BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016J05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 35,391,657 - 35,538,868
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDok7, Lrpap1
Upstream genePoln, BC023882, Mxd4, Zfyve28, EG433874, A830049F12Rik, LOC100040061, Rnf4, BC037112, LOC100040480, Tnip2, Sh3bp2, Add1, 0610009O03Rik, Nol14, Gprk2l, Hdh, A930005I04Rik, Rgs12, Hgfac
Downstream geneAdra2c, Hmx1, Cpz, Plk-ps1, 2310079F23Rik, Acox3, Htra3, Sh3tc1, Ablim2, Afap1, LOC100040209, Sorcs2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016J05.bB6Ng01-016J05.g
ACCDH850502DH850503
length1,095865
definitionDH850502|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016J05, 5' end.DH850503|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,537,759 - 35,538,868)(35,391,657 - 35,392,519)
sequence
gaattccatgcacggagacagatgtggcgtgcggtgatgaggatgttttg
tgtgcgatgccctgatggacagggatgcggcttaacgggtattttggcca
gcagaatgaatagccaatttggttcccctgcagctgtagcagctgccagg
aagtcggacaatgaagtgcccaagtttaaaatggatggagccatggttag
agggacagcagtcacacaggcggctacagagtcaaccacagcctcccaag
ggtgacttgaagttcaaaaacacacatcattatctcagagcacctggagt
ctcttgagccccaaaagagcaatggttctaggcttgtccttcatttggcc
cacatgccaggctactccagagccccagctgggcctggacgctgctccgc
ccagcccacccctgagcctcttccactcagtccctgaggacataggctgc
ccattatgtctgctcagtgactccagaactatcagcatagtgggatcaga
gcacagaagccctccacagatggactccactgtccacacatagacttacc
tcacagcgtggaaagagtataaactacaaattgagctctgtggtaaacca
cgggcgaacagagccacagaagggccaggatccaggcttaggaccagcat
ccagggaggagggggaaggaaggccggagaaacaggttctgatccactgg
gatgtgagaaatgaactccaagttaaaaagtcagtgcaagcaagggctgg
cagacccaatcatggaaaagagggtatcctggtgagcctatatgccagga
ctttactggcagcctgtaacccaaaggcaatggaggccacagaagaagtt
tgaacagtatgttgccctgttgtgtcttcaggccagagtagctgactacc
caaccaacagccacaggaagaaatagatagactccaaggtagactcagag
tgcaatacttcagccaggcaaggtggggcacactttccaacaggaggagc
tcttgtgagtcaagcagcctggtctacatagtgagtccagagagcaagct
actgtgggacctgtctcaaagaccaagacaaccaaaataagagtg
gaattcatctccagttgaggaagtgcatagaggtgctgtaaagcaagttg
gcagctaagggagagaggttaggatagggcagaggccagccatccctgtg
ggtacccaaagctagcacactcggactgggagacagagaccaagggaagc
ccacggttcctgaccacgtggcttgagtgggaccagcagatggcaccctg
ttcagtgtctttttccccacgtctgtcctcctcggttgacctgaggtgct
ccttgctctgccctctgcagcttcatccactgtgttctgttcctcacacg
gcagcaggatcttgccatgtcccaactagagtctctttatctctgagtga
gacctttgccccagcccacccataagtcataacgtgctcagcccactacc
catccatgaactctgcttctaccacctgaagtaccaggaggttctctgtg
gatgactctcaccgcctcatcctactcttatgacatcctgtgagactgag
ggtccagctgagtctgctcccagtgcattcttcctggtcagaaggaacct
ggctctgccaggtccacaactctcagtcctggagagtttacaactgcagc
cagaaatctgggtggtgtagtccagacaagactggtgtgttctacccagg
cagcaggaatcaggtggccagctgcttgctgacgttgatctactggtcca
gttttgttccatggaagtgtggggatagcaagtccccagttgtatgaacc
ccaaaataggaacctttaagtcaactaagagccagtggaactggtaggct
gatttgagtttttctgggtgacaattaaaatgccgtatctcacagtggac
tggagtcagcacaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_35537759_35538868
seq2: B6Ng01-016J05.b_45_1139 (reverse)

seq1  CACTCTTTATTTTTGGTTTGTCTTTGGTCTTTTGAGACAGGGTCCCACTA  50
      ||||| |||||||  | ||||| |||||| ||||||||| ||||||||  
seq2  CACTC-TTATTTT--GGTTGTC-TTGGTC-TTTGAGACA-GGTCCCAC--  42

