BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016F03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 120,491,109 - 120,637,233
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbm19
Upstream geneEG665194, LOC100039529, LOC100039542, Tbx3, EG433945, Tbx5
Downstream geneLOC100039609, Lhx5, Sdsl, Sds, 1300012G16Rik, Slc24a6, Tpcn1, Iqcd, 1110008J03Rik, Ddx54, LOC546886, Rasal1, Dtx1, Oas2, Oas3, Oas1e, Oas1c, Oas1b, Oas1f, Oas1h, Oas1g, Oas1a, Oas1d, Oas1i, Rph3a, LOC665299, Ptpn11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016F03.bB6Ng01-016F03.g
ACCDH850316DH850317
length1,2011,028
definitionDH850316|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016F03, 5' end.DH850317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,491,109 - 120,492,324)(120,636,202 - 120,637,233)
sequence
gaattctagggttgagaaagctacctcagaattggaaaagaaagctgatc
tcctcccatgaagaggcctgatacctagatccattgagtcccactcttct
agttgtgatttctaaccataatctgccacatgtcacatatcacctttcat
gagacatttgagccaagcctgatcagggttagttgagcagttaggttgag
gttgtgttttttactttttcataaaagcacttgggtgtcacctgtgtcca
gagcaaaaatatccctcactctgtccttggaaacttggatcctgcacagc
tgttctaagcctctgtagagttctgtcttcaagtgcttctctgaatatgt
tcatggatgctacaaaagccttgaaggtctgctaacaaacatgggcaaga
agcagtcaccttgaaataattttatattgagggatcaaattacctagaag
tgtccatgaaaattcccttacatctgatgggtcgggctttcaaaagattt
cttactgcttcctatataaaagatacatttgttggctctacaagctttct
tcagtcaatatttctcagagaggagtccaatgtgctattccccctacctt
gaatcttgagagtttgaatggctttatttcaccattggagtgggggttaa
acatcgaaaccaggaagttcttcctagctggattatgttagaatagcatc
tgaagagatgttggtatctcttcccattatgagttaacgccagcttggtc
agtatcgttgcagtcattaaccaaaggaatgtacctcgggtactcattgg
gcacaattcagagaatgagaggataacctactctttcagaagcacataca
ccagagtgggtgggtgacagacttgggagctggatcccgcatgctctatg
gagccctgtgatggaagtgtcttaagtcattaggatatcccttcatcctt
tgtcatgactggtccatgtggaatgtgtatggaaaagagacagtgacaga
ttccaaatgtcctcatcatcactcatccatcactcacatattctgtagga
aaaaaagaagacaggatttactccagctgttacgtgggtctttctactca
gaagggcgaccatatgtagatgtagtcctgtcagcagtccctgggaccct
tctatgggatctggtgaatatttaatagaccacatagagagtgaatcctt
c
gaattcctgcgggggccccagtgcaaggatgacagggtaggaagactgcc
tgcctcttgaggtgacagcaccactgactacagacagggctgtcccagcc
ccagccagaacctgtttgccagcagatgggaggaggggaccagttcccag
ctgggtggctcaatggtagctgccttgttccgctttctggggaccactgt
gaaggtacttaaggaagatgggcttccagttcaagtcttgacatccttgt
gaggggtgcacacccaattagagacaaggctcagtgatcccaaccccaca
gacctctctagctctccctgactccctccatctctcagccacaggcacaa
tgggcctctttgttctcaattttggggaccctcagcctgggctacccacg
aagggaagtggctaccacttcatccatgcccacagccctgctcagtcact
atggtgtcccacacatgaggacagctggactccggagtaggacaaccatc
tttaggccagtgtcaccttgctgagtcagctgggagcacagagcttgggt
ccccaagaatggcaatactggaacttggtgaccctatggttcctagggcc
agcccgcaggacacatttccagcacccctgggcttgaggtatcatgtttt
ggaacctgaatcagagactataatatgaacagaaaagacaactgccttgc
ccttgttgcttgcctggcctcattgccttacctacctgcagtggacaagg
taagctgccatgcacatggctgtcctaatccaaggtggcttgaagtggca
ggaggctgcacccaagtgagggcagcgatccaggtggtccccatcccagc
tcttaaccccagaagccccgagtcagccactcctaccttggaagtgcctg
gccgtcttcctccgtagggtctgcacggtcacctctgagtctgcccattc
cagaaccaggctgcggccgtacagtgagtgctatgacacagcgcattgaa
gctttctggaggaggggcagtaagagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_120491109_120492324
seq2: B6Ng01-016F03.b_46_1246

seq1  GAATTCTAGGGTTGAGAAAGCTACCTCAGAATTGGAAAAGAAAGCTGATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGTTGAGAAAGCTACCTCAGAATTGGAAAAGAAAGCTGATC  50

seq1  TCCTCCCATGAAGAGGCCTGATACCTAGATCCATTGAGTCCCACTCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCATGAAGAGGCCTGATACCTAGATCCATTGAGTCCCACTCTTCT  100

seq1  AGTTGTGATTTCTAACCATAATCTGCCACATGTCACATATCACCTTTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGATTTCTAACCATAATCTGCCACATGTCACATATCACCTTTCAT  150

