BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017F03
Chromosome5 (Build37)
Map Location 51,894,725 - 52,062,081
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpargc1a
Upstream geneLOC100041015, LOC242987, EG624734, LOC666265, LOC100041059
Downstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017F03.bB6Ng01-017F03.g
ACCDH851038DH851039
length1,091927
definitionDH851038|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017F03, 5' end.DH851039|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,894,725 - 51,895,826)(52,061,156 - 52,062,081)
sequence
gaattcctatatgaataggtagacaacaataacaacaaccaagtctgcat
tatgaattttgaatttgatgcataacattacagggtttggaagaagcttc
attcaaagtaaattaagatttgttgttgctgttgttgttactgttgttgt
tgctgttgctgctgttgttcttgtattctgaaatgaaattaaaagacaac
aatctagactaagcccccctcacacctctgtgtagtcagggcaaccccac
ttctctttttagtgcttgtttgagctcccagagtcctcttggtggaaaga
gaagtgagatgtattgactttgttcaaacaactttttcctacctgctttc
ttctttccctgcctgtactgccataatccactatgatatttcttacttct
tcaagcagggacaccaacagctggcctgcctcccttttccaatgatcaac
aagaaacaggtaagagctccacatagcccacacaggggatcctagacctt
tccccatcatgtaagcagagttcctaaaatatcccactcacttctattta
ccatatggtatatataacttagaataaggaactgacattgaaggtagaaa
aaaaacagaacattaaagtcccacaagcatatgcaagtaaaagacagtaa
tttcaaacagacctccttagtttacagcatacattataaaatacttcagt
gtgttttcatattttatagaggcatcaaaggtttgcttattgccatttat
ccttaggaccaacagcttcagctgggtgctaaagtactaaactttaaggg
ccaagagaaataatacaaacttgaaactcattatctgggtacacatatag
accatttaatatacatttatattatcccccttagatcccatgtatgcata
tatatgtacatatatatgtatatatatatatgtgtgtgtgtgtacatgta
tattatggacatatatgtatatatatacaagtacacgttttaaaacagtt
tctagtgataaataatgataaaatctctagctgtcttgctagttactaag
tggaatagataacaaaatatgatacggctttaactctttgt
gaattctcatttgtctcaaggtttcatctctgtaaagacgataacaaagt
gtttgtgagataaaggtgagtcaaatggacagagagtatacttttcttgg
gtgcctacggtgggtcttacaaacacccccattttagccacctctctata
tttgccatgccggtcatcataactttcaatttagaagcagagatctatga
gttcttcaggtggtaaaaggtggaaccaagattcaagctcagatctagtt
ctttatgttgtcccggatagttttgtgtcaacctggtacaagccagaggc
atctggaagggagggaacttcaagtgagaaaatgcttctattagatccag
ctgtataggatattttcttaattagtaattcatgtgggagggcctagtcc
ttgtagatggtgttatccctgggctggtagttccaggttctataataaag
caggctaagcaaatcttgataagcaagccaatgaggatccttatccatgg
cctctgcatcagctcctacctccagatctctgccctgtttggacccctta
ctttttttgataatgaacagtgatgtggaagcataagtcaaataaacact
atcatgagttgtttgatcatagtgtttcatcacagcaatagcaaccctaa
ctagggtgggcttctagtagtctggctattcaaattcgagatatttagtt
tttcataatgtatagctagctctactactcatctgcagaaatatttgtcc
tttactaaagaccagtaacacagtcagtgattttcttaaagagatttata
acctgtccctatcatgttttgtcttatctgaacatccctgggaattcatc
atcccaagcctttctttaaggtgactccaggctaacagtatagagttgtt
agtgaatggagagtgatagaattggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_51894725_51895826
seq2: B6Ng01-017F03.b_44_1134

seq1  GAATTCCTATATGAATAGGTAGACAACAATAACAACAACCAAGTCTGCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATATGAATAGGTAGACAACAATAACAACAACCAAGTCTGCAT  50

seq1  TATGAATTTTGAATTTGATGCATAACATTACAGGGTTTGGAAGAAGCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTTTGAATTTGATGCATAACATTACAGGGTTTGGAAGAAGCTTC  100

seq1  ATTCAAAGTAAATTAAGATTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTACTGTTGTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAGTAAATTAAGATTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTACTGTTGTTGT  150