seq1  TGTAGCTCTGGCTCTCCTGGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTTGA  100
       ||||  || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||| 
seq2  AGTAG--CTTGCTCT-CTGG-ACTCACTATGTAGACCAGGCTG--CTTG-  85

seq1  ACTCAC-AGAGCTCCTCCTGTTGGAAAGGTGTGCCCCACCTTGCCTGGCT  149
      |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAAGAGCTCCTCCTGTTGGAAA-GTGTGCCCCACCTTGCCTGGCT  134

seq1  GAAGTATTGCACTCTTGAGTCTACCTTGGAGTCTATCTATTTCTTCCTGT  199
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATTGCACTC-TGAGTCTACCTTGGAGTCTATCTATTTCTTCCTGT  183

seq1  GGCTGTTGGTTGGGTAGTCAGCTACTCTGGCCTGAAGACACAACAGGGCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTGGTTGGGTAGTCAGCTACTCTGGCCTGAAGACACAACAGGGCA  233

seq1  ACATACTGTTCAAACTTCTTCTGTGGCCTCCATTGCCTTTGGGTTACAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTGTTCAAACTTCTTCTGTGGCCTCCATTGCCTTTGGGTTACAGG  283

seq1  CTGCCAGT-AAGTCCTGGCATATAGGCTCACCAGGATACCCTCTTTTCCA  348
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGTAAAGTCCTGGCATATAGGCTCACCAGGATACCCTCTTTTCCA  333

seq1  TGATTGGGTCTGCCAGCCCTTGCTTGCACTGACTTTTTAACTTGGAGTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGGTCTGCCAGCCCTTGCTTGCACTGACTTTTTAACTTGGAGTTC  383

seq1  ATTTCTCACATCCCAGTGGATCAGAACCTGTTTCTCCGGCCTTCCTTCCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTCACATCCCAGTGGATCAGAACCTGTTTCTCCGGCCTTCCTTCCC  433

seq1  CCTCCTCCCTGGATGCTGGTCCTAAGCCTGGATCCTGGCCCTTCTGTGGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCCTGGATGCTGGTCCTAAGCCTGGATCCTGGCCCTTCTGTGGC  483

seq1  TCTGTTCGCCCGTGGTTTACCACAGAGCTCAATTTGTAGTTTATACTCTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCGCCCGTGGTTTACCACAGAGCTCAATTTGTAGTTTATACTCTT  533

seq1  TCCACGCTGTGAGGTAAGTCTATGTGTGGACAGTGGAGTCCATCTGTGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACGCTGTGAGGTAAGTCTATGTGTGGACAGTGGAGTCCATCTGTGGA  583

seq1  GGGCTTCTGTGCTCTGATCCCACTATGCTGATAGTTCTGGAGTCACTGAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTCTGTGCTCTGATCCCACTATGCTGATAGTTCTGGAGTCACTGAG  633

seq1  CAGACATAATGGGCAGCCTATGTCCTCAGGGACTGAGTGGAAGAGGCTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATAATGGGCAGCCTATGTCCTCAGGGACTGAGTGGAAGAGGCTCA  683

seq1  GGGGTGGGCTGGGCGGAGCAGCGTCCAGGCCCAGCTGGGGCTCTGGAGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGGCTGGGCGGAGCAGCGTCCAGGCCCAGCTGGGGCTCTGGAGTA  733

seq1  GCCTGGCATGTGGGCCAAATGAAGGACAAGCCTAGAACCATTGCTCTTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCATGTGGGCCAAATGAAGGACAAGCCTAGAACCATTGCTCTTTT  783

seq1  GGGGCTCAAGAGACTCCAGGTGCTCTGAGATAATGATGTGTGTTTTTGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTCAAGAGACTCCAGGTGCTCTGAGATAATGATGTGTGTTTTTGAA  833

seq1  CTTCAAGTCACCCTTGGGAGGCTGTGGTTGACTCTGTAGCCGCCTGTGTG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTCACCCTTGGGAGGCTGTGGTTGACTCTGTAGCCGCCTGTGTG  883

seq1  ACTGCTGTCCCTCTAACCATGGCTCCATCCATTTTAAACTTGGGCACTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTGTCCCTCTAACCATGGCTCCATCCATTTTAAACTTGGGCACTTC  933

seq1  ATTGTCCGACTTCCTGGCAGCTGCTACAGCTGCAGGGGAACCAAATTGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCGACTTCCTGGCAGCTGCTACAGCTGCAGGGGAACCAAATTGGC  983

seq1  TATTCATTCTGCTGGCCAAAATACCCGTTAAGCCGCATCCCTGTCCATCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATTCTGCTGGCCAAAATACCCGTTAAGCCGCATCCCTGTCCATCA  1033

seq1  GGGCATCGCACACAAAACATCCTCATCACCGCACGCCACATCTGTCTCCG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATCGCACACAAAACATCCTCATCACCGCACGCCACATCTGTCTCCG  1083

seq1  TGCATGGAATTC  1110
      ||||||||||||
seq2  TGCATGGAATTC  1095

seq1: chr5_35391657_35392519
seq2: B6Ng01-016J05.g_64_928

seq1  GAATTCATCTCCAGTTGAGGAAGTGCATAGAGGTGCTGTAAAGCAAGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCCAGTTGAGGAAGTGCATAGAGGTGCTGTAAAGCAAGTTG  50

seq1  GCAGCTAAGGGAGAGAGGTTAGGATAGGGCAGAGGCCAGCCATCCCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTAAGGGAGAGAGGTTAGGATAGGGCAGAGGCCAGCCATCCCTGTG  100

seq1  GGTACCCAAAGCTAGCACACTCGGACTGGGAGACAGAGACCAAGGGAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCCAAAGCTAGCACACTCGGACTGGGAGACAGAGACCAAGGGAAGC  150

seq1  CCACGGTTCCTGACCACGTGGCTTGAGTGGGACCAGCAGATGGCACCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGTTCCTGACCACGTGGCTTGAGTGGGACCAGCAGATGGCACCCTG  200

seq1  TTCAGTGTCTTTTTCCCCACGTCTGTCCTCCTCGGTTGACCTGAGGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTCTTTTTCCCCACGTCTGTCCTCCTCGGTTGACCTGAGGTGCT  250

seq1  CCTTGCTCTGCCCTCTGCAGCTTCATCCACTGTGTTCTGTTCCTCACACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCTCTGCCCTCTGCAGCTTCATCCACTGTGTTCTGTTCCTCACACG  300

seq1  GCAGCAGGATCTTGCCATGTCCCAACTAGAGTCTCTTTATCTCTGAGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGGATCTTGCCATGTCCCAACTAGAGTCTCTTTATCTCTGAGTGA  350

seq1  GACCTTTGCCCCAGCCCACCCATAAGTCATAACGTGCTCAGCCCACTACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTGCCCCAGCCCACCCATAAGTCATAACGTGCTCAGCCCACTACC  400

seq1  CATCCATGAACTCTGCTTCTACCACCTGAAGTACCAGGAGGTTCTCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGAACTCTGCTTCTACCACCTGAAGTACCAGGAGGTTCTCTGTG  450

seq1  GATGACTCTCACCGCCTCATCCTACTCTTATGACATCCTGTGAGACTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCTCACCGCCTCATCCTACTCTTATGACATCCTGTGAGACTGAG  500

seq1  GGTCCAGCTGAGTCTGCTCCCAGTGCATTCTTCCTGGTCAGAAGGAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAGCTGAGTCTGCTCCCAGTGCATTCTTCCTGGTCAGAAGGAACCT  550

seq1  GGCTCTGCCAGGTCCACAACTCTCAGTCCTGGAGAGTTTACAACTGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTGCCAGGTCCACAACTCTCAGTCCTGGAGAGTTTACAACTGCAGC  600

seq1  CAGAAATCTGGGTGGTGTAGTCCAGACAAGACTGGTGTGTTCTACCCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCTGGGTGGTGTAGTCCAGACAAGACTGGTGTGTTCTACCCAGG  650

seq1  CAGCAGGAATCAGGTGGCCAGCTGCTTGCTGACGTTGATCTACTGGTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAATCAGGTGGCCAGCTGCTTGCTGACGTTGATCTACTGGTCCA  700

seq1  G-TTTGTTCCATGGAAGTGTGGGGATAGCAAGTCCCCAGTTGTATGAACC  749
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTCCATGGAAGTGTGGGGATAGCAAGTCCCCAGTTGTATGAACC  750

seq1  CCAAAATAGGAACCTTTAAGTCAACTAAGAGCCAGTGGAACTGGTAGGCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATAGGAACCTTTAAGTCAACTAAGAGCCAGTGGAACTGGTAGGCT  800

seq1  GATTTGAGTTTTTCTGGGTGACAATTAGAATGCCGTAACCCAGAGT-GAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||| |||
seq2  GATTTGAGTTTTTCTGGGTGACAATTAAAATGCCGTATCTCACAGTGGAC  850

seq1  TGGAGTCAGCACAGA  863
      |||||||||||||||
seq2  TGGAGTCAGCACAGA  865