgctaggcccaggaggtag
ttatgcttccagtgaacacctggagaatgaaatgaagaactggggtgggg
gccggaggctgatgacgcttgagaatagaataaagaacagggggctgatg
atgctttccaccaagattggtaacttgtgttcagtccctgcgacctaacc
cttagaaggagagaactcactgcaacgagctgtctctgatttccatgcat
acactcacacaagcatccacacacacaataaacaaaaacacttgctgctc
ttttagaggatcctagctgggttaccagcacatacacacattggggtggc
tcccactccctgtaactgctccatgggatcagataacccttttctggcat
tcatagacacatctcagttactttctgttgctatgataaaaatgccacga
ctaaagcaacttacagaaaaaaaaggtttatcagctttcacaagtctaga
tgtttaaagtccaagatggtggagcaaaggcacgacagcagaaacgtgaa
gctgaagcttcacaatctttatatcccaagcatgatgtgaaagtgaactt
tgaaactgctagggtcttttgactctca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27283552_27284193
seq2: B6Ng01-013P07.b_46_688

seq1  GAATTCATCACCTTTAGATGCCTCGGGTAGAAGCCCAATTATAAGTTCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACCTTTAGATGCCTCGGGTAGAAGCCCAATTATAAGTTCTA  50

seq1  TTCTCCTAATTAAGTCATACAAAGGAAGAACTATGTGAGTTTACTTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAATTAAGTCATACAAAGGAAGAACTATGTGAGTTTACTTGTGT  100

seq1  CTCTGTCTTGATGCAACTTTGACATGACTGCATGCAAGAAGAGGTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCTTGATGCAACTTTGACATGACTGCATGCAAGAAGAGGTTTCTT  150

seq1  CTCTTCAGCTAACTATTCTATGTCCTCTCTATCAACATGCCTAAGGACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCAGCTAACTATTCTATGTCCTCTCTATCAACATGCCTAAGGACTA  200

seq1  AAACTGCTGAACGAACTTAGTGTACTTCTTGGCACCTTTGATATTGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTGAACGAACTTAGTGTACTTCTTGGCACCTTTGATATTGGATG  250

seq1  AACCACAGGGAAAGGGCTGGATCCCCTCAAAGATTGCCAGAGCTATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGGGAAAGGGCTGGATCCCCTCAAAGATTGCCAGAGCTATGTGT  300

seq1  GCACTGACAGGTGGCTATGTTATGTGTGAAGGTATATGATTAATTTAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGACAGGTGGCTATGTTATGTGTGAAGGTATATGATTAATTTAATT  350

seq1  ATTTCCTGGATCCTTTTCTGGTTTCTGTAAGTTGTAATTAAAGTGAGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTGGATCCTTTTCTGGTTTCTGTAAGTTGTAATTAAAGTGAGCAT  400

seq1  TTAAAATATAAGATAAAGATAGATTATTTGTGTAATTACATGTAAGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATATAAGATAAAGATAGATTATTTGTGTAATTACATGTAAGCCCC  450

seq1  TTATAAATTTGTCCTATTAGCCTAGCACCTTTCCTAGAAAAAGTTCTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATTTGTCCTATTAGCCTAGCACCTTTCCTAGAAAAAGTTCTAAT  500

seq1  ATTACTTTAGCAAGCAAATAACTAGTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTTAGCAAGCAAATAACTAGTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  550

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCTCTCTCTGTTTTATATATAATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||| | | | | ||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTTTTATGTTTTATATATAATGTT  600

seq1  TATG-TTTATATATATATATATATATAATATTCATATATGCAC  642
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |
seq2  TATGTTTTATATATATTTATATATATAATATTCCTATATGCTC  643

seq1: chr5_27444320_27445351
seq2: B6Ng01-013P07.g_109_1142 (reverse)

seq1  TGAGAGTCAAAAGACCCATGCAGTTTC-AAGTTCACTTCCACATCATGCT  49
      |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TGAGAGTCAAAAGACCCTAGCAGTTTCAAAGTTCACTTTCACATCATGCT  50

seq1  TGGGAT-TAAAGA-TGTGAAGCCTCAGCTTCACGTTTCTGCTGTCGTGCC  97
      |||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATATAAAGATTGTGAAGCTTCAGCTTCACGTTTCTGCTGTCGTGCC  100