seq1  TGCTGTTGCTGCTGTTGTTCTTGTATTCTGAAATGAAATTAAAAGACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTGCTGCTGTTGTTCTTGTATTCTGAAATGAAATTAAAAGACAAC  200

seq1  AATCTAGACTAAGCCCCCCTCACACCTCTGTGTAGTCAGGGCAACCCCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGACTAAGCCCCCCTCACACCTCTGTGTAGTCAGGGCAACCCCAC  250

seq1  TTCTCTTTTTAGTGCTTGTTTGAGCTCCCAGAGTCCTCTTGGTGGAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTTTAGTGCTTGTTTGAGCTCCCAGAGTCCTCTTGGTGGAAAGA  300

seq1  GAAGTGAGATGTATTGACTTTGTTCAAACAACTTTTTCCTACCTGCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGAGATGTATTGACTTTGTTCAAACAACTTTTTCCTACCTGCTTTC  350

seq1  TTCTTTCCCTGCCTGTACTGCCATAATCCACTATGATATTTCTTACTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCCCTGCCTGTACTGCCATAATCCACTATGATATTTCTTACTTCT  400

seq1  TCAAGCAGGGACACCAACAGCTGGCCTGCCTCCCTTTTCCAATGATCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAGGGACACCAACAGCTGGCCTGCCTCCCTTTTCCAATGATCAAC  450

seq1  AAGAAACAGGTAAGAGCTCCACATAGCCCACACAGGGGATCCTAGACCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAGGTAAGAGCTCCACATAGCCCACACAGGGGATCCTAGACCTT  500

seq1  TCCCCATCATGTAAGCAGAGTTCCTAAAATATCCCACTCACTTCTATTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATCATGTAAGCAGAGTTCCTAAAATATCCCACTCACTTCTATTTA  550

seq1  CCATATGGTATATATAACTTAGAATAAGGAACTGACATTGAAGGTAGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGGTATATATAACTTAGAATAAGGAACTGACATTGAAGGTAGAAA  600

seq1  AAAAACAGAACATTAAAGTCCCACAAGCATATGCAAGTAAAAGACAGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGAACATTAAAGTCCCACAAGCATATGCAAGTAAAAGACAGTAA  650

seq1  TTTCAAACAGACCTCCTTAGTTTACAGCATACATTATAAAATACTTCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACAGACCTCCTTAGTTTACAGCATACATTATAAAATACTTCAGT  700

seq1  GTGTTTTCATATTTTATAGAGGCATCAAAGGTTTGCTTATTGCCATTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTCATATTTTATAGAGGCATCAAAGGTTTGCTTATTGCCATTTAT  750

seq1  CCTTAGGACCAACAGCTTCAGCTGGGTGCTAAAGTACTAAACTTTAAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGGACCAACAGCTTCAGCTGGGTGCTAAAGTACTAAACTTTAAGGG  800

seq1  CCAAGAGAAATAATACAAACTTGAAACTCATTATCTGGGTACACATATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGAAATAATACAAACTTGAAACTCATTATCTGGGTACACATATAG  850

seq1  ACCATTTAATATACATTTATATTATCCCCCTTAGATCCCATGTATGCATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTAATATACATTTATATTATCCCCCTTAGATCCCATGTATGCATA  900

seq1  TATATGTACATATATATGTATATATATATATGTGTGTGTGTGTACATGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTACATATATATGTATATATATATATGTGTGTGTGTGTACATGTA  950

seq1  TATTTATGTACATATATGTATATATATAACAAGTACACTTTTAAAAACAG  1000
      || ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||
seq2  TA-TTATGGACATATATGTATATATAT-ACAAGTACACGTTTTAAAACAG  998

seq1  TATCTAGTGATAAATATATAATAAAATTCTCTAGTCTGTTCTTGCATAGT  1050
      | |||||||||||||| || |||||| ||||||| ||| |||||| ||||
seq2  TTTCTAGTGATAAATA-ATGATAAAA-TCTCTAG-CTG-TCTTGC-TAGT  1043

seq1  TACTTATAGTTGAATAGATAACAATATATGATCAGCCCTTTATACTCTTT  1100
      ||||   ||| ||||||||||||| ||||||| |   ||||| |||||||
seq2  TACT--AAGTGGAATAGATAACAAAATATGAT-ACGGCTTTA-ACTCTTT  1089

seq1  GT  1102
      ||
seq2  GT  1091

seq1: chr5_52061156_52062081
seq2: B6Ng01-017F03.g_66_992 (reverse)

seq1  AACCAATTCTATCACTCTCCATTCACTAACAACTCTATACTGTTAGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATTCTATCACTCTCCATTCACTAACAACTCTATACTGTTAGCCTG  50

seq1  GAGTCACCTTAAAG-AAGGCTTGGGATGATGAATTCCCAGGGATGTTCAG  99
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACCTTAAAGAAAGGCTTGGGATGATGAATTCCCAGGGATGTTCAG  100

seq1  ATAAGACAAAACATGATAGGGACAGGTTATAAATCTCTTTAAGAAAATCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACAAAACATGATAGGGACAGGTTATAAATCTCTTTAAGAAAATCA  150

seq1  CTGACTGTGTTACTGGTCTTTAGTAAAGGACAAATATTTCTGCAGATGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGTGTTACTGGTCTTTAGTAAAGGACAAATATTTCTGCAGATGAG  200

seq1  TAGTAGAGCTAGCTATACATTATGAAAAACTAAATATCTCGAATTTGAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGAGCTAGCTATACATTATGAAAAACTAAATATCTCGAATTTGAAT  250

seq1  AGCCAGACTACTAGAAGCCCACCCTAGTTAGGGTTGCTATTGCTGTGATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGACTACTAGAAGCCCACCCTAGTTAGGGTTGCTATTGCTGTGATG  300

seq1  AAACACTATGATCAAACAACTCATGATAGTGTTTATTTGACTTATGCTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTATGATCAAACAACTCATGATAGTGTTTATTTGACTTATGCTTC  350

seq1  CACATCACTGTTCATTATCAAAAAAAGTAAGGGGTCCAAACAGGGCAGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCACTGTTCATTATCAAAAAAAGTAAGGGGTCCAAACAGGGCAGAG  400

seq1  ATCTGGAGGTAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGATAAGGATCCTCATTGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAGGTAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGATAAGGATCCTCATTGG  450

seq1  CTTGCTTATCAAGATTTGCTTAGCCTGCTTTATTATAGAACCTGGAACTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTATCAAGATTTGCTTAGCCTGCTTTATTATAGAACCTGGAACTA  500

seq1  CCAGCCCAGGGATAACACCATCTACAAGGACTAGGCCCTCCCACATGAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGGGATAACACCATCTACAAGGACTAGGCCCTCCCACATGAAT  550

seq1  TACTAATTAAGAAAATATCCTATACAGCTGGATCTAATAGAAGCATTTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATTAAGAAAATATCCTATACAGCTGGATCTAATAGAAGCATTTTC  600

seq1  TCACTTGAAGTTCCCTCCCTTCCAGATGCCTCTGGCTTGTACCAGGTTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGAAGTTCCCTCCCTTCCAGATGCCTCTGGCTTGTACCAGGTTGA  650

seq1  CACAAAACTATCCGGGACAACATAAAGAACTAGATCTGAGCTTGAATCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACTATCCGGGACAACATAAAGAACTAGATCTGAGCTTGAATCTT  700

seq1  GGTTCCACCTTTTACCACCTGAAGAACTCATAGATCTCTGCTTCTAAATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCACCTTTTACCACCTGAAGAACTCATAGATCTCTGCTTCTAAATT  750

seq1  GAAAGTTATGATGACCGGCATGGCAAATATAGAGAGGTGGCTAAAATGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTATGATGACCGGCATGGCAAATATAGAGAGGTGGCTAAAATGGG  800

seq1  GGTGTTTGTAAGACCCACCGTAGGCACCCAAGAAAAGTATACTCTCTGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGTAAGACCCACCGTAGGCACCCAAGAAAAGTATACTCTCTGTC  850

seq1  CATTTGACTCACCTTTATCTCACAAACACTTTGTTATCGTCTTTACAGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGACTCACCTTTATCTCACAAACACTTTGTTATCGTCTTTACAGAG  900

seq1  ATGAAACCTTGAGACAAATGAGAATTC  926
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACCTTGAGACAAATGAGAATTC  927