BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-017L06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 48,933,525 - 49,094,860
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnip4
Upstream geneLOC100040865, LOC100040876, Slit2, 4933428G09Rik
Downstream geneLOC100041668, LOC100041659, EG433885
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-017L06.bB6Ng01-017L06.g
ACCDH851308DH851309
length1,0761,177
definitionDH851308|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017L06, 5' end.DH851309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-017L06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,093,781 - 49,094,860)(48,933,525 - 48,934,709)
sequence
gaattctttccaagctaaactttctctctgggaagtaattgtatgtcttt
gagtgatgggctgtagtgtctctgcatatgtacctaccaagggctcccat
attttttaacctgtacatttataatagtgttttgcatagtatattgatag
atgctacatattccactatttccagattgtaagctggtaattccttggga
catttccagaggtcttacatgttctctgccactactaaaaacacacttta
tttggtatataattgagttgctaaaactaagaaaaaggaaaccacacccc
tgcagcatcttagatatccttgctactgaggtacaatattgccagaatat
ctacaagtagcatgtggtcaaggatgacagaaaagtaaagtaaatataag
agaaatttgtctatggatccaggacccactgtggttgtcagctttctatt
gcagtgataaagcacttgaggttatcatatgagaggacaaaagctttact
ttggatcatagttgccaagttttgtatccatgatcacaacccagtacctt
gtacttttgctgaggcagaacaaaagggcagaggctcatgacatataact
tcataaggaacagagtggggtcctaatactctttgaagaaccctgtacaa
ccgcctgacttcttttaactactttctgagcctcttagtaaaagatcaac
tagagaacaagtcctctgcacataagtttgtggcagatttgagtgccaaa
actaaatttctgacctccaaagctcatgtacctatgacattgttaactgt
atttgaaatctcggcaggtcaaggattgctctgaagtactagtctagtgt
tttcctctgagactgaagggactccaagttgtgagactataataatgata
ttgcctttaagttcaattagttacaatccactgatgaaagaaaaactcaa
atgaagaatgggaaattagcagagggaattcgaccatactaagagcaagc
taataggctaatatctagaggtgagaacattatgtctctagttctgagtc
ttggtatctagaaccactaaacgtgt
gaattcaacagagttctactgcttggtcctatgacttgcgcttctaagac
atggcttcttcataggcagaacaaacttaatgatagtacttatttgactc
agctctttgagaaatgatttagtaaataatgtgctcagcatcttagcttt
tgctttaaaatagctcacataaattagttatggttagtagcggacataat
gttaatcattgaatactgtgacatattacaaatggaaataaatgcatgtt
ccccaatcaaggactggtcaaattaactatgacactccccaaaacaaaaa
atggcatgggacattctgatacaggagaaggcatattggtgtgggaaaca
ttttaagcccctgtacagtgagactgtaggttacctatcactcccctgaa
cacagactggggaagcaaatgcagaatgtgccgagtagttaactggaaat
tgtgaaactttaaattttctgttatcttaatttggtgctttatactttat
tttcatagtgtggtagttcataaagcataatagcatatcttgttttctca
ggaagtgggcagttttcataaaacaatgtaaaagtcctatcactagacac
ccaaaatattggccatatatgtcatttttttgttaaataattcagaagcc
tgagagtcaatgaaatgacttatttttacataatttcttttaaaacacca
tatcaaactgacaatcgttcctttaagcagtcttttagatgcccccttta
gagagttgggggacataaatggcagaagtaaaattatcagcatgcttttc
actgtgactgtttcttgagatatattagtgcctgtccatccatccttcat
taccttttcctgactctggcaagaccaggaaatttaatactcatttattt
tgtatttctttgtctattcagatcttattagtgatagtttatgggcaatt
acatgctttctccacattctacatttcatgcgtagccagaggatagacct
cttaggatcaaacaacttcaaggtatcacaggccattccctactagatat
tctagagaagaactgaattggagccactgtagtttatctattaccatcga
gagaattagagattcctgaggttgcactttctacactcgaacatccagtg
agtccatcacgctcctacggtccctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49093781_49094860
seq2: B6Ng01-017L06.b_42_1117 (reverse)

seq1  ACACGGTTTAGTGTGTTCTAGATACC-AGACTCAGAACTAGAGGACATAA  49
      |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  ACAC-GTTTAGTG-GTTCTAGATACCAAGACTCAGAACTAGA-GACATAA  47

seq1  TGTTCTCACTTCTAGATATTAGCCTATTAGCCTTGCTCTTAGTATGGTCG  99
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCACCTCTAGATATTAGCCTATTAG-CTTGCTCTTAGTATGGTCG  96

seq1  AATTCCCTCTTGCTAATTTCCCATTCTTCATTTGAGTTTTTTCTTTCATC  149
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AATTCCCTC-TGCTAATTTCCCATTCTTCATTTGAG-TTTTTCTTTCATC  144

seq1  AGTGGATTGTAACTAATTGAACTTAAAGGCAATATCATTATTATAGTCTC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATTGTAACTAATTGAACTTAAAGGCAATATCATTATTATAGTCTC  194

seq1  ACAACTTGGAGTCCCTTCAGTCTCAGAGG-AAACACTAGACTAGTACTTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTGGAGTCCCTTCAGTCTCAGAGGAAAACACTAGACTAGTACTTC  244

seq1  AGAGCAATCCTTGACCTGCCGAGATTTCAAATACAGTTAACAATGTCATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAATCCTTGACCTGCCGAGATTTCAAATACAGTTAACAATGTCATA  294

seq1  GGTACATGAGCTTTGGAGGTCAGAAATTTAGTTTTGGCACTCAAATCTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACATGAGCTTTGGAGGTCAGAAATTTAGTTTTGGCACTCAAATCTGC  344

seq1  CACAAACTTATGTGCAGAGGACTTGTTCTCTAGTTGATCTTTTACTAAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACTTATGTGCAGAGGACTTGTTCTCTAGTTGATCTTTTACTAAGA  394

seq1  GGCTCAGAAAGTAGTTAAAAGAAGTCAGGCGGTTGTACAGGGTTCTTCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGAAAGTAGTTAAAAGAAGTCAGGCGGTTGTACAGGGTTCTTCAA  444

seq1  AGAGTATTAGGACCCCACTCTGTTCCTTATGAAGTTATATGTCATGAGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTAGGACCCCACTCTGTTCCTTATGAAGTTATATGTCATGAGCC  494

seq1  TCTGCCCTTTTGTTCTGCCTCAGCAAAAGTACAAGGTACTGGGTTGTGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTTTTGTTCTGCCTCAGCAAAAGTACAAGGTACTGGGTTGTGAT  544

seq1  CATGGATACAAAACTTGGCAACTATGATCCAAAGTAAAGCTTTTGTCCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATACAAAACTTGGCAACTATGATCCAAAGTAAAGCTTTTGTCCTC  594

seq1  TCATATGATAACCTCAAGTGCTTTATCACTGCAATAGAAAGCTGACAACC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGATAACCTCAAGTGCTTTATCACTGCAATAGAAAGCTGACAACC  644

seq1  ACAGTGGGTCCTGGATCCATAGACAAATTTCTCTTATATTTACTTTACTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGGTCCTGGATCCATAGACAAATTTCTCTTATATTTACTTTACTT  694

seq1  TTCTGTCATCCTTGACCACATGCTACTTGTAGATATTCTGGCAATATTGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCATCCTTGACCACATGCTACTTGTAGATATTCTGGCAATATTGT  744

seq1  ACCTCAGTAGCAAGGATATCTAAGATGCTGCAGGGGTGTGGTTTCCTTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGTAGCAAGGATATCTAAGATGCTGCAGGGGTGTGGTTTCCTTTT  794

seq1  TCTTAGTTTTAGCAACTCAATTATATACCAAATAAAGTGTGTTTTTAGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGTTTTAGCAACTCAATTATATACCAAATAAAGTGTGTTTTTAGTA  844

seq1  GTGGCAGAGAACATGTAAGACCTCTGGAAATGTCCCAAGGAATTACCAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAGAGAACATGTAAGACCTCTGGAAATGTCCCAAGGAATTACCAGC  894

seq1  TTACAATCTGGAAATAGTGGAATATGTAGCATCTATCAATATACTATGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATCTGGAAATAGTGGAATATGTAGCATCTATCAATATACTATGCA  944

seq1  AAACACTATTATAAATGTACAGGTTAAAAAATATGGGAGCCCTTGGTAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTATTATAAATGTACAGGTTAAAAAATATGGGAGCCCTTGGTAGG  994

seq1  TACATATGCAGAGACACTACAGCCCATCACTCAAAGACATACAATTACTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGCAGAGACACTACAGCCCATCACTCAAAGACATACAATTACTT  1044

seq1  CCCAGAGAGAAAGTTTAGCTTGGAAAGAATTC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGAGAAAGTTTAGCTTGGAAAGAATTC  1076

seq1: chr5_48933525_48934709
seq2: B6Ng01-017L06.g_64_1240

seq1  GAATTCAACAGAGTTCTACTGCTTGGTCCTATGACTTGCGCTTCTAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGAGTTCTACTGCTTGGTCCTATGACTTGCGCTTCTAAGAC  50

seq1  ATGGCTTCTTCATAGGCAGAACAAACTTAATGATAGTACTTATTTGACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCTTCATAGGCAGAACAAACTTAATGATAGTACTTATTTGACTC  100

seq1  AGCTCTTTGAGAAATGATTTAGTAAATAATGTGCTCAGCATCTTAGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTTGAGAAATGATTTAGTAAATAATGTGCTCAGCATCTTAGCTTT  150

seq1  TGCTTTAAAATAGCTCACATAAATTAGTTATGGTTAGTAGCGGACATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAAATAGCTCACATAAATTAGTTATGGTTAGTAGCGGACATAAT  200

seq1  GTTAATCATTGAATACTGTGACATATTACAAATGGAAATAAATGCATGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATCATTGAATACTGTGACATATTACAAATGGAAATAAATGCATGTT  250

seq1  CCCCAATCAAGGACTGGTCAAATTAACTATGACACTCCCCAAAACAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATCAAGGACTGGTCAAATTAACTATGACACTCCCCAAAACAAAAA  300

seq1  ATGGCATGGGACATTCTGATACAGGAGAAGGCATATTGGTGTGGGAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATGGGACATTCTGATACAGGAGAAGGCATATTGGTGTGGGAAACA  350

seq1  TTTTAAGCCCCTGTACAGTGAGACTGTAGGTTACCTATCACTCCCCTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAGCCCCTGTACAGTGAGACTGTAGGTTACCTATCACTCCCCTGAA  400

seq1  CACAGACTGGGGAAGCAAATGCAGAATGTGCCGAGTAGTTAACTGGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTGGGGAAGCAAATGCAGAATGTGCCGAGTAGTTAACTGGAAAT  450

seq1  TGTGAAACTTTAAATTTTCTGTTATCTTAATTTGGTGCTTTATACTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAACTTTAAATTTTCTGTTATCTTAATTTGGTGCTTTATACTTTAT  500

seq1  TTTCATAGTGTGGTAGTTCATAAAGCATAATAGCATATCTTGTTTTCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGTGTGGTAGTTCATAAAGCATAATAGCATATCTTGTTTTCTCA  550

seq1  GGAAGTGGGCAGTTTTCATAAAACAATGTAAAAGTCCTATCACTAGACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGGGCAGTTTTCATAAAACAATGTAAAAGTCCTATCACTAGACAC  600

seq1  CCAAAATATTGGCCATATATGTCATTTTTTTGTTAAATAATTCAGAAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATATTGGCCATATATGTCATTTTTTTGTTAAATAATTCAGAAGCC  650

seq1  TGAGAGTCAATGAAATGACTTATTTTTACATAATTTCTTTTAAAACACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGTCAATGAAATGACTTATTTTTACATAATTTCTTTTAAAACACCA  700

seq1  TATCAAACTGACAATCGTTCCTTTAAGCAGTCTTTTAGATGCCCCCTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAACTGACAATCGTTCCTTTAAGCAGTCTTTTAGATGCCCCCTTTA  750

seq1  GAGAGTTGGGGGACATAAATGGCAGAAGTAAAATTATCAGCATGCTTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTTGGGGGACATAAATGGCAGAAGTAAAATTATCAGCATGCTTTTC  800

seq1  ACTGTGACTGTTTCTTGAGATATATTAGTGCCTGTCCATCCATCCTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGACTGTTTCTTGAGATATATTAGTGCCTGTCCATCCATCCTTCAT  850

seq1  TACCTTTTCCTGACTCTGGCAAGACCAGGAAATTTAATACTCATTTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTTCCTGACTCTGGCAAGACCAGGAAATTTAATACTCATTTATTT  900

seq1  TGTATTTCTTTGTCTATTCAGATCTTATTAGTGATAGTTTATGGGCAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCTTTGTCTATTCAGATCTTATTAGTGATAGTTTATGGGCAATT  950

seq1  ACATGCTTTCTCCAACATCTACATTTTCATGCGTAGCCAGAGGATAGACC  1000
      ||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTTCTCCACATTCTACA-TTTCATGCGTAGCCAGAGGATAGACC  999

seq1  TCCTAGGATCAAACAACTTCAAGCTATCACA-GCCATTCCCTACTAGATA  1049
      || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGATCAAACAACTTCAAGGTATCACAGGCCATTCCCTACTAGATA  1049

seq1  -TCTAGAGAGAAACTGAAATTGAGCCACTGTAG-TTATCTATAACCATCA  1097
       ||||||||  ||||||| | |||||||||||| |||||||| |||||| 
seq2  TTCTAGAGAAGAACTGAATTGGAGCCACTGTAGTTTATCTATTACCATC-  1098

seq1  GAGAAAATTAGAAAGATCCCTGAAGTTGGCAACCTTTCTAACATCGAGAC  1147
      |||| ||||||  |||| ||||| ||| |||  |||||||   |||| ||
seq2  GAGAGAATTAG--AGATTCCTGAGGTT-GCA--CTTTCTACACTCGA-AC  1142

seq1  ATCACATTGATGCCAAATCAACTTCCTACGGTCACTCT  1185
      ||| || |||  ||  ||||   |||||||||| ||||
seq2  ATC-CAGTGAGTCC--ATCACGCTCCTACGGTCCCTCT  1177