seq1  GAGACATTTGAGCCAAGCCTGATCAGGGTTAGTTGAGCAGTTAGGTTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATTTGAGCCAAGCCTGATCAGGGTTAGTTGAGCAGTTAGGTTGAG  200

seq1  GTTGTGTTTTTTACTTTTTCATAAAAGCACTTGGGTGTCACCTGTGTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTTTTTTACTTTTTCATAAAAGCACTTGGGTGTCACCTGTGTCCA  250

seq1  GAGCAAAAATATCCCTCACTCTGTCCTTGGAAACTTGGATCCTGCACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAAAATATCCCTCACTCTGTCCTTGGAAACTTGGATCCTGCACAGC  300

seq1  TGTTCTAAGCCTCTGTAGAGTTCTGTCTTCAAGTGCTTCTCTGAATATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTAAGCCTCTGTAGAGTTCTGTCTTCAAGTGCTTCTCTGAATATGT  350

seq1  TCATGGATGCTACAAAAGCCTTGAAGGTCTGCTAACAAACATGGGCAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGATGCTACAAAAGCCTTGAAGGTCTGCTAACAAACATGGGCAAGA  400

seq1  AGCAGTCACCTTGAAATAATTTTATATTGAGGGATCAAATTACCTAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCACCTTGAAATAATTTTATATTGAGGGATCAAATTACCTAGAAG  450

seq1  TGTCCATGAAAATTCCCTTACATCTGATGGGTCGGGCTTTCAAAAGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGAAAATTCCCTTACATCTGATGGGTCGGGCTTTCAAAAGATTT  500

seq1  CTTACTGCTTCCTATATAAAAGATACATTTGTTGGCTCTACAAGCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGCTTCCTATATAAAAGATACATTTGTTGGCTCTACAAGCTTTCT  550

seq1  TCAGTCAATATTTCTCAGAGAGGAGTCCAATGTGCTATTCCCCCTACCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCAATATTTCTCAGAGAGGAGTCCAATGTGCTATTCCCCCTACCTT  600

seq1  GAATCTTGAGAGTTTGAATGGCTTTATTTCACCATTGGAGTGGGGGTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTGAGAGTTTGAATGGCTTTATTTCACCATTGGAGTGGGGGTTAA  650

seq1  ACATCGAAACCAGGAAGTTCTTCCTAGCTGGATTATGTTAGAATAGCATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCGAAACCAGGAAGTTCTTCCTAGCTGGATTATGTTAGAATAGCATC  700

seq1  TGAAGAGATGTTGGTATCTCTTCCCATTATGAGTTAACGCCAGCTTGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAGATGTTGGTATCTCTTCCCATTATGAGTTAACGCCAGCTTGGTC  750

seq1  AGTATCGTTGCAGTCATTAACCAAAGGAATGTACCTCGGGTACTCATTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCGTTGCAGTCATTAACCAAAGGAATGTACCTCGGGTACTCATTGG  800

seq1  GCACAATTCAGAGAATGAGAGGATAACCTACTCTTTCAGAAGCACATACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATTCAGAGAATGAGAGGATAACCTACTCTTTCAGAAGCACATACA  850

seq1  CCAGAGTGGGTGGGTGACAGACTTGGGAGCTGGATCCCGCATGCTCTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGGGTGGGTGACAGACTTGGGAGCTGGATCCCGCATGCTCTATG  900

seq1  GAGCCCTGTGATGGAAGTGTCTTAAGTCATTAGGATATCCCTTCATCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTGTGATGGAAGTGTCTTAAGTCATTAGGATATCCCTTCATCCTT  950

seq1  TGTCATGACTGGTCCATGTGGAATGTGTATGGAAAAGAGACAGTGACAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGACTGGTCCATGTGGAATGTGTATGGAAAAGAGACAGTGACAGA  1000

seq1  TTCCAAATGTCCTCATCCATCACTCATCCATCACTCACATA-TCTGGAAG  1049
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |  
seq2  TTCCAAATGTCCTCAT-CATCACTCATCCATCACTCACATATTCTGTA--  1047

seq1  GGAAGACAAGAAGACA-GATCTACTCCAGCTG-TACTTGGGTCCTTTCTA  1097
      |||| | ||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||| |||||| 
seq2  GGAAAAAAAGAAGACAGGATTTACTCCAGCTGTTACGTGGGT-CTTTCT-  1095

seq1  ACTCAGAAGGCAGACCATAATGTAGGATGTATGTCCTGTCAGGCCAGTCC  1147
      ||||||||||  |||||| ||||| |||||| ||||||||||  ||||||
seq2  ACTCAGAAGGGCGACCAT-ATGTA-GATGTA-GTCCTGTCAG--CAGTCC  1140

seq1  CTGGGACTCTTCATGGGGATCTGGTTGAATATATTTTAATAAGAATCCA-  1196
      ||||||| ||||   ||||||||| ||||||   |||||| |||  ||| 
seq2  CTGGGACCCTTCTATGGGATCTGG-TGAATA---TTTAAT-AGA--CCAC  1183

seq1  ATAGAGAATATGAATCCTTC  1216
      |||||||   ||||||||||
seq2  ATAGAGA--GTGAATCCTTC  1201

seq1: chr5_120636202_120637233
seq2: B6Ng01-016F03.g_67_1094 (reverse)

seq1  TGCTCTTTCCTGCCCCCTCCTCCAGAAAGCCTTCAATGCGCTGTGTCATA  50
      ||||| || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGCTC-TTACTG-CCCCTCCTCCAGAAAG-CTTCAATGCGCTGTGTCATA  47

seq1  GCACTCACTTGTACGGCCGCAGGCTGGTTCTGGAATGGGCAGACTCAGAG  100
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAC-TGTACGGCCGCAGCCTGGTTCTGGAATGGGCAGACTCAGAG  96

seq1  GTGACCGTGCAGACCCTACGGAGGAAGACGGCCAGGCACTTCCAAGGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCGTGCAGACCCTACGGAGGAAGACGGCCAGGCACTTCCAAGGTAG  146

seq1  GAGTGGCTGACTCGGGGCTTCTGGGGTTAAGAGCTGGGATGGGGACCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCTGACTCGGGGCTTCTGGGGTTAAGAGCTGGGATGGGGACCACC  196

seq1  TGGATCGCTGCCCTCACTTGGGTGCAGCCTCCTGCCACTTCAAGCCACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCGCTGCCCTCACTTGGGTGCAGCCTCCTGCCACTTCAAGCCACCT  246

seq1  TGGATTAGGACAGCCATGTGCATGGCAGCTTACCTTGTCCACTGCAGGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAGGACAGCCATGTGCATGGCAGCTTACCTTGTCCACTGCAGGTA  296

seq1  GGTAAGGCAATGAGGCCAGGCAAGCAACAAGGGCAAGGCAGTTGTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGGCAATGAGGCCAGGCAAGCAACAAGGGCAAGGCAGTTGTCTTTT  346

seq1  CTGTTCATATTATAGTCTCTGATTCAGGTTCCAAAACATGATACCTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCATATTATAGTCTCTGATTCAGGTTCCAAAACATGATACCTCAAG  396

seq1  CCCAGGGGTGCTGGAAATGTGTCCTGCGGGCTGGCCCTAGGAACCATAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGGGTGCTGGAAATGTGTCCTGCGGGCTGGCCCTAGGAACCATAGG  446

seq1  GTCACCAAGTTCCAGTATTGCCATTCTTGGGGACCCAAGCTCTGTGCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCAAGTTCCAGTATTGCCATTCTTGGGGACCCAAGCTCTGTGCTCC  496

seq1  CAGCTGACTCAGCAAGGTGACACTGGCCTAAAGATGGTTGTCCTACTCCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGACTCAGCAAGGTGACACTGGCCTAAAGATGGTTGTCCTACTCCG  546

seq1  GAGTCCAGCTGTCCTCATGTGTGGGACACCATAGTGACTGAGCAGGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCAGCTGTCCTCATGTGTGGGACACCATAGTGACTGAGCAGGGCTG  596

seq1  TGGGCATGGATGAAGTGGTAGCCACTTCCCTTCGTGGGTAGCCCAGGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGGATGAAGTGGTAGCCACTTCCCTTCGTGGGTAGCCCAGGCTG  646

seq1  AGGGTCCCCAAAATTGAGAACAAAGAGGCCCATTGTGCCTGTGGCTGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCCCCAAAATTGAGAACAAAGAGGCCCATTGTGCCTGTGGCTGAGA  696

seq1  GATGGAGGGAGTCAGGGAGAGCTAGAGAGGTCTGTGGGGTTGGGATCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGGGAGTCAGGGAGAGCTAGAGAGGTCTGTGGGGTTGGGATCACT  746

seq1  GAGCCTTGTCTCTAATTGGGTGTGCACCCCTCACAAGGATGTCAAGACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTGTCTCTAATTGGGTGTGCACCCCTCACAAGGATGTCAAGACTT  796

seq1  GAACTGGAAGCCCATCTTCCTTAAGTACCTTCACAGTGGTCCCCAGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGAAGCCCATCTTCCTTAAGTACCTTCACAGTGGTCCCCAGAAAG  846

seq1  CGGAACAAGGCAGCTACCATTGAGCCACCCAGCTGGGAACTGGTCCCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACAAGGCAGCTACCATTGAGCCACCCAGCTGGGAACTGGTCCCCTC  896

seq1  CTCCCATCTGCTGGCAAACAGGTTCTGGCTGGGGCTGGGACAGCCCTGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATCTGCTGGCAAACAGGTTCTGGCTGGGGCTGGGACAGCCCTGTC  946

seq1  TGTAGTCAGTGGTGCTGTCACCTCAAGAGGCAGGCAGTCTTCCTACCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCAGTGGTGCTGTCACCTCAAGAGGCAGGCAGTCTTCCTACCCTG  996

seq1  TCATCCTTGCACTGGGGCCCCCGCAGGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTTGCACTGGGGCCCCCGCAGGAATTC  1028