seq1  TTTGCTCCACCATCTTGGACTTTAAACATCTAGACCTGTG-AAGCTGAAT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||
seq2  TTTGCTCCACCATCTTGGACTTTAAACATCTAGACTTGTGAAAGCTG-AT  149

seq1  AAACCTTTCTTTTCTGTAAGTTGCTTTAGTCGTGGCA-TTTTATCATAGC  195
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAACCTTTTTTTTCTGTAAGTTGCTTTAGTCGTGGCATTTTTATCATAGC  199

seq1  AACAGAAAAGTAACTGAGATGGTGTCTATGAATGCCAGAAAAGGGTTATC  245
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAG-AAAGTAACTGAGAT-GTGTCTATGAATGCCAGAAAAGGGTTATC  247

seq1  TGATCCCATGGAGCAGTTACAGGGAGTTGGGAGCCA-CCCAATGTGTGTA  294
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||
seq2  TGATCCCATGGAGCAGTTACAGGGAG-TGGGAGCCACCCCAATGTGTGTA  296

seq1  TGTGCTGGTAACCAAGCTAGGATCCTCTAAAAGAGCAGCAAGTGTTTTTG  344
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGGTAACCCAGCTAGGATCCTCTAAAAGAGCAGCAAGTGTTTTTG  346

seq1  TTTATTGTGTGTGTGGATGCTTGTGTGAGTGTATGCATGGAAATCAGAGA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTGTGTGTGGATGCTTGTGTGAGTGTATGCATGGAAATCAGAGA  396

seq1  CAGCTCGTTGCAGTGAGTTCTCTCCTTCTAAGGGTTAGGTCGCAGGGACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCGTTGCAGTGAGTTCTCTCCTTCTAAGGGTTAGGTCGCAGGGACT  446

seq1  GAACACAAGTTACCAATCTTGGTGGAAAGCATCATCAGCCCCCTGTTCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAAGTTACCAATCTTGGTGGAAAGCATCATCAGCCCCCTGTTCTT  496

seq1  TATTCTATTCTCAAGCGTCATCAGCCTCCGGCCCCCACCCCAGTTCTTCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATTCTCAAGCGTCATCAGCCTCCGGCCCCCACCCCAGTTCTTCA  546

seq1  TTTCATTCTCCAGGTGTTCACTGGAAGCATAACTACCTCCTGGGCCTAGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCTCCAGGTGTTCACTGGAAGCATAACTACCTCCTGGGCCTAGC  596

seq1  AAAACCATGAATGCAGTAAAGAATACTTCAGGAAGGTCACTGAACTTGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCATGAATGCAGTAAAGAATACTTCAGGAAGGTCACTGAACTTGAA  646

seq1  GGTGAAATTTCCAATGCCTTTGGTTTGGAGAGAAATAAGAAATTCTCCCT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAAATTTCCAATGCCTTTGGTTTGGAGAGAAATAAGAAATTCTCCCT  696

seq1  GTAGCAGCACATATGTGAACTTAACGTAGCATTTCCAGTTGGTTAAATAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGCACATATGTGAACTTAACGTAGCATTTCCAGTTGGTTAAATAT  746

seq1  AGAACCACAAAATAGATTTAATGAAATTAATATAAAGGAACTTAAGTGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACAAAATAGATTTAATGAAATTAATATAAAGGAACTTAAGTGTG  796

seq1  TGGTGACCTGAGTGTCATCCAAACAGGGTGATGAGCAAGGGAAGAGGGTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACCTGAGTGTCATCCAAACAGGGTGATGAGCAAGGGAAGAGGGTA  846

seq1  GAGACTCATTCATGCCAGGACAGCTATAAACTGTCACTCTTGGGATAGGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTCATTCATGCCAGGACAGCTATAAACTGTCACTCTTGGGATAGGC  896

seq1  TTGGGTGCACTGTTGCCTCATAGGAGCTTCTCATTTTTAAGGAACATTCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGCACTGTTGCCTCATAGGAGCTTCTCATTTTTAAGGAACATTCT  946

seq1  ATGGCACTCTCTCTTATTTGGCATAACAAGAAGATACCCCTTGATAAATC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACTCTCTCTTATTTGGCATAACAAGAAGATACCCCTTGATAAATC  996

seq1  AACTAAACTCATCTGCAGGGTTTCATTTCCAAGGTCAA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAACTCATCTGCAGGGTTTCATTTCCAAGGTCAA  